# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.102 0.013 0.001 0.014 0.052 0.033 0.151 0.018 0.001 0.063 0.552 2 P 0.032 0.013 0.001 0.046 0.046 0.073 0.138 0.005 0.001 0.041 0.604 3 Q 0.031 0.008 0.003 0.094 0.045 0.113 0.114 0.002 0.001 0.061 0.527 4 C 0.021 0.007 0.002 0.139 0.135 0.145 0.090 0.003 0.001 0.052 0.405 5 H 0.059 0.013 0.002 0.095 0.064 0.092 0.103 0.003 0.001 0.038 0.530 6 F 0.017 0.005 0.001 0.079 0.131 0.149 0.087 0.007 0.001 0.030 0.493 7 D 0.020 0.011 0.001 0.079 0.062 0.123 0.108 0.003 0.001 0.042 0.550 8 I 0.022 0.007 0.005 0.097 0.183 0.219 0.100 0.006 0.002 0.054 0.304 9 E 0.083 0.012 0.003 0.082 0.097 0.165 0.078 0.007 0.002 0.054 0.418 10 I 0.117 0.004 0.001 0.040 0.086 0.099 0.073 0.003 0.001 0.050 0.526 11 N 0.006 0.003 0.001 0.043 0.050 0.094 0.110 0.001 0.001 0.020 0.672 12 R 0.009 0.001 0.003 0.023 0.037 0.069 0.106 0.002 0.002 0.023 0.725 13 E 0.089 0.003 0.002 0.023 0.134 0.094 0.119 0.013 0.001 0.089 0.433 14 P 0.095 0.002 0.001 0.025 0.022 0.046 0.120 0.002 0.001 0.073 0.613 15 V 0.010 0.004 0.001 0.050 0.036 0.096 0.118 0.001 0.001 0.045 0.637 16 G 0.003 0.002 0.001 0.068 0.134 0.290 0.094 0.001 0.001 0.072 0.336 17 R 0.001 0.004 0.001 0.086 0.215 0.288 0.052 0.001 0.001 0.066 0.287 18 I 0.001 0.002 0.001 0.124 0.333 0.384 0.018 0.001 0.001 0.048 0.090 19 M 0.002 0.003 0.001 0.165 0.282 0.376 0.020 0.001 0.001 0.043 0.108 20 F 0.005 0.001 0.001 0.118 0.341 0.382 0.016 0.001 0.001 0.060 0.076 21 Q 0.004 0.008 0.002 0.136 0.269 0.366 0.047 0.001 0.002 0.041 0.125 22 L 0.112 0.033 0.011 0.075 0.113 0.162 0.078 0.009 0.012 0.032 0.363 23 F 0.576 0.118 0.002 0.013 0.014 0.018 0.032 0.048 0.002 0.048 0.129 24 S 0.257 0.027 0.002 0.010 0.008 0.015 0.077 0.003 0.002 0.074 0.527 25 D 0.033 0.096 0.007 0.034 0.012 0.032 0.109 0.002 0.001 0.048 0.626 26 I 0.019 0.101 0.002 0.010 0.044 0.022 0.090 0.005 0.001 0.178 0.527 27 C 0.024 0.791 0.002 0.002 0.006 0.004 0.019 0.019 0.001 0.019 0.116 28 P 0.035 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.007 0.061 29 K 0.019 0.596 0.007 0.003 0.002 0.003 0.015 0.003 0.003 0.264 0.085 30 T 0.027 0.763 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 0.001 0.126 0.054 31 C 0.022 0.864 0.009 0.002 0.001 0.002 0.008 0.011 0.002 0.034 0.045 32 K 0.027 0.815 0.004 0.006 0.002 0.002 0.020 0.003 0.001 0.027 0.093 33 N 0.029 0.708 0.003 0.010 0.002 0.004 0.040 0.007 0.001 0.039 0.157 34 F 0.077 0.504 0.010 0.019 0.004 0.007 0.057 0.026 0.002 0.155 0.140 35 L 0.121 0.143 0.019 0.040 0.007 0.016 0.087 0.009 0.007 0.348 0.203 36 C 0.086 0.109 0.013 0.052 0.011 0.024 0.128 0.005 0.006 0.124 0.442 37 L 0.079 0.078 0.010 0.037 0.014 0.029 0.142 0.007 0.005 0.079 0.520 38 C 0.170 0.064 0.012 0.043 0.028 0.050 0.130 0.010 0.007 0.102 0.384 39 S 0.075 0.019 0.009 0.027 