# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.134 0.843 2 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 3 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.067 0.925 4 E 0.108 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.181 0.688 5 F 0.193 0.286 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.052 0.449 6 W 0.113 0.619 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.040 0.209 7 S 0.034 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.154 8 V 0.033 0.886 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.068 9 M 0.033 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.031 10 D 0.061 0.811 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.009 0.062 11 H 0.198 0.535 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.087 0.009 0.158 12 R 0.282 0.314 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.139 0.017 0.220 13 N 0.248 0.062 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.108 0.091 0.336 14 L 0.024 0.007 0.130 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.244 0.004 0.163 0.390 15 I 0.014 0.004 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.665 0.002 0.047 0.251 16 Y 0.011 0.008 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.002 0.011 0.006 0.004 0.465 0.002 0.093 0.363 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.981 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.331 0.005 0.248 0.377 19 D 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.792 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.020 0.095 20 A 0.128 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.008 0.118 0.663 21 Q 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.801 0.160 22 G 0.404 0.013 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.405 0.064 0.092 23 L 0.138 0.093 0.089 0.018 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.023 0.341 0.242 24 R 0.005 0.014 0.033 0.006 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.045 0.003 0.048 0.791 25 R 0.009 0.012 0.003 0.001 0.012 0.631 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.002 0.037 0.224 26 Q 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.003 0.127 0.762 27 S 0.034 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.019 0.107 0.660 28 G 0.073 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.014 0.086 0.776 29 D 0.472 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 0.092 0.364 30 I 0.405 0.124 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.017 0.049 0.379 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 K 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.100 0.828 33 N 0.211 0.207 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.013 0.062 0.467 34 I 0.287 0.315 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.018 0.011 0.308 35 H 0.120 0.226 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.070 0.019 0.169 0.378 36 D 0.225 0.136 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.051 0.058 0.478 37 L 0.496 0.096 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.016 0.048 0.265 38 E 0.145 0.135 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.013 0.206 0.404 39 D 0.179 0.081 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.029 0.084 0.547 40 D 0.268 0.098 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.114 0.463 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 42 F 0.014 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.312 0.611 43 R 0.129 0.136 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.295 0.413 44 S 0.030 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.024 0.188 45 L 0.020 0.835 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.019 0.111 46 A 0.012 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.010 0.059 47 G 0.007 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.006 0.055 48 A 0.013 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.042 49 L 0.007 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.031 50 R 0.009 0.928 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.039 51 M 0.015 0.916 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.050 52 A 0.043 0.799 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.002 0.071 53 G 0.317 0.252 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.108 0.009 0.251 54 G 0.019 0.017 0.734 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 0.191 55 Y 0.055 0.019 0.028 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.005 0.070 0.673 56 A 0.079 0.019 0.004 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.007 0.095 0.697 57 K 0.073 0.029 0.009 0.005 0.013 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.006 0.094 0.678 58 V 0.099 0.041 0.002 0.001 0.008 0.008 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 0.006 0.039 0.602 59 I 0.066 0.077 0.008 0.001 0.004 0.006 0.023 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.267 0.008 0.033 0.484 60 I 0.044 0.071 0.020 0.003 0.006 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.299 0.004 0.063 0.457 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 62 F 0.009 0.025 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.004 0.089 0.574 63 S 0.066 0.080 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.007 0.096 0.625 64 E 0.251 0.100 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.011 0.055 0.521 65 F 0.230 0.298 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.012 0.056 0.335 66 G 0.126 0.241 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.010 0.150 0.424 67 W 0.025 0.312 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.006 0.030 0.512 68 A 0.038 0.423 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.010 0.053 0.384 69 D 0.045 0.560 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.005 0.078 0.289 70 F 0.016 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.084 71 L 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.029 72 R 0.011 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.030 73 R 0.044 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.051 74 R 0.106 0.795 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.053 75 I 0.116 0.579 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.006 0.208 76 D 0.032 0.291 0.067 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.019 0.043 0.498 77 R 0.091 0.129 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.035 0.694 78 D 0.045 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.218 0.606 79 L 0.246 0.119 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 0.164 0.402 80 L 0.195 0.389 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.100 0.277 81 S 0.238 0.285 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.032 0.073 0.307 82 D 0.230 0.170 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.052 0.510 83 S 0.117 0.094 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.042 0.229 0.494 84 F 0.286 0.086 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.027 0.094 0.465 85 D 0.033 0.132 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.295 0.510 86 D 0.061 0.127 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.213 0.583 87 A 0.083 0.598 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.040 0.267 88 L 0.045 0.802 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.120 89 A 0.014 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.126 90 E 0.011 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.135 91 A 0.016 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.048 92 M 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 93 K 0.010 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.054 94 L 0.031 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.059 95 A 0.063 0.863 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.046 96 K 0.101 0.707 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.008 0.113 97 S 0.170 0.465 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.045 0.011 0.268 98 R 0.050 0.199 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.050 0.662 99 E 0.079 0.203 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.292 0.371 100 A 0.335 0.289 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.107 0.215 101 R 0.334 0.483 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.018 0.131 102 H 0.334 0.212 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.129 0.020 0.268 103 L 0.697 0.077 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.005 0.146 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 105 G 0.013 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.004 0.067 0.756 106 W 0.291 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.005 0.082 0.449 107 C 0.052 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.259 0.005 0.102 0.534 108 G 0.104 0.014 0.021 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.003 0.002 0.161 0.014 0.096 0.554 109 V 0.110 0.014 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.088 0.005 0.099 0.656 110 E 0.038 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.004 0.081 0.792 111 E 0.053 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.008 0.076 0.784