# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.72587 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.046 0.158 0.002 0.008 0.005 0.009 0.095 0.007 0.001 0.025 0.645 2 K 0.091 0.379 0.001 0.007 0.009 0.011 0.070 0.014 0.001 0.067 0.350 3 D 0.035 0.200 0.003 0.014 0.009 0.011 0.063 0.002 0.001 0.397 0.265 4 E 0.008 0.682 0.002 0.009 0.019 0.021 0.034 0.004 0.001 0.088 0.134 5 F 0.030 0.824 0.002 0.004 0.006 0.009 0.012 0.015 0.001 0.013 0.085 6 W 0.034 0.620 0.005 0.014 0.018 0.021 0.021 0.008 0.001 0.095 0.163 7 S 0.034 0.530 0.010 0.008 0.013 0.027 0.037 0.006 0.007 0.137 0.192 8 V 0.168 0.190 0.105 0.007 0.013 0.020 0.051 0.033 0.056 0.141 0.217 9 M 0.288 0.034 0.048 0.011 0.014 0.021 0.071 0.019 0.049 0.074 0.370 10 D 0.106 0.007 0.002 0.005 0.006 0.014 0.097 0.002 0.002 0.029 0.729 11 H 0.032 0.010 0.003 0.023 0.006 0.019 0.135 0.003 0.001 0.040 0.728 12 R 0.017 0.009 0.002 0.036 0.022 0.057 0.190 0.006 0.001 0.098 0.563 13 N 0.005 0.004 0.001 0.081 0.080 0.212 0.107 0.001 0.001 0.101 0.408 14 L 0.003 0.002 0.001 0.125 0.110 0.216 0.074 0.001 0.001 0.077 0.392 15 I 0.002 0.002 0.001 0.148 0.172 0.228 0.060 0.001 0.001 0.038 0.348 16 Y 0.009 0.002 0.001 0.083 0.201 0.310 0.050 0.001 0.001 0.080 0.262 17 P 0.039 0.017 0.004 0.062 0.082 0.117 0.086 0.001 0.004 0.116 0.471 18 F 0.023 0.005 0.010 0.023 0.026 0.047 0.095 0.006 0.009 0.041 0.714 19 D 0.658 0.021 0.002 0.003 0.010 0.010 0.029 0.011 0.002 0.044 0.210 20 A 0.223 0.011 0.003 0.008 0.005 0.009 0.066 0.004 0.001 0.058 0.614 21 Q 0.020 0.008 0.001 0.010 0.010 0.027 0.071 0.003 0.001 0.023 0.827 22 G 0.047 0.008 0.001 0.013 0.054 0.069 0.101 0.003 0.001 0.043 0.660 23 L 0.011 0.002 0.001 0.013 0.094 0.078 0.105 0.001 0.001 0.025 0.670 24 R 0.012 0.007 0.001 0.026 0.060 0.087 0.124 0.001 0.001 0.030 0.651 25 R 0.052 0.008 0.002 0.022 0.042 0.045 0.133 0.009 0.001 0.048 0.638 26 Q 0.296 0.044 0.001 0.024 0.012 0.019 0.105 0.022 0.001 0.084 0.392 27 S 0.127 0.009 0.001 0.020 0.011 0.021 0.104 0.003 0.001 0.064 0.640 28 G 0.010 0.006 0.001 0.040 0.019 0.045 0.134 0.001 0.001 0.027 0.715 29 D 0.041 0.016 0.002 0.033 0.043 0.045 0.133 0.002 0.001 0.074 0.610 30 I 0.111 0.087 0.002 0.030 0.041 0.035 0.135 0.021 0.001 0.095 0.443 31 P 0.166 0.106 0.003 0.018 0.012 0.019 0.109 0.008 0.001 0.060 0.498 32 K 0.073 0.078 0.006 0.038 0.021 0.038 0.132 0.010 0.002 0.081 0.520 33 N 0.113 0.158 0.002 0.031 0.027 0.057 0.112 0.013 0.001 0.071 0.414 34 I 0.115 0.164 0.010 0.042 0.032 0.046 0.090 0.006 0.005 0.060 0.429 35 H 0.068 0.072 0.006 0.056 0.065 0.082 0.149 0.011 0.003 0.044 0.444 36 D 0.110 0.131 0.002 0.038 0.021 0.052 0.127 0.016 0.001 0.064 0.437 37 L 0.349 0.060 0.003 0.038 0.021 0.026 