# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.007 0.790 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.165 0.010 0.008 0.012 2 P 0.001 0.017 0.784 0.012 0.010 0.004 0.001 0.001 0.005 0.070 0.034 0.008 0.054 3 Q 0.018 0.039 0.422 0.009 0.016 0.008 0.007 0.002 0.038 0.086 0.036 0.233 0.086 4 C 0.051 0.044 0.212 0.012 0.010 0.005 0.023 0.003 0.066 0.046 0.011 0.076 0.440 5 H 0.099 0.015 0.205 0.058 0.009 0.007 0.031 0.006 0.061 0.021 0.018 0.286 0.184 6 F 0.120 0.013 0.121 0.035 0.007 0.006 0.022 0.005 0.054 0.043 0.029 0.222 0.323 7 D 0.117 0.006 0.126 0.114 0.011 0.008 0.013 0.004 0.033 0.078 0.034 0.201 0.255 8 I 0.257 0.010 0.059 0.028 0.011 0.007 0.033 0.005 0.024 0.031 0.019 0.178 0.337 9 E 0.393 0.008 0.052 0.007 0.012 0.009 0.038 0.011 0.025 0.011 0.027 0.224 0.182 10 I 0.408 0.014 0.036 0.009 0.011 0.007 0.038 0.004 0.010 0.014 0.030 0.099 0.320 11 N 0.114 0.010 0.114 0.071 0.012 0.009 0.019 0.002 0.008 0.068 0.176 0.238 0.158 12 R 0.043 0.011 0.182 0.031 0.007 0.002 0.003 0.001 0.003 0.288 0.168 0.047 0.215 13 E 0.004 0.012 0.340 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.389 0.023 0.163 0.051 14 P 0.006 0.020 0.348 0.040 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.176 0.163 0.027 0.201 15 V 0.054 0.025 0.257 0.108 0.016 0.001 0.014 0.001 0.008 0.118 0.209 0.083 0.106 16 G 0.139 0.010 0.194 0.007 0.005 0.001 0.031 0.002 0.020 0.096 0.019 0.329 0.148 17 R 0.262 0.003 0.104 0.039 0.001 0.001 0.089 0.004 0.020 0.022 0.002 0.025 0.430 18 I 0.399 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.109 0.006 0.013 0.003 0.001 0.399 0.037 19 M 0.620 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.138 0.011 0.009 0.001 0.001 0.024 0.187 20 F 0.631 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.193 0.014 0.014 0.001 0.001 0.085 0.041 21 Q 0.551 0.001 0.026 0.016 0.001 0.001 0.148 0.022 0.039 0.005 0.003 0.079 0.108 22 L 0.234 0.009 0.167 0.015 0.004 0.002 0.076 0.014 0.067 0.036 0.010 0.102 0.263 23 F 0.028 0.019 0.505 0.030 0.019 0.010 0.007 0.005 0.046 0.073 0.036 0.084 0.138 24 S 0.005 0.006 0.169 0.016 0.199 0.061 0.001 0.001 0.010 0.132 0.357 0.010 0.033 25 D 0.004 0.011 0.156 0.005 0.162 0.075 0.001 0.001 0.004 0.242 0.306 0.020 0.014 26 I 0.003 0.035 0.278 0.001 0.116 0.118 0.001 0.001 0.010 0.241 0.154 0.009 0.033 27 C 0.001 0.016 0.382 0.002 0.021 0.151 0.001 0.001 0.006 0.342 0.054 0.009 0.016 28 P 0.001 0.005 0.231 0.003 0.026 0.608 0.001 0.001 0.001 0.054 0.060 0.001 0.008 29 K 0.001 0.007 0.061 0.001 0.015 0.855 0.001 0.001 0.004 0.027 0.019 0.008 0.002 30 T 0.001 0.004 0.063 0.001 0.010 0.887 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 0.001 0.011 31 C 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 38 C 0.001 0.011 0.065 0.001 0.010 0.754 0.001 0.002 0.002 0.039 0.108 0.002 0.004 39 S 0.001 0.014 