# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.046 0.003 0.004 0.016 0.016 0.022 0.088 0.002 0.001 0.004 0.799 2 K 0.032 0.001 0.004 0.007 0.003 0.005 0.077 0.001 0.001 0.003 0.867 3 D 0.018 0.002 0.001 0.009 0.003 0.005 0.147 0.001 0.001 0.004 0.811 4 E 0.053 0.008 0.001 0.006 0.003 0.003 0.251 0.001 0.001 0.007 0.668 5 F 0.051 0.101 0.001 0.010 0.007 0.019 0.392 0.001 0.001 0.013 0.406 6 W 0.058 0.552 0.001 0.023 0.024 0.063 0.102 0.002 0.001 0.007 0.168 7 S 0.037 0.713 0.001 0.004 0.012 0.023 0.033 0.003 0.001 0.002 0.171 8 V 0.076 0.812 0.001 0.002 0.008 0.009 0.003 0.006 0.001 0.001 0.083 9 M 0.060 0.871 0.003 0.001 0.005 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.046 10 D 0.023 0.832 0.003 0.005 0.019 0.022 0.009 0.020 0.001 0.001 0.067 11 H 0.110 0.605 0.007 0.003 0.009 0.017 0.025 0.038 0.001 0.003 0.183 12 R 0.336 0.404 0.025 0.008 0.009 0.011 0.040 0.045 0.001 0.005 0.117 13 N 0.348 0.129 0.061 0.028 0.026 0.023 0.073 0.054 0.001 0.015 0.242 14 L 0.078 0.077 0.364 0.057 0.050 0.060 0.083 0.008 0.001 0.007 0.215 15 I 0.021 0.054 0.028 0.156 0.164 0.307 0.038 0.005 0.001 0.003 0.224 16 Y 0.017 0.017 0.004 0.148 0.202 0.326 0.040 0.002 0.001 0.001 0.243 17 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.949 18 F 0.006 0.003 0.001 0.125 0.147 0.430 0.109 0.001 0.001 0.003 0.176 19 D 0.047 0.011 0.001 0.108 0.105 0.158 0.176 0.001 0.001 0.012 0.380 20 A 0.108 0.043 0.001 0.063 0.050 0.056 0.196 0.003 0.001 0.018 0.462 21 Q 0.151 0.021 0.002 0.013 0.011 0.019 0.511 0.002 0.001 0.031 0.239 22 G 0.366 0.027 0.010 0.018 0.011 0.012 0.260 0.005 0.001 0.052 0.239 23 L 0.154 0.052 0.117 0.012 0.014 0.020 0.322 0.001 0.001 0.013 0.294 24 R 0.007 0.009 0.005 0.008 0.014 0.026 0.047 0.001 0.001 0.001 0.881 25 R 0.025 0.015 0.001 0.023 0.037 0.128 0.083 0.001 0.001 0.003 0.684 26 Q 0.105 0.022 0.001 0.006 0.022 0.025 0.042 0.001 0.001 0.001 0.775 27 S 0.076 0.065 0.001 0.017 0.024 0.049 0.040 0.002 0.001 0.003 0.723 28 G 0.103 0.044 0.002 0.010 0.008 0.018 0.134 0.003 0.001 0.005 0.673 29 D 0.542 0.061 0.005 0.024 0.009 0.013 0.081 0.010 0.001 0.010 0.246 30 I 0.384 0.098 0.015 0.022 0.012 0.017 0.120 0.008 0.001 0.004 0.320 31 P 0.010 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.965 32 K 0.019 0.007 0.005 0.023 0.007 0.024 0.123 0.001 0.001 0.003 0.791 33 N 0.103 0.008 0.001 0.016 0.013 0.011 0.202 0.003 0.001 0.004 0.639 34 I 0.238 0.079 0.005 0.056 0.015 0.030 0.050 0.002 0.001 0.008 0.517 35 H 0.034 0.087 0.002 0.068 0.037 0.097 0.218 0.002 0.001 0.004 0.450 36 D 0.211 0.056 0.001 0.023 0.012 0.012 0.082 0.007 0.001 0.005 0.591 37 L 0.509 0.172 0.013 0.025 0.006 0.012 0.029 0.006 0.001 0.005 0.223 38 E 0.088 0.110 0.013 0.055 0.038 0.050 0.222 0.022 0.001 0.010 0.391 39 D 0.202 0.036 0.016 0.033 0.013 0.022 0.099 0.011 0.001 0.014 0.553 40 D 0.246 0.032 0.009 0.022 0.011 0.012 0.224 0.008 0.001 0.006 0.429 41 P 0.015 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.937 42 F 0.016 0.008 0.003 0.018 0.013 0.032 0.633 0.001 0.001 0.015 0.261 43 R 0.295 0.058 0.004 0.067 0.033 0.079 0.218 0.004 0.001 0.034 0.208 44 S 0.101 0.391 0.002 0.067 0.027 0.037 0.043 0.003 0.001 0.003 0.327 45 L 0.046 0.318 0.003 0.032 0.048 0.051 0.050 0.004 0.001 0.003 0.445 46 A 0.070 0.478 0.005 0.061 0.045 0.138 0.047 0.007 0.001 0.007 0.143 47 G 0.037 0.602 0.006 0.047 0.052 0.105 0.041 0.008 0.001 0.003 0.099 48 A 0.047 0.636 0.004 0.020 0.024 0.036 0.027 0.007 0.001 0.001 0.197 49 L 0.076 0.605 0.005 0.024 0.045 0.059 0.018 0.008 0.001 0.001 0.158 50 R 0.036 0.621 0.009 0.030 0.032 0.089 0.036 0.007 0.001 0.003 0.136 51 M 0.050 0.578 0.012 0.012 0.030 0.067 0.038 0.012 0.001 0.002 0.200 52 A 0.096 0.547 0.004 0.012 0.018 0.025 0.027 0.019 0.001 0.001 0.250 53 G 0.210 0.291 0.009 0.009 0.013 0.013 0.059 0.033 0.001 0.007 0.356 54 G 0.172 0.199 0.177 0.007 0.006 0.009 0.076 0.004 0.001 0.006 0.344 55 Y 0.028 0.163 0.015 0.017 0.021 0.033 0.117 0.004 0.001 0.002 0.599 56 A 0.070 0.144 0.003 0.022 0.016 