# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 K 0.010 0.013 0.008 0.100 0.009 0.034 0.826 3 D 0.010 0.006 0.036 0.480 0.129 0.110 0.230 4 E 0.013 0.008 0.053 0.583 0.071 0.091 0.182 5 F 0.007 0.003 0.020 0.868 0.014 0.027 0.060 6 W 0.005 0.001 0.021 0.905 0.013 0.016 0.039 7 S 0.009 0.001 0.038 0.880 0.014 0.028 0.031 8 V 0.011 0.002 0.034 0.893 0.008 0.034 0.018 9 M 0.031 0.017 0.038 0.754 0.034 0.069 0.058 10 D 0.019 0.006 0.035 0.608 0.033 0.205 0.094 11 H 0.009 0.002 0.045 0.267 0.060 0.577 0.041 12 R 0.010 0.002 0.029 0.024 0.106 0.728 0.100 13 N 0.023 0.002 0.023 0.003 0.359 0.326 0.265 14 L 0.288 0.039 0.011 0.002 0.160 0.027 0.472 15 I 0.651 0.071 0.004 0.002 0.024 0.009 0.239 16 Y 0.729 0.038 0.005 0.002 0.035 0.009 0.182 17 P 0.634 0.011 0.013 0.005 0.055 0.061 0.221 18 F 0.374 0.073 0.011 0.005 0.143 0.091 0.304 19 D 0.091 0.030 0.007 0.002 0.100 0.025 0.746 20 A 0.014 0.008 0.028 0.006 0.121 0.741 0.082 21 Q 0.005 0.005 0.020 0.003 0.085 0.840 0.042 22 G 0.018 0.020 0.030 0.004 0.475 0.195 0.258 23 L 0.039 0.061 0.006 0.003 0.124 0.026 0.742 24 R 0.075 0.183 0.007 0.002 0.085 0.034 0.613 25 R 0.044 0.077 0.018 0.004 0.157 0.056 0.643 26 Q 0.026 0.025 0.030 0.011 0.127 0.057 0.723 27 S 0.002 0.002 0.527 0.155 0.018 0.255 0.040 28 G 0.002 0.001 0.412 0.184 0.034 0.339 0.028 29 D 0.005 0.007 0.583 0.132 0.064 0.160 0.050 30 I 0.039 0.040 0.026 0.094 0.509 0.024 0.269 31 P 0.051 0.054 0.056 0.063 0.043 0.047 0.686 32 K 0.037 0.027 0.345 0.198 0.087 0.226 0.078 33 N 0.048 0.016 0.364 0.172 0.072 0.229 0.098 34 I 0.026 0.011 0.613 0.134 0.039 0.071 0.106 35 H 0.016 0.005 0.386 0.175 0.060 0.246 0.112 36 D 0.024 0.007 0.329 0.141 0.070 0.328 0.101 37 L 0.041 0.018 0.237 0.132 0.136 0.082 0.355 38 E 0.037 0.023 0.170 0.144 0.106 0.174 0.346 39 D 0.027 0.017 0.047 0.122 0.307 0.151 0.329 40 D 0.015 0.010 0.009 0.029 0.206 0.020 0.712 41 P 0.004 0.003 0.089 0.473 0.058 0.316 0.058 42 F 0.004 0.002 0.045 0.687 0.034 0.202 0.026 43 R 0.007 0.005 0.018 0.851 0.041 0.031 0.047 44 S 0.007 0.004 0.005 0.926 0.008 0.014 0.036 45 L 0.010 0.002 0.006 0.955 0.003 0.014 0.011 46 A 0.007 0.001 0.010 0.970 0.002 0.006 0.005 47 G 0.004 0.001 0.005 0.981 0.001 0.006 0.002 48 A 0.004 0.001 0.003 0.983 0.001 0.006 0.002 49 L 0.011 0.002 0.004 0.965 0.002 0.013 0.004 50 R 0.011 0.001 0.008 0.933 0.006 0.035 0.006 51 M 0.011 0.001 0.008 0.886 0.016 0.065 0.013 52 A 0.007 0.003 0.018 0.511 0.033 0.404 0.025 53 G 0.003 0.001 0.011 0.052 0.068 0.809 0.055 54 G 0.035 0.011 0.035 0.028 0.197 0.199 0.495 55 Y 0.197 0.040 0.068 0.031 0.198 0.086 0.381 56 A 0.224 0.022 0.055 0.027 0.139 0.065 