# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.831 0.132 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 2 K 0.635 0.199 0.106 0.045 0.013 0.003 0.001 3 D 0.732 0.169 0.066 0.024 0.007 0.001 0.001 4 E 0.613 0.270 0.081 0.026 0.008 0.002 0.001 5 F 0.220 0.181 0.205 0.213 0.135 0.043 0.002 6 W 0.201 0.168 0.242 0.225 0.129 0.033 0.002 7 S 0.366 0.414 0.165 0.044 0.009 0.002 0.001 8 V 0.204 0.308 0.274 0.149 0.050 0.014 0.001 9 M 0.079 0.072 0.121 0.286 0.328 0.109 0.005 10 D 0.276 0.316 0.225 0.126 0.046 0.010 0.001 11 H 0.637 0.260 0.069 0.025 0.006 0.002 0.001 12 R 0.194 0.277 0.273 0.184 0.059 0.012 0.001 13 N 0.204 0.293 0.238 0.173 0.073 0.018 0.002 14 L 0.035 0.055 0.101 0.210 0.308 0.249 0.042 15 I 0.014 0.024 0.043 0.095 0.222 0.450 0.153 16 Y 0.022 0.042 0.083 0.166 0.261 0.312 0.115 17 P 0.027 0.047 0.077 0.155 0.252 0.326 0.117 18 F 0.043 0.090 0.166 0.273 0.258 0.145 0.025 19 D 0.156 0.267 0.265 0.200 0.083 0.026 0.003 20 A 0.441 0.276 0.151 0.086 0.035 0.010 0.001 21 Q 0.622 0.252 0.081 0.033 0.010 0.003 0.001 22 G 0.281 0.236 0.206 0.171 0.083 0.023 0.001 23 L 0.318 0.313 0.199 0.117 0.043 0.010 0.001 24 R 0.252 0.296 0.219 0.154 0.064 0.015 0.001 25 R 0.197 0.222 0.246 0.210 0.096 0.027 0.002 26 Q 0.323 0.334 0.196 0.104 0.034 0.007 0.001 27 S 0.168 0.236 0.269 0.214 0.090 0.023 0.001 28 G 0.603 0.270 0.085 0.032 0.009 0.002 0.001 29 D 0.319 0.390 0.204 0.071 0.014 0.002 0.001 30 I 0.046 0.063 0.136 0.338 0.322 0.094 0.002 31 P 0.112 0.294 0.325 0.199 0.061 0.010 0.001 32 K 0.541 0.336 0.090 0.026 0.006 0.001 0.001 33 N 0.135 0.260 0.303 0.221 0.068 0.011 0.001 34 I 0.030 0.044 0.124 0.321 0.351 0.125 0.003 35 H 0.250 0.370 0.248 0.103 0.024 0.004 0.001 36 D 0.410 0.421 0.126 0.036 0.007 0.001 0.001 37 L 0.060 0.082 0.161 0.320 0.270 0.101 0.006 38 E 0.409 0.331 0.152 0.074 0.026 0.008 0.001 39 D 0.449 0.285 0.149 0.081 0.028 0.008 0.001 40 D 0.193 0.220 0.220 0.211 0.111 0.041 0.004 41 P 0.090 0.158 0.188 0.198 0.190 0.143 0.034 42 F 0.030 0.054 0.092 0.175 0.257 0.292 0.101 43 R 0.020 0.046 0.092 0.182 0.267 0.297 0.095 44 S 0.022 0.033 0.064 0.130 0.229 0.336 0.186 45 L 0.008 0.009 0.012 0.027 0.097 0.404 0.443 46 A 0.023 0.031 0.047 0.086 0.177 0.378 0.259 47 G 0.036 0.086 0.147 0.230 0.227 0.208 0.066 48 A 0.014 0.040 0.121 0.282 0.327 0.189 0.026 49 L 0.012 0.012 0.019 0.078 0.272 0.490 0.117 50 R 0.037 0.128 0.236 0.294 0.212 0.085 0.009 51 M 0.103 0.289 0.281 0.198 0.091 0.033 0.006 52 A 0.095 0.201 0.246 0.263 0.144 0.044 0.006 53 G 0.265 0.344 0.230 0.115 0.035 0.010 0.001 54 G 0.177 0.178 0.175 0.210 0.176 0.077 0.007 55 Y 0.229 0.188 0.180 0.201 0.142 0.055 