# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.430 0.188 0.052 0.115 0.067 0.046 0.039 0.023 0.020 0.013 0.008 2 P 0.476 0.144 0.041 0.105 0.070 0.050 0.046 0.026 0.021 0.014 0.008 3 Q 0.235 0.265 0.068 0.165 0.107 0.068 0.046 0.021 0.014 0.007 0.003 4 C 0.045 0.080 0.033 0.113 0.119 0.131 0.162 0.120 0.106 0.061 0.030 5 H 0.063 0.085 0.073 0.212 0.173 0.130 0.113 0.063 0.047 0.027 0.015 6 F 0.064 0.047 0.055 0.101 0.091 0.089 0.135 0.119 0.142 0.102 0.055 7 D 0.067 0.111 0.095 0.272 0.171 0.110 0.088 0.042 0.028 0.012 0.004 8 I 0.052 0.043 0.032 0.070 0.071 0.097 0.177 0.147 0.156 0.106 0.049 9 E 0.069 0.108 0.082 0.174 0.138 0.120 0.133 0.073 0.057 0.031 0.016 10 I 0.038 0.059 0.057 0.104 0.098 0.104 0.159 0.117 0.124 0.087 0.051 11 N 0.110 0.118 0.081 0.150 0.116 0.106 0.129 0.072 0.060 0.035 0.021 12 R 0.327 0.187 0.092 0.167 0.093 0.056 0.040 0.016 0.011 0.006 0.004 13 E 0.122 0.122 0.053 0.156 0.136 0.117 0.124 0.068 0.051 0.031 0.019 14 P 0.234 0.209 0.081 0.182 0.110 0.072 0.055 0.023 0.017 0.010 0.007 15 V 0.059 0.066 0.043 0.160 0.170 0.158 0.165 0.079 0.054 0.030 0.017 16 G 0.083 0.060 0.035 0.118 0.123 0.121 0.173 0.107 0.092 0.055 0.033 17 R 0.006 0.049 0.059 0.370 0.288 0.139 0.061 0.016 0.007 0.003 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.049 0.118 0.249 0.290 0.274 19 M 0.006 0.035 0.031 0.255 0.275 0.190 0.135 0.044 0.020 0.006 0.003 20 F 0.001 0.002 0.002 0.005 0.006 0.013 0.064 0.125 0.272 0.309 0.202 21 Q 0.026 0.061 0.069 0.296 0.253 0.137 0.094 0.035 0.019 0.007 0.004 22 L 0.004 0.005 0.004 0.008 0.010 0.022 0.086 0.145 0.259 0.257 0.199 23 F 0.010 0.057 0.042 0.192 0.166 0.138 0.166 0.095 0.076 0.040 0.018 24 S 0.122 0.114 0.055 0.150 0.139 0.130 0.135 0.070 0.048 0.025 0.012 25 D 0.316 0.179 0.109 0.182 0.098 0.051 0.036 0.014 0.008 0.004 0.002 26 I 0.088 0.106 0.054 0.148 0.128 0.125 0.151 0.077 0.065 0.037 0.020 27 C 0.031 0.041 0.015 0.048 0.058 0.086 0.157 0.146 0.176 0.145 0.097 28 P 0.138 0.116 0.074 0.149 0.139 0.133 0.124 0.056 0.039 0.020 0.011 29 K 0.140 0.114 0.104 0.165 0.135 0.110 0.109 0.054 0.037 0.021 0.012 30 T 0.010 0.029 0.023 0.068 0.069 0.090 0.168 0.146 0.174 0.131 0.093 31 C 0.005 0.008 0.013 0.028 0.034 0.055 0.145 0.152 0.210 0.192 0.157 32 K 0.081 0.086 0.226 0.260 0.165 0.089 0.054 0.018 0.012 0.006 0.003 33 N 0.005 0.023 0.042 0.129 0.153 0.179 0.231 0.108 0.073 0.038 0.018 34 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.039 0.089 0.217 0.297 0.337 35 L 0.001 0.004 0.012 0.042 0.079 0.169 