# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89.1856 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.042 0.003 0.025 0.029 0.031 0.091 0.006 0.773 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 3 Q 0.023 0.002 0.093 0.152 0.257 0.118 0.006 0.349 4 C 0.079 0.004 0.112 0.103 0.118 0.060 0.006 0.518 5 H 0.021 0.005 0.186 0.199 0.267 0.040 0.002 0.280 6 F 0.017 0.003 0.137 0.216 0.304 0.056 0.002 0.265 7 D 0.014 0.004 0.127 0.193 0.325 0.051 0.003 0.283 8 I 0.019 0.004 0.119 0.187 0.345 0.070 0.004 0.252 9 E 0.028 0.010 0.075 0.233 0.377 0.132 0.005 0.140 10 I 0.035 0.015 0.074 0.215 0.295 0.080 0.008 0.278 11 N 0.025 0.026 0.055 0.223 0.285 0.060 0.009 0.318 12 R 0.053 0.018 0.049 0.093 0.194 0.062 0.030 0.503 13 E 0.060 0.010 0.032 0.085 0.124 0.151 0.014 0.524 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 15 V 0.014 0.003 0.015 0.052 0.090 0.118 0.007 0.701 16 G 0.175 0.009 0.070 0.132 0.076 0.074 0.033 0.432 17 R 0.165 0.002 0.072 0.065 0.113 0.123 0.006 0.453 18 I 0.029 0.003 0.159 0.299 0.274 0.052 0.002 0.183 19 M 0.010 0.001 0.152 0.270 0.483 0.028 0.001 0.054 20 F 0.002 0.002 0.154 0.334 0.438 0.010 0.001 0.059 21 Q 0.002 0.003 0.229 0.272 0.431 0.013 0.001 0.048 22 L 0.006 0.009 0.114 0.283 0.423 0.034 0.002 0.128 23 F 0.017 0.011 0.136 0.142 0.452 0.064 0.006 0.172 24 S 0.026 0.017 0.057 0.075 0.149 0.102 0.010 0.564 25 D 0.072 0.022 0.023 0.016 0.038 0.126 0.031 0.672 26 I 0.336 0.022 0.012 0.009 0.014 0.164 0.045 0.398 27 C 0.188 0.047 0.033 0.034 0.021 0.146 0.023 0.508 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 K 0.008 0.025 0.024 0.028 0.068 0.190 0.002 0.655 30 T 0.037 0.191 0.018 0.014 0.020 0.080 0.004 0.635 31 C 0.034 0.613 0.017 0.015 0.043 0.049 0.004 0.225 32 K 0.049 0.613 0.012 0.008 0.013 0.094 0.005 0.206 33 N 0.068 0.704 0.003 0.004 0.005 0.046 0.009 0.161 34 F 0.024 0.909 0.004 0.003 0.004 0.006 0.005 0.046 35 L 0.005 0.945 0.003 0.005 0.008 0.005 0.003 0.027 36 C 0.006 0.941 0.003 0.008 0.010 0.004 0.003 0.025 37 L 0.026 0.908 0.004 0.013 0.019 0.005 0.007 0.018 38 C 0.047 0.872 0.007 0.026 0.015 0.003 0.013 0.017 39 S 0.048 0.714 0.046 0.056 0.039 0.010 0.029 0.058 40 G 0.156 0.224 0.037 0.058 0.071 0.029 0.091 0.334 41 E 0.296 0.068 0.037 0.030 0.042 0.097 0.043 0.387 42 K 0.038 0.043 0.028 0.031 0.031 0.114 0.021 0.693 43 G 0.074 0.048 0.039 0.052 0.056 0.112 0.026 0.594 44 L 0.109 0.022 0.056 0.054 0.080 0.131 0.011 0.537 45 G 0.062 0.021 0.032 0.085 0.114 0.110 0.008 0.568 46 K 0.061 0.021 0.043 0.073 0.130 0.094 0.009 0.571 47 T 0.042 0.018 0.025 0.054 0.078 0.149 0.009 0.625 48 T 0.081 0.019 0.026 0.059 0.080 0.151 0.017 0.567 49 G 0.130 0.019 0.040 0.051 0.072 0.169 0.033 0.486 50 K 0.143 0.013 0.091 0.054 0.076 0.291 0.014 0.317 51 K 0.015 0.012 0.049 0.070 0.076 0.085 0.004 0.688 52 L 0.036 0.016 0.081 0.126 0.258 0.086 0.006 0.391 53 C 0.036 0.013 0.143 0.140 0.204 0.085 0.010 0.370 54 Y 0.028 0.026 0.142 0.155 0.225 0.097 0.006 0.321 55 K 0.012 0.025 0.066 0.074 0.116 0.084 0.006 0.618 56 G 0.045 0.022 0.053 0.047 0.068 0.073 0.028 0.665 57 S 0.345 0.008 0.054 0.027 