# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89.1856 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.138 0.019 0.007 0.028 0.056 0.060 0.089 0.006 0.001 0.006 0.591 2 P 0.006 0.001 0.003 0.005 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.970 3 Q 0.029 0.001 0.004 0.093 0.092 0.138 0.162 0.001 0.001 0.006 0.475 4 C 0.113 0.002 0.006 0.174 0.106 0.130 0.081 0.001 0.001 0.009 0.379 5 H 0.010 0.004 0.002 0.275 0.153 0.283 0.056 0.001 0.001 0.002 0.216 6 F 0.003 0.001 0.001 0.382 0.191 0.311 0.031 0.001 0.001 0.001 0.079 7 D 0.008 0.002 0.001 0.322 0.094 0.180 0.045 0.001 0.001 0.003 0.346 8 I 0.008 0.002 0.002 0.294 0.225 0.275 0.028 0.001 0.001 0.004 0.161 9 E 0.006 0.002 0.001 0.236 0.209 0.296 0.066 0.001 0.001 0.004 0.179 10 I 0.010 0.002 0.001 0.141 0.212 0.326 0.048 0.001 0.001 0.005 0.254 11 N 0.010 0.003 0.001 0.118 0.220 0.375 0.064 0.001 0.001 0.003 0.205 12 R 0.021 0.002 0.003 0.043 0.094 0.158 0.053 0.001 0.001 0.006 0.618 13 E 0.025 0.003 0.003 0.056 0.159 0.200 0.147 0.001 0.001 0.007 0.398 14 P 0.003 0.001 0.001 0.008 0.013 0.021 0.024 0.001 0.001 0.001 0.928 15 V 0.018 0.001 0.001 0.026 0.053 0.099 0.179 0.001 0.001 0.010 0.614 16 G 0.297 0.004 0.001 0.027 0.055 0.062 0.123 0.001 0.001 0.038 0.392 17 R 0.180 0.009 0.008 0.048 0.057 0.082 0.095 0.001 0.001 0.013 0.508 18 I 0.016 0.002 0.006 0.128 0.310 0.285 0.054 0.001 0.001 0.003 0.194 19 M 0.006 0.001 0.002 0.167 0.218 0.361 0.046 0.001 0.001 0.002 0.197 20 F 0.002 0.001 0.001 0.141 0.281 0.420 0.022 0.001 0.001 0.001 0.131 21 Q 0.002 0.001 0.001 0.147 0.249 0.413 0.029 0.001 0.001 0.001 0.156 22 L 0.004 0.002 0.001 0.091 0.157 0.334 0.059 0.001 0.001 0.002 0.350 23 F 0.010 0.003 0.001 0.150 0.158 0.270 0.083 0.001 0.001 0.004 0.321 24 S 0.009 0.003 0.001 0.039 0.033 0.067 0.114 0.001 0.001 0.004 0.730 25 D 0.040 0.007 0.001 0.019 0.011 0.023 0.182 0.001 0.001 0.009 0.707 26 I 0.407 0.027 0.004 0.015 0.013 0.017 0.131 0.003 0.001 0.018 0.364 27 C 0.271 0.101 0.015 0.017 0.019 0.031 0.166 0.002 0.001 0.007 0.370 28 P 0.006 0.016 0.003 0.003 0.002 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.947 29 K 0.024 0.045 0.001 0.009 0.011 0.023 0.078 0.001 0.001 0.001 0.807 30 T 0.143 0.157 0.001 0.004 0.006 0.008 0.092 0.002 0.001 0.002 0.585 31 C 0.050 0.728 0.001 0.009 0.010 0.020 0.034 0.002 0.001 0.001 0.144 32 K 0.016 0.808 0.001 0.006 0.005 0.017 0.028 0.002 0.001 0.001 0.117 33 N 0.042 0.804 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.005 0.001 0.001 0.120 34 