0.469 57 K 0.223 0.016 0.026 0.013 0.197 0.027 0.497 58 V 0.161 0.014 0.007 0.006 0.065 0.026 0.722 59 I 0.135 0.033 0.005 0.005 0.088 0.025 0.710 60 I 0.134 0.037 0.002 0.007 0.159 0.010 0.651 61 P 0.141 0.023 0.007 0.027 0.089 0.027 0.686 62 F 0.079 0.021 0.132 0.230 0.065 0.119 0.354 63 S 0.049 0.011 0.242 0.307 0.097 0.147 0.147 64 E 0.052 0.006 0.206 0.448 0.082 0.100 0.106 65 F 0.103 0.013 0.072 0.552 0.097 0.044 0.119 66 G 0.107 0.022 0.042 0.579 0.050 0.069 0.133 67 W 0.023 0.003 0.031 0.879 0.008 0.028 0.027 68 A 0.008 0.001 0.017 0.943 0.006 0.008 0.017 69 D 0.003 0.001 0.015 0.966 0.002 0.008 0.006 70 F 0.003 0.001 0.021 0.957 0.002 0.013 0.003 71 L 0.004 0.001 0.017 0.948 0.002 0.024 0.004 72 R 0.006 0.002 0.031 0.858 0.008 0.084 0.011 73 R 0.005 0.001 0.020 0.751 0.016 0.188 0.018 74 R 0.009 0.005 0.019 0.473 0.069 0.229 0.196 75 I 0.011 0.025 0.010 0.166 0.177 0.071 0.541 76 D 0.008 0.009 0.010 0.059 0.067 0.040 0.807 77 R 0.001 0.001 0.239 0.466 0.036 0.194 0.063 78 D 0.001 0.001 0.317 0.383 0.034 0.216 0.048 79 L 0.002 0.005 0.479 0.251 0.024 0.164 0.074 80 L 0.004 0.024 0.172 0.307 0.078 0.207 0.207 81 S 0.005 0.008 0.137 0.236 0.108 0.217 0.289 82 D 0.003 0.004 0.109 0.276 0.198 0.301 0.110 83 S 0.004 0.017 0.104 0.285 0.111 0.270 0.208 84 F 0.002 0.004 0.062 0.619 0.050 0.053 0.210 85 D 0.001 0.001 0.029 0.931 0.004 0.025 0.012 86 D 0.001 0.001 0.020 0.955 0.002 0.020 0.003 87 A 0.001 0.001 0.024 0.957 0.001 0.014 0.004 88 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.006 0.003 89 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.022 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.020 0.003 92 M 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.013 0.003 93 K 0.001 0.001 0.012 0.935 0.002 0.048 0.003 94 L 0.001 0.001 0.022 0.804 0.005 0.161 0.008 95 A 0.001 0.004 0.023 0.666 0.030 0.218 0.058 96 K 0.002 0.009 0.017 0.389 0.094 0.281 0.208 97 S 0.003 0.003 0.026 0.244 0.250 0.082 0.392 98 R 0.001 0.001 0.118 0.542 0.082 0.218 0.038 99 E 0.004 0.004 0.204 0.486 0.036 0.226 0.040 100 A 0.013 0.017 0.488 0.290 0.032 0.089 0.071 101 R 0.026 0.012 0.374 0.243 0.070 0.191 0.084 102 H 0.037 0.010 0.256 0.213 0.084 0.329 0.071 103 L 0.067 0.017 0.037 0.044 0.436 0.044 0.355 104 P 0.076 0.022 0.086 0.060 0.147 0.203 0.406 105 G 0.154 0.023 0.079 0.037 0.194 0.226 0.287 106 W 0.185 0.046 0.091 0.038 0.136 0.138 0.366 107 C 0.143 0.032 0.048 0.036 0.179 0.137 0.424 108 G 0.048 0.015 0.031 0.015 0.357 0.108 0.426 109 V 0.027 0.012 0.025 0.011 0.211 0.104 0.610 110 E 0.017 0.017 0.020 0.010 0.052 0.059 0.825 111 E 0.003 0.001 0.003 0.002 0.008 0.003 0.980