# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.162 0.026 0.012 0.032 0.037 0.091 0.074 0.564 2 P 0.034 0.022 0.022 0.029 0.064 0.125 0.041 0.662 3 Q 0.017 0.019 0.062 0.065 0.148 0.109 0.053 0.528 4 C 0.022 0.026 0.064 0.102 0.132 0.107 0.054 0.493 5 H 0.038 0.050 0.129 0.090 0.134 0.092 0.087 0.381 6 F 0.047 0.050 0.077 0.101 0.144 0.088 0.108 0.385 7 D 0.022 0.024 0.092 0.094 0.164 0.068 0.253 0.282 8 I 0.016 0.017 0.109 0.150 0.270 0.066 0.136 0.236 9 E 0.048 0.008 0.076 0.177 0.324 0.059 0.057 0.251 10 I 0.036 0.003 0.049 0.182 0.186 0.077 0.054 0.413 11 N 0.013 0.003 0.033 0.088 0.198 0.103 0.045 0.518 12 R 0.014 0.002 0.022 0.041 0.114 0.133 0.043 0.632 13 E 0.097 0.003 0.027 0.064 0.052 0.140 0.068 0.548 14 P 0.187 0.011 0.026 0.038 0.062 0.110 0.067 0.501 15 V 0.022 0.007 0.032 0.020 0.064 0.113 0.027 0.716 16 G 0.012 0.010 0.122 0.108 0.354 0.089 0.035 0.270 17 R 0.002 0.005 0.120 0.167 0.301 0.049 0.055 0.301 18 I 0.001 0.005 0.201 0.355 0.329 0.019 0.027 0.063 19 M 0.004 0.009 0.287 0.219 0.347 0.015 0.057 0.062 20 F 0.008 0.011 0.260 0.337 0.222 0.019 0.058 0.084 21 Q 0.005 0.012 0.362 0.184 0.264 0.021 0.079 0.073 22 L 0.041 0.034 0.208 0.123 0.173 0.064 0.109 0.249 23 F 0.423 0.072 0.056 0.063 0.065 0.043 0.093 0.184 24 S 0.097 0.031 0.018 0.016 0.026 0.069 0.091 0.651 25 D 0.019 0.033 0.016 0.011 0.029 0.131 0.034 0.725 26 I 0.026 0.039 0.017 0.017 0.020 0.108 0.079 0.693 27 C 0.085 0.356 0.011 0.020 0.013 0.078 0.103 0.335 28 P 0.075 0.471 0.014 0.004 0.009 0.050 0.053 0.324 29 K 0.022 0.249 0.027 0.019 0.013 0.051 0.399 0.221 30 T 0.033 0.864 0.009 0.002 0.003 0.008 0.055 0.026 31 C 0.042 0.891 0.005 0.001 0.002 0.009 0.018 0.031 32 K 0.009 0.841 0.016 0.007 0.007 0.013 0.022 0.086 33 N 0.011 0.890 0.009 0.002 0.007 0.010 0.032 0.039 34 F 0.030 0.831 0.017 0.005 0.007 0.014 0.060 0.036 35 L 0.054 0.258 0.082 0.062 0.047 0.032 0.364 0.100 36 C 0.021 0.128 0.050 0.043 0.062 0.078 0.299 0.320 37 L 0.106 0.099 0.109 0.055 0.106 0.099 0.125 0.301 38 C 0.226 0.036 0.055 0.097 0.110 0.096 0.067 0.313 39 S 0.019 0.006 0.016 0.017 0.038 0.079 0.027 0.798 40 G 0.071 0.010 0.017 0.032 0.063 0.129 0.025 0.655 41 E 0.065 0.006 0.025 0.057 0.067 0.141 0.050 0.588 42 K 0.034 0.003 0.017 0.022 0.035 0.123 0.015 0.751 43 G 0.072 0.004 0.021 0.052 0.068 0.085 