# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.076 0.008 0.001 0.012 0.044 0.028 0.161 0.016 0.001 0.051 0.603 2 P 0.024 0.010 0.001 0.056 0.054 0.081 0.144 0.005 0.001 0.039 0.587 3 Q 0.022 0.006 0.002 0.121 0.050 0.131 0.111 0.002 0.001 0.062 0.493 4 C 0.013 0.005 0.002 0.180 0.160 0.160 0.079 0.002 0.001 0.047 0.352 5 H 0.041 0.012 0.002 0.136 0.083 0.117 0.095 0.003 0.001 0.038 0.472 6 F 0.016 0.005 0.001 0.099 0.153 0.166 0.077 0.006 0.001 0.032 0.445 7 D 0.019 0.011 0.001 0.100 0.071 0.140 0.103 0.003 0.001 0.046 0.504 8 I 0.024 0.008 0.006 0.101 0.185 0.231 0.096 0.006 0.003 0.057 0.285 9 E 0.081 0.011 0.003 0.082 0.111 0.181 0.076 0.007 0.002 0.054 0.392 10 I 0.121 0.004 0.001 0.040 0.088 0.101 0.074 0.003 0.001 0.050 0.517 11 N 0.007 0.003 0.001 0.042 0.051 0.096 0.111 0.001 0.001 0.020 0.668 12 R 0.010 0.001 0.003 0.022 0.035 0.068 0.108 0.002 0.002 0.023 0.726 13 E 0.084 0.003 0.002 0.022 0.131 0.093 0.121 0.013 0.001 0.086 0.442 14 P 0.097 0.002 0.001 0.024 0.022 0.046 0.120 0.002 0.001 0.073 0.610 15 V 0.010 0.004 0.002 0.050 0.036 0.095 0.118 0.001 0.001 0.047 0.637 16 G 0.003 0.002 0.001 0.068 0.134 0.287 0.094 0.001 0.001 0.071 0.340 17 R 0.001 0.004 0.001 0.087 0.211 0.285 0.054 0.001 0.001 0.065 0.293 18 I 0.001 0.002 0.001 0.126 0.331 0.381 0.018 0.001 0.001 0.048 0.092 19 M 0.002 0.003 0.001 0.166 0.280 0.374 0.020 0.001 0.001 0.043 0.110 20 F 0.005 0.001 0.001 0.117 0.341 0.381 0.016 0.001 0.001 0.058 0.079 21 Q 0.004 0.008 0.002 0.135 0.269 0.365 0.047 0.001 0.002 0.042 0.126 22 L 0.111 0.033 0.011 0.075 0.113 0.161 0.077 0.009 0.012 0.033 0.364 23 F 0.576 0.120 0.002 0.013 0.014 0.018 0.032 0.048 0.002 0.047 0.128 24 S 0.259 0.027 0.002 0.010 0.008 0.015 0.077 0.003 0.002 0.073 0.526 25 D 0.032 0.095 0.007 0.034 0.012 0.031 0.109 0.002 0.001 0.047 0.629 26 I 0.019 0.100 0.002 0.009 0.043 0.022 0.090 0.005 0.001 0.185 0.523 27 C 0.024 0.787 0.002 0.002 0.005 0.004 0.019 0.018 0.001 0.022 0.117 28 P 0.033 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.008 0.060 29 K 0.018 0.632 0.007 0.003 0.002 0.003 0.014 0.003 0.002 0.234 0.082 30 T 0.028 0.774 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 0.001 0.111 0.056 31 C 0.024 0.861 0.009 0.003 0.001 0.002 0.008 0.010 0.002 0.035 0.045 32 K 0.028 0.793 0.004 0.007 0.002 0.003 0.023 0.003 0.001 0.038 0.096 33 N 0.022 0.743 0.003 0.009 0.002 0.004 0.037 0.006 0.001 0.031 0.141 34 F 0.073 0.558 0.009 0.016 0.005 0.008 0.050 0.032 0.002 