0.297 0.160 0.122 0.078 0.036 36 C 0.003 0.025 0.248 0.205 0.173 0.127 0.104 0.050 0.034 0.020 0.010 37 L 0.001 0.002 0.007 0.023 0.041 0.080 0.229 0.196 0.193 0.142 0.086 38 C 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.022 0.078 0.142 0.242 0.274 0.219 39 S 0.013 0.066 0.076 0.233 0.232 0.172 0.127 0.045 0.024 0.009 0.003 40 G 0.112 0.123 0.113 0.200 0.139 0.130 0.103 0.040 0.023 0.011 0.005 41 E 0.353 0.211 0.102 0.160 0.073 0.038 0.030 0.013 0.009 0.007 0.006 42 K 0.134 0.131 0.051 0.149 0.131 0.112 0.127 0.063 0.047 0.034 0.022 43 G 0.159 0.140 0.050 0.126 0.094 0.081 0.093 0.070 0.074 0.063 0.049 44 L 0.054 0.068 0.037 0.119 0.115 0.116 0.166 0.105 0.095 0.071 0.054 45 G 0.214 0.174 0.082 0.178 0.124 0.079 0.061 0.031 0.026 0.018 0.013 46 K 0.209 0.138 0.073 0.214 0.140 0.087 0.065 0.029 0.022 0.014 0.009 47 T 0.383 0.157 0.073 0.126 0.082 0.056 0.047 0.026 0.023 0.016 0.012 48 T 0.169 0.157 0.059 0.155 0.112 0.096 0.100 0.058 0.047 0.029 0.018 49 G 0.358 0.167 0.059 0.115 0.077 0.062 0.060 0.034 0.032 0.021 0.014 50 K 0.180 0.137 0.087 0.167 0.130 0.093 0.082 0.044 0.038 0.026 0.017 51 K 0.078 0.115 0.087 0.225 0.176 0.121 0.096 0.044 0.033 0.017 0.009 52 L 0.024 0.028 0.025 0.091 0.119 0.135 0.173 0.135 0.127 0.090 0.053 53 C 0.018 0.039 0.030 0.136 0.170 0.166 0.197 0.107 0.074 0.040 0.023 54 Y 0.009 0.007 0.009 0.022 0.031 0.042 0.101 0.136 0.216 0.214 0.213 55 K 0.121 0.134 0.083 0.218 0.153 0.107 0.101 0.041 0.024 0.012 0.006 56 G 0.223 0.133 0.059 0.180 0.140 0.097 0.079 0.037 0.027 0.015 0.008 57 S 0.010 0.011 0.005 0.021 0.025 0.036 0.097 0.139 0.226 0.221 0.210 58 T 0.017 0.060 0.037 0.168 0.187 0.185 0.184 0.079 0.049 0.022 0.011 59 F 0.002 0.003 0.002 0.008 0.013 0.021 0.076 0.127 0.231 0.252 0.265 60 H 0.013 0.021 0.017 0.093 0.111 0.134 0.201 0.131 0.120 0.089 0.070 61 R 0.012 0.022 0.022 0.070 0.082 0.093 0.160 0.151 0.164 0.133 0.091 62 V 0.005 0.008 0.007 0.029 0.035 0.050 0.121 0.139 0.207 0.205 0.195 63 V 0.005 0.011 0.014 0.044 0.059 0.075 0.153 0.171 0.211 0.157 0.101 64 K 0.055 0.074 0.069 0.231 0.205 0.147 0.114 0.050 0.033 0.015 0.008 65 N 0.084 0.102 0.070 0.189 0.159 0.133 0.129 0.063 0.039 0.022 0.011 66 F 0.005 0.006 0.006 0.024 0.036 0.065 0.173 0.193 0.225 0.167 0.099 67 M 0.005 0.007 0.006 0.018 0.023 0.040 0.114 0.143 0.194 0.209 0.243 68 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.011 0.020 0.073 0.125 0.215 0.269 0.273 69 Q 0.003 0.006 0.008 0.026 0.034 0.055 0.136 0.155 0.204 0.183 0.189 70 G 0.004 0.006 