# TARGET T0346 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1396 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.743 0.201 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 2 P 0.306 0.292 0.183 0.149 0.059 0.011 0.001 3 Q 0.104 0.263 0.273 0.220 0.110 0.028 0.003 4 C 0.021 0.049 0.088 0.200 0.326 0.267 0.048 5 H 0.016 0.064 0.152 0.257 0.260 0.201 0.051 6 F 0.016 0.019 0.035 0.088 0.188 0.407 0.248 7 D 0.054 0.114 0.159 0.232 0.240 0.165 0.035 8 I 0.058 0.087 0.114 0.187 0.253 0.246 0.055 9 E 0.111 0.151 0.143 0.220 0.214 0.140 0.022 10 I 0.146 0.224 0.216 0.224 0.129 0.052 0.007 11 N 0.290 0.282 0.170 0.147 0.080 0.029 0.003 12 R 0.383 0.315 0.158 0.099 0.037 0.009 0.001 13 E 0.378 0.296 0.171 0.103 0.039 0.012 0.001 14 P 0.447 0.334 0.137 0.061 0.018 0.003 0.001 15 V 0.153 0.327 0.254 0.176 0.066 0.021 0.002 16 G 0.040 0.130 0.211 0.285 0.247 0.080 0.007 17 R 0.016 0.147 0.323 0.319 0.154 0.039 0.003 18 I 0.001 0.003 0.012 0.059 0.283 0.555 0.086 19 M 0.002 0.035 0.224 0.454 0.227 0.055 0.003 20 F 0.001 0.004 0.010 0.048 0.235 0.618 0.084 21 Q 0.002 0.059 0.303 0.417 0.179 0.039 0.001 22 L 0.002 0.015 0.044 0.189 0.429 0.313 0.008 23 F 0.027 0.216 0.324 0.289 0.125 0.018 0.001 24 S 0.201 0.442 0.233 0.103 0.019 0.002 0.001 25 D 0.434 0.423 0.111 0.027 0.005 0.001 0.001 26 I 0.159 0.379 0.253 0.154 0.047 0.007 0.001 27 C 0.026 0.078 0.165 0.315 0.312 0.101 0.003 28 P 0.033 0.243 0.351 0.271 0.091 0.012 0.001 29 K 0.024 0.141 0.280 0.363 0.165 0.026 0.001 30 T 0.003 0.016 0.030 0.084 0.296 0.501 0.069 31 C 0.001 0.014 0.054 0.218 0.440 0.250 0.022 32 K 0.004 0.122 0.360 0.374 0.110 0.028 0.002 33 N 0.001 0.002 0.018 0.120 0.407 0.395 0.057 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.351 0.627 35 L 0.001 0.006 0.050 0.276 0.369 0.273 0.026 36 C 0.001 0.039 0.213 0.394 0.232 0.112 0.009 37 L 0.001 0.001 0.004 0.028 0.162 0.629 0.176 38 C 0.001 0.001 0.006 0.054 0.377 0.538 0.024 39 S 0.002 0.091 0.377 0.384 0.134 0.012 0.001 40 G 0.045 0.219 0.322 0.321 0.082 0.011 0.001 41 E 0.257 0.506 0.164 0.052 0.017 0.003 0.001 42 K 0.194 0.336 0.274 0.154 0.037 0.004 0.001 43 G 0.332 0.313 0.201 0.113 0.035 0.006 0.001 44 L 0.424 0.249 0.169 0.105 0.046 0.008 0.001 45 G 0.572 0.227 0.108 0.067 0.022 0.003 0.001 46 K 0.725 0.189 0.057 0.022 0.006 0.001 0.001 47 T 0.552 0.250 0.106 0.069 0.019 0.004 0.001 48 T 0.613 0.233 0.093 0.044 0.014 0.003 0.001 49 G 0.411 0.261 0.165 0.114 0.041 0.007 0.001 50 K 0.255 0.290 0.205 0.161 0.073 0.016 0.001 51 K 0.151 0.265 0.251 0.212 0.098 0.022 0.001 52 L 0.039 0.073 0.133 0.298 0.321 0.130 0.005 53 C 0.057 0.156 0.211 0.277 0.212 0.082 0.005 54 Y 0.015 0.019 0.051 0.174 0.398 0.306 0.036 55 K 0.102 0.302 0.290 0.201 0.080 0.022 0.003 56 G 0.102 0.226 0.235 0.225 0.142 0.061 0.010 