0.115 0.133 35 L 0.098 0.176 0.015 0.039 0.009 0.021 0.079 0.009 0.006 0.315 0.232 36 C 0.063 0.117 0.023 0.049 0.014 0.034 0.126 0.005 0.012 0.164 0.394 37 L 0.093 0.038 0.025 0.036 0.016 0.032 0.137 0.008 0.012 0.105 0.500 38 C 0.303 0.025 0.009 0.031 0.020 0.031 0.093 0.011 0.007 0.094 0.375 39 S 0.077 0.008 0.002 0.014 0.004 0.015 0.101 0.004 0.001 0.036 0.739 40 G 0.080 0.005 0.001 0.012 0.005 0.014 0.080 0.004 0.001 0.041 0.756 41 E 0.038 0.005 0.001 0.015 0.011 0.019 0.124 0.002 0.001 0.048 0.736 42 K 0.007 0.001 0.001 0.015 0.011 0.023 0.112 0.002 0.001 0.021 0.807 43 G 0.161 0.010 0.001 0.028 0.026 0.028 0.117 0.003 0.001 0.081 0.546 44 L 0.026 0.003 0.001 0.018 0.016 0.023 0.121 0.002 0.001 0.059 0.730 45 G 0.037 0.014 0.002 0.018 0.008 0.017 0.181 0.002 0.001 0.038 0.681 46 K 0.109 0.014 0.002 0.016 0.024 0.031 0.132 0.014 0.001 0.066 0.589 47 T 0.253 0.027 0.001 0.007 0.009 0.011 0.100 0.004 0.001 0.041 0.546 48 T 0.030 0.012 0.001 0.011 0.027 0.053 0.128 0.008 0.001 0.028 0.701 49 G 0.087 0.056 0.002 0.014 0.012 0.024 0.109 0.005 0.001 0.034 0.656 50 K 0.099 0.051 0.002 0.019 0.101 0.099 0.112 0.022 0.001 0.060 0.434 51 K 0.051 0.029 0.002 0.037 0.050 0.114 0.101 0.003 0.001 0.040 0.573 52 L 0.026 0.008 0.011 0.063 0.103 0.150 0.100 0.002 0.003 0.060 0.472 53 C 0.113 0.007 0.003 0.054 0.061 0.086 0.114 0.007 0.002 0.068 0.485 54 Y 0.264 0.006 0.001 0.026 0.021 0.026 0.088 0.005 0.001 0.058 0.504 55 K 0.017 0.005 0.001 0.035 0.018 0.031 0.125 0.002 0.001 0.020 0.745 56 G 0.005 0.002 0.001 0.025 0.034 0.075 0.123 0.005 0.001 0.025 0.705 57 S 0.010 0.014 0.002 0.121 0.195 0.141 0.097 0.002 0.001 0.045 0.371 58 T 0.020 0.013 0.002 0.193 0.166 0.216 0.057 0.003 0.001 0.067 0.261 59 F 0.022 0.018 0.002 0.146 0.142 0.186 0.058 0.004 0.001 0.064 0.357 60 H 0.027 0.006 0.001 0.246 0.104 0.157 0.084 0.002 0.001 0.048 0.325 61 R 0.011 0.002 0.003 0.193 0.126 0.173 0.094 0.001 0.001 0.058 0.338 62 V 0.018 0.002 0.002 0.157 0.074 0.111 0.121 0.002 0.002 0.040 0.472 63 V 0.277 0.013 0.002 0.064 0.056 0.054 0.113 0.011 0.002 0.067 0.341 64 K 0.050 0.008 0.001 0.055 0.022 0.033 0.157 0.006 0.001 0.055 0.612 65 N 0.009 0.005 0.001 0.092 0.039 0.095 0.146 0.004 0.001 0.071 0.537 66 F 0.011 0.004 0.001 0.239 0.105 0.164 0.094 0.002 0.001 0.121 0.257 67 M 0.013 0.003 0.002 0.304 0.096 0.113 0.086 0.001 0.001 0.089 0.293 68 I 0.016 0.002 0.001 0.327 0.085 0.126 0.083 0.002 0.001 0.084 0.274 69 Q 0.042 0.003 0.001 0.203 0.039 0.092 