# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.034 0.003 0.019 0.025 0.028 0.081 0.004 0.807 2 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 3 Q 0.023 0.002 0.052 0.096 0.189 0.130 0.006 0.503 4 C 0.121 0.004 0.070 0.063 0.074 0.060 0.007 0.600 5 H 0.042 0.009 0.109 0.159 0.232 0.056 0.003 0.390 6 F 0.038 0.005 0.089 0.139 0.231 0.076 0.003 0.418 7 D 0.029 0.007 0.084 0.166 0.247 0.073 0.005 0.388 8 I 0.042 0.007 0.067 0.130 0.253 0.088 0.006 0.407 9 E 0.045 0.016 0.058 0.212 0.326 0.150 0.007 0.186 10 I 0.042 0.022 0.060 0.192 0.248 0.083 0.008 0.345 11 N 0.030 0.034 0.047 0.205 0.277 0.064 0.009 0.332 12 R 0.059 0.023 0.047 0.085 0.178 0.064 0.028 0.515 13 E 0.062 0.013 0.033 0.085 0.119 0.155 0.014 0.519 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 15 V 0.013 0.004 0.016 0.050 0.086 0.113 0.007 0.712 16 G 0.162 0.009 0.071 0.138 0.081 0.075 0.033 0.431 17 R 0.167 0.002 0.070 0.065 0.112 0.122 0.007 0.454 18 I 0.029 0.002 0.160 0.291 0.268 0.053 0.002 0.194 19 M 0.010 0.001 0.150 0.271 0.482 0.028 0.001 0.057 20 F 0.002 0.002 0.156 0.336 0.434 0.010 0.001 0.059 21 Q 0.002 0.002 0.243 0.269 0.422 0.012 0.001 0.048 22 L 0.005 0.007 0.122 0.282 0.420 0.033 0.002 0.129 23 F 0.014 0.010 0.141 0.142 0.459 0.063 0.005 0.166 24 S 0.023 0.015 0.057 0.073 0.154 0.101 0.009 0.569 25 D 0.069 0.022 0.023 0.016 0.039 0.132 0.029 0.671 26 I 0.343 0.023 0.012 0.008 0.013 0.166 0.046 0.388 27 C 0.218 0.049 0.032 0.033 0.020 0.138 0.024 0.485 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 29 K 0.008 0.026 0.023 0.026 0.066 0.190 0.002 0.659 30 T 0.039 0.210 0.018 0.014 0.019 0.081 0.004 0.615 31 C 0.034 0.621 0.016 0.014 0.039 0.047 0.004 0.223 32 K 0.047 0.626 0.012 0.007 0.012 0.088 0.005 0.204 33 N 0.066 0.717 0.003 0.004 0.004 0.044 0.009 0.152 34 F 0.024 0.914 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 0.043 35 L 0.005 0.946 0.003 0.004 0.008 0.005 0.003 0.026 36 C 0.006 0.944 0.003 0.007 0.009 0.004 0.003 0.024 37 L 0.025 0.912 0.005 0.012 0.016 0.004 0.007 0.019 38 C 0.057 0.848 0.009 0.028 0.017 0.004 0.016 0.022 39 S 0.045 0.695 0.054 0.056 0.041 0.011 0.029 0.069 40 G 0.135 0.225 0.038 0.053 0.071 0.030 0.089 0.360 41 E 0.295 0.067 0.037 0.029 0.037 0.098 0.042 0.396 42 K 0.043 0.040 0.029 0.035 0.030 0.102 0.024 0.695 43 G 0.109 0.037 0.054 0.061 0.067 0.112 0.028 0.532 44 L 0.075 0.019 0.080 0.069 0.088 0.109 0.009 0.551 45 G 0.043 0.017 0.035 0.080 0.129 0.109 0.008 0.580 46 K 0.059 0.015 0.041 0.049 0.093 0.105 0.008 0.631 47 T 0.036 0.016 0.023 0.041 0.054 0.162 0.009 0.659 48 T 0.115 0.017 0.029 0.047 0.068 0.156 0.017 0.552 49 G 0.127 0.020 0.045 0.052 0.079 0.221 0.024 0.433 50 K 0.115 0.020 0.095 0.079 0.113 0.232 0.012 0.336 51 K 0.013 0.021 0.043 0.074 0.096 0.084 0.003 0.667 52 L 0.032 0.033 0.069 0.125 0.243 0.086 0.006 0.405 53 C 0.050 0.031 0.094 0.129 0.189 0.100 0.015 0.392 54 Y 0.046 0.058 0.118 0.127 0.181 0.105 0.011 0.354 55 K 0.016 0.046 0.050 0.051 0.073 0.095 0.010 0.661 56 G 0.077 0.038 0.045 0.042 0.050 0.071 0.047 0.631 57 S 0.435 0.011 0.050 0.023 0.028 0.121 0.022 0.311 58 T 0.016 