57 S 0.012 0.045 0.095 0.206 0.319 0.265 0.058 58 T 0.017 0.067 0.133 0.233 0.275 0.222 0.054 59 F 0.004 0.008 0.018 0.057 0.158 0.433 0.322 60 H 0.010 0.026 0.049 0.120 0.206 0.355 0.234 61 R 0.020 0.048 0.083 0.131 0.212 0.295 0.212 62 V 0.011 0.028 0.057 0.140 0.264 0.339 0.162 63 V 0.024 0.057 0.096 0.206 0.294 0.247 0.076 64 K 0.121 0.270 0.245 0.182 0.100 0.061 0.022 65 N 0.054 0.193 0.225 0.239 0.177 0.088 0.025 66 F 0.007 0.024 0.059 0.158 0.307 0.342 0.104 67 M 0.003 0.009 0.019 0.061 0.158 0.429 0.322 68 I 0.004 0.007 0.014 0.033 0.075 0.300 0.567 69 Q 0.010 0.016 0.026 0.053 0.111 0.317 0.467 70 G 0.011 0.024 0.048 0.095 0.151 0.304 0.367 71 G 0.015 0.027 0.050 0.113 0.192 0.340 0.262 72 D 0.013 0.056 0.104 0.173 0.256 0.269 0.130 73 F 0.016 0.034 0.066 0.152 0.275 0.326 0.132 74 S 0.053 0.138 0.192 0.225 0.211 0.147 0.034 75 E 0.094 0.182 0.219 0.248 0.160 0.081 0.015 76 G 0.230 0.276 0.200 0.154 0.093 0.039 0.008 77 N 0.293 0.255 0.210 0.140 0.068 0.028 0.005 78 G 0.340 0.262 0.181 0.126 0.062 0.025 0.005 79 K 0.483 0.240 0.134 0.083 0.042 0.016 0.003 80 G 0.288 0.234 0.190 0.158 0.087 0.036 0.006 81 G 0.325 0.240 0.173 0.140 0.082 0.034 0.005 82 E 0.235 0.248 0.196 0.169 0.101 0.044 0.007 83 S 0.175 0.169 0.184 0.211 0.167 0.083 0.010 84 I 0.153 0.185 0.196 0.218 0.158 0.080 0.011 85 Y 0.120 0.139 0.174 0.227 0.208 0.117 0.015 86 G 0.211 0.248 0.213 0.174 0.104 0.043 0.006 87 G 0.278 0.244 0.185 0.156 0.091 0.039 0.006 88 Y 0.245 0.277 0.195 0.151 0.092 0.036 0.004 89 F 0.172 0.210 0.222 0.221 0.129 0.041 0.004 90 K 0.381 0.306 0.157 0.096 0.041 0.016 0.003 91 D 0.368 0.264 0.168 0.114 0.057 0.024 0.004 92 E 0.273 0.217 0.171 0.167 0.119 0.048 0.006 93 N 0.208 0.236 0.215 0.188 0.110 0.039 0.005 94 F 0.205 0.214 0.200 0.202 0.123 0.048 0.007 95 I 0.297 0.306 0.187 0.121 0.059 0.025 0.005 96 L 0.090 0.124 0.163 0.247 0.235 0.121 0.020 97 K 0.155 0.260 0.233 0.203 0.104 0.039 0.005 98 H 0.071 0.090 0.124 0.230 0.303 0.163 0.018 99 D 0.144 0.255 0.255 0.202 0.107 0.035 0.003 100 R 0.091 0.233 0.253 0.236 0.136 0.048 0.004 101 A 0.023 0.107 0.201 0.308 0.242 0.109 0.011 102 F 0.003 0.015 0.044 0.148 0.337 0.388 0.064 103 L 0.002 0.004 0.012 0.043 0.139 0.452 0.349 104 L 0.002 0.002 0.004 0.015 0.055 0.290 0.632 105 S 0.003 0.004 0.010 0.025 0.066 0.284 0.609 106 M 0.004 0.007 0.016 0.041 0.109 0.352 0.469 107 A 0.013 0.038 0.065 0.139 0.225 0.307 0.213 108 N 0.031 0.074 0.120 0.197 0.258 0.219 0.101 109 R 0.064 0.141 0.180 0.207 0.220 0.141 0.046 110 G 0.114 0.180 0.189 0.221 0.155 0.099 0.041 111 K 0.151 0.205 0.200 0.184 0.138 0.085 0.036 112 H 0.143 0.174 0.154 0.166 0.174 0.136 0.052 113 T 0.063 0.093 0.113 0.177 0.226 0.227 0.102 114 N 0.065 0.105 0.124 0.178 0.206 0.218 0.103 115 G 0.026 0.059 0.092 0.162 0.208 0.269 0.184 