0.061 0.638 44 L 0.011 0.002 0.015 0.041 0.046 0.114 0.046 0.726 45 G 0.029 0.007 0.032 0.042 0.075 0.101 0.075 0.640 46 K 0.174 0.010 0.016 0.053 0.060 0.099 0.034 0.553 47 T 0.121 0.015 0.017 0.039 0.046 0.077 0.036 0.648 48 T 0.026 0.015 0.023 0.042 0.147 0.117 0.027 0.603 49 G 0.017 0.007 0.034 0.054 0.144 0.091 0.046 0.606 50 K 0.039 0.012 0.029 0.319 0.172 0.065 0.048 0.316 51 K 0.027 0.007 0.044 0.095 0.137 0.086 0.054 0.550 52 L 0.008 0.004 0.069 0.146 0.302 0.088 0.050 0.334 53 C 0.043 0.003 0.066 0.066 0.153 0.070 0.058 0.540 54 Y 0.146 0.008 0.036 0.124 0.084 0.086 0.170 0.345 55 K 0.016 0.013 0.037 0.034 0.100 0.131 0.024 0.645 56 G 0.021 0.019 0.036 0.028 0.127 0.106 0.038 0.624 57 S 0.023 0.034 0.072 0.172 0.190 0.082 0.089 0.338 58 T 0.025 0.047 0.099 0.176 0.245 0.061 0.074 0.273 59 F 0.024 0.042 0.066 0.222 0.298 0.041 0.078 0.229 60 H 0.029 0.031 0.092 0.195 0.236 0.046 0.088 0.284 61 R 0.005 0.012 0.093 0.284 0.270 0.053 0.069 0.214 62 V 0.017 0.015 0.089 0.078 0.137 0.095 0.085 0.486 63 V 0.293 0.042 0.062 0.096 0.065 0.074 0.164 0.203 64 K 0.055 0.026 0.037 0.028 0.054 0.130 0.051 0.619 65 N 0.011 0.018 0.080 0.024 0.099 0.094 0.100 0.574 66 F 0.004 0.007 0.304 0.132 0.201 0.066 0.151 0.135 67 M 0.013 0.006 0.345 0.126 0.167 0.052 0.102 0.189 68 I 0.071 0.004 0.349 0.170 0.110 0.055 0.062 0.178 69 Q 0.043 0.005 0.181 0.042 0.094 0.134 0.057 0.445 70 G 0.015 0.003 0.057 0.023 0.072 0.138 0.034 0.659 71 G 0.018 0.003 0.066 0.040 0.070 0.180 0.055 0.569 72 D 0.055 0.007 0.058 0.083 0.093 0.173 0.106 0.425 73 F 0.064 0.004 0.039 0.051 0.070 0.152 0.073 0.548 74 S 0.049 0.004 0.033 0.041 0.065 0.141 0.073 0.595 75 E 0.065 0.003 0.026 0.027 0.047 0.167 0.044 0.622 76 G 0.057 0.003 0.023 0.027 0.043 0.162 0.047 0.637 77 N 0.035 0.004 0.030 0.027 0.057 0.174 0.032 0.641 78 G 0.082 0.006 0.027 0.021 0.046 0.153 0.041 0.625 79 K 0.075 0.010 0.027 0.053 0.068 0.170 0.054 0.543 80 G 0.038 0.012 0.025 0.022 0.048 0.135 0.035 0.686 81 G 0.097 0.030 0.026 0.059 0.093 0.148 0.071 0.477 82 E 0.030 0.023 0.041 0.062 0.108 0.134 0.059 0.543 83 S 0.085 0.030 0.034 0.060 0.117 0.116 0.060 0.499 84 I 0.233 0.033 0.031 0.106 0.104 0.092 0.063 0.339 85 Y 0.045 0.027 0.018 0.049 0.128 0.095 0.033 0.604 86 G 0.063 0.036 0.019 0.037 0.109 0.086 0.024 0.626 87 G 0.017 0.026 