0.116 0.004 0.002 0.072 0.308 38 E 0.018 0.050 0.004 0.048 0.024 0.059 0.172 0.002 0.001 0.031 0.589 39 D 0.029 0.116 0.003 0.019 0.012 0.024 0.105 0.005 0.001 0.038 0.647 40 D 0.226 0.259 0.004 0.012 0.014 0.010 0.059 0.022 0.002 0.224 0.168 41 P 0.045 0.508 0.005 0.007 0.003 0.005 0.052 0.005 0.001 0.098 0.270 42 F 0.020 0.869 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.004 0.001 0.010 0.077 43 R 0.029 0.846 0.001 0.003 0.003 0.004 0.010 0.004 0.001 0.024 0.078 44 S 0.013 0.809 0.003 0.004 0.004 0.006 0.017 0.003 0.001 0.076 0.064 45 L 0.012 0.943 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.008 0.021 46 A 0.006 0.956 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.022 47 G 0.016 0.932 0.001 0.002 0.003 0.007 0.005 0.003 0.001 0.010 0.022 48 A 0.008 0.831 0.005 0.005 0.003 0.006 0.013 0.003 0.002 0.064 0.060 49 L 0.037 0.085 0.453 0.003 0.005 0.005 0.023 0.011 0.146 0.167 0.064 50 R 0.669 0.051 0.014 0.004 0.004 0.006 0.024 0.021 0.010 0.070 0.128 51 M 0.129 0.017 0.002 0.003 0.002 0.006 0.041 0.003 0.002 0.021 0.775 52 A 0.025 0.023 0.002 0.008 0.002 0.007 0.062 0.001 0.001 0.011 0.858 53 G 0.015 0.009 0.002 0.007 0.021 0.045 0.085 0.008 0.001 0.033 0.774 54 G 0.057 0.010 0.001 0.007 0.041 0.048 0.078 0.004 0.001 0.030 0.722 55 Y 0.099 0.034 0.003 0.049 0.024 0.043 0.094 0.004 0.001 0.036 0.615 56 A 0.120 0.047 0.001 0.028 0.019 0.030 0.098 0.012 0.001 0.034 0.611 57 K 0.129 0.010 0.001 0.024 0.029 0.030 0.124 0.006 0.001 0.023 0.625 58 V 0.004 0.005 0.001 0.057 0.051 0.070 0.125 0.002 0.001 0.009 0.676 59 I 0.017 0.021 0.002 0.051 0.016 0.023 0.084 0.001 0.001 0.029 0.755 60 I 0.094 0.159 0.002 0.033 0.068 0.029 0.097 0.025 0.001 0.159 0.333 61 P 0.063 0.397 0.002 0.017 0.003 0.006 0.055 0.004 0.001 0.039 0.413 62 F 0.016 0.647 0.004 0.022 0.007 0.010 0.027 0.003 0.001 0.080 0.183 63 S 0.011 0.837 0.001 0.004 0.005 0.006 0.015 0.003 0.001 0.048 0.071 64 E 0.012 0.911 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.039 0.025 65 F 0.007 0.736 0.002 0.007 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.186 0.042 66 G 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.013 0.016 67 W 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 68 A 0.008 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.014 69 D 0.017 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.027 0.033 70 F 0.041 0.562 0.093 0.003 0.001 0.002 0.026 0.020 0.036 0.131 0.084 71 L 0.315 0.355 0.020 0.006 0.002 0.003 0.045 0.025 0.011 0.091 0.126 72 R 0.103 0.200 0.009 0.010 0.003 0.007 0.081 0.007 0.007 0.064 0.508 73 R 0.063 0.083 0.004 0.010 0.004 0.008 0.118 0.003 0.002 0.030 0.675 74 R 0.065 0.100 0.007 0.020 0.009 0.022 0.108 0.007 0.004 