0.036 0.143 0.020 0.367 58 T 0.017 0.007 0.050 0.031 0.034 0.093 0.004 0.764 59 F 0.027 0.028 0.055 0.123 0.294 0.139 0.005 0.329 60 H 0.051 0.053 0.065 0.148 0.249 0.132 0.007 0.294 61 R 0.069 0.074 0.077 0.177 0.208 0.072 0.010 0.314 62 V 0.070 0.081 0.077 0.143 0.199 0.073 0.013 0.346 63 V 0.042 0.113 0.082 0.168 0.354 0.046 0.010 0.185 64 K 0.009 0.050 0.032 0.034 0.103 0.052 0.007 0.713 65 N 0.059 0.060 0.036 0.038 0.055 0.091 0.037 0.624 66 F 0.697 0.017 0.040 0.024 0.012 0.024 0.066 0.119 67 M 0.042 0.014 0.696 0.051 0.037 0.026 0.020 0.115 68 I 0.007 0.008 0.592 0.089 0.111 0.028 0.007 0.158 69 Q 0.011 0.009 0.470 0.114 0.172 0.080 0.005 0.140 70 G 0.009 0.010 0.194 0.077 0.145 0.065 0.004 0.494 71 G 0.013 0.006 0.221 0.057 0.090 0.134 0.008 0.472 72 D 0.056 0.003 0.039 0.055 0.067 0.186 0.008 0.585 73 F 0.028 0.005 0.031 0.073 0.084 0.074 0.004 0.700 74 S 0.025 0.006 0.017 0.069 0.135 0.404 0.006 0.339 75 E 0.086 0.012 0.020 0.056 0.073 0.136 0.010 0.608 76 G 0.045 0.023 0.014 0.040 0.049 0.325 0.009 0.495 77 N 0.125 0.022 0.020 0.045 0.046 0.148 0.033 0.562 78 G 0.100 0.032 0.048 0.057 0.061 0.167 0.028 0.507 79 K 0.054 0.009 0.025 0.041 0.072 0.281 0.016 0.501 80 G 0.059 0.011 0.030 0.047 0.077 0.145 0.014 0.616 81 G 0.076 0.010 0.034 0.052 0.095 0.150 0.009 0.574 82 E 0.043 0.007 0.051 0.071 0.105 0.143 0.005 0.575 83 S 0.039 0.010 0.030 0.080 0.183 0.108 0.005 0.546 84 I 0.062 0.020 0.061 0.162 0.311 0.087 0.006 0.291 85 Y 0.040 0.024 0.044 0.121 0.246 0.130 0.006 0.388 86 G 0.071 0.025 0.032 0.091 0.225 0.098 0.013 0.445 87 G 0.068 0.022 0.028 0.043 0.066 0.113 0.011 0.650 88 Y 0.069 0.019 0.019 0.026 0.043 0.134 0.011 0.680 89 F 0.119 0.034 0.038 0.039 0.086 0.138 0.010 0.536 90 K 0.043 0.037 0.022 0.027 0.064 0.129 0.008 0.669 91 D 0.048 0.048 0.017 0.015 0.037 0.082 0.010 0.744 92 E 0.153 0.081 0.024 0.016 0.029 0.207 0.021 0.470 93 N 0.172 0.124 0.026 0.028 0.027 0.216 0.039 0.367 94 F 0.227 0.118 0.079 0.051 0.055 0.059 0.031 0.381 95 I 0.082 0.064 0.060 0.039 0.086 0.162 0.008 0.498 96 L 0.075 0.080 0.071 0.077 0.164 0.127 0.010 0.397 97 K 0.076 0.114 0.041 0.066 0.106 0.142 0.012 0.443 98 H 0.108 0.075 0.045 0.042 0.062 0.132 0.020 0.516 99 D 0.117 0.096 0.044 0.037 0.044 0.128 0.019 0.516 100 R 0.079 0.082 0.071 0.039 0.057 0.174 0.021 0.477 101 A 0.035 0.062 0.046 0.025 0.037 0.219 0.012 0.564 102 F 0.097 0.105 0.097 0.045 0.070 0.210 0.019 0.357 103 L 0.055 0.318 0.198 0.079 0.099 0.080 0.009 0.162 104 L 0.028 0.337 0.184 0.096 0.196 0.052 0.009 0.098 105 S 0.060 0.330 0.108 0.100 0.244 0.051 0.010 0.098 106 M 0.090 0.344 0.058 0.115 0.181 0.036 0.023 0.154 107 A 0.150 0.290 0.072 0.095 0.141 0.040 0.040 0.172 108 N 0.227 0.106 0.037 0.072 0.083 0.067 0.095 0.313 109 R 0.219 0.073 0.091 0.054 0.074 0.055 0.057 0.377 110 G 0.100 0.032 0.037 0.032 0.056 0.255 0.027 0.461 111 K 0.022 0.009 0.015 0.010 0.010 0.046 0.005 0.883 112 H 0.027 0.043 0.049 0.036 0.049 0.123 0.012 0.661 113 T 0.149 0.015 0.041 0.019 0.025 0.175 0.022 0.555 114 N 0.051 0.023 0.054 0.031 0.029 0.289 0.018 0.504 115 G 0.131 0.029 0.047 0.039 0.048 0.192 