0.011 0.039 0.130 0.007 0.006 0.065 0.611 40 G 0.278 0.010 0.003 0.014 0.010 0.025 0.075 0.010 0.002 0.073 0.502 41 E 0.123 0.005 0.002 0.019 0.007 0.016 0.102 0.003 0.001 0.050 0.672 42 K 0.014 0.001 0.001 0.015 0.007 0.019 0.091 0.002 0.001 0.019 0.830 43 G 0.031 0.003 0.001 0.020 0.023 0.029 0.112 0.002 0.001 0.042 0.735 44 L 0.006 0.001 0.001 0.016 0.048 0.061 0.126 0.003 0.001 0.043 0.696 45 G 0.044 0.012 0.003 0.046 0.020 0.034 0.177 0.002 0.002 0.067 0.593 46 K 0.082 0.008 0.004 0.028 0.034 0.046 0.125 0.009 0.002 0.070 0.592 47 T 0.340 0.023 0.001 0.008 0.008 0.011 0.088 0.004 0.001 0.038 0.478 48 T 0.033 0.009 0.001 0.012 0.015 0.034 0.132 0.010 0.001 0.033 0.721 49 G 0.081 0.052 0.002 0.016 0.008 0.017 0.112 0.004 0.001 0.035 0.670 50 K 0.074 0.041 0.002 0.021 0.127 0.125 0.111 0.020 0.001 0.053 0.425 51 K 0.046 0.027 0.002 0.041 0.061 0.128 0.094 0.002 0.001 0.042 0.556 52 L 0.026 0.008 0.011 0.074 0.132 0.166 0.096 0.002 0.003 0.065 0.416 53 C 0.099 0.006 0.003 0.068 0.061 0.089 0.117 0.006 0.002 0.065 0.485 54 Y 0.284 0.006 0.001 0.032 0.023 0.032 0.088 0.005 0.001 0.060 0.468 55 K 0.019 0.005 0.001 0.039 0.017 0.030 0.124 0.002 0.001 0.021 0.742 56 G 0.005 0.002 0.001 0.022 0.032 0.070 0.122 0.006 0.001 0.023 0.717 57 S 0.011 0.013 0.001 0.114 0.197 0.138 0.099 0.002 0.001 0.043 0.379 58 T 0.021 0.013 0.002 0.190 0.163 0.212 0.059 0.004 0.001 0.067 0.269 59 F 0.022 0.018 0.002 0.144 0.139 0.182 0.058 0.004 0.001 0.063 0.369 60 H 0.027 0.006 0.001 0.243 0.103 0.153 0.085 0.002 0.001 0.046 0.334 61 R 0.010 0.002 0.003 0.194 0.124 0.169 0.095 0.001 0.001 0.056 0.346 62 V 0.018 0.002 0.002 0.159 0.069 0.105 0.121 0.002 0.002 0.039 0.480 63 V 0.288 0.014 0.002 0.065 0.052 0.049 0.112 0.011 0.002 0.067 0.337 64 K 0.050 0.008 0.001 0.054 0.021 0.032 0.156 0.006 0.001 0.055 0.616 65 N 0.009 0.006 0.001 0.092 0.038 0.091 0.144 0.004 0.001 0.070 0.545 66 F 0.013 0.004 0.001 0.244 0.104 0.158 0.094 0.002 0.001 0.117 0.262 67 M 0.013 0.003 0.002 0.306 0.096 0.120 0.084 0.001 0.001 0.089 0.285 68 I 0.018 0.002 0.001 0.337 0.083 0.120 0.084 0.001 0.001 0.081 0.272 69 Q 0.047 0.004 0.001 0.197 0.039 0.093 0.136 0.003 0.001 0.101 0.379 70 G 0.067 0.004 0.001 0.096 0.023 0.044 0.187 0.003 0.001 0.075 0.498 71 G 0.015 0.002 0.001 0.054 0.037 0.088 0.216 0.006 0.001 0.061 0.521 72 D 0.043 0.006 0.001 0.076 0.021 0.046 0.197 0.002 0.001 0.091 0.516 73 F 0.066 0.004 0.003 0.076 0.050 0.065 0.162 0.004 0.001 0.148 0.421 74 S 0.044 0.004 0.001 0.041 0.015 0.032 0.196 0.003 0.001 0.085 0.576 75 E 0.137 0.006 0.001 0.028 0.015 0.024 0.154 0.005 0.001 0.077 0.553 76 G 0.056 0.003 0.001 0.025 0.009 0.015 0.197 0.005 0.001 0.083 0.606 77 N 0.018 0.002 0.001 0.023 0.009 0.022 0.215 0.004 0.001 0.053 0.656 78 G 0.086 0.005 0.001 0.049 0.020 0.044 0.190 0.004 