0.009 0.054 0.031 0.034 0.084 0.004 0.769 59 F 0.027 0.028 0.058 0.127 0.305 0.125 0.005 0.324 60 H 0.049 0.050 0.065 0.157 0.260 0.123 0.007 0.290 61 R 0.065 0.067 0.077 0.182 0.215 0.070 0.009 0.314 62 V 0.067 0.075 0.078 0.147 0.208 0.071 0.012 0.341 63 V 0.039 0.104 0.080 0.174 0.361 0.047 0.010 0.186 64 K 0.009 0.044 0.030 0.033 0.099 0.051 0.007 0.728 65 N 0.058 0.057 0.038 0.040 0.057 0.092 0.036 0.622 66 F 0.682 0.018 0.044 0.027 0.014 0.026 0.064 0.125 67 M 0.039 0.014 0.689 0.052 0.040 0.026 0.019 0.121 68 I 0.007 0.008 0.593 0.092 0.112 0.028 0.006 0.154 69 Q 0.011 0.009 0.509 0.106 0.154 0.078 0.005 0.129 70 G 0.010 0.010 0.230 0.066 0.124 0.059 0.004 0.497 71 G 0.013 0.006 0.279 0.052 0.087 0.123 0.009 0.431 72 D 0.064 0.003 0.044 0.041 0.057 0.183 0.009 0.599 73 F 0.026 0.005 0.041 0.070 0.084 0.075 0.005 0.694 74 S 0.027 0.006 0.018 0.059 0.112 0.469 0.006 0.302 75 E 0.114 0.014 0.034 0.071 0.098 0.140 0.010 0.520 76 G 0.053 0.026 0.020 0.056 0.073 0.300 0.008 0.464 77 N 0.077 0.022 0.025 0.056 0.065 0.155 0.020 0.581 78 G 0.088 0.041 0.049 0.070 0.080 0.129 0.029 0.513 79 K 0.066 0.010 0.021 0.031 0.056 0.462 0.015 0.338 80 G 0.079 0.015 0.032 0.043 0.059 0.167 0.023 0.582 81 G 0.128 0.019 0.044 0.052 0.090 0.176 0.013 0.478 82 E 0.033 0.006 0.067 0.062 0.080 0.134 0.006 0.612 83 S 0.017 0.007 0.020 0.048 0.116 0.082 0.004 0.706 84 I 0.061 0.017 0.071 0.143 0.294 0.093 0.007 0.315 85 Y 0.027 0.015 0.040 0.080 0.143 0.185 0.007 0.502 86 G 0.079 0.018 0.033 0.062 0.164 0.116 0.016 0.512 87 G 0.100 0.027 0.061 0.075 0.075 0.126 0.013 0.523 88 Y 0.038 0.011 0.028 0.026 0.042 0.126 0.009 0.720 89 F 0.112 0.023 0.087 0.078 0.171 0.117 0.008 0.405 90 K 0.031 0.024 0.051 0.061 0.110 0.133 0.006 0.585 91 D 0.050 0.038 0.038 0.043 0.102 0.098 0.011 0.620 92 E 0.144 0.043 0.059 0.029 0.061 0.147 0.017 0.500 93 N 0.056 0.035 0.022 0.025 0.033 0.451 0.022 0.356 94 F 0.255 0.043 0.053 0.038 0.050 0.116 0.035 0.410 95 I 0.074 0.057 0.042 0.028 0.053 0.224 0.006 0.516 96 L 0.064 0.060 0.059 0.058 0.135 0.166 0.010 0.448 97 K 0.070 0.084 0.035 0.057 0.095 0.155 0.010 0.495 98 H 0.116 0.065 0.035 0.043 0.075 0.126 0.018 0.522 99 D 0.116 0.116 0.045 0.049 0.060 0.129 0.018 0.466 100 R 0.078 0.111 0.074 0.052 0.071 0.136 0.023 0.456 101 A 0.029 0.058 0.042 0.024 0.038 0.235 0.013 0.562 102 F 0.144 0.083 0.076 0.043 0.060 0.205 0.028 0.361 103 L 0.071 0.238 0.230 0.073 0.085 0.094 0.010 0.200 104 L 0.025 0.239 0.184 0.115 0.235 0.063 0.010 0.129 105 S 0.070 0.212 0.116 0.112 0.333 0.061 0.008 0.089 106 M 0.068 0.282 0.051 0.156 0.230 0.040 0.018 0.154 107 A 0.151 0.235 0.077 0.130 0.180 0.034 0.037 0.156 108 N 0.210 0.085 0.041 0.106 0.108 0.069 0.086 0.295 109 R 0.176 0.056 0.099 0.078 0.107 0.051 0.056 0.377 110 G 0.084 0.024 0.042 0.041 0.078 0.229 0.023 0.479 111 K 0.012 0.005 0.009 0.008 0.008 0.036 0.003 0.919 112 H 0.023 0.032 0.046 0.040 0.054 0.129 0.012 0.664 113 T 0.165 0.012 0.038 0.019 0.024 0.171 0.021 0.550 114 N 0.045 0.019 0.049 0.029 0.027 0.289 0.017 0.525 115 G 0.131 0.026 0.041 0.040 0.048 0.196 0.038 0.481 116 S 0.147 0.012 0.051 