0.134 0.003 0.028 0.438 0.001 0.001 0.002 0.070 0.302 0.004 0.003 40 G 0.001 0.011 0.171 0.003 0.038 0.125 0.001 0.001 0.001 0.252 0.387 0.006 0.004 41 E 0.002 0.023 0.433 0.002 0.048 0.047 0.001 0.001 0.002 0.245 0.170 0.005 0.022 42 K 0.003 0.038 0.195 0.005 0.097 0.050 0.001 0.001 0.003 0.181 0.389 0.017 0.021 43 G 0.008 0.024 0.283 0.009 0.066 0.025 0.001 0.001 0.004 0.214 0.305 0.030 0.030 44 L 0.011 0.052 0.395 0.010 0.031 0.026 0.002 0.001 0.004 0.261 0.137 0.020 0.051 45 G 0.018 0.074 0.389 0.005 0.029 0.033 0.002 0.001 0.004 0.190 0.120 0.064 0.070 46 K 0.008 0.016 0.285 0.005 0.069 0.083 0.001 0.001 0.003 0.163 0.315 0.014 0.035 47 T 0.013 0.025 0.164 0.003 0.079 0.078 0.002 0.001 0.004 0.097 0.462 0.033 0.037 48 T 0.008 0.015 0.086 0.008 0.050 0.047 0.002 0.001 0.002 0.115 0.610 0.033 0.023 49 G 0.014 0.015 0.283 0.006 0.028 0.029 0.001 0.001 0.002 0.227 0.328 0.021 0.044 50 K 0.024 0.058 0.439 0.006 0.021 0.036 0.003 0.001 0.006 0.150 0.032 0.123 0.101 51 K 0.017 0.081 0.304 0.038 0.049 0.054 0.004 0.002 0.010 0.096 0.054 0.032 0.260 52 L 0.027 0.039 0.199 0.078 0.129 0.102 0.008 0.026 0.023 0.076 0.145 0.099 0.048 53 C 0.057 0.058 0.201 0.034 0.093 0.088 0.014 0.039 0.028 0.108 0.148 0.033 0.099 54 Y 0.031 0.031 0.372 0.006 0.066 0.103 0.006 0.011 0.019 0.097 0.105 0.109 0.043 55 K 0.004 0.008 0.085 0.008 0.030 0.065 0.001 0.004 0.003 0.083 0.684 0.009 0.016 56 G 0.002 0.004 0.066 0.018 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.106 0.777 0.006 0.005 57 S 0.015 0.017 0.685 0.008 0.010 0.009 0.005 0.004 0.013 0.066 0.051 0.035 0.083 58 T 0.084 0.069 0.340 0.017 0.020 0.016 0.034 0.016 0.047 0.055 0.032 0.142 0.129 59 F 0.120 0.022 0.133 0.033 0.073 0.049 0.054 0.055 0.101 0.033 0.034 0.079 0.214 60 H 0.070 0.008 0.105 0.213 0.081 0.055 0.045 0.054 0.101 0.056 0.050 0.088 0.075 61 R 0.043 0.012 0.159 0.027 0.046 0.059 0.030 0.097 0.172 0.081 0.051 0.135 0.087 62 V 0.042 0.027 0.231 0.024 0.018 0.052 0.027 0.074 0.142 0.039 0.025 0.030 0.268 63 V 0.028 0.027 0.411 0.053 0.021 0.057 0.014 0.021 0.076 0.045 0.018 0.163 0.067 64 K 0.010 0.010 0.235 0.109 0.074 0.100 0.006 0.009 0.041 0.140 0.172 0.026 0.067 65 N 0.007 0.004 0.140 0.118 0.088 0.047 0.004 0.008 0.036 0.157 0.346 0.023 0.022 66 F 0.036 0.014 0.213 0.027 0.048 0.033 0.031 0.073 0.186 0.112 0.049 0.040 0.138 67 M 0.059 0.015 0.068 0.015 0.006 0.012 0.078 0.273 0.344 0.018 0.008 0.056 0.049 68 I 0.120 0.012 0.044 0.006 0.003 0.007 0.098 0.346 0.194 0.009 0.005 0.092 0.064 69 Q 0.120 0.017 0.137 0.036 0.005 0.009 0.064 0.198 0.172 0.030 0.023 0.081 0.110 70 G 0.040 0.016 0.312 0.038 0.012 0.012 0.019 0.053 0.121 0.099 0.100 0.088 0.089 71 G 0.013 0.015 0.362 0.029 0.013 0.009 0.004 0.006 0.029 0.260 0.169 0.030 0.061 72 D 0.011 0.068 0.416 0.013 0.022 0.009 0.003 0.002 0.015 0.225 0.118 0.032 0.066 