# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.046 0.003 0.004 0.016 0.016 0.021 0.088 0.002 0.001 0.004 0.800 2 K 0.032 0.001 0.004 0.007 0.003 0.005 0.077 0.001 0.001 0.003 0.866 3 D 0.018 0.002 0.001 0.009 0.003 0.005 0.146 0.001 0.001 0.004 0.813 4 E 0.051 0.009 0.001 0.006 0.003 0.003 0.251 0.001 0.001 0.007 0.669 5 F 0.051 0.103 0.001 0.010 0.007 0.019 0.390 0.001 0.001 0.012 0.405 6 W 0.058 0.559 0.001 0.023 0.023 0.062 0.099 0.002 0.001 0.007 0.166 7 S 0.037 0.718 0.001 0.004 0.011 0.022 0.032 0.003 0.001 0.002 0.170 8 V 0.075 0.816 0.001 0.002 0.008 0.009 0.003 0.006 0.001 0.001 0.081 9 M 0.060 0.872 0.003 0.001 0.004 0.005 0.003 0.005 0.001 0.001 0.046 10 D 0.024 0.834 0.004 0.005 0.017 0.021 0.009 0.020 0.001 0.001 0.066 11 H 0.110 0.606 0.007 0.003 0.009 0.016 0.025 0.038 0.001 0.003 0.183 12 R 0.327 0.412 0.025 0.008 0.009 0.011 0.038 0.044 0.001 0.005 0.121 13 N 0.338 0.134 0.059 0.027 0.026 0.023 0.074 0.053 0.001 0.015 0.251 14 L 0.083 0.082 0.343 0.057 0.050 0.061 0.085 0.009 0.001 0.007 0.224 15 I 0.024 0.059 0.029 0.152 0.160 0.299 0.038 0.005 0.001 0.003 0.230 16 Y 0.018 0.018 0.004 0.143 0.201 0.323 0.041 0.002 0.001 0.002 0.248 17 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.948 18 F 0.007 0.003 0.001 0.123 0.147 0.427 0.109 0.001 0.001 0.003 0.180 19 D 0.048 0.012 0.001 0.106 0.105 0.158 0.176 0.002 0.001 0.012 0.379 20 A 0.108 0.043 0.001 0.062 0.050 0.056 0.195 0.003 0.001 0.018 0.464 21 Q 0.150 0.020 0.002 0.013 0.011 0.018 0.514 0.002 0.001 0.030 0.238 22 G 0.363 0.027 0.010 0.018 0.011 0.012 0.262 0.005 0.001 0.052 0.240 23 L 0.151 0.052 0.113 0.011 0.014 0.020 0.329 0.001 0.001 0.013 0.295 24 R 0.007 0.010 0.005 0.008 0.014 0.026 0.049 0.001 0.001 0.001 0.880 25 R 0.026 0.015 0.001 0.023 0.036 0.126 0.084 0.001 0.001 0.003 0.685 26 Q 0.105 0.023 0.001 0.005 0.021 0.023 0.041 0.001 0.001 0.001 0.779 27 S 0.078 0.070 0.001 0.016 0.023 0.047 0.040 0.002 0.001 0.003 0.719 28 G 0.105 0.047 0.002 0.009 0.007 0.016 0.135 0.003 0.001 0.004 0.671 29 D 0.548 0.065 0.005 0.022 0.009 0.012 0.079 0.010 0.001 0.009 0.240 30 I 0.384 0.107 0.015 0.021 0.011 0.016 0.119 0.008 0.001 0.004 0.316 31 P 0.010 0.005 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.964 32 K 0.020 0.008 0.005 0.021 0.007 0.023 0.126 0.001 0.001 0.003 0.787 33 N 0.109 0.009 0.001 0.015 0.012 0.011 0.206 0.003 0.001 0.004 0.630 34 I 0.246 0.091 0.006 0.053 0.014 0.028 0.048 0.002 0.001 0.007 0.505 35 H 0.034 0.097 0.002 0.061 0.034 0.088 0.209 0.002 0.001 0.004 0.467 36 D 0.221 0.060 0.001 0.021 0.012 0.012 0.080 0.008 0.001 0.005 0.581 37 L 0.518 0.177 0.013 0.022 0.006 0.010 0.027 