F 0.044 0.914 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.027 35 L 0.027 0.933 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.021 36 C 0.027 0.858 0.006 0.002 0.006 0.010 0.005 0.023 0.001 0.001 0.065 37 L 0.098 0.798 0.003 0.003 0.004 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 0.062 38 C 0.119 0.737 0.011 0.004 0.009 0.009 0.005 0.021 0.001 0.001 0.085 39 S 0.049 0.350 0.028 0.020 0.033 0.053 0.030 0.026 0.001 0.001 0.410 40 G 0.078 0.094 0.010 0.023 0.019 0.036 0.086 0.024 0.001 0.003 0.627 41 E 0.379 0.066 0.031 0.014 0.009 0.012 0.122 0.007 0.001 0.014 0.346 42 K 0.110 0.066 0.025 0.021 0.013 0.018 0.190 0.004 0.001 0.009 0.543 43 G 0.074 0.044 0.016 0.029 0.034 0.036 0.145 0.002 0.001 0.009 0.611 44 L 0.117 0.055 0.009 0.027 0.047 0.085 0.120 0.002 0.001 0.009 0.530 45 G 0.042 0.030 0.004 0.025 0.113 0.140 0.070 0.002 0.001 0.004 0.570 46 K 0.070 0.029 0.005 0.026 0.089 0.133 0.077 0.002 0.001 0.006 0.563 47 T 0.040 0.031 0.003 0.031 0.094 0.137 0.116 0.003 0.001 0.006 0.539 48 T 0.064 0.034 0.003 0.034 0.057 0.092 0.149 0.005 0.001 0.013 0.551 49 G 0.133 0.022 0.006 0.026 0.035 0.049 0.205 0.007 0.001 0.032 0.486 50 K 0.275 0.026 0.030 0.035 0.034 0.046 0.168 0.004 0.001 0.030 0.353 51 K 0.053 0.014 0.013 0.035 0.049 0.052 0.132 0.002 0.001 0.007 0.642 52 L 0.038 0.010 0.008 0.060 0.134 0.166 0.091 0.001 0.001 0.006 0.487 53 C 0.031 0.014 0.002 0.090 0.164 0.251 0.120 0.001 0.001 0.005 0.322 54 Y 0.030 0.020 0.002 0.073 0.138 0.202 0.083 0.001 0.001 0.005 0.444 55 K 0.028 0.018 0.001 0.046 0.095 0.163 0.165 0.002 0.001 0.009 0.473 56 G 0.133 0.014 0.004 0.042 0.039 0.066 0.167 0.004 0.001 0.034 0.497 57 S 0.206 0.019 0.020 0.079 0.061 0.074 0.193 0.003 0.001 0.032 0.313 58 T 0.024 0.010 0.009 0.061 0.091 0.094 0.179 0.001 0.001 0.007 0.523 59 F 0.021 0.012 0.003 0.104 0.165 0.281 0.090 0.001 0.001 0.005 0.317 60 H 0.027 0.016 0.001 0.117 0.246 0.368 0.061 0.001 0.001 0.004 0.157 61 R 0.029 0.018 0.001 0.061 0.200 0.239 0.074 0.002 0.001 0.004 0.372 62 V 0.038 0.015 0.005 0.111 0.191 0.385 0.056 0.003 0.001 0.007 0.189 63 V 0.020 0.007 0.004 0.119 0.223 0.312 0.102 0.003 0.001 0.006 0.204 64 K 0.003 0.001 0.002 0.025 0.020 0.032 0.016 0.001 0.001 0.001 0.899 65 N 0.011 0.001 0.002 0.089 0.077 0.141 0.107 0.001 0.001 0.006 0.565 66 F 0.200 0.001 0.005 0.120 0.101 0.102 0.085 0.001 0.001 0.021 0.364 67 M 0.021 0.003 0.003 0.200 0.138 0.185 0.103 0.001 0.001 0.004 0.343 68 I 0.005 0.001 0.001 0.280 0.201 0.332 0.054 0.001 0.001 0.002 