116 S 0.011 0.035 0.064 0.135 0.204 0.316 0.235 117 Q 0.003 0.011 0.030 0.088 0.198 0.352 0.319 118 F 0.001 0.001 0.004 0.017 0.063 0.312 0.603 119 F 0.001 0.001 0.003 0.014 0.053 0.304 0.624 120 I 0.001 0.001 0.003 0.010 0.040 0.284 0.663 121 T 0.003 0.013 0.036 0.107 0.231 0.415 0.196 122 T 0.005 0.023 0.077 0.215 0.368 0.275 0.038 123 K 0.044 0.167 0.239 0.301 0.179 0.061 0.009 124 P 0.267 0.430 0.191 0.078 0.026 0.007 0.001 125 A 0.082 0.173 0.239 0.254 0.176 0.069 0.007 126 P 0.200 0.368 0.222 0.142 0.052 0.016 0.001 127 H 0.067 0.173 0.243 0.274 0.179 0.062 0.003 128 L 0.015 0.038 0.113 0.298 0.393 0.139 0.005 129 D 0.176 0.346 0.270 0.150 0.051 0.008 0.001 130 G 0.231 0.427 0.235 0.090 0.015 0.002 0.001 131 V 0.113 0.390 0.266 0.161 0.058 0.012 0.001 132 H 0.003 0.038 0.124 0.323 0.388 0.119 0.005 133 V 0.002 0.010 0.035 0.106 0.212 0.521 0.114 134 V 0.001 0.003 0.008 0.036 0.125 0.534 0.293 135 F 0.001 0.005 0.018 0.060 0.182 0.469 0.264 136 G 0.002 0.009 0.028 0.088 0.259 0.448 0.165 137 L 0.005 0.061 0.183 0.306 0.256 0.147 0.041 138 V 0.003 0.022 0.072 0.213 0.370 0.287 0.033 139 I 0.015 0.092 0.227 0.327 0.247 0.087 0.005 140 S 0.137 0.334 0.269 0.171 0.069 0.018 0.002 141 G 0.108 0.205 0.188 0.223 0.180 0.090 0.006 142 F 0.042 0.161 0.268 0.294 0.188 0.046 0.002 143 E 0.140 0.456 0.279 0.098 0.023 0.004 0.001 144 V 0.016 0.063 0.150 0.280 0.328 0.153 0.010 145 I 0.005 0.013 0.036 0.154 0.380 0.379 0.032 146 E 0.033 0.265 0.380 0.233 0.073 0.014 0.001 147 Q 0.059 0.229 0.366 0.259 0.074 0.013 0.001 148 I 0.010 0.021 0.050 0.189 0.448 0.265 0.017 149 E 0.048 0.124 0.274 0.322 0.182 0.047 0.003 150 N 0.262 0.444 0.209 0.064 0.018 0.003 0.001 151 L 0.072 0.186 0.302 0.307 0.116 0.016 0.001 152 K 0.208 0.304 0.256 0.166 0.056 0.010 0.001 153 T 0.230 0.238 0.251 0.190 0.079 0.011 0.001 154 D 0.711 0.215 0.053 0.017 0.003 0.001 0.001 155 A 0.810 0.134 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 156 A 0.892 0.089 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 157 S 0.678 0.242 0.058 0.018 0.003 0.001 0.001 158 R 0.317 0.329 0.207 0.115 0.028 0.003 0.001 159 P 0.246 0.269 0.236 0.180 0.061 0.007 0.001 160 Y 0.356 0.329 0.172 0.106 0.034 0.004 0.001 161 A 0.199 0.370 0.269 0.136 0.024 0.002 0.001 162 D 0.162 0.455 0.245 0.111 0.024 0.003 0.001 163 V 0.011 0.047 0.108 0.288 0.397 0.143 0.006 164 R 0.021 0.158 0.344 0.325 0.127 0.024 0.001 165 V 0.005 0.010 0.036 0.162 0.403 0.363 0.021 166 I 0.051 0.227 0.314 0.258 0.124 0.025 0.001 167 D 0.129 0.259 0.252 0.200 0.112 0.044 0.004 168 C 0.041 0.082 0.170 0.309 0.276 0.115 0.007 169 G 0.285 0.343 0.194 0.118 0.047 0.012 0.001 170 V 0.304 0.286 0.204 0.133 0.057 0.015 0.001 171 L 0.286 0.192 0.180 0.192 0.116 0.031 0.002 172 A 0.589 0.245 0.099 0.046 0.016 0.004 0.001