0.004 0.018 0.022 0.034 0.095 0.126 0.180 0.228 0.283 71 G 0.011 0.018 0.015 0.058 0.076 0.099 0.163 0.134 0.152 0.143 0.133 72 D 0.018 0.060 0.042 0.173 0.159 0.129 0.152 0.091 0.076 0.055 0.045 73 F 0.005 0.008 0.006 0.033 0.048 0.066 0.123 0.123 0.167 0.196 0.225 74 S 0.046 0.097 0.057 0.226 0.188 0.125 0.108 0.051 0.043 0.030 0.029 75 E 0.079 0.111 0.062 0.223 0.171 0.127 0.112 0.048 0.033 0.021 0.014 76 G 0.275 0.160 0.093 0.175 0.110 0.068 0.049 0.021 0.018 0.015 0.016 77 N 0.181 0.260 0.085 0.228 0.114 0.056 0.039 0.014 0.010 0.007 0.006 78 G 0.148 0.069 0.035 0.095 0.084 0.083 0.106 0.081 0.095 0.099 0.105 79 K 0.189 0.244 0.076 0.201 0.116 0.069 0.051 0.021 0.016 0.009 0.008 80 G 0.170 0.133 0.074 0.163 0.128 0.096 0.087 0.049 0.044 0.031 0.024 81 G 0.174 0.115 0.059 0.153 0.120 0.095 0.093 0.056 0.054 0.044 0.038 82 E 0.169 0.178 0.100 0.221 0.154 0.084 0.051 0.019 0.013 0.007 0.004 83 S 0.045 0.056 0.032 0.101 0.103 0.106 0.149 0.122 0.126 0.092 0.068 84 I 0.025 0.022 0.016 0.062 0.084 0.108 0.182 0.141 0.149 0.119 0.092 85 Y 0.043 0.072 0.050 0.125 0.128 0.120 0.162 0.105 0.094 0.061 0.039 86 G 0.136 0.071 0.046 0.105 0.093 0.090 0.119 0.092 0.103 0.080 0.064 87 G 0.239 0.141 0.069 0.137 0.107 0.086 0.091 0.049 0.039 0.025 0.017 88 Y 0.049 0.098 0.046 0.161 0.159 0.153 0.168 0.077 0.053 0.025 0.011 89 F 0.012 0.008 0.005 0.013 0.018 0.027 0.075 0.116 0.216 0.235 0.273 90 K 0.260 0.227 0.098 0.190 0.105 0.054 0.036 0.013 0.009 0.005 0.003 91 D 0.140 0.140 0.074 0.155 0.132 0.112 0.107 0.060 0.045 0.024 0.011 92 E 0.071 0.032 0.016 0.050 0.061 0.090 0.156 0.137 0.152 0.131 0.104 93 N 0.124 0.087 0.042 0.100 0.094 0.105 0.148 0.104 0.095 0.061 0.039 94 F 0.066 0.047 0.040 0.065 0.066 0.083 0.148 0.130 0.150 0.123 0.082 95 I 0.099 0.081 0.056 0.132 0.112 0.110 0.133 0.089 0.086 0.060 0.042 96 L 0.041 0.032 0.024 0.061 0.063 0.079 0.133 0.134 0.171 0.150 0.113 97 K 0.108 0.133 0.080 0.195 0.138 0.112 0.100 0.053 0.043 0.024 0.014 98 H 0.083 0.072 0.055 0.100 0.098 0.106 0.142 0.104 0.109 0.078 0.052 99 D 0.087 0.108 0.058 0.137 0.118 0.113 0.142 0.085 0.076 0.048 0.029 100 R 0.113 0.112 0.075 0.179 0.162 0.122 0.109 0.056 0.041 0.022 0.010 101 A 0.077 0.085 0.059 0.163 0.149 0.125 0.135 0.075 0.064 0.042 0.027 102 F 0.006 0.009 0.008 0.030 0.047 0.079 0.183 0.194 0.209 0.150 0.085 103 L 0.004 0.006 0.008 0.028 0.039 0.063 0.165 0.184 0.218 0.161 0.124 104 L 0.002 0.002 0.003 0.006 0.007 0.015 0.058 0.104 0.201 0.279 0.323 105 S 0.002 0.006 0.013 0.030 0.042 0.060 