0.024 0.039 0.437 0.012 0.278 117 Q 0.101 0.015 0.047 0.089 0.165 0.299 0.007 0.278 118 F 0.057 0.028 0.041 0.164 0.336 0.161 0.004 0.208 119 F 0.028 0.017 0.068 0.275 0.477 0.060 0.004 0.071 120 I 0.021 0.044 0.031 0.341 0.427 0.030 0.003 0.104 121 T 0.009 0.042 0.050 0.311 0.500 0.013 0.005 0.069 122 T 0.029 0.030 0.051 0.202 0.379 0.039 0.021 0.250 123 K 0.052 0.012 0.048 0.160 0.283 0.163 0.014 0.267 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 125 A 0.023 0.006 0.024 0.074 0.151 0.181 0.005 0.536 126 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.992 127 H 0.056 0.007 0.026 0.062 0.125 0.108 0.007 0.609 128 L 0.294 0.012 0.059 0.071 0.074 0.137 0.012 0.341 129 D 0.089 0.020 0.066 0.075 0.089 0.149 0.017 0.495 130 G 0.106 0.014 0.084 0.068 0.075 0.101 0.032 0.519 131 V 0.211 0.003 0.050 0.027 0.050 0.421 0.009 0.228 132 H 0.021 0.004 0.085 0.130 0.102 0.086 0.007 0.566 133 V 0.015 0.005 0.118 0.260 0.386 0.061 0.005 0.151 134 V 0.005 0.002 0.174 0.209 0.243 0.041 0.003 0.323 135 F 0.003 0.002 0.103 0.213 0.377 0.041 0.001 0.260 136 G 0.007 0.003 0.097 0.268 0.420 0.036 0.002 0.167 137 L 0.017 0.003 0.162 0.164 0.249 0.054 0.004 0.348 138 V 0.012 0.008 0.132 0.170 0.246 0.067 0.003 0.362 139 I 0.018 0.032 0.134 0.210 0.331 0.059 0.003 0.214 140 S 0.007 0.042 0.042 0.070 0.115 0.086 0.004 0.633 141 G 0.042 0.052 0.023 0.024 0.057 0.081 0.017 0.704 142 F 0.198 0.097 0.029 0.021 0.027 0.086 0.016 0.526 143 E 0.030 0.088 0.014 0.014 0.018 0.209 0.009 0.619 144 V 0.043 0.314 0.007 0.012 0.028 0.095 0.005 0.496 145 I 0.014 0.842 0.008 0.008 0.021 0.014 0.002 0.090 146 E 0.006 0.891 0.003 0.004 0.008 0.016 0.003 0.068 147 Q 0.010 0.956 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.026 148 I 0.032 0.926 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.025 149 E 0.049 0.877 0.004 0.005 0.006 0.005 0.018 0.036 150 N 0.143 0.609 0.010 0.007 0.007 0.008 0.059 0.156 151 L 0.419 0.219 0.053 0.015 0.015 0.024 0.074 0.181 152 K 0.070 0.175 0.062 0.036 0.021 0.083 0.025 0.527 153 T 0.023 0.055 0.078 0.032 0.036 0.056 0.009 0.710 154 D 0.027 0.078 0.057 0.045 0.059 0.108 0.007 0.618 155 A 0.043 0.034 0.032 0.015 0.021 0.141 0.009 0.704 156 A 0.048 0.022 0.010 0.008 0.013 0.602 0.021 0.277 157 S 0.494 0.076 0.013 0.012 0.009 0.047 0.101 0.250 158 R 0.414 0.026 0.060 0.041 0.036 0.192 0.016 0.216 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 160 Y 0.014 0.002 0.027 0.105 0.528 0.079 0.002 0.244 161 A 0.042 0.001 0.021 0.065 0.078 0.053 0.004 0.736 162 D 0.020 0.001 0.029 0.053 0.075 0.047 0.004 0.770 163 V 0.143 0.002 0.188 0.134 0.151 0.065 0.005 0.312 164 R 0.010 0.001 0.527 0.172 0.139 0.031 0.002 0.118 165 V 0.002 0.001 0.312 0.129 0.230 0.024 0.001 0.300 166 I 0.001 0.001 0.689 0.107 0.150 0.011 0.001 0.040 167 D 0.003 0.002 0.284 0.111 0.164 0.077 0.002 0.358 168 C 0.009 0.002 0.413 0.051 0.165 0.066 0.004 0.289 169 G 0.026 0.004 0.188 0.087 0.122 0.210 0.007 0.356 170 V 0.045 0.006 0.131 0.064 0.115 0.143 0.010 0.486 171 L 0.028 0.024 0.111 0.111 0.176 0.100 0.007 0.444 172 A 0.031 0.024 0.058 0.076 0.160 0.076 0.008 0.566