0.133 0.002 0.001 0.105 0.380 70 G 0.034 0.002 0.001 0.114 0.028 0.058 0.191 0.003 0.001 0.079 0.487 71 G 0.016 0.002 0.001 0.061 0.032 0.074 0.219 0.005 0.001 0.067 0.523 72 D 0.075 0.006 0.001 0.079 0.022 0.041 0.192 0.003 0.001 0.116 0.463 73 F 0.052 0.003 0.002 0.059 0.029 0.045 0.177 0.003 0.001 0.129 0.499 74 S 0.034 0.003 0.001 0.038 0.013 0.030 0.211 0.004 0.001 0.080 0.585 75 E 0.197 0.007 0.001 0.026 0.012 0.019 0.149 0.005 0.001 0.084 0.499 76 G 0.058 0.003 0.001 0.020 0.008 0.013 0.206 0.005 0.001 0.081 0.606 77 N 0.016 0.001 0.001 0.019 0.008 0.021 0.223 0.004 0.001 0.048 0.659 78 G 0.083 0.006 0.001 0.054 0.019 0.046 0.199 0.004 0.001 0.102 0.485 79 K 0.066 0.006 0.001 0.039 0.021 0.036 0.179 0.002 0.001 0.074 0.576 80 G 0.025 0.010 0.001 0.036 0.024 0.061 0.188 0.004 0.001 0.058 0.593 81 G 0.062 0.027 0.001 0.044 0.032 0.061 0.180 0.005 0.001 0.090 0.497 82 E 0.035 0.012 0.003 0.042 0.068 0.115 0.215 0.006 0.002 0.097 0.407 83 S 0.074 0.014 0.004 0.049 0.056 0.112 0.138 0.005 0.002 0.073 0.473 84 I 0.233 0.015 0.003 0.039 0.033 0.064 0.115 0.008 0.002 0.094 0.394 85 Y 0.112 0.019 0.001 0.026 0.020 0.044 0.131 0.009 0.001 0.052 0.583 86 G 0.039 0.007 0.001 0.018 0.021 0.051 0.134 0.005 0.001 0.027 0.697 87 G 0.009 0.002 0.001 0.023 0.095 0.124 0.133 0.002 0.001 0.022 0.590 88 Y 0.008 0.008 0.001 0.041 0.056 0.076 0.127 0.001 0.001 0.027 0.655 89 F 0.068 0.018 0.004 0.033 0.067 0.053 0.121 0.009 0.002 0.056 0.569 90 K 0.236 0.095 0.004 0.017 0.011 0.014 0.093 0.014 0.002 0.055 0.458 91 D 0.261 0.103 0.004 0.011 0.006 0.012 0.066 0.006 0.002 0.035 0.493 92 E 0.064 0.118 0.004 0.022 0.014 0.032 0.087 0.007 0.001 0.031 0.620 93 N 0.128 0.143 0.003 0.010 0.045 0.063 0.082 0.008 0.001 0.035 0.483 94 F 0.118 0.097 0.003 0.022 0.090 0.089 0.092 0.012 0.002 0.042 0.434 95 I 0.071 0.059 0.003 0.016 0.045 0.066 0.105 0.005 0.002 0.023 0.604 96 L 0.097 0.047 0.002 0.022 0.052 0.064 0.102 0.009 0.001 0.041 0.562 97 K 0.115 0.046 0.002 0.020 0.042 0.063 0.115 0.004 0.002 0.040 0.551 98 H 0.036 0.033 0.008 0.034 0.026 0.053 0.110 0.003 0.003 0.027 0.667 99 D 0.064 0.079 0.003 0.020 0.054 0.072 0.103 0.009 0.002 0.060 0.533 100 R 0.191 0.229 0.002 0.018 0.028 0.031 0.084 0.010 0.001 0.046 0.359 101 A 0.022 0.074 0.002 0.064 0.073 0.106 0.122 0.004 0.001 0.076 0.457 102 F 0.005 0.187 0.003 0.067 0.097 0.206 0.067 0.003 0.001 0.065 0.301 103 L 0.042 0.182 0.004 0.061 0.192 0.169 0.051 0.010 0.001 0.067 0.221 104 L 0.019 0.129 0.009 