0.149 0.168 0.210 0.181 0.140 106 M 0.002 0.004 0.006 0.012 0.013 0.025 0.082 0.127 0.215 0.241 0.274 107 A 0.003 0.005 0.007 0.021 0.028 0.040 0.103 0.136 0.209 0.229 0.219 108 N 0.025 0.054 0.046 0.136 0.145 0.164 0.187 0.098 0.079 0.043 0.024 109 R 0.096 0.092 0.065 0.155 0.137 0.130 0.137 0.075 0.056 0.035 0.022 110 G 0.452 0.171 0.055 0.116 0.072 0.047 0.037 0.017 0.014 0.010 0.009 111 K 0.192 0.185 0.064 0.179 0.125 0.089 0.071 0.034 0.028 0.020 0.014 112 H 0.121 0.093 0.031 0.093 0.090 0.096 0.122 0.093 0.102 0.085 0.074 113 T 0.122 0.091 0.033 0.094 0.089 0.096 0.124 0.092 0.102 0.081 0.076 114 N 0.108 0.094 0.035 0.117 0.111 0.104 0.138 0.092 0.090 0.065 0.045 115 G 0.126 0.075 0.039 0.124 0.123 0.111 0.115 0.075 0.083 0.069 0.059 116 S 0.016 0.016 0.011 0.037 0.047 0.059 0.134 0.157 0.208 0.178 0.138 117 Q 0.005 0.015 0.015 0.091 0.124 0.152 0.204 0.148 0.124 0.077 0.043 118 F 0.002 0.003 0.003 0.010 0.014 0.026 0.085 0.146 0.240 0.258 0.213 119 F 0.002 0.004 0.005 0.030 0.047 0.078 0.181 0.186 0.205 0.160 0.102 120 I 0.001 0.002 0.002 0.006 0.008 0.015 0.060 0.131 0.250 0.298 0.229 121 T 0.003 0.010 0.009 0.050 0.071 0.088 0.167 0.177 0.198 0.140 0.086 122 T 0.006 0.014 0.009 0.046 0.066 0.093 0.169 0.181 0.202 0.137 0.076 123 K 0.070 0.074 0.035 0.201 0.191 0.172 0.146 0.062 0.033 0.012 0.004 124 P 0.302 0.210 0.075 0.168 0.105 0.061 0.042 0.018 0.011 0.006 0.003 125 A 0.056 0.055 0.019 0.063 0.060 0.067 0.129 0.134 0.167 0.142 0.109 126 P 0.311 0.247 0.055 0.153 0.090 0.059 0.042 0.017 0.012 0.007 0.005 127 H 0.109 0.140 0.041 0.184 0.142 0.119 0.123 0.062 0.044 0.023 0.013 128 L 0.025 0.012 0.007 0.021 0.029 0.045 0.099 0.113 0.193 0.197 0.259 129 D 0.104 0.200 0.093 0.253 0.147 0.086 0.066 0.023 0.014 0.007 0.005 130 G 0.368 0.179 0.070 0.175 0.098 0.052 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 131 V 0.038 0.078 0.054 0.190 0.195 0.160 0.135 0.066 0.045 0.025 0.014 132 H 0.001 0.005 0.006 0.047 0.091 0.143 0.257 0.169 0.141 0.090 0.049 133 V 0.001 0.002 0.002 0.017 0.032 0.057 0.160 0.185 0.205 0.188 0.151 134 V 0.002 0.003 0.003 0.017 0.031 0.050 0.160 0.200 0.228 0.182 0.123 135 F 0.005 0.008 0.007 0.034 0.048 0.059 0.133 0.149 0.196 0.182 0.178 136 G 0.009 0.013 0.009 0.043 0.054 0.072 0.150 0.148 0.199 0.173 0.131 137 L 0.034 0.095 0.050 0.313 0.236 0.127 0.085 0.033 0.017 0.006 0.003 138 V 0.002 0.003 0.002 0.010 0.014 0.023 0.075 0.131 0.224 0.248 0.269 139 I 0.009 0.031 0.029 0.134 0.193 0.202 0.223 0.089 0.056 0.023 0.011 140 S 0.139 