# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.989 2 K 0.004 0.007 0.012 0.496 0.014 0.048 0.418 3 D 0.001 0.002 0.013 0.839 0.038 0.046 0.060 4 E 0.001 0.002 0.011 0.919 0.011 0.036 0.020 5 F 0.001 0.001 0.005 0.972 0.002 0.013 0.007 6 W 0.001 0.001 0.002 0.990 0.002 0.003 0.002 7 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 9 M 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.001 10 D 0.001 0.001 0.009 0.963 0.001 0.025 0.002 11 H 0.001 0.001 0.016 0.825 0.008 0.145 0.004 12 R 0.002 0.001 0.013 0.303 0.037 0.623 0.021 13 N 0.013 0.003 0.003 0.017 0.237 0.484 0.242 14 L 0.186 0.015 0.003 0.002 0.093 0.016 0.685 15 I 0.578 0.011 0.003 0.002 0.035 0.006 0.365 16 Y 0.702 0.020 0.002 0.002 0.033 0.003 0.238 17 P 0.585 0.008 0.003 0.002 0.052 0.007 0.343 18 F 0.487 0.063 0.004 0.002 0.108 0.024 0.312 19 D 0.115 0.038 0.008 0.002 0.067 0.036 0.733 20 A 0.012 0.003 0.030 0.003 0.108 0.770 0.072 21 Q 0.005 0.005 0.030 0.005 0.111 0.816 0.028 22 G 0.016 0.007 0.019 0.005 0.538 0.219 0.195 23 L 0.045 0.037 0.006 0.004 0.271 0.044 0.591 24 R 0.183 0.264 0.006 0.002 0.081 0.022 0.442 25 R 0.121 0.061 0.007 0.003 0.222 0.017 0.568 26 Q 0.069 0.044 0.014 0.007 0.159 0.013 0.694 27 S 0.003 0.002 0.677 0.148 0.020 0.099 0.050 28 G 0.002 0.001 0.634 0.127 0.030 0.164 0.042 29 D 0.001 0.011 0.588 0.160 0.066 0.127 0.048 30 I 0.004 0.017 0.023 0.153 0.445 0.035 0.323 31 P 0.003 0.006 0.050 0.375 0.074 0.128 0.363 32 K 0.007 0.011 0.105 0.591 0.061 0.138 0.088 33 N 0.008 0.005 0.138 0.638 0.040 0.092 0.078 34 I 0.011 0.012 0.117 0.693 0.031 0.058 0.076 35 H 0.013 0.004 0.080 0.613 0.043 0.201 0.046 36 D 0.013 0.006 0.079 0.480 0.040 0.324 0.058 37 L 0.006 0.005 0.079 0.498 0.109 0.154 0.148 38 E 0.007 0.008 0.062 0.549 0.099 0.139 0.137 39 D 0.004 0.005 0.028 0.561 0.161 0.152 0.089 40 D 0.002 0.004 0.011 0.405 0.227 0.066 0.285 41 P 0.001 0.001 0.024 0.703 0.028 0.182 0.061 42 F 0.001 0.001 0.030 0.789 0.021 0.137 0.020 43 R 0.002 0.001 0.027 0.877 0.033 0.032 0.029 44 S 0.003 0.002 0.011 0.922 0.014 0.015 0.033 45 L 0.001 0.001 0.003 0.969 0.005 0.010 0.011 46 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.006 0.005 47 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.003 48 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 49 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.003 50 R 0.001 0.001 0.002 0.973 0.002 0.019 0.003 51 M 0.002 0.001 0.006 0.878 0.009 0.097 0.008 52 A 0.001 0.001 0.010 0.348 0.021 0.611 0.009 53 G 0.001 0.001 0.007 0.039 0.034 0.884 0.034 54 G 0.023 0.011 0.015 0.024 0.138 0.087 0.702 55 Y 0.187 0.044 0.043 0.032 0.117 0.048 0.528 56 A 0.229 0.036 0.045 0.035 0.128 0.052 