0.022 0.043 0.002 0.001 0.002 0.675 57 K 0.105 0.180 0.003 0.010 0.012 0.019 0.040 0.003 0.001 0.003 0.625 58 V 0.191 0.297 0.008 0.017 0.017 0.035 0.042 0.005 0.001 0.003 0.384 59 I 0.192 0.232 0.007 0.019 0.016 0.038 0.021 0.009 0.001 0.002 0.464 60 I 0.119 0.272 0.013 0.068 0.030 0.119 0.032 0.007 0.001 0.002 0.337 61 P 0.006 0.009 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.974 62 F 0.104 0.125 0.006 0.051 0.011 0.065 0.121 0.003 0.001 0.004 0.510 63 S 0.055 0.122 0.002 0.015 0.010 0.011 0.040 0.003 0.001 0.001 0.741 64 E 0.068 0.595 0.001 0.014 0.005 0.011 0.060 0.002 0.001 0.001 0.243 65 F 0.090 0.513 0.003 0.010 0.009 0.017 0.083 0.006 0.001 0.005 0.265 66 G 0.093 0.678 0.007 0.004 0.002 0.004 0.088 0.002 0.001 0.003 0.120 67 W 0.017 0.824 0.007 0.002 0.002 0.004 0.037 0.003 0.001 0.001 0.104 68 A 0.009 0.900 0.001 0.003 0.003 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.070 69 D 0.010 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.001 0.001 0.059 70 F 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.036 71 L 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 72 R 0.018 0.945 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.017 73 R 0.058 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.030 74 R 0.140 0.743 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.053 75 I 0.122 0.622 0.074 0.004 0.002 0.003 0.005 0.047 0.001 0.001 0.120 76 D 0.079 0.184 0.047 0.015 0.009 0.014 0.053 0.090 0.001 0.001 0.508 77 R 0.147 0.109 0.045 0.025 0.004 0.008 0.044 0.009 0.001 0.003 0.605 78 D 0.065 0.046 0.005 0.010 0.002 0.003 0.127 0.005 0.001 0.003 0.733 79 L 0.181 0.053 0.014 0.022 0.008 0.009 0.196 0.005 0.001 0.015 0.496 80 L 0.185 0.128 0.007 0.040 0.018 0.031 0.272 0.010 0.001 0.014 0.296 81 S 0.275 0.150 0.008 0.029 0.012 0.020 0.137 0.012 0.001 0.011 0.344 82 D 0.113 0.093 0.011 0.016 0.003 0.005 0.044 0.007 0.001 0.004 0.704 83 S 0.226 0.022 0.008 0.005 0.003 0.004 0.356 0.013 0.001 0.011 0.352 84 F 0.242 0.020 0.059 0.013 0.002 0.003 0.113 0.004 0.001 0.013 0.532 85 D 0.012 0.029 0.002 0.010 0.001 0.002 0.312 0.001 0.001 0.003 0.629 86 D 0.024 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.001 0.001 0.004 0.747 87 A 0.105 0.398 0.001 0.003 0.001 0.002 0.227 0.004 0.001 0.008 0.251 88 L 0.091 0.640 0.001 0.002 0.001 0.003 0.182 0.012 0.001 0.007 0.061 89 A 0.018 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.055 90 E 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 91 A 0.013 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 92 M 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 93 K 0.011 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 94 L 0.025 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.018 95 A 0.075 0.862 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.016 96 K 0.059 0.800 0.044 0.004 0.002 0.003 0.009 0.047 0.001 0.001 0.031 97 S 0.107 0.615 0.017 0.007 0.002 0.004 0.010 0.048 0.001 0.001 0.188 98 R 0.027 0.184 0.007 0.003 0.001 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.756 99 E 0.070 0.190 0.006 0.007 0.006 0.007 0.295 0.007 0.001 0.008 0.404 100 A 0.176 0.418 0.015 0.013 0.009 0.017 0.142 0.012 0.001 0.009 0.188 101 R 0.099 0.703 0.002 0.013 0.005 0.016 0.031 0.008 0.001 0.002 0.120 102 H 0.301 0.393 0.005 0.006 0.005 0.008 0.009 0.017 0.001 0.001 0.256 103 L 0.415 0.283 0.016 0.013 0.012 0.018 0.011 0.019 0.001 0.001 0.211 104 P 0.005 0.005 0.005 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.972 105 G 0.032 0.010 0.007 0.042 0.033 0.069 0.077 0.003 0.001 0.002 0.725 106 W 0.252 0.018 0.006 0.044 0.023 0.045 0.061 0.003 0.001 0.005 0.544 107 C 0.075 0.039 0.003 0.071 0.033 0.061 0.063 0.002 0.001 0.002 0.651 108 G 0.050 0.012 0.003 0.062 0.033 0.057 0.076 0.001 0.001 0.003 0.703 109 V 0.064 0.013 0.004 0.051 0.023 0.044 0.070 0.001 0.001 0.004 0.726 110 E 0.028 0.013 0.002 0.041 0.036 0.069 0.078 0.001 0.001 0.004 0.728 111 E 0.053 0.016 0.002 0.028 0.037 0.056 0.101 0.001 0.001 0.006 0.700