# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.362 0.390 0.062 0.101 0.042 0.021 0.011 0.005 0.004 0.002 0.001 2 K 0.487 0.153 0.046 0.124 0.082 0.050 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 3 D 0.377 0.298 0.065 0.105 0.065 0.041 0.030 0.011 0.006 0.002 0.001 4 E 0.152 0.363 0.146 0.222 0.071 0.028 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 5 F 0.145 0.070 0.057 0.119 0.107 0.118 0.163 0.098 0.068 0.037 0.018 6 W 0.035 0.034 0.079 0.102 0.108 0.159 0.235 0.112 0.084 0.039 0.014 7 S 0.016 0.057 0.329 0.406 0.116 0.041 0.021 0.007 0.005 0.002 0.001 8 V 0.012 0.053 0.101 0.147 0.142 0.166 0.206 0.086 0.055 0.024 0.008 9 M 0.016 0.023 0.078 0.039 0.030 0.040 0.107 0.130 0.198 0.185 0.152 10 D 0.035 0.085 0.184 0.198 0.172 0.138 0.125 0.035 0.018 0.008 0.003 11 H 0.042 0.119 0.350 0.214 0.118 0.070 0.050 0.018 0.011 0.005 0.002 12 R 0.065 0.092 0.099 0.211 0.181 0.144 0.123 0.041 0.025 0.013 0.007 13 N 0.189 0.119 0.060 0.134 0.120 0.111 0.129 0.063 0.043 0.022 0.010 14 L 0.006 0.021 0.022 0.088 0.106 0.150 0.227 0.142 0.124 0.073 0.040 15 I 0.004 0.005 0.005 0.009 0.011 0.019 0.066 0.119 0.226 0.280 0.256 16 Y 0.007 0.022 0.018 0.085 0.123 0.149 0.229 0.152 0.120 0.064 0.032 17 P 0.011 0.015 0.011 0.024 0.025 0.036 0.089 0.147 0.230 0.231 0.182 18 F 0.015 0.020 0.015 0.087 0.137 0.160 0.219 0.143 0.115 0.062 0.025 19 D 0.053 0.091 0.041 0.125 0.113 0.126 0.165 0.115 0.093 0.051 0.026 20 A 0.205 0.138 0.079 0.162 0.124 0.093 0.084 0.044 0.037 0.023 0.011 21 Q 0.379 0.190 0.064 0.139 0.080 0.054 0.048 0.021 0.014 0.007 0.004 22 G 0.324 0.115 0.037 0.084 0.069 0.064 0.083 0.064 0.072 0.055 0.033 23 L 0.129 0.206 0.067 0.172 0.135 0.109 0.092 0.039 0.028 0.014 0.008 24 R 0.113 0.090 0.056 0.133 0.128 0.119 0.135 0.081 0.073 0.045 0.028 25 R 0.068 0.067 0.046 0.116 0.142 0.143 0.170 0.099 0.077 0.046 0.027 26 Q 0.154 0.253 0.095 0.202 0.125 0.076 0.052 0.019 0.013 0.007 0.004 27 S 0.084 0.061 0.029 0.090 0.116 0.123 0.174 0.117 0.099 0.066 0.042 28 G 0.480 0.157 0.064 0.111 0.070 0.046 0.040 0.014 0.010 0.005 0.002 29 D 0.146 0.270 0.136 0.263 0.113 0.044 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 30 I 0.004 0.006 0.004 0.012 0.021 0.043 0.128 0.159 0.212 0.207 0.204 31 P 0.039 0.089 0.052 0.151 0.201 0.207 0.168 0.052 0.026 0.009 0.005 32 K 0.635 0.159 0.118 0.068 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.068 0.100 0.065 0.207 0.210 0.184 0.120 0.027 0.012 0.005 0.002 34 I 0.003 0.003 0.005 0.009 0.010 0.021 0.073 0.113 0.222 0.247 0.294 35 H 0.071 0.171 0.146 0.230 0.165 0.119 0.071 0.016 0.007 0.003 0.001 36 D 0.288 0.271 0.239 0.138 0.042 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.008 