# TARGET T0346 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.7316 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.786 0.147 0.043 0.017 0.005 0.001 0.001 2 P 0.566 0.248 0.122 0.048 0.013 0.003 0.001 3 Q 0.373 0.271 0.190 0.110 0.044 0.012 0.001 4 C 0.194 0.164 0.165 0.199 0.178 0.089 0.012 5 H 0.136 0.155 0.182 0.189 0.170 0.135 0.033 6 F 0.210 0.145 0.145 0.165 0.161 0.134 0.040 7 D 0.274 0.238 0.179 0.137 0.090 0.061 0.020 8 I 0.244 0.184 0.177 0.177 0.126 0.073 0.018 9 E 0.324 0.242 0.172 0.134 0.078 0.041 0.009 10 I 0.326 0.211 0.169 0.161 0.092 0.036 0.005 11 N 0.441 0.252 0.147 0.097 0.045 0.016 0.002 12 R 0.453 0.298 0.138 0.077 0.027 0.007 0.001 13 E 0.317 0.303 0.189 0.125 0.050 0.015 0.002 14 P 0.310 0.320 0.183 0.122 0.050 0.013 0.001 15 V 0.116 0.264 0.269 0.215 0.103 0.031 0.002 16 G 0.032 0.140 0.230 0.297 0.216 0.079 0.005 17 R 0.021 0.158 0.347 0.317 0.125 0.028 0.003 18 I 0.001 0.006 0.017 0.070 0.270 0.553 0.081 19 M 0.003 0.038 0.188 0.389 0.263 0.107 0.013 20 F 0.002 0.009 0.019 0.055 0.196 0.535 0.183 21 Q 0.008 0.082 0.219 0.366 0.214 0.094 0.016 22 L 0.003 0.017 0.053 0.170 0.338 0.367 0.050 23 F 0.026 0.123 0.234 0.299 0.211 0.099 0.009 24 S 0.131 0.306 0.264 0.196 0.079 0.021 0.003 25 D 0.218 0.331 0.247 0.126 0.054 0.020 0.004 26 I 0.074 0.172 0.236 0.264 0.171 0.075 0.008 27 C 0.022 0.052 0.097 0.201 0.298 0.279 0.051 28 P 0.070 0.184 0.240 0.255 0.167 0.075 0.010 29 K 0.076 0.192 0.235 0.241 0.159 0.081 0.016 30 T 0.012 0.030 0.046 0.107 0.259 0.423 0.122 31 C 0.003 0.009 0.035 0.147 0.355 0.373 0.078 32 K 0.016 0.153 0.351 0.289 0.139 0.046 0.005 33 N 0.003 0.013 0.072 0.282 0.400 0.207 0.023 34 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.048 0.541 0.407 35 L 0.001 0.008 0.055 0.251 0.402 0.260 0.023 36 C 0.007 0.130 0.320 0.301 0.161 0.075 0.006 37 L 0.001 0.005 0.028 0.173 0.406 0.350 0.036 38 C 0.001 0.003 0.015 0.099 0.368 0.459 0.056 39 S 0.035 0.248 0.351 0.248 0.099 0.018 0.002 40 G 0.116 0.346 0.296 0.178 0.053 0.009 0.001 41 E 0.128 0.290 0.266 0.206 0.082 0.024 0.003 42 K 0.131 0.267 0.318 0.201 0.067 0.016 0.001 43 G 0.332 0.234 0.151 0.134 0.103 0.042 0.005 44 L 0.272 0.183 0.177 0.178 0.129 0.056 0.005 45 G 0.488 0.235 0.139 0.083 0.040 0.014 0.002 46 K 0.646 0.209 0.085 0.040 0.015 0.004 0.001 47 T 0.611 0.220 0.094 0.049 0.020 0.006 0.001 48 T 0.534 0.238 0.130 0.066 0.024 0.007 0.001 49 G 0.476 0.242 0.144 0.088 0.037 0.011 0.001 50 K 0.360 0.241 0.181 0.133 0.061 0.021 0.003 51 K 0.255 0.271 0.201 0.144 0.079 0.042 0.009 52 L 0.061 0.098 0.148 0.235 0.241 0.185 0.033 53 C 0.052 0.135 0.186 0.250 0.218 0.140 0.020 54 Y 0.016 0.036 0.070 0.181 0.320 0.309 0.067 55 K 0.090 0.246 0.243 0.219 0.125 0.060 0.016 56 G 0.044 0.123 0.201 0.251 0.198 0.143 0.039 57 