73 F 0.006 0.055 0.468 0.006 0.044 0.015 0.002 0.001 0.007 0.182 0.128 0.042 0.044 74 S 0.007 0.027 0.336 0.005 0.062 0.018 0.002 0.001 0.006 0.161 0.318 0.014 0.042 75 E 0.007 0.040 0.185 0.003 0.091 0.028 0.002 0.002 0.005 0.201 0.393 0.015 0.027 76 G 0.007 0.062 0.210 0.002 0.045 0.026 0.002 0.001 0.003 0.260 0.334 0.026 0.024 77 N 0.002 0.038 0.358 0.005 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.254 0.288 0.007 0.020 78 G 0.001 0.019 0.322 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.426 0.196 0.010 0.008 79 K 0.003 0.028 0.366 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.002 0.383 0.141 0.035 0.026 80 G 0.008 0.091 0.256 0.003 0.032 0.011 0.001 0.001 0.004 0.303 0.203 0.022 0.065 81 G 0.018 0.051 0.424 0.012 0.025 0.013 0.002 0.001 0.004 0.235 0.081 0.090 0.044 82 E 0.019 0.128 0.474 0.011 0.021 0.021 0.005 0.001 0.005 0.081 0.046 0.021 0.167 83 S 0.017 0.068 0.528 0.020 0.046 0.043 0.005 0.001 0.007 0.060 0.101 0.044 0.060 84 I 0.020 0.051 0.244 0.006 0.095 0.060 0.005 0.001 0.009 0.147 0.274 0.048 0.040 85 Y 0.011 0.028 0.133 0.003 0.073 0.055 0.003 0.002 0.006 0.098 0.530 0.020 0.038 86 G 0.006 0.018 0.209 0.008 0.038 0.020 0.001 0.001 0.003 0.219 0.434 0.024 0.018 87 G 0.005 0.021 0.507 0.003 0.013 0.012 0.001 0.001 0.005 0.285 0.080 0.026 0.042 88 Y 0.009 0.111 0.457 0.006 0.019 0.022 0.002 0.001 0.004 0.191 0.075 0.030 0.074 89 F 0.003 0.040 0.691 0.006 0.015 0.019 0.001 0.001 0.003 0.133 0.031 0.036 0.022 90 K 0.002 0.027 0.343 0.009 0.125 0.072 0.001 0.001 0.001 0.150 0.238 0.008 0.023 91 D 0.003 0.012 0.298 0.004 0.198 0.092 0.001 0.001 0.002 0.115 0.250 0.010 0.016 92 E 0.004 0.019 0.197 0.004 0.230 0.157 0.001 0.001 0.003 0.143 0.213 0.011 0.018 93 N 0.004 0.020 0.272 0.007 0.163 0.139 0.001 0.001 0.004 0.107 0.243 0.014 0.026 94 F 0.005 0.017 0.302 0.008 0.096 0.121 0.001 0.001 0.005 0.192 0.198 0.029 0.026 95 I 0.011 0.055 0.312 0.006 0.061 0.135 0.003 0.002 0.010 0.159 0.146 0.028 0.072 96 L 0.007 0.033 0.359 0.005 0.061 0.147 0.002 0.002 0.011 0.179 0.098 0.046 0.050 97 K 0.009 0.022 0.302 0.009 0.081 0.154 0.002 0.002 0.008 0.079 0.249 0.027 0.056 98 H 0.006 0.022 0.191 0.008 0.066 0.119 0.002 0.001 0.004 0.131 0.386 0.023 0.040 99 D 0.005 0.012 0.405 0.015 0.027 0.059 0.001 0.001 0.003 0.253 0.173 0.012 0.036 100 R 0.003 0.008 0.337 0.005 0.024 0.199 0.001 0.001 0.006 0.276 0.064 0.063 0.015 101 A 0.010 0.021 0.340 0.032 0.019 0.172 0.005 0.003 0.019 0.115 0.099 0.009 0.154 102 F 0.111 0.021 0.166 0.028 0.018 0.140 0.037 0.017 0.042 0.045 0.042 0.269 0.064 103 L 0.225 0.020 0.062 0.004 0.006 0.135 0.067 0.039 0.077 0.007 0.007 0.048 0.303 104 L 0.348 0.006 0.037 0.071 0.009 0.182 0.079 0.027 0.050 0.009 0.006 0.085 0.093 105 S 0.254 0.004 0.045 0.055 0.013 0.198 0.083 0.031 0.053 0.020 0.020 0.116 0.108 106 M 0.317 0.007 