0.005 0.003 0.010 0.017 0.038 0.119 0.134 0.208 0.222 0.236 38 E 0.353 0.277 0.082 0.132 0.069 0.043 0.026 0.008 0.005 0.002 0.002 39 D 0.133 0.135 0.073 0.149 0.139 0.134 0.119 0.049 0.035 0.021 0.013 40 D 0.019 0.044 0.034 0.079 0.101 0.142 0.209 0.141 0.114 0.072 0.045 41 P 0.240 0.153 0.039 0.125 0.112 0.103 0.099 0.050 0.041 0.025 0.015 42 F 0.026 0.022 0.011 0.046 0.064 0.103 0.193 0.155 0.173 0.129 0.078 43 R 0.028 0.036 0.039 0.097 0.109 0.133 0.190 0.120 0.123 0.080 0.044 44 S 0.019 0.039 0.060 0.111 0.092 0.103 0.172 0.137 0.124 0.089 0.053 45 L 0.001 0.004 0.012 0.026 0.029 0.045 0.139 0.170 0.248 0.201 0.125 46 A 0.001 0.004 0.026 0.028 0.031 0.057 0.140 0.142 0.206 0.202 0.162 47 G 0.004 0.010 0.092 0.129 0.132 0.141 0.190 0.112 0.099 0.065 0.026 48 A 0.001 0.009 0.062 0.067 0.064 0.096 0.242 0.173 0.149 0.090 0.047 49 L 0.001 0.002 0.014 0.011 0.008 0.011 0.038 0.076 0.201 0.318 0.320 50 R 0.002 0.013 0.039 0.118 0.188 0.202 0.228 0.109 0.064 0.028 0.010 51 M 0.017 0.057 0.213 0.176 0.144 0.132 0.123 0.063 0.044 0.021 0.010 52 A 0.026 0.035 0.035 0.101 0.119 0.160 0.257 0.125 0.081 0.043 0.018 53 G 0.357 0.177 0.055 0.116 0.072 0.060 0.069 0.035 0.029 0.019 0.011 54 G 0.182 0.146 0.055 0.110 0.082 0.078 0.101 0.073 0.077 0.056 0.040 55 Y 0.096 0.062 0.023 0.065 0.066 0.084 0.148 0.122 0.142 0.103 0.088 56 A 0.225 0.190 0.068 0.160 0.111 0.084 0.073 0.035 0.028 0.015 0.010 57 K 0.266 0.194 0.088 0.161 0.109 0.070 0.051 0.025 0.019 0.011 0.007 58 V 0.246 0.113 0.056 0.110 0.097 0.102 0.107 0.061 0.054 0.034 0.022 59 I 0.050 0.060 0.038 0.111 0.123 0.133 0.183 0.109 0.093 0.061 0.040 60 I 0.085 0.135 0.067 0.155 0.134 0.109 0.130 0.071 0.058 0.035 0.021 61 P 0.060 0.033 0.017 0.055 0.074 0.104 0.181 0.146 0.148 0.112 0.071 62 F 0.078 0.033 0.019 0.065 0.083 0.107 0.182 0.136 0.136 0.098 0.065 63 S 0.055 0.071 0.041 0.100 0.099 0.112 0.165 0.122 0.115 0.075 0.045 64 E 0.017 0.031 0.032 0.074 0.076 0.107 0.181 0.144 0.156 0.118 0.065 65 F 0.026 0.037 0.060 0.062 0.049 0.068 0.161 0.146 0.183 0.129 0.079 66 G 0.045 0.079 0.144 0.171 0.129 0.119 0.149 0.078 0.051 0.025 0.010 67 W 0.001 0.006 0.022 0.038 0.034 0.041 0.135 0.146 0.230 0.204 0.142 68 A 0.002 0.002 0.020 0.014 0.016 0.030 0.111 0.133 0.217 0.239 0.215 69 D 0.008 0.017 0.186 0.267 0.201 0.147 0.105 0.035 0.021 0.011 0.004 70 F 0.001 0.009 0.086 0.057 0.059 0.100 0.253 0.166 0.145 0.085 0.040 71 L 0.001 0.002 0.016 0.013 0.012 0.017 0.067 0.104 0.229 0.285 0.255 72 R 0.002 0.008 0.037 0.057 0.091 0.151 0.290 0.167 0.118 0.058 0.022 73 R 0.017 0.053 0.313 0.231 0.154 0.101 0.073 0.029 0.017 0.008 0.004 74 R 0.011 0.022 0.036 0.055 0.078 0.147 0.311 0.153 0.107 0.058 0.022 75 I 0.027 