0.030 0.210 0.175 0.106 0.032 0.404 88 Y 0.035 0.051 0.019 0.033 0.047 0.113 0.023 0.680 89 F 0.184 0.109 0.042 0.073 0.069 0.076 0.169 0.279 90 K 0.124 0.103 0.016 0.023 0.028 0.091 0.066 0.550 91 D 0.277 0.249 0.011 0.012 0.018 0.037 0.086 0.311 92 E 0.049 0.205 0.016 0.032 0.047 0.099 0.034 0.520 93 N 0.060 0.104 0.025 0.032 0.072 0.079 0.060 0.568 94 F 0.100 0.074 0.021 0.072 0.068 0.104 0.101 0.461 95 I 0.061 0.038 0.038 0.049 0.074 0.121 0.132 0.487 96 L 0.121 0.027 0.022 0.036 0.051 0.107 0.073 0.563 97 K 0.091 0.029 0.021 0.029 0.042 0.095 0.049 0.644 98 H 0.024 0.021 0.015 0.013 0.027 0.097 0.022 0.780 99 D 0.081 0.081 0.029 0.025 0.045 0.130 0.051 0.558 100 R 0.057 0.173 0.028 0.043 0.052 0.092 0.071 0.485 101 A 0.009 0.082 0.072 0.037 0.094 0.126 0.154 0.426 102 F 0.006 0.160 0.159 0.105 0.206 0.033 0.239 0.093 103 L 0.039 0.265 0.142 0.139 0.186 0.043 0.076 0.110 104 L 0.017 0.042 0.403 0.154 0.140 0.028 0.141 0.076 105 S 0.030 0.079 0.213 0.107 0.213 0.051 0.148 0.160 106 M 0.131 0.036 0.162 0.086 0.137 0.081 0.134 0.232 107 A 0.085 0.016 0.042 0.043 0.066 0.184 0.059 0.504 108 N 0.055 0.009 0.018 0.024 0.054 0.116 0.050 0.673 109 R 0.021 0.003 0.009 0.012 0.022 0.140 0.030 0.763 110 G 0.063 0.008 0.024 0.041 0.056 0.187 0.175 0.446 111 K 0.031 0.004 0.016 0.023 0.036 0.154 0.039 0.697 112 H 0.192 0.005 0.019 0.014 0.023 0.120 0.048 0.580 113 T 0.259 0.012 0.019 0.014 0.015 0.109 0.091 0.481 114 N 0.054 0.012 0.020 0.008 0.032 0.189 0.019 0.665 115 G 0.029 0.011 0.032 0.014 0.068 0.137 0.033 0.677 116 S 0.016 0.017 0.084 0.144 0.248 0.130 0.074 0.288 117 Q 0.004 0.004 0.122 0.146 0.330 0.056 0.114 0.224 118 F 0.001 0.002 0.136 0.292 0.382 0.020 0.102 0.064 119 F 0.004 0.002 0.182 0.258 0.439 0.017 0.040 0.058 120 I 0.010 0.001 0.128 0.369 0.372 0.019 0.025 0.075 121 T 0.007 0.002 0.108 0.204 0.453 0.033 0.035 0.158 122 T 0.029 0.004 0.053 0.090 0.218 0.121 0.039 0.446 123 K 0.019 0.003 0.034 0.110 0.116 0.186 0.042 0.491 124 P 0.035 0.004 0.008 0.014 0.018 0.099 0.029 0.793 125 A 0.339 0.019 0.012 0.027 0.028 0.105 0.110 0.361 126 P 0.041 0.007 0.017 0.021 0.032 0.143 0.054 0.686 127 H 0.105 0.004 0.016 0.012 0.029 0.114 0.046 0.674 128 L 0.251 0.006 0.016 0.021 0.024 0.117 0.070 0.495 129 D 0.062 0.008 0.013 0.013 0.044 0.144 0.026 0.690 130 G 0.019 