S 0.015 0.034 0.067 0.152 0.257 0.373 0.101 58 T 0.013 0.043 0.107 0.209 0.257 0.271 0.100 59 F 0.004 0.008 0.013 0.036 0.125 0.464 0.349 60 H 0.006 0.024 0.056 0.136 0.222 0.354 0.203 61 R 0.007 0.033 0.067 0.124 0.204 0.344 0.220 62 V 0.005 0.015 0.039 0.123 0.266 0.399 0.152 63 V 0.007 0.023 0.055 0.151 0.298 0.358 0.109 64 K 0.079 0.211 0.250 0.210 0.128 0.079 0.044 65 N 0.073 0.172 0.201 0.215 0.168 0.128 0.043 66 F 0.012 0.023 0.045 0.113 0.243 0.395 0.169 67 M 0.011 0.020 0.042 0.097 0.196 0.396 0.237 68 I 0.012 0.015 0.019 0.031 0.085 0.337 0.502 69 Q 0.010 0.019 0.034 0.081 0.148 0.286 0.422 70 G 0.012 0.031 0.052 0.098 0.174 0.308 0.325 71 G 0.019 0.035 0.064 0.127 0.190 0.289 0.276 72 D 0.024 0.055 0.093 0.168 0.226 0.292 0.142 73 F 0.042 0.053 0.081 0.149 0.242 0.306 0.126 74 S 0.119 0.164 0.183 0.227 0.186 0.104 0.019 75 E 0.240 0.289 0.215 0.147 0.073 0.029 0.006 76 G 0.348 0.257 0.158 0.128 0.070 0.031 0.007 77 N 0.374 0.267 0.165 0.110 0.054 0.024 0.005 78 G 0.365 0.216 0.160 0.132 0.080 0.039 0.008 79 K 0.378 0.257 0.162 0.107 0.059 0.030 0.006 80 G 0.277 0.205 0.170 0.157 0.109 0.065 0.016 81 G 0.163 0.168 0.165 0.184 0.161 0.123 0.036 82 E 0.112 0.163 0.181 0.197 0.165 0.135 0.047 83 S 0.106 0.138 0.161 0.201 0.185 0.155 0.053 84 I 0.044 0.071 0.109 0.186 0.237 0.259 0.095 85 Y 0.082 0.129 0.158 0.211 0.201 0.167 0.051 86 G 0.165 0.233 0.210 0.193 0.119 0.063 0.017 87 G 0.189 0.243 0.228 0.194 0.099 0.039 0.007 88 Y 0.092 0.179 0.221 0.233 0.173 0.092 0.011 89 F 0.040 0.053 0.095 0.217 0.324 0.241 0.030 90 K 0.235 0.351 0.218 0.123 0.050 0.018 0.004 91 D 0.203 0.276 0.220 0.166 0.088 0.040 0.008 92 E 0.076 0.117 0.156 0.245 0.245 0.144 0.017 93 N 0.128 0.203 0.229 0.220 0.135 0.070 0.014 94 F 0.117 0.163 0.201 0.232 0.174 0.096 0.015 95 I 0.139 0.221 0.212 0.202 0.135 0.078 0.013 96 L 0.044 0.065 0.116 0.237 0.288 0.217 0.033 97 K 0.169 0.284 0.234 0.167 0.091 0.047 0.008 98 H 0.088 0.119 0.159 0.260 0.242 0.118 0.014 99 D 0.217 0.296 0.210 0.155 0.082 0.035 0.007 100 R 0.105 0.241 0.267 0.234 0.111 0.036 0.007 101 A 0.040 0.126 0.194 0.244 0.223 0.146 0.027 102 F 0.005 0.015 0.041 0.133 0.285 0.402 0.119 103 L 0.002 0.005 0.019 0.056 0.146 0.427 0.345 104 L 0.001 0.003 0.004 0.009 0.038 0.291 0.654 105 S 0.003 0.008 0.016 0.041 0.109 0.306 0.517 106 M 0.004 0.012 0.026 0.059 0.138 0.356 0.405 107 A 0.012 0.026 0.049 0.130 0.264 0.364 0.155 108 N 0.043 0.128 0.213 0.295 0.213 0.095 0.013 109 R 0.192 0.293 0.222 0.168 0.088 0.032 0.005 110 G 0.375 0.280 0.165 0.111 0.046 0.018 0.004 111 K 0.472 0.280 0.128 0.073 0.031 0.013 0.002 112 H 0.230 0.215 0.187 0.180 0.119 0.060 0.009 113 T 0.222 0.267 0.209 0.153 0.095 0.045 0.009 114 N 0.085 0.162 0.204 0.225 0.188 0.110 0.026 115 G 0.019 0.066 0.121 0.212 0.260 