0.016 0.018 0.025 0.029 0.050 0.133 0.142 0.201 0.200 0.160 76 D 0.143 0.273 0.162 0.173 0.097 0.060 0.046 0.019 0.014 0.008 0.004 77 R 0.167 0.114 0.099 0.167 0.130 0.119 0.103 0.046 0.032 0.016 0.006 78 D 0.565 0.180 0.065 0.085 0.042 0.024 0.019 0.008 0.006 0.004 0.003 79 L 0.066 0.059 0.038 0.092 0.106 0.128 0.173 0.111 0.105 0.069 0.053 80 L 0.053 0.067 0.054 0.079 0.083 0.106 0.159 0.111 0.122 0.096 0.069 81 S 0.163 0.187 0.133 0.186 0.135 0.088 0.064 0.023 0.013 0.005 0.003 82 D 0.369 0.134 0.132 0.148 0.089 0.054 0.043 0.015 0.009 0.005 0.002 83 S 0.064 0.240 0.070 0.155 0.134 0.111 0.093 0.047 0.039 0.026 0.022 84 F 0.008 0.010 0.008 0.024 0.047 0.089 0.175 0.164 0.200 0.158 0.116 85 D 0.433 0.178 0.117 0.124 0.073 0.042 0.024 0.005 0.003 0.001 0.001 86 D 0.151 0.177 0.251 0.290 0.089 0.028 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 87 A 0.002 0.004 0.008 0.010 0.011 0.026 0.095 0.127 0.228 0.241 0.249 88 L 0.001 0.002 0.013 0.023 0.058 0.162 0.317 0.191 0.132 0.068 0.034 89 A 0.019 0.037 0.820 0.088 0.024 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.002 0.013 0.104 0.176 0.233 0.247 0.169 0.036 0.014 0.006 0.002 91 A 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.031 0.071 0.208 0.304 0.370 92 M 0.001 0.005 0.037 0.080 0.157 0.250 0.289 0.100 0.052 0.021 0.007 93 K 0.016 0.043 0.783 0.097 0.035 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 94 L 0.002 0.006 0.019 0.034 0.074 0.165 0.371 0.146 0.099 0.058 0.028 95 A 0.003 0.002 0.006 0.003 0.004 0.008 0.048 0.088 0.207 0.295 0.335 96 K 0.034 0.139 0.212 0.228 0.169 0.105 0.064 0.021 0.014 0.009 0.006 97 S 0.038 0.099 0.256 0.165 0.131 0.121 0.107 0.039 0.028 0.011 0.005 98 R 0.433 0.121 0.080 0.125 0.085 0.061 0.055 0.018 0.011 0.007 0.004 99 E 0.285 0.234 0.113 0.170 0.081 0.048 0.040 0.013 0.008 0.004 0.003 100 A 0.010 0.006 0.009 0.013 0.019 0.040 0.099 0.130 0.215 0.218 0.242 101 R 0.100 0.157 0.160 0.237 0.156 0.102 0.059 0.016 0.008 0.004 0.002 102 H 0.063 0.160 0.235 0.219 0.142 0.094 0.055 0.017 0.010 0.004 0.002 103 L 0.006 0.007 0.008 0.020 0.028 0.050 0.130 0.149 0.206 0.204 0.192 104 P 0.126 0.115 0.042 0.100 0.097 0.108 0.149 0.094 0.083 0.053 0.033 105 G 0.175 0.094 0.049 0.091 0.075 0.074 0.112 0.088 0.107 0.080 0.055 106 W 0.052 0.049 0.027 0.082 0.102 0.122 0.173 0.125 0.123 0.087 0.058 107 C 0.068 0.098 0.041 0.114 0.110 0.114 0.150 0.107 0.097 0.062 0.038 108 G 0.275 0.159 0.053 0.121 0.102 0.090 0.085 0.047 0.035 0.021 0.013 109 V 0.311 0.166 0.073 0.142 0.098 0.071 0.062 0.032 0.024 0.014 0.007 110 E 0.437 0.233 0.053 0.117 0.069 0.039 0.025 0.011 0.008 0.005 0.003 111 E 0.455 0.149 0.041 0.114 0.076 0.056 0.045 0.024 0.020 0.012 0.008