0.105 0.165 0.165 0.048 0.004 0.003 0.073 0.281 105 S 0.047 0.086 0.008 0.068 0.106 0.180 0.062 0.009 0.005 0.201 0.228 106 M 0.169 0.046 0.019 0.072 0.044 0.085 0.071 0.021 0.011 0.219 0.244 107 A 0.146 0.017 0.006 0.071 0.061 0.094 0.107 0.007 0.004 0.092 0.396 108 N 0.035 0.006 0.001 0.059 0.035 0.081 0.126 0.001 0.001 0.042 0.612 109 R 0.009 0.002 0.001 0.078 0.022 0.040 0.143 0.002 0.001 0.042 0.660 110 G 0.099 0.007 0.001 0.052 0.042 0.044 0.169 0.005 0.001 0.103 0.477 111 K 0.016 0.002 0.001 0.036 0.010 0.021 0.192 0.003 0.001 0.048 0.670 112 H 0.081 0.004 0.002 0.034 0.008 0.021 0.155 0.003 0.001 0.059 0.633 113 T 0.111 0.004 0.003 0.040 0.012 0.029 0.165 0.004 0.002 0.143 0.488 114 N 0.070 0.003 0.002 0.025 0.008 0.028 0.178 0.002 0.001 0.071 0.613 115 G 0.034 0.003 0.002 0.034 0.033 0.090 0.182 0.004 0.001 0.088 0.530 116 S 0.009 0.003 0.001 0.048 0.068 0.160 0.180 0.002 0.001 0.082 0.447 117 Q 0.002 0.001 0.001 0.063 0.130 0.316 0.085 0.001 0.001 0.110 0.291 118 F 0.001 0.001 0.001 0.090 0.237 0.379 0.041 0.001 0.001 0.079 0.170 119 F 0.001 0.001 0.001 0.108 0.248 0.388 0.030 0.001 0.001 0.067 0.157 120 I 0.005 0.001 0.001 0.130 0.279 0.305 0.032 0.001 0.001 0.084 0.163 121 T 0.006 0.001 0.001 0.108 0.168 0.320 0.064 0.001 0.001 0.066 0.266 122 T 0.052 0.001 0.001 0.057 0.065 0.083 0.103 0.001 0.001 0.041 0.596 123 K 0.013 0.001 0.001 0.026 0.053 0.083 0.166 0.009 0.001 0.045 0.605 124 P 0.066 0.006 0.001 0.021 0.009 0.013 0.119 0.003 0.001 0.035 0.727 125 A 0.151 0.007 0.003 0.024 0.032 0.040 0.136 0.010 0.001 0.088 0.508 126 P 0.048 0.003 0.002 0.011 0.014 0.021 0.125 0.003 0.001 0.053 0.718 127 H 0.113 0.002 0.002 0.014 0.014 0.032 0.125 0.004 0.001 0.049 0.645 128 L 0.225 0.002 0.001 0.019 0.014 0.022 0.120 0.004 0.001 0.077 0.516 129 D 0.030 0.002 0.001 0.015 0.006 0.014 0.171 0.001 0.001 0.021 0.738 130 G 0.004 0.001 0.001 0.023 0.027 0.040 0.170 0.003 0.001 0.020 0.711 131 V 0.003 0.003 0.001 0.191 0.102 0.090 0.125 0.001 0.001 0.054 0.429 132 H 0.001 0.002 0.001 0.365 0.140 0.208 0.042 0.001 0.001 0.065 0.175 133 V 0.002 0.003 0.001 0.406 0.156 0.156 0.027 0.001 0.001 0.039 0.209 134 V 0.006 0.005 0.001 0.378 0.214 0.171 0.029 0.001 0.001 0.034 0.160 135 F 0.009 0.009 0.001 0.292 0.123 0.195 0.049 0.003 0.001 0.053 0.266 136 G 0.020 0.008 0.001 0.257 0.092 0.176 0.062 0.002 0.001 0.094 0.288 137 L 0.028 0.011 0.008 0.124 0.158 0.179 0.097 0.002 0.006 0.141 0.246 138 V 0.084 0.012 0.006 0.066 0.094 0.115 