0.125 69 Q 0.011 0.003 0.001 0.258 0.139 0.274 0.067 0.001 0.001 0.003 0.244 70 G 0.010 0.002 0.001 0.074 0.095 0.164 0.056 0.001 0.001 0.004 0.593 71 G 0.018 0.001 0.003 0.071 0.108 0.202 0.117 0.001 0.001 0.011 0.468 72 D 0.028 0.001 0.002 0.033 0.084 0.097 0.145 0.001 0.001 0.008 0.600 73 F 0.008 0.001 0.001 0.023 0.044 0.056 0.051 0.001 0.001 0.003 0.812 74 S 0.019 0.003 0.001 0.034 0.100 0.177 0.253 0.001 0.001 0.009 0.404 75 E 0.150 0.009 0.001 0.018 0.039 0.050 0.163 0.001 0.001 0.020 0.548 76 G 0.217 0.030 0.003 0.021 0.045 0.055 0.229 0.002 0.001 0.022 0.375 77 N 0.143 0.018 0.006 0.016 0.025 0.032 0.265 0.002 0.001 0.020 0.473 78 G 0.090 0.017 0.007 0.019 0.029 0.036 0.202 0.002 0.001 0.019 0.578 79 K 0.096 0.017 0.013 0.017 0.039 0.067 0.250 0.001 0.001 0.019 0.481 80 G 0.037 0.010 0.006 0.014 0.042 0.065 0.118 0.001 0.001 0.008 0.699 81 G 0.048 0.010 0.004 0.022 0.082 0.131 0.117 0.001 0.001 0.010 0.574 82 E 0.049 0.011 0.004 0.025 0.087 0.151 0.115 0.001 0.001 0.009 0.549 83 S 0.033 0.023 0.002 0.063 0.151 0.215 0.110 0.001 0.001 0.005 0.396 84 I 0.047 0.039 0.002 0.090 0.138 0.227 0.106 0.002 0.001 0.007 0.342 85 Y 0.063 0.069 0.003 0.087 0.123 0.212 0.113 0.004 0.001 0.010 0.314 86 G 0.100 0.063 0.007 0.053 0.070 0.130 0.144 0.006 0.001 0.014 0.413 87 G 0.101 0.035 0.011 0.028 0.035 0.058 0.107 0.005 0.001 0.011 0.609 88 Y 0.106 0.022 0.016 0.023 0.045 0.061 0.109 0.004 0.001 0.010 0.604 89 F 0.072 0.017 0.010 0.026 0.067 0.101 0.112 0.003 0.001 0.007 0.584 90 K 0.040 0.019 0.003 0.027 0.056 0.089 0.080 0.002 0.001 0.004 0.680 91 D 0.046 0.025 0.001 0.015 0.035 0.047 0.108 0.002 0.001 0.005 0.717 92 E 0.146 0.045 0.002 0.015 0.029 0.046 0.221 0.004 0.001 0.021 0.472 93 N 0.271 0.052 0.005 0.016 0.019 0.028 0.288 0.007 0.001 0.034 0.280 94 F 0.244 0.071 0.024 0.024 0.023 0.024 0.190 0.004 0.001 0.019 0.376 95 I 0.082 0.058 0.016 0.031 0.052 0.067 0.205 0.003 0.001 0.010 0.475 96 L 0.060 0.038 0.009 0.040 0.088 0.143 0.121 0.002 0.001 0.005 0.492 97 K 0.044 0.038 0.003 0.032 0.071 0.111 0.076 0.002 0.001 0.004 0.619 98 H 0.062 0.034 0.003 0.022 0.056 0.100 0.101 0.003 0.001 0.007 0.613 99 D 0.087 0.025 0.003 0.017 0.041 0.066 0.141 0.004 0.001 0.011 0.604 100 R 0.126 0.030 0.012 0.039 0.029 0.054 0.120 0.004 0.001 0.020 0.564 101 A 0.070 0.033 0.016 0.056 0.033 0.057 0.148 0.002 0.001 0.015 0.570 102 F 0.045 0.060 0.008 0.107 0.102 0.152 0.178 0.002 0.001 0.012 0.333 103 L 0.038 0.232 0.007 0.119 0.097 0.213 0.076 0.001 0.001 0.004 0.214 104 L 0.008 