0.475 57 K 0.145 0.025 0.027 0.018 0.206 0.053 0.525 58 V 0.093 0.009 0.012 0.006 0.228 0.050 0.601 59 I 0.073 0.026 0.013 0.006 0.284 0.041 0.558 60 I 0.060 0.021 0.006 0.012 0.188 0.012 0.702 61 P 0.050 0.012 0.071 0.108 0.115 0.106 0.538 62 F 0.039 0.014 0.182 0.169 0.160 0.188 0.248 63 S 0.040 0.013 0.322 0.199 0.146 0.124 0.157 64 E 0.056 0.007 0.246 0.382 0.063 0.086 0.161 65 F 0.111 0.016 0.076 0.474 0.063 0.062 0.197 66 G 0.092 0.029 0.054 0.516 0.045 0.068 0.196 67 W 0.028 0.011 0.029 0.739 0.044 0.048 0.101 68 A 0.010 0.002 0.027 0.828 0.027 0.026 0.080 69 D 0.004 0.001 0.039 0.882 0.015 0.040 0.019 70 F 0.002 0.001 0.030 0.896 0.009 0.046 0.015 71 L 0.003 0.005 0.037 0.864 0.015 0.057 0.019 72 R 0.003 0.002 0.048 0.754 0.025 0.143 0.025 73 R 0.004 0.002 0.043 0.646 0.026 0.246 0.032 74 R 0.004 0.006 0.042 0.441 0.114 0.249 0.144 75 I 0.008 0.035 0.023 0.145 0.174 0.173 0.443 76 D 0.004 0.013 0.023 0.062 0.163 0.102 0.632 77 R 0.002 0.005 0.107 0.297 0.191 0.105 0.293 78 D 0.003 0.002 0.191 0.412 0.059 0.175 0.158 79 L 0.003 0.007 0.291 0.324 0.074 0.186 0.115 80 L 0.006 0.009 0.272 0.289 0.079 0.153 0.192 81 S 0.005 0.005 0.330 0.264 0.063 0.223 0.110 82 D 0.007 0.003 0.236 0.255 0.116 0.312 0.072 83 S 0.007 0.019 0.202 0.208 0.116 0.211 0.237 84 F 0.003 0.006 0.143 0.566 0.072 0.065 0.145 85 D 0.001 0.002 0.076 0.809 0.019 0.048 0.045 86 D 0.001 0.001 0.028 0.882 0.015 0.057 0.016 87 A 0.001 0.001 0.010 0.936 0.007 0.033 0.014 88 L 0.001 0.001 0.002 0.971 0.006 0.011 0.009 89 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.009 0.003 90 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.008 0.002 91 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.011 0.002 92 M 0.001 0.001 0.004 0.964 0.004 0.024 0.004 93 K 0.001 0.001 0.009 0.875 0.005 0.104 0.006 94 L 0.001 0.001 0.020 0.664 0.014 0.277 0.023 95 A 0.003 0.021 0.049 0.412 0.076 0.319 0.121 96 K 0.006 0.013 0.059 0.230 0.145 0.292 0.254 97 S 0.007 0.006 0.061 0.182 0.174 0.076 0.494 98 R 0.001 0.001 0.244 0.578 0.027 0.107 0.041 99 E 0.001 0.001 0.239 0.581 0.033 0.100 0.044 100 A 0.003 0.003 0.561 0.260 0.021 0.067 0.085 101 R 0.002 0.001 0.278 0.192 0.020 0.495 0.012 102 H 0.002 0.001 0.149 0.130 0.020 0.684 0.015 103 L 0.012 0.030 0.044 0.045 0.262 0.068 0.539 104 P 0.023 0.021 0.023 0.016 0.141 0.415 0.361 105 G 0.052 0.016 0.055 0.014 0.221 0.383 0.260 106 W 0.159 0.094 0.057 0.029 0.134 0.129 0.398 107 C 0.249 0.031 0.032 0.032 0.096 0.121 0.439 108 G 0.133 0.016 0.025 0.041 0.297 0.104 0.384 109 V 0.073 0.029 0.020 0.045 0.182 0.097 0.554 110 E 0.037 0.021 0.012 0.036 0.011 0.088 0.795 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998