0.108 0.005 0.004 0.074 0.432 139 I 0.241 0.064 0.003 0.039 0.047 0.048 0.076 0.009 0.002 0.106 0.365 140 S 0.047 0.227 0.001 0.012 0.008 0.013 0.093 0.004 0.001 0.045 0.549 141 G 0.007 0.569 0.001 0.005 0.006 0.011 0.038 0.006 0.001 0.016 0.341 142 F 0.006 0.877 0.001 0.006 0.008 0.006 0.012 0.002 0.001 0.012 0.071 143 E 0.001 0.974 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 144 V 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 145 I 0.016 0.851 0.001 0.013 0.005 0.003 0.003 0.003 0.001 0.085 0.019 146 E 0.013 0.456 0.035 0.029 0.005 0.006 0.020 0.003 0.011 0.362 0.059 147 Q 0.143 0.224 0.113 0.037 0.006 0.009 0.056 0.034 0.034 0.191 0.152 148 I 0.273 0.042 0.049 0.031 0.006 0.012 0.073 0.022 0.038 0.092 0.363 149 E 0.113 0.008 0.001 0.009 0.006 0.013 0.072 0.002 0.001 0.023 0.753 150 N 0.009 0.005 0.001 0.005 0.002 0.007 0.059 0.001 0.001 0.010 0.902 151 L 0.023 0.002 0.001 0.004 0.012 0.021 0.116 0.007 0.001 0.026 0.789 152 K 0.042 0.016 0.002 0.010 0.013 0.021 0.100 0.002 0.001 0.031 0.763 153 T 0.016 0.004 0.004 0.009 0.006 0.015 0.085 0.004 0.002 0.016 0.840 154 D 0.608 0.022 0.002 0.006 0.006 0.010 0.032 0.020 0.001 0.053 0.239 155 A 0.427 0.009 0.001 0.005 0.002 0.004 0.043 0.002 0.001 0.035 0.473 156 A 0.005 0.002 0.001 0.007 0.007 0.021 0.081 0.001 0.001 0.010 0.866 157 S 0.020 0.004 0.001 0.006 0.016 0.017 0.066 0.001 0.001 0.013 0.855 158 R 0.064 0.001 0.001 0.004 0.116 0.047 0.115 0.017 0.001 0.070 0.565 159 P 0.036 0.001 0.001 0.009 0.012 0.023 0.114 0.002 0.001 0.023 0.779 160 Y 0.038 0.001 0.001 0.030 0.014 0.036 0.104 0.001 0.001 0.030 0.744 161 A 0.005 0.002 0.001 0.045 0.082 0.079 0.137 0.001 0.001 0.037 0.614 162 D 0.001 0.001 0.001 0.072 0.144 0.296 0.081 0.002 0.001 0.044 0.359 163 V 0.001 0.001 0.001 0.273 0.179 0.187 0.039 0.001 0.001 0.049 0.269 164 R 0.001 0.001 0.001 0.293 0.271 0.285 0.017 0.001 0.001 0.037 0.093 165 V 0.012 0.001 0.001 0.243 0.152 0.172 0.041 0.001 0.001 0.047 0.330 166 I 0.023 0.002 0.001 0.194 0.183 0.168 0.055 0.005 0.001 0.034 0.337 167 D 0.067 0.009 0.001 0.082 0.064 0.100 0.102 0.005 0.001 0.042 0.527 168 C 0.016 0.002 0.001 0.066 0.128 0.219 0.100 0.007 0.001 0.022 0.439 169 G 0.050 0.007 0.002 0.083 0.123 0.177 0.090 0.002 0.001 0.035 0.430 170 V 0.028 0.005 0.002 0.069 0.139 0.131 0.085 0.003 0.001 0.034 0.504 171 L 0.070 0.019 0.003 0.048 0.057 0.074 0.118 0.004 0.002 0.036 0.570 172 A 0.059 0.015 0.003 0.026 0.040 0.057 0.116 0.010 0.002 0.041 0.631