0.006 0.029 0.022 0.116 0.122 0.024 0.662 131 V 0.006 0.003 0.070 0.224 0.329 0.095 0.033 0.239 132 H 0.002 0.003 0.161 0.215 0.387 0.035 0.035 0.162 133 V 0.006 0.003 0.138 0.312 0.360 0.025 0.029 0.127 134 V 0.013 0.006 0.161 0.365 0.305 0.024 0.031 0.097 135 F 0.012 0.012 0.101 0.179 0.376 0.039 0.038 0.243 136 G 0.011 0.011 0.112 0.202 0.405 0.032 0.066 0.161 137 L 0.006 0.012 0.121 0.344 0.313 0.034 0.055 0.115 138 V 0.047 0.034 0.105 0.142 0.220 0.058 0.060 0.334 139 I 0.151 0.035 0.077 0.186 0.140 0.058 0.083 0.270 140 S 0.034 0.095 0.022 0.042 0.075 0.082 0.037 0.614 141 G 0.026 0.527 0.007 0.006 0.019 0.033 0.027 0.354 142 F 0.019 0.714 0.019 0.036 0.018 0.026 0.044 0.123 143 E 0.012 0.853 0.018 0.029 0.014 0.010 0.020 0.044 144 V 0.041 0.916 0.008 0.002 0.004 0.003 0.011 0.014 145 I 0.127 0.744 0.036 0.007 0.006 0.007 0.050 0.024 146 E 0.043 0.396 0.062 0.031 0.018 0.022 0.162 0.265 147 Q 0.081 0.361 0.030 0.006 0.009 0.038 0.081 0.393 148 I 0.402 0.130 0.048 0.013 0.010 0.050 0.131 0.217 149 E 0.116 0.026 0.012 0.011 0.011 0.071 0.055 0.698 150 N 0.016 0.009 0.004 0.002 0.005 0.059 0.029 0.878 151 L 0.039 0.028 0.013 0.015 0.013 0.170 0.030 0.692 152 K 0.085 0.019 0.018 0.017 0.023 0.160 0.043 0.633 153 T 0.056 0.009 0.014 0.007 0.007 0.093 0.062 0.753 154 D 0.484 0.021 0.014 0.010 0.011 0.068 0.071 0.320 155 A 0.248 0.005 0.009 0.007 0.008 0.076 0.037 0.610 156 A 0.012 0.002 0.013 0.010 0.024 0.113 0.015 0.812 157 S 0.012 0.001 0.014 0.009 0.034 0.092 0.022 0.816 158 R 0.025 0.002 0.031 0.089 0.056 0.179 0.043 0.575 159 P 0.023 0.002 0.039 0.021 0.038 0.094 0.033 0.748 160 Y 0.070 0.006 0.043 0.031 0.051 0.127 0.076 0.595 161 A 0.020 0.006 0.119 0.073 0.118 0.111 0.052 0.501 162 D 0.007 0.005 0.144 0.062 0.171 0.084 0.054 0.473 163 V 0.003 0.004 0.300 0.174 0.236 0.051 0.040 0.193 164 R 0.007 0.007 0.378 0.178 0.254 0.029 0.043 0.104 165 V 0.012 0.010 0.353 0.155 0.170 0.042 0.074 0.184 166 I 0.046 0.013 0.284 0.153 0.156 0.071 0.052 0.225 167 D 0.103 0.016 0.101 0.092 0.158 0.082 0.099 0.350 168 C 0.032 0.012 0.070 0.049 0.118 0.108 0.041 0.570 169 G 0.022 0.008 0.086 0.144 0.279 0.083 0.050 0.327 170 V 0.015 0.006 0.038 0.118 0.154 0.095 0.050 0.525 171 L 0.044 0.012 0.054 0.138 0.168 0.095 0.080 0.410 172 A 0.072 0.013 0.023 0.062 0.088 0.106 0.060 0.577