0.228 0.001 0.139 0.208 0.320 0.026 0.001 0.001 0.001 0.070 105 S 0.013 0.383 0.001 0.084 0.105 0.205 0.039 0.002 0.001 0.002 0.166 106 M 0.047 0.485 0.003 0.047 0.084 0.118 0.038 0.007 0.001 0.002 0.168 107 A 0.031 0.607 0.003 0.067 0.072 0.111 0.038 0.020 0.001 0.005 0.045 108 N 0.180 0.287 0.018 0.012 0.023 0.051 0.157 0.061 0.001 0.031 0.180 109 R 0.123 0.169 0.227 0.019 0.018 0.025 0.077 0.036 0.001 0.007 0.299 110 G 0.191 0.034 0.021 0.014 0.017 0.015 0.160 0.047 0.001 0.019 0.483 111 K 0.070 0.006 0.329 0.004 0.005 0.005 0.027 0.001 0.001 0.005 0.548 112 H 0.012 0.008 0.002 0.030 0.047 0.045 0.142 0.003 0.001 0.002 0.709 113 T 0.268 0.016 0.002 0.026 0.031 0.031 0.150 0.002 0.001 0.022 0.452 114 N 0.083 0.047 0.001 0.020 0.025 0.034 0.236 0.003 0.001 0.016 0.535 115 G 0.168 0.022 0.003 0.023 0.023 0.031 0.305 0.005 0.001 0.067 0.352 116 S 0.598 0.015 0.013 0.038 0.016 0.014 0.129 0.004 0.001 0.056 0.117 117 Q 0.099 0.014 0.053 0.112 0.101 0.088 0.175 0.002 0.001 0.020 0.337 118 F 0.006 0.002 0.008 0.174 0.299 0.387 0.069 0.001 0.001 0.002 0.052 119 F 0.001 0.001 0.001 0.257 0.274 0.419 0.015 0.001 0.001 0.001 0.032 120 I 0.001 0.001 0.001 0.203 0.310 0.410 0.011 0.001 0.001 0.001 0.064 121 T 0.001 0.001 0.001 0.186 0.300 0.405 0.018 0.001 0.001 0.001 0.089 122 T 0.004 0.001 0.001 0.235 0.120 0.250 0.043 0.001 0.001 0.003 0.342 123 K 0.004 0.001 0.001 0.193 0.114 0.267 0.076 0.001 0.001 0.003 0.342 124 P 0.002 0.001 0.001 0.021 0.009 0.026 0.015 0.001 0.001 0.002 0.925 125 A 0.023 0.001 0.001 0.055 0.071 0.237 0.119 0.001 0.001 0.006 0.488 126 P 0.011 0.001 0.001 0.005 0.008 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.961 127 H 0.078 0.006 0.001 0.042 0.073 0.068 0.086 0.001 0.001 0.004 0.643 128 L 0.198 0.012 0.001 0.015 0.033 0.054 0.157 0.001 0.001 0.013 0.515 129 D 0.070 0.021 0.001 0.017 0.032 0.039 0.235 0.002 0.001 0.007 0.577 130 G 0.203 0.006 0.004 0.016 0.019 0.029 0.147 0.002 0.001 0.029 0.544 131 V 0.266 0.003 0.035 0.058 0.065 0.048 0.176 0.001 0.001 0.028 0.320 132 H 0.015 0.001 0.022 0.154 0.168 0.150 0.161 0.001 0.001 0.006 0.323 133 V 0.001 0.001 0.002 0.288 0.246 0.397 0.026 0.001 0.001 0.001 0.040 134 V 0.001 0.001 0.001 0.399 0.214 0.354 0.009 0.001 0.001 0.001 0.023 135 F 0.001 0.001 0.001 0.335 0.222 0.397 0.009 0.001 0.001 0.001 0.036 136 G 0.001 0.001 0.001 0.383 0.193 0.317 0.016 0.001 0.001 0.001 0.088 137 L 0.001 0.001 0.001 0.378 0.194 0.304 0.022 0.001 0.001 0.002 0.098 138 V 0.002 0.002 0.001 0.225 0.177 0.294 0.049 