0.006 0.001 0.005 0.216 38 E 0.090 0.116 0.014 0.055 0.038 0.048 0.218 0.024 0.001 0.010 0.389 39 D 0.205 0.037 0.016 0.032 0.012 0.021 0.096 0.012 0.001 0.013 0.554 40 D 0.246 0.033 0.009 0.023 0.011 0.013 0.220 0.008 0.001 0.006 0.431 41 P 0.015 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.938 42 F 0.016 0.008 0.003 0.019 0.013 0.032 0.627 0.001 0.001 0.015 0.265 43 R 0.296 0.058 0.004 0.070 0.033 0.077 0.217 0.004 0.001 0.034 0.208 44 S 0.100 0.388 0.002 0.069 0.026 0.036 0.044 0.003 0.001 0.003 0.330 45 L 0.045 0.320 0.003 0.033 0.048 0.053 0.050 0.003 0.001 0.003 0.441 46 A 0.067 0.485 0.005 0.062 0.045 0.138 0.046 0.007 0.001 0.006 0.139 47 G 0.034 0.616 0.006 0.047 0.050 0.103 0.039 0.007 0.001 0.003 0.096 48 A 0.043 0.656 0.004 0.019 0.023 0.036 0.026 0.007 0.001 0.001 0.186 49 L 0.073 0.629 0.005 0.023 0.043 0.056 0.017 0.008 0.001 0.001 0.145 50 R 0.035 0.645 0.009 0.028 0.031 0.085 0.032 0.007 0.001 0.003 0.124 51 M 0.050 0.594 0.013 0.011 0.028 0.062 0.036 0.012 0.001 0.002 0.192 52 A 0.094 0.559 0.004 0.012 0.017 0.024 0.026 0.020 0.001 0.001 0.243 53 G 0.207 0.294 0.009 0.009 0.012 0.013 0.058 0.034 0.001 0.007 0.356 54 G 0.171 0.198 0.184 0.007 0.006 0.009 0.075 0.004 0.001 0.006 0.340 55 Y 0.028 0.163 0.015 0.017 0.020 0.031 0.115 0.004 0.001 0.002 0.606 56 A 0.071 0.145 0.003 0.022 0.016 0.021 0.043 0.002 0.001 0.002 0.675 57 K 0.106 0.186 0.003 0.010 0.011 0.019 0.040 0.003 0.001 0.003 0.619 58 V 0.189 0.307 0.008 0.017 0.016 0.035 0.041 0.005 0.001 0.003 0.379 59 I 0.195 0.241 0.007 0.018 0.015 0.036 0.020 0.009 0.001 0.002 0.457 60 I 0.120 0.286 0.013 0.065 0.029 0.116 0.031 0.008 0.001 0.001 0.331 61 P 0.006 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 62 F 0.107 0.131 0.006 0.050 0.010 0.064 0.118 0.003 0.001 0.004 0.506 63 S 0.056 0.126 0.002 0.015 0.010 0.011 0.040 0.003 0.001 0.001 0.737 64 E 0.068 0.601 0.001 0.014 0.005 0.010 0.059 0.002 0.001 0.001 0.238 65 F 0.089 0.515 0.003 0.010 0.009 0.017 0.082 0.006 0.001 0.005 0.264 66 G 0.093 0.679 0.007 0.004 0.002 0.004 0.087 0.002 0.001 0.003 0.120 67 W 0.017 0.824 0.007 0.002 0.002 0.004 0.037 0.003 0.001 0.001 0.104 68 A 0.009 0.900 0.001 0.003 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.070 69 D 0.010 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.060 70 F 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.036 71 L 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 R 0.018 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.017 73 R 0.056 0.893 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.029 74 R 0.133 0.754 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.052 