# TARGET T0346 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1396 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.003 0.001 0.001 0.059 0.927 2 P 0.076 0.007 0.003 0.007 0.080 0.827 3 Q 0.511 0.025 0.008 0.010 0.096 0.351 4 C 0.826 0.009 0.006 0.008 0.041 0.110 5 H 0.903 0.006 0.003 0.007 0.025 0.057 6 F 0.849 0.006 0.003 0.006 0.031 0.105 7 D 0.730 0.006 0.009 0.016 0.089 0.150 8 I 0.644 0.004 0.017 0.017 0.178 0.139 9 E 0.568 0.011 0.019 0.018 0.249 0.136 10 I 0.435 0.023 0.022 0.022 0.383 0.114 11 N 0.259 0.008 0.011 0.020 0.490 0.210 12 R 0.231 0.009 0.009 0.012 0.488 0.253 13 E 0.373 0.017 0.006 0.006 0.362 0.237 14 P 0.457 0.049 0.005 0.005 0.217 0.267 15 V 0.410 0.008 0.005 0.003 0.245 0.328 16 G 0.578 0.005 0.003 0.002 0.194 0.219 17 R 0.876 0.008 0.001 0.001 0.044 0.071 18 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 19 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 Q 0.967 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 22 L 0.794 0.008 0.003 0.001 0.056 0.139 23 F 0.414 0.019 0.016 0.004 0.356 0.190 24 S 0.063 0.004 0.128 0.009 0.687 0.109 25 D 0.024 0.006 0.207 0.025 0.649 0.089 26 I 0.041 0.043 0.181 0.061 0.558 0.117 27 C 0.049 0.014 0.032 0.095 0.390 0.421 28 P 0.035 0.006 0.032 0.445 0.240 0.241 29 K 0.038 0.008 0.029 0.642 0.181 0.101 30 T 0.020 0.005 0.013 0.854 0.053 0.055 31 C 0.005 0.001 0.010 0.963 0.014 0.008 32 K 0.002 0.001 0.009 0.978 0.008 0.003 33 N 0.003 0.001 0.008 0.974 0.010 0.005 34 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.005 35 L 0.003 0.001 0.009 0.975 0.007 0.005 36 C 0.004 0.001 0.015 0.964 0.011 0.006 37 L 0.006 0.001 0.016 0.946 0.020 0.012 38 C 0.028 0.003 0.019 0.829 0.068 0.052 39 S 0.024 0.005 0.023 0.679 0.142 0.126 40 G 0.024 0.004 0.029 0.283 0.308 0.352 41 E 0.031 0.011 0.053 0.127 0.426 0.352 42 K 0.049 0.018 0.070 0.109 0.457 0.296 43 G 0.042 0.015 0.068 0.101 0.490 0.284 44 L 0.073 0.018 0.065 0.082 0.444 0.318 45 G 0.096 0.030 0.065 0.059 0.455 0.296 46 K 0.077 0.026 0.058 0.037 0.601 0.202 47 T 0.067 0.013 0.082 0.038 0.648 0.152 48 T 0.074 0.012 0.064 0.021 0.666 0.163 49 G 0.149 0.027 0.038 0.010 0.549 0.227 50 K 0.245 0.034 0.020 0.007 0.277 0.419 51 K 0.320 0.030 0.014 0.006 0.175 0.454 52 L 0.294 0.049 0.012 0.008 0.174 0.462 53 C 0.291 0.039 0.013 0.010 0.221 0.427 54 Y 0.350 0.044 0.020 0.009 0.327 0.249 55 K 0.238 0.010 0.015 0.007 0.495 0.235 56 G 0.239 0.010 0.018 0.008 0.564 