0.060 0.597 75 I 0.058 0.168 0.004 0.009 0.007 0.012 0.087 0.007 0.002 0.024 0.623 76 D 0.172 0.466 0.005 0.006 0.003 0.006 0.035 0.015 0.002 0.016 0.273 77 R 0.277 0.221 0.004 0.008 0.004 0.008 0.043 0.013 0.001 0.056 0.366 78 D 0.071 0.176 0.007 0.022 0.011 0.026 0.086 0.005 0.003 0.084 0.510 79 L 0.120 0.097 0.012 0.031 0.014 0.024 0.099 0.006 0.003 0.088 0.505 80 L 0.139 0.163 0.005 0.028 0.018 0.018 0.095 0.013 0.002 0.066 0.452 81 S 0.191 0.094 0.001 0.009 0.007 0.010 0.089 0.005 0.001 0.032 0.560 82 D 0.023 0.065 0.001 0.017 0.006 0.012 0.110 0.005 0.001 0.053 0.707 83 S 0.031 0.364 0.002 0.007 0.005 0.007 0.088 0.005 0.001 0.077 0.412 84 F 0.014 0.849 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.005 0.001 0.018 0.094 85 D 0.021 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.012 0.030 86 D 0.013 0.833 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.098 0.042 87 A 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.018 0.017 88 L 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 89 A 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.033 0.020 90 E 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.020 91 A 0.009 0.941 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.013 0.016 92 M 0.055 0.754 0.006 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 0.002 0.117 0.046 93 K 0.039 0.418 0.012 0.003 0.001 0.001 0.031 0.003 0.007 0.305 0.181 94 L 0.092 0.481 0.015 0.003 0.001 0.001 0.055 0.010 0.005 0.099 0.239 95 A 0.121 0.391 0.027 0.007 0.001 0.002 0.050 0.016 0.011 0.063 0.310 96 K 0.056 0.433 0.003 0.003 0.001 0.002 0.043 0.005 0.002 0.015 0.438 97 S 0.085 0.420 0.005 0.003 0.001 0.003 0.041 0.009 0.003 0.055 0.374 98 R 0.201 0.283 0.032 0.006 0.001 0.003 0.052 0.021 0.008 0.160 0.234 99 E 0.270 0.178 0.007 0.012 0.003 0.008 0.066 0.015 0.003 0.080 0.359 100 A 0.184 0.029 0.006 0.023 0.005 0.011 0.080 0.002 0.002 0.065 0.594 101 R 0.026 0.016 0.003 0.065 0.015 0.029 0.161 0.002 0.001 0.048 0.633 102 H 0.064 0.016 0.002 0.038 0.011 0.021 0.137 0.005 0.001 0.045 0.658 103 L 0.192 0.021 0.003 0.037 0.022 0.026 0.157 0.020 0.002 0.105 0.415 104 P 0.064 0.012 0.002 0.029 0.006 0.016 0.157 0.004 0.001 0.048 0.660 105 G 0.055 0.009 0.001 0.055 0.022 0.058 0.142 0.009 0.001 0.066 0.582 106 W 0.054 0.010 0.001 0.057 0.032 0.058 0.136 0.002 0.001 0.065 0.584 107 C 0.016 0.008 0.003 0.073 0.050 0.100 0.136 0.002 0.001 0.041 0.569 108 G 0.079 0.022 0.003 0.047 0.037 0.060 0.118 0.005 0.002 0.054 0.571 109 V 0.197 0.029 0.002 0.022 0.024 0.027 0.111 0.010 0.001 0.059 0.517 110 E 0.093 0.025 0.002 0.015 0.014 0.028 0.126 0.006 0.001 0.039 0.652 111 E 0.040 0.017 0.003 0.017 0.018 0.036 0.113 0.005 0.001 0.029 0.721