0.250 0.072 116 S 0.005 0.018 0.049 0.124 0.244 0.381 0.179 117 Q 0.001 0.007 0.023 0.063 0.153 0.411 0.341 118 F 0.001 0.004 0.008 0.022 0.086 0.380 0.499 119 F 0.001 0.002 0.010 0.044 0.134 0.359 0.450 120 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.056 0.361 0.569 121 T 0.002 0.011 0.032 0.110 0.261 0.430 0.154 122 T 0.006 0.028 0.080 0.227 0.364 0.263 0.032 123 K 0.080 0.244 0.324 0.230 0.094 0.025 0.004 124 P 0.210 0.317 0.227 0.151 0.066 0.025 0.003 125 A 0.121 0.153 0.185 0.229 0.199 0.101 0.013 126 P 0.394 0.311 0.163 0.087 0.034 0.010 0.001 127 H 0.258 0.286 0.220 0.144 0.067 0.024 0.003 128 L 0.187 0.137 0.151 0.227 0.204 0.088 0.006 129 D 0.422 0.305 0.153 0.078 0.029 0.010 0.002 130 G 0.306 0.285 0.195 0.135 0.058 0.018 0.003 131 V 0.138 0.239 0.241 0.217 0.119 0.041 0.005 132 H 0.018 0.047 0.096 0.198 0.289 0.301 0.051 133 V 0.012 0.040 0.099 0.193 0.239 0.314 0.103 134 V 0.004 0.014 0.034 0.090 0.222 0.464 0.171 135 F 0.010 0.033 0.066 0.149 0.259 0.351 0.132 136 G 0.038 0.099 0.131 0.179 0.217 0.243 0.093 137 L 0.028 0.146 0.294 0.307 0.154 0.062 0.009 138 V 0.015 0.039 0.066 0.207 0.385 0.262 0.026 139 I 0.077 0.209 0.288 0.260 0.125 0.037 0.003 140 S 0.235 0.363 0.218 0.123 0.045 0.015 0.002 141 G 0.121 0.238 0.253 0.225 0.115 0.043 0.005 142 F 0.086 0.214 0.317 0.261 0.100 0.021 0.001 143 E 0.125 0.407 0.284 0.127 0.045 0.011 0.001 144 V 0.009 0.039 0.094 0.242 0.369 0.232 0.013 145 I 0.004 0.022 0.082 0.252 0.410 0.217 0.012 146 E 0.068 0.464 0.328 0.112 0.024 0.004 0.001 147 Q 0.012 0.129 0.359 0.358 0.122 0.019 0.001 148 I 0.003 0.010 0.030 0.163 0.488 0.294 0.012 149 E 0.052 0.276 0.364 0.234 0.064 0.008 0.001 150 N 0.290 0.429 0.199 0.069 0.012 0.001 0.001 151 L 0.045 0.151 0.298 0.330 0.147 0.028 0.001 152 K 0.421 0.353 0.156 0.055 0.012 0.002 0.001 153 T 0.249 0.253 0.213 0.184 0.085 0.015 0.001 154 D 0.500 0.303 0.126 0.054 0.015 0.002 0.001 155 A 0.509 0.250 0.143 0.072 0.021 0.004 0.001 156 A 0.623 0.230 0.095 0.038 0.011 0.002 0.001 157 S 0.509 0.281 0.130 0.060 0.017 0.003 0.001 158 R 0.220 0.295 0.249 0.161 0.060 0.015 0.001 159 P 0.085 0.143 0.191 0.281 0.221 0.075 0.004 160 Y 0.113 0.233 0.253 0.244 0.121 0.033 0.002 161 A 0.162 0.322 0.266 0.176 0.060 0.013 0.001 162 D 0.068 0.285 0.321 0.219 0.084 0.021 0.001 163 V 0.007 0.023 0.060 0.183 0.358 0.340 0.030 164 R 0.006 0.061 0.239 0.375 0.228 0.084 0.007 165 V 0.004 0.010 0.023 0.078 0.254 0.504 0.127 166 I 0.041 0.171 0.237 0.273 0.178 0.087 0.013 167 D 0.049 0.221 0.316 0.247 0.116 0.044 0.007 168 C 0.037 0.059 0.095 0.234 0.326 0.224 0.026 169 G 0.157 0.259 0.247 0.209 0.094 0.032 0.002 170 V 0.270 0.243 0.201 0.163 0.086 0.034 0.003 171 L 0.327 0.235 0.186 0.144 0.076 0.030 0.002 172 A 0.436 0.210 0.156 0.111 0.057 0.026 0.004