0.059 0.006 0.021 0.112 0.049 0.029 0.031 0.014 0.032 0.112 0.212 107 A 0.264 0.024 0.102 0.022 0.040 0.138 0.035 0.016 0.026 0.024 0.059 0.093 0.158 108 N 0.129 0.016 0.180 0.021 0.051 0.138 0.015 0.011 0.018 0.082 0.099 0.135 0.105 109 R 0.029 0.040 0.161 0.018 0.056 0.122 0.004 0.002 0.007 0.213 0.263 0.015 0.069 110 G 0.001 0.014 0.557 0.006 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.333 0.037 0.025 0.009 111 K 0.001 0.017 0.156 0.007 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.159 0.608 0.001 0.007 112 H 0.001 0.009 0.191 0.001 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.132 0.620 0.004 0.006 113 T 0.001 0.038 0.217 0.002 0.046 0.009 0.001 0.001 0.001 0.423 0.243 0.011 0.010 114 N 0.001 0.018 0.211 0.004 0.035 0.011 0.001 0.001 0.001 0.201 0.489 0.006 0.021 115 G 0.007 0.012 0.193 0.014 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.424 0.287 0.017 0.017 116 S 0.049 0.022 0.508 0.012 0.016 0.003 0.005 0.001 0.004 0.157 0.092 0.045 0.086 117 Q 0.271 0.019 0.189 0.023 0.012 0.003 0.043 0.005 0.016 0.075 0.020 0.082 0.243 118 F 0.682 0.002 0.030 0.012 0.002 0.001 0.053 0.007 0.009 0.009 0.003 0.141 0.051 119 F 0.788 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.084 0.008 0.006 0.001 0.001 0.029 0.074 120 I 0.726 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.123 0.006 0.005 0.001 0.001 0.075 0.047 121 T 0.552 0.002 0.056 0.014 0.001 0.001 0.061 0.005 0.013 0.007 0.006 0.137 0.146 122 T 0.190 0.009 0.264 0.026 0.003 0.001 0.025 0.002 0.018 0.053 0.015 0.049 0.345 123 K 0.018 0.005 0.310 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.155 0.025 0.435 0.033 124 P 0.004 0.024 0.559 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.111 0.041 0.005 0.234 125 A 0.001 0.037 0.656 0.013 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.156 0.031 0.062 0.014 126 P 0.002 0.033 0.310 0.011 0.078 0.009 0.001 0.001 0.002 0.196 0.293 0.010 0.055 127 H 0.003 0.026 0.214 0.002 0.166 0.020 0.001 0.002 0.003 0.128 0.404 0.007 0.024 128 L 0.008 0.064 0.197 0.003 0.108 0.030 0.002 0.002 0.004 0.160 0.346 0.051 0.025 129 D 0.001 0.005 0.115 0.004 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.103 0.721 0.005 0.008 130 G 0.002 0.003 0.078 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.214 0.680 0.006 0.004 131 V 0.013 0.011 0.526 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.207 0.102 0.061 0.058 132 H 0.098 0.050 0.219 0.009 0.003 0.002 0.028 0.006 0.034 0.058 0.012 0.114 0.368 133 V 0.341 0.014 0.085 0.064 0.003 0.003 0.103 0.035 0.031 0.015 0.007 0.146 0.154 134 V 0.340 0.016 0.036 0.012 0.006 0.010 0.154 0.049 0.045 0.009 0.006 0.181 0.135 135 F 0.230 0.006 0.072 0.076 0.018 0.067 0.083 0.055 0.076 0.019 0.038 0.084 0.176 136 G 0.192 0.003 0.133 0.132 0.015 0.067 0.051 0.033 0.065 0.048 0.073 0.055 0.132 