0.160 57 S 0.386 0.016 0.016 0.011 0.359 0.213 58 T 0.724 0.020 0.015 0.013 0.129 0.098 59 F 0.802 0.022 0.015 0.009 0.067 0.084 60 H 0.864 0.007 0.012 0.007 0.050 0.060 61 R 0.890 0.009 0.008 0.006 0.039 0.048 62 V 0.804 0.017 0.006 0.006 0.064 0.103 63 V 0.453 0.023 0.006 0.006 0.445 0.068 64 K 0.054 0.002 0.013 0.006 0.860 0.066 65 N 0.055 0.002 0.020 0.007 0.874 0.042 66 F 0.577 0.029 0.009 0.006 0.340 0.040 67 M 0.847 0.022 0.002 0.005 0.041 0.083 68 I 0.892 0.023 0.001 0.003 0.027 0.053 69 Q 0.819 0.014 0.003 0.004 0.050 0.109 70 G 0.525 0.015 0.003 0.007 0.091 0.359 71 G 0.308 0.050 0.005 0.007 0.152 0.480 72 D 0.119 0.053 0.008 0.007 0.479 0.334 73 F 0.054 0.026 0.029 0.012 0.606 0.272 74 S 0.016 0.016 0.040 0.009 0.721 0.197 75 E 0.022 0.035 0.051 0.009 0.745 0.137 76 G 0.023 0.028 0.054 0.014 0.553 0.328 77 N 0.022 0.043 0.095 0.019 0.522 0.299 78 G 0.035 0.025 0.075 0.015 0.532 0.318 79 K 0.058 0.053 0.066 0.016 0.425 0.383 80 G 0.081 0.039 0.044 0.015 0.394 0.426 81 G 0.127 0.031 0.058 0.031 0.365 0.387 82 E 0.259 0.048 0.050 0.041 0.285 0.316 83 S 0.372 0.048 0.052 0.048 0.284 0.196 84 I 0.374 0.034 0.048 0.057 0.325 0.163 85 Y 0.218 0.015 0.040 0.062 0.376 0.290 86 G 0.136 0.011 0.024 0.048 0.430 0.350 87 G 0.134 0.018 0.024 0.045 0.326 0.454 88 Y 0.174 0.046 0.020 0.040 0.227 0.493 89 F 0.141 0.029 0.041 0.047 0.275 0.466 90 K 0.079 0.021 0.072 0.069 0.326 0.434 91 D 0.045 0.016 0.185 0.131 0.370 0.254 92 E 0.037 0.011 0.184 0.140 0.379 0.249 93 N 0.040 0.014 0.129 0.117 0.410 0.289 94 F 0.043 0.021 0.087 0.130 0.402 0.318 95 I 0.052 0.028 0.080 0.138 0.359 0.343 96 L 0.082 0.032 0.109 0.148 0.415 0.214 97 K 0.122 0.019 0.092 0.109 0.456 0.202 98 H 0.115 0.020 0.060 0.087 0.478 0.241 99 D 0.107 0.020 0.018 0.054 0.433 0.367 100 R 0.111 0.009 0.014 0.054 0.408 0.405 101 A 0.210 0.007 0.024 0.095 0.323 0.341 102 F 0.545 0.036 0.028 0.102 0.152 0.138 103 L 0.749 0.023 0.021 0.068 0.063 0.076 104 L 0.820 0.007 0.016 0.046 0.036 0.075 105 S 0.824 0.009 0.017 0.040 0.044 0.066 106 M 0.754 0.014 0.025 0.049 0.085 0.071 107 A 0.614 0.016 0.031 0.047 0.140 0.151 108 N 0.404 0.017 0.024 0.039 0.261 0.255 109 R 0.241 0.067 0.016 0.019 0.234 0.424 110 G 0.080 0.037 0.007 0.007 0.387 0.482 111 K 0.049 0.032 0.034 0.010 0.585 0.289 112 H 0.018 0.027 0.040 0.007 0.728 0.180 113 T 0.015 0.027 0.050 0.007 0.854 0.048 114 N 0.041 0.028 0.037 0.007 0.739 0.148 115 G 0.072 0.010 0.017 0.003 