0.004 56 A 0.440 0.286 0.154 0.086 0.028 0.006 0.001 57 K 0.345 0.322 0.188 0.098 0.034 0.011 0.002 58 V 0.143 0.196 0.204 0.221 0.155 0.074 0.008 59 I 0.103 0.150 0.190 0.239 0.191 0.109 0.016 60 I 0.108 0.181 0.205 0.216 0.161 0.102 0.026 61 P 0.068 0.109 0.141 0.192 0.217 0.211 0.062 62 F 0.054 0.104 0.140 0.190 0.218 0.216 0.078 63 S 0.027 0.060 0.100 0.159 0.214 0.302 0.139 64 E 0.025 0.071 0.128 0.204 0.237 0.243 0.092 65 F 0.022 0.044 0.063 0.132 0.281 0.348 0.110 66 G 0.027 0.082 0.144 0.244 0.256 0.192 0.054 67 W 0.008 0.018 0.042 0.105 0.201 0.415 0.210 68 A 0.013 0.026 0.055 0.116 0.221 0.414 0.154 69 D 0.028 0.104 0.177 0.260 0.239 0.160 0.033 70 F 0.017 0.047 0.134 0.254 0.285 0.214 0.050 71 L 0.019 0.021 0.022 0.054 0.181 0.540 0.164 72 R 0.029 0.099 0.191 0.300 0.244 0.123 0.015 73 R 0.101 0.287 0.260 0.200 0.108 0.038 0.005 74 R 0.070 0.161 0.262 0.300 0.153 0.050 0.004 75 I 0.127 0.162 0.218 0.260 0.169 0.060 0.004 76 D 0.367 0.301 0.170 0.102 0.045 0.013 0.001 77 R 0.328 0.321 0.209 0.106 0.030 0.005 0.001 78 D 0.561 0.315 0.090 0.027 0.006 0.001 0.001 79 L 0.185 0.195 0.233 0.241 0.120 0.026 0.001 80 L 0.203 0.205 0.227 0.221 0.115 0.028 0.001 81 S 0.493 0.335 0.122 0.040 0.009 0.001 0.001 82 D 0.535 0.279 0.119 0.050 0.014 0.003 0.001 83 S 0.224 0.366 0.247 0.121 0.037 0.006 0.001 84 F 0.033 0.052 0.147 0.358 0.318 0.089 0.003 85 D 0.200 0.439 0.265 0.080 0.014 0.002 0.001 86 D 0.167 0.500 0.245 0.072 0.014 0.002 0.001 87 A 0.013 0.028 0.066 0.257 0.435 0.194 0.007 88 L 0.009 0.054 0.176 0.330 0.298 0.127 0.006 89 A 0.189 0.424 0.273 0.092 0.019 0.004 0.001 90 E 0.031 0.157 0.356 0.333 0.107 0.016 0.001 91 A 0.005 0.008 0.015 0.076 0.330 0.527 0.040 92 M 0.017 0.089 0.224 0.334 0.251 0.081 0.004 93 K 0.174 0.491 0.227 0.083 0.019 0.005 0.001 94 L 0.034 0.101 0.259 0.352 0.188 0.062 0.005 95 A 0.035 0.071 0.143 0.282 0.314 0.144 0.011 96 K 0.174 0.363 0.274 0.135 0.043 0.010 0.001 97 S 0.458 0.299 0.134 0.078 0.025 0.005 0.001 98 R 0.415 0.363 0.148 0.057 0.014 0.003 0.001 99 E 0.299 0.368 0.216 0.093 0.021 0.003 0.001 100 A 0.103 0.100 0.150 0.281 0.280 0.082 0.004 101 R 0.273 0.377 0.226 0.096 0.024 0.004 0.001 102 H 0.176 0.288 0.276 0.175 0.066 0.017 0.001 103 L 0.075 0.083 0.111 0.207 0.288 0.216 0.021 104 P 0.094 0.160 0.223 0.244 0.168 0.093 0.018 105 G 0.172 0.151 0.154 0.173 0.164 0.151 0.035 106 W 0.115 0.141 0.166 0.232 0.205 0.122 0.017 107 C 0.119 0.167 0.241 0.258 0.152 0.057 0.006 108 G 0.365 0.288 0.182 0.111 0.041 0.012 0.001 109 V 0.574 0.265 0.104 0.044 0.010 0.002 0.001 110 E 0.806 0.136 0.039 0.015 0.004 0.001 0.001 111 E 0.749 0.172 0.053 0.020 0.005 0.001 0.001