0.001 0.001 0.003 0.248 139 I 0.010 0.007 0.001 0.162 0.171 0.436 0.056 0.001 0.001 0.006 0.151 140 S 0.024 0.031 0.002 0.080 0.097 0.226 0.107 0.002 0.001 0.004 0.426 141 G 0.094 0.026 0.003 0.018 0.020 0.035 0.074 0.004 0.001 0.008 0.717 142 F 0.137 0.045 0.042 0.028 0.014 0.048 0.112 0.002 0.001 0.014 0.559 143 E 0.012 0.030 0.001 0.015 0.018 0.017 0.168 0.001 0.001 0.001 0.735 144 V 0.042 0.188 0.003 0.012 0.013 0.022 0.090 0.001 0.001 0.003 0.626 145 I 0.017 0.725 0.001 0.011 0.021 0.040 0.037 0.001 0.001 0.001 0.146 146 E 0.021 0.681 0.001 0.005 0.016 0.035 0.072 0.002 0.001 0.003 0.164 147 Q 0.048 0.864 0.001 0.001 0.003 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.067 148 I 0.025 0.934 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 149 E 0.026 0.904 0.003 0.003 0.005 0.013 0.002 0.012 0.001 0.001 0.031 150 N 0.108 0.516 0.006 0.005 0.010 0.015 0.005 0.175 0.001 0.001 0.159 151 L 0.432 0.350 0.048 0.006 0.006 0.007 0.005 0.054 0.001 0.001 0.092 152 K 0.127 0.094 0.070 0.021 0.044 0.036 0.047 0.044 0.001 0.003 0.515 153 T 0.023 0.016 0.075 0.022 0.030 0.041 0.072 0.003 0.001 0.002 0.717 154 D 0.031 0.016 0.002 0.068 0.050 0.058 0.195 0.002 0.001 0.003 0.576 155 A 0.105 0.014 0.002 0.020 0.009 0.012 0.195 0.001 0.001 0.017 0.625 156 A 0.144 0.017 0.003 0.017 0.007 0.011 0.416 0.002 0.001 0.027 0.355 157 S 0.463 0.017 0.007 0.028 0.008 0.010 0.205 0.004 0.001 0.043 0.216 158 R 0.326 0.021 0.017 0.036 0.023 0.023 0.214 0.002 0.001 0.016 0.322 159 P 0.002 0.001 0.003 0.004 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.964 160 Y 0.015 0.002 0.001 0.042 0.082 0.257 0.127 0.001 0.001 0.004 0.469 161 A 0.077 0.004 0.001 0.028 0.072 0.120 0.064 0.001 0.001 0.006 0.627 162 D 0.047 0.009 0.001 0.052 0.095 0.174 0.055 0.001 0.001 0.005 0.560 163 V 0.040 0.003 0.004 0.202 0.185 0.270 0.058 0.001 0.001 0.006 0.231 164 R 0.013 0.003 0.001 0.454 0.181 0.193 0.056 0.001 0.001 0.002 0.096 165 V 0.005 0.005 0.002 0.329 0.188 0.310 0.031 0.001 0.001 0.002 0.128 166 I 0.002 0.005 0.001 0.361 0.208 0.357 0.027 0.001 0.001 0.001 0.040 167 D 0.015 0.009 0.001 0.206 0.151 0.223 0.085 0.001 0.001 0.006 0.302 168 C 0.024 0.008 0.008 0.201 0.098 0.175 0.063 0.001 0.001 0.010 0.411 169 G 0.016 0.003 0.003 0.130 0.136 0.185 0.215 0.001 0.001 0.011 0.299 170 V 0.045 0.003 0.011 0.063 0.052 0.079 0.107 0.001 0.001 0.014 0.626 171 L 0.015 0.007 0.003 0.113 0.154 0.239 0.142 0.001 0.001 0.004 0.321 172 A 0.021 0.008 0.002 0.053 0.044 0.087 0.092 0.001 0.001 0.005 0.687