0.734 0.163 116 S 0.309 0.027 0.009 0.002 0.412 0.242 117 Q 0.688 0.030 0.004 0.002 0.109 0.167 118 F 0.893 0.004 0.002 0.001 0.039 0.060 119 F 0.952 0.003 0.001 0.001 0.015 0.028 120 I 0.943 0.004 0.001 0.001 0.018 0.033 121 T 0.912 0.005 0.001 0.002 0.028 0.052 122 T 0.774 0.007 0.002 0.002 0.072 0.143 123 K 0.406 0.013 0.005 0.005 0.253 0.318 124 P 0.197 0.020 0.019 0.008 0.298 0.458 125 A 0.133 0.026 0.046 0.012 0.418 0.364 126 P 0.136 0.018 0.144 0.019 0.435 0.248 127 H 0.187 0.027 0.175 0.019 0.456 0.136 128 L 0.129 0.025 0.111 0.022 0.588 0.124 129 D 0.061 0.009 0.033 0.010 0.788 0.099 130 G 0.028 0.012 0.035 0.012 0.826 0.088 131 V 0.089 0.003 0.013 0.009 0.654 0.233 132 H 0.706 0.011 0.004 0.005 0.154 0.119 133 V 0.939 0.007 0.001 0.002 0.016 0.036 134 V 0.973 0.005 0.001 0.001 0.007 0.014 135 F 0.935 0.001 0.002 0.002 0.024 0.037 136 G 0.895 0.002 0.004 0.002 0.045 0.052 137 L 0.856 0.008 0.004 0.003 0.063 0.066 138 V 0.753 0.014 0.005 0.007 0.121 0.101 139 I 0.518 0.019 0.011 0.016 0.321 0.115 140 S 0.197 0.017 0.014 0.022 0.583 0.167 141 G 0.057 0.006 0.026 0.106 0.677 0.127 142 F 0.044 0.005 0.041 0.516 0.323 0.071 143 E 0.122 0.030 0.025 0.603 0.116 0.103 144 V 0.015 0.002 0.007 0.958 0.010 0.008 145 I 0.008 0.001 0.003 0.984 0.003 0.002 146 E 0.013 0.001 0.004 0.978 0.003 0.001 147 Q 0.010 0.001 0.004 0.979 0.005 0.002 148 I 0.009 0.001 0.003 0.977 0.006 0.005 149 E 0.007 0.001 0.005 0.965 0.011 0.012 150 N 0.021 0.002 0.007 0.714 0.082 0.174 151 L 0.049 0.017 0.013 0.230 0.160 0.531 152 K 0.044 0.015 0.008 0.016 0.196 0.721 153 T 0.077 0.060 0.024 0.014 0.299 0.526 154 D 0.024 0.033 0.028 0.008 0.814 0.093 155 A 0.006 0.003 0.062 0.010 0.887 0.033 156 A 0.008 0.001 0.026 0.002 0.915 0.047 157 S 0.033 0.022 0.012 0.002 0.819 0.113 158 R 0.113 0.038 0.003 0.001 0.233 0.612 159 P 0.257 0.077 0.005 0.001 0.148 0.511 160 Y 0.378 0.043 0.011 0.001 0.203 0.364 161 A 0.489 0.015 0.007 0.001 0.173 0.315 162 D 0.481 0.006 0.006 0.001 0.150 0.356 163 V 0.792 0.006 0.001 0.001 0.048 0.152 164 R 0.928 0.003 0.001 0.001 0.016 0.052 165 V 0.939 0.003 0.001 0.001 0.009 0.047 166 I 0.867 0.002 0.001 0.002 0.032 0.095 167 D 0.738 0.009 0.002 0.004 0.060 0.187 168 C 0.576 0.004 0.003 0.007 0.117 0.293 169 G 0.552 0.014 0.005 0.007 0.165 0.257 170 V 0.349 0.037 0.009 0.009 0.128 0.469 171 L 0.167 0.029 0.008 0.012 0.066 0.717 172 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.025 0.969