0.299 0.091 0.238 0.114 0.058 0.038 0.012 0.007 0.003 0.002 141 G 0.077 0.092 0.037 0.128 0.152 0.135 0.149 0.087 0.070 0.047 0.027 142 F 0.038 0.066 0.035 0.125 0.168 0.201 0.203 0.071 0.052 0.026 0.015 143 E 0.222 0.230 0.134 0.278 0.088 0.030 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 144 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 0.042 0.165 0.206 0.250 0.182 0.128 145 I 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 0.045 0.124 0.148 0.233 0.215 0.203 146 E 0.055 0.060 0.379 0.316 0.118 0.045 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.011 0.049 0.136 0.224 0.260 0.224 0.061 0.022 0.008 0.003 148 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.052 0.177 0.317 0.428 149 E 0.006 0.010 0.031 0.118 0.196 0.242 0.261 0.079 0.035 0.016 0.007 150 N 0.027 0.093 0.666 0.150 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 151 L 0.001 0.002 0.002 0.010 0.026 0.088 0.306 0.200 0.159 0.125 0.081 152 K 0.479 0.290 0.066 0.094 0.032 0.016 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 153 T 0.017 0.016 0.010 0.027 0.033 0.054 0.131 0.133 0.192 0.185 0.204 154 D 0.182 0.264 0.124 0.204 0.099 0.058 0.036 0.013 0.010 0.006 0.004 155 A 0.340 0.171 0.049 0.119 0.086 0.078 0.072 0.033 0.025 0.015 0.010 156 A 0.392 0.144 0.052 0.106 0.080 0.070 0.066 0.034 0.027 0.017 0.012 157 S 0.274 0.155 0.069 0.147 0.102 0.082 0.074 0.034 0.029 0.020 0.013 158 R 0.085 0.135 0.051 0.175 0.141 0.118 0.119 0.066 0.056 0.035 0.019 159 P 0.100 0.080 0.042 0.095 0.096 0.100 0.130 0.095 0.102 0.081 0.080 160 Y 0.053 0.059 0.040 0.143 0.166 0.152 0.161 0.091 0.068 0.042 0.026 161 A 0.177 0.149 0.080 0.244 0.160 0.087 0.059 0.022 0.013 0.006 0.003 162 D 0.107 0.169 0.115 0.328 0.185 0.065 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.028 0.111 0.179 0.267 0.241 0.157 164 R 0.021 0.140 0.091 0.323 0.234 0.111 0.058 0.014 0.006 0.002 0.001 165 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.031 0.072 0.194 0.274 0.414 166 I 0.031 0.062 0.049 0.220 0.250 0.180 0.133 0.041 0.020 0.008 0.005 167 D 0.171 0.270 0.096 0.243 0.109 0.053 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 168 C 0.011 0.012 0.008 0.027 0.030 0.041 0.094 0.122 0.187 0.224 0.243 169 G 0.178 0.248 0.088 0.173 0.118 0.082 0.060 0.023 0.016 0.008 0.006 170 V 0.126 0.135 0.069 0.172 0.125 0.101 0.115 0.060 0.048 0.030 0.018 171 L 0.133 0.093 0.045 0.127 0.130 0.123 0.120 0.071 0.065 0.051 0.039 172 A 0.294 0.153 0.055 0.120 0.081 0.071 0.069 0.044 0.047 0.036 0.030