137 L 0.203 0.011 0.162 0.008 0.015 0.077 0.041 0.028 0.052 0.022 0.024 0.247 0.111 138 V 0.090 0.012 0.106 0.005 0.027 0.081 0.023 0.008 0.032 0.013 0.010 0.017 0.575 139 I 0.044 0.010 0.237 0.081 0.054 0.258 0.010 0.003 0.013 0.061 0.029 0.170 0.031 140 S 0.011 0.021 0.106 0.006 0.036 0.339 0.002 0.002 0.013 0.157 0.197 0.029 0.082 141 G 0.001 0.002 0.095 0.002 0.016 0.569 0.001 0.001 0.002 0.046 0.252 0.003 0.012 142 F 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 143 E 0.001 0.002 0.010 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.003 144 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 145 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 148 I 0.001 0.001 0.019 0.001 0.022 0.920 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.001 0.003 149 E 0.001 0.004 0.018 0.002 0.027 0.781 0.001 0.001 0.002 0.011 0.146 0.004 0.003 150 N 0.002 0.002 0.032 0.002 0.039 0.522 0.001 0.001 0.001 0.045 0.348 0.002 0.005 151 L 0.001 0.008 0.430 0.001 0.016 0.138 0.001 0.001 0.008 0.288 0.088 0.012 0.008 152 K 0.001 0.015 0.625 0.001 0.018 0.050 0.001 0.001 0.007 0.115 0.151 0.004 0.013 153 T 0.001 0.077 0.541 0.001 0.035 0.043 0.001 0.001 0.010 0.157 0.107 0.006 0.021 154 D 0.001 0.024 0.663 0.001 0.051 0.025 0.001 0.001 0.006 0.103 0.104 0.008 0.013 155 A 0.001 0.008 0.117 0.002 0.235 0.040 0.001 0.001 0.002 0.077 0.505 0.002 0.013 156 A 0.001 0.004 0.079 0.002 0.158 0.031 0.001 0.001 0.001 0.128 0.584 0.009 0.003 157 S 0.001 0.010 0.269 0.007 0.083 0.008 0.001 0.001 0.002 0.413 0.188 0.005 0.013 158 R 0.001 0.014 0.641 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.281 0.006 0.041 0.009 159 P 0.001 0.059 0.736 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.026 0.004 0.121 160 Y 0.003 0.031 0.714 0.046 0.019 0.002 0.002 0.001 0.011 0.065 0.043 0.026 0.038 161 A 0.008 0.013 0.351 0.024 0.038 0.002 0.003 0.001 0.023 0.248 0.035 0.190 0.064 162 D 0.005 0.006 0.316 0.155 0.021 0.002 0.005 0.001 0.034 0.091 0.022 0.029 0.313 163 V 0.022 0.008 0.456 0.049 0.006 0.001 0.017 0.004 0.089 0.030 0.005 0.165 0.149 164 R 0.044 0.014 0.085 0.002 0.001 0.001 0.039 0.006 0.170 0.010 0.001 0.535 0.093 165 V 0.029 0.011 0.064 0.001 0.001 0.001 0.029 0.010 0.106 0.001 0.001 0.013 0.733 166 I 0.016 0.002 0.053 0.766 0.002 0.001 0.012 0.004 0.031 0.006 0.005 0.087 0.014 167 D 0.046 0.004 0.094 0.077 0.017 0.002 0.019 0.002 0.077 0.168 0.044 0.178 0.273 168 C 0.052 0.004 0.118 0.017 0.025 0.003 0.023 0.004 0.035 0.055 0.035 0.084 0.548 169 G 0.074 0.009 0.081 0.020 0.012 0.005 0.026 0.007 0.044 0.040 0.036 0.601 0.044 170 V 0.059 0.023 0.165 0.007 0.010 0.005 0.022 0.009 0.039 0.031 0.016 0.042 0.572 171 L 0.047 0.011 0.492 0.089 0.007 0.004 0.013 0.002 0.013 0.057 0.023 0.134 0.109 172 A 0.008 0.013 0.745 0.006 0.006 0.003 0.002 0.001 0.004 0.064 0.009 0.038 0.102