0.001 0.099 0.499 79 K 0.051 0.005 0.001 0.039 0.019 0.033 0.181 0.002 0.001 0.065 0.603 80 G 0.025 0.011 0.001 0.039 0.023 0.059 0.192 0.004 0.001 0.061 0.584 81 G 0.056 0.023 0.001 0.047 0.035 0.065 0.180 0.005 0.001 0.092 0.496 82 E 0.030 0.012 0.003 0.045 0.067 0.118 0.213 0.005 0.002 0.092 0.413 83 S 0.081 0.016 0.005 0.051 0.061 0.122 0.132 0.006 0.002 0.080 0.445 84 I 0.252 0.015 0.003 0.038 0.031 0.062 0.110 0.009 0.002 0.096 0.383 85 Y 0.113 0.019 0.001 0.025 0.020 0.046 0.127 0.009 0.001 0.051 0.589 86 G 0.038 0.007 0.001 0.018 0.020 0.049 0.130 0.004 0.001 0.026 0.707 87 G 0.008 0.002 0.001 0.021 0.100 0.126 0.132 0.002 0.001 0.022 0.587 88 Y 0.008 0.007 0.001 0.036 0.056 0.073 0.124 0.001 0.001 0.026 0.666 89 F 0.069 0.019 0.005 0.030 0.067 0.052 0.122 0.010 0.002 0.055 0.569 90 K 0.250 0.091 0.004 0.016 0.011 0.013 0.091 0.014 0.002 0.055 0.454 91 D 0.259 0.094 0.004 0.010 0.006 0.012 0.066 0.006 0.002 0.035 0.506 92 E 0.059 0.107 0.004 0.021 0.014 0.032 0.087 0.007 0.001 0.030 0.639 93 N 0.122 0.140 0.003 0.010 0.045 0.061 0.081 0.008 0.001 0.034 0.496 94 F 0.114 0.093 0.003 0.021 0.095 0.091 0.092 0.012 0.002 0.042 0.435 95 I 0.071 0.058 0.003 0.016 0.044 0.064 0.103 0.005 0.002 0.022 0.613 96 L 0.097 0.047 0.002 0.023 0.052 0.063 0.101 0.009 0.001 0.042 0.563 97 K 0.118 0.046 0.002 0.019 0.041 0.061 0.114 0.004 0.001 0.039 0.553 98 H 0.034 0.032 0.007 0.034 0.025 0.051 0.109 0.003 0.002 0.026 0.675 99 D 0.063 0.086 0.003 0.020 0.053 0.069 0.101 0.009 0.002 0.058 0.534 100 R 0.193 0.237 0.002 0.018 0.027 0.030 0.082 0.010 0.001 0.045 0.354 101 A 0.022 0.081 0.002 0.063 0.071 0.102 0.121 0.004 0.001 0.074 0.459 102 F 0.006 0.198 0.003 0.066 0.093 0.196 0.068 0.003 0.001 0.066 0.301 103 L 0.044 0.197 0.004 0.062 0.182 0.158 0.052 0.010 0.001 0.068 0.221 104 L 0.020 0.134 0.009 0.108 0.156 0.158 0.050 0.004 0.003 0.077 0.281 105 S 0.050 0.089 0.008 0.069 0.099 0.167 0.065 0.009 0.005 0.204 0.235 106 M 0.169 0.044 0.019 0.073 0.041 0.079 0.072 0.020 0.012 0.224 0.247 107 A 0.142 0.017 0.006 0.070 0.056 0.087 0.110 0.007 0.004 0.096 0.405 108 N 0.037 0.006 0.001 0.059 0.032 0.074 0.128 0.001 0.001 0.044 0.617 109 R 0.010 0.002 0.001 0.073 0.021 0.038 0.147 0.002 0.001 0.045 0.661 110 G 0.095 0.006 0.001 0.049 0.038 0.041 0.169 0.005 0.001 0.099 0.497 111 K 0.015 0.002 0.001 0.033 0.010 0.022 0.195 0.003 0.001 0.048 0.671 112 H 0.081 0.003 0.002 0.032 0.008 0.019 0.155 0.003 0.001 0.057 0.638 113 T 0.118 0.004 0.003 0.037 0.011 0.028 0.163 0.004 0.002 0.143 0.488 114 N 0.068 0.003 0.002 0.022 0.007 0.025 0.175 0.002 0.001 0.068 0.627 115 G 0.033 0.003 0.002 0.032 0.030 0.084 0.184 0.003 0.001 0.085 0.542 116 S 0.009 0.003 0.001 0.046 0.069 0.157 0.181 0.002 0.001 0.082 0.451 117 Q 0.002 0.001 0.001 0.062 0.129 0.316 0.085 0.001 0.001 