75 I 0.117 0.640 0.070 0.003 0.002 0.003 0.005 0.044 0.001 0.001 0.115 76 D 0.080 0.201 0.046 0.015 0.008 0.013 0.050 0.093 0.001 0.001 0.492 77 R 0.157 0.125 0.045 0.026 0.005 0.009 0.043 0.010 0.001 0.003 0.576 78 D 0.069 0.052 0.005 0.010 0.003 0.003 0.123 0.005 0.001 0.003 0.728 79 L 0.160 0.059 0.014 0.022 0.008 0.009 0.190 0.005 0.001 0.014 0.519 80 L 0.165 0.137 0.007 0.041 0.019 0.034 0.270 0.010 0.001 0.014 0.303 81 S 0.274 0.160 0.007 0.028 0.013 0.022 0.143 0.013 0.001 0.011 0.328 82 D 0.155 0.119 0.012 0.018 0.004 0.006 0.047 0.010 0.001 0.005 0.623 83 S 0.257 0.027 0.011 0.005 0.003 0.004 0.284 0.013 0.001 0.010 0.388 84 F 0.190 0.019 0.062 0.013 0.002 0.003 0.111 0.004 0.001 0.012 0.583 85 D 0.012 0.022 0.002 0.010 0.001 0.002 0.306 0.001 0.001 0.003 0.641 86 D 0.025 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.179 0.001 0.001 0.004 0.760 87 A 0.101 0.367 0.001 0.003 0.001 0.003 0.253 0.004 0.001 0.009 0.258 88 L 0.100 0.608 0.001 0.002 0.001 0.003 0.197 0.011 0.001 0.007 0.070 89 A 0.020 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.060 90 E 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 91 A 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.010 92 M 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.007 93 K 0.012 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 94 L 0.027 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.020 95 A 0.074 0.865 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.018 96 K 0.055 0.810 0.037 0.004 0.002 0.004 0.010 0.044 0.001 0.001 0.034 97 S 0.098 0.631 0.016 0.007 0.002 0.004 0.008 0.045 0.001 0.001 0.187 98 R 0.039 0.238 0.008 0.003 0.001 0.001 0.018 0.008 0.001 0.001 0.683 99 E 0.088 0.237 0.007 0.007 0.006 0.007 0.253 0.010 0.001 0.009 0.374 100 A 0.151 0.462 0.018 0.013 0.009 0.017 0.119 0.011 0.001 0.008 0.192 101 R 0.089 0.676 0.002 0.013 0.007 0.019 0.038 0.010 0.001 0.003 0.143 102 H 0.305 0.391 0.005 0.006 0.006 0.008 0.008 0.019 0.001 0.001 0.250 103 L 0.406 0.277 0.017 0.013 0.014 0.019 0.011 0.020 0.001 0.001 0.223 104 P 0.005 0.005 0.006 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.970 105 G 0.032 0.008 0.006 0.042 0.034 0.068 0.076 0.003 0.001 0.002 0.729 106 W 0.262 0.017 0.006 0.050 0.023 0.044 0.058 0.003 0.001 0.005 0.533 107 C 0.071 0.035 0.003 0.078 0.035 0.064 0.067 0.002 0.001 0.002 0.642 108 G 0.053 0.011 0.003 0.067 0.035 0.066 0.081 0.001 0.001 0.004 0.678 109 V 0.059 0.010 0.004 0.056 0.022 0.046 0.068 0.001 0.001 0.004 0.728 110 E 0.026 0.008 0.002 0.032 0.028 0.048 0.074 0.001 0.001 0.003 0.776 111 E 0.059 0.012 0.002 0.028 0.033 0.051 0.089 0.001 0.001 0.006 0.719