0.038 0.475 116 S 0.139 0.013 0.054 0.023 0.037 0.440 0.013 0.281 117 Q 0.101 0.017 0.052 0.083 0.152 0.300 0.008 0.287 118 F 0.062 0.034 0.045 0.151 0.313 0.171 0.005 0.219 119 F 0.030 0.020 0.076 0.268 0.454 0.067 0.005 0.079 120 I 0.023 0.052 0.034 0.336 0.409 0.031 0.003 0.112 121 T 0.010 0.047 0.054 0.304 0.491 0.014 0.006 0.075 122 T 0.029 0.032 0.051 0.198 0.369 0.039 0.022 0.261 123 K 0.053 0.013 0.049 0.160 0.280 0.164 0.015 0.265 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 125 A 0.023 0.006 0.025 0.077 0.155 0.179 0.005 0.528 126 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 127 H 0.055 0.007 0.027 0.068 0.134 0.103 0.007 0.598 128 L 0.283 0.012 0.060 0.074 0.076 0.135 0.012 0.348 129 D 0.085 0.018 0.064 0.073 0.088 0.156 0.017 0.499 130 G 0.108 0.013 0.085 0.071 0.075 0.103 0.033 0.511 131 V 0.210 0.003 0.048 0.026 0.048 0.419 0.009 0.238 132 H 0.022 0.004 0.098 0.147 0.113 0.088 0.007 0.522 133 V 0.014 0.004 0.121 0.269 0.398 0.056 0.005 0.134 134 V 0.004 0.002 0.185 0.223 0.261 0.036 0.002 0.287 135 F 0.003 0.002 0.108 0.224 0.390 0.036 0.001 0.236 136 G 0.006 0.003 0.100 0.264 0.431 0.034 0.002 0.159 137 L 0.015 0.003 0.177 0.166 0.252 0.052 0.003 0.332 138 V 0.011 0.008 0.137 0.173 0.247 0.067 0.003 0.354 139 I 0.017 0.030 0.136 0.202 0.335 0.060 0.003 0.216 140 S 0.007 0.039 0.041 0.067 0.113 0.087 0.004 0.642 141 G 0.043 0.047 0.022 0.023 0.050 0.083 0.018 0.715 142 F 0.209 0.091 0.027 0.021 0.025 0.087 0.017 0.524 143 E 0.029 0.082 0.014 0.015 0.018 0.198 0.008 0.637 144 V 0.037 0.294 0.007 0.014 0.030 0.096 0.005 0.517 145 I 0.014 0.831 0.009 0.009 0.025 0.016 0.002 0.094 146 E 0.006 0.894 0.003 0.004 0.009 0.016 0.002 0.066 147 Q 0.008 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 148 I 0.030 0.928 0.002 0.002 0.004 0.002 0.008 0.025 149 E 0.048 0.884 0.004 0.005 0.006 0.004 0.017 0.032 150 N 0.149 0.610 0.009 0.008 0.007 0.007 0.062 0.147 151 L 0.401 0.224 0.058 0.017 0.018 0.024 0.071 0.189 152 K 0.065 0.169 0.050 0.038 0.023 0.082 0.024 0.549 153 T 0.021 0.058 0.075 0.036 0.041 0.052 0.009 0.708 154 D 0.029 0.067 0.054 0.041 0.055 0.106 0.008 0.640 155 A 0.051 0.030 0.029 0.015 0.020 0.224 0.011 0.620 156 A 0.079 0.029 0.013 0.011 0.015 0.458 0.028 0.366 157 S 0.439 0.076 0.018 0.015 0.012 0.061 0.091 0.288 158 R 0.320 0.020 0.071 0.047 0.042 0.216 0.017 0.267 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 Y 0.013 0.002 0.029 0.106 0.503 0.086 0.002 0.259 161 A 0.044 0.001 0.025 0.072 0.086 0.070 0.004 0.697 162 D 0.024 0.002 0.039 0.064 0.090 0.057 0.004 0.720 163 V 0.127 0.002 0.201 0.144 0.158 0.065 0.005 0.297 164 R 0.008 0.001 0.579 0.161 0.127 0.026 0.002 0.096 165 V 0.002 0.001 0.383 0.114 0.210 0.024 0.002 0.264 166 I 0.001 0.001 0.731 0.094 0.128 0.010 0.001 0.034 167 D 0.002 0.002 0.387 0.106 0.166 0.060 0.002 0.274 168 C 0.006 0.001 0.413 0.043 0.154 0.051 0.004 0.328 169 G 0.025 0.003 0.273 0.103 0.113 0.164 0.007 0.312 170 V 0.027 0.003 0.095 0.037 0.072 0.115 0.006 0.645 171 L 0.034 0.019 0.134 0.118 0.240 0.109 0.007 0.339 172 A 0.036 0.019 0.049 0.055 0.125 0.121 0.008 0.588