0.110 0.293 118 F 0.001 0.001 0.001 0.089 0.240 0.380 0.041 0.001 0.001 0.079 0.169 119 F 0.001 0.001 0.001 0.109 0.249 0.387 0.030 0.001 0.001 0.066 0.157 120 I 0.005 0.001 0.001 0.130 0.280 0.308 0.032 0.001 0.001 0.083 0.161 121 T 0.006 0.001 0.001 0.109 0.169 0.319 0.063 0.001 0.001 0.066 0.266 122 T 0.050 0.001 0.001 0.058 0.066 0.085 0.102 0.001 0.001 0.042 0.593 123 K 0.012 0.001 0.001 0.026 0.053 0.084 0.166 0.008 0.001 0.045 0.604 124 P 0.066 0.005 0.001 0.022 0.009 0.013 0.120 0.003 0.001 0.035 0.725 125 A 0.142 0.006 0.003 0.025 0.033 0.040 0.139 0.009 0.001 0.087 0.515 126 P 0.043 0.003 0.002 0.011 0.013 0.021 0.129 0.003 0.001 0.050 0.724 127 H 0.116 0.002 0.002 0.014 0.014 0.031 0.126 0.004 0.001 0.048 0.642 128 L 0.214 0.002 0.001 0.019 0.014 0.022 0.124 0.004 0.001 0.078 0.522 129 D 0.030 0.002 0.001 0.016 0.006 0.015 0.174 0.001 0.001 0.022 0.732 130 G 0.005 0.001 0.001 0.026 0.029 0.044 0.172 0.003 0.001 0.023 0.698 131 V 0.003 0.004 0.001 0.185 0.106 0.097 0.127 0.001 0.001 0.057 0.420 132 H 0.001 0.002 0.001 0.341 0.144 0.222 0.043 0.001 0.001 0.067 0.178 133 V 0.002 0.004 0.001 0.378 0.166 0.171 0.029 0.001 0.001 0.043 0.205 134 V 0.006 0.006 0.001 0.345 0.224 0.187 0.031 0.001 0.001 0.036 0.162 135 F 0.010 0.011 0.001 0.266 0.132 0.216 0.048 0.004 0.001 0.057 0.256 136 G 0.021 0.009 0.001 0.236 0.099 0.186 0.061 0.002 0.001 0.102 0.280 137 L 0.028 0.012 0.008 0.114 0.165 0.183 0.095 0.003 0.006 0.147 0.239 138 V 0.089 0.012 0.006 0.063 0.094 0.114 0.108 0.006 0.004 0.077 0.428 139 I 0.242 0.064 0.003 0.038 0.046 0.048 0.076 0.009 0.002 0.106 0.366 140 S 0.047 0.226 0.001 0.012 0.008 0.013 0.093 0.004 0.001 0.045 0.550 141 G 0.007 0.571 0.001 0.005 0.005 0.010 0.038 0.006 0.001 0.015 0.342 142 F 0.006 0.880 0.001 0.006 0.008 0.005 0.012 0.002 0.001 0.011 0.069 143 E 0.001 0.974 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 144 V 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 145 I 0.015 0.858 0.001 0.012 0.005 0.003 0.003 0.003 0.001 0.081 0.018 146 E 0.013 0.474 0.033 0.028 0.005 0.005 0.019 0.003 0.010 0.353 0.057 147 Q 0.138 0.244 0.113 0.034 0.006 0.008 0.054 0.033 0.034 0.188 0.147 148 I 0.276 0.049 0.050 0.029 0.006 0.011 0.071 0.023 0.039 0.091 0.355 149 E 0.114 0.010 0.001 0.008 0.006 0.013 0.073 0.002 0.001 0.022 0.750 150 N 0.009 0.006 0.001 0.005 0.002 0.007 0.058 0.001 0.001 0.009 0.903 151 L 0.027 0.002 0.001 0.004 0.011 0.020 0.112 0.007 0.001 0.027 0.789 152 K 0.042 0.018 0.002 0.009 0.011 0.019 0.099 0.002 0.001 0.031 0.766 153 T 0.019 0.005 0.004 0.008 0.005 0.013 0.080 0.004 0.002 0.017 0.843 154 D 0.551 0.022 0.002 0.006 0.007 0.011 0.037 0.021 0.001 0.062 0.279 155 A 0.403 0.009 0.001 0.005 0.002 0.004 0.044 0.002 0.001 0.036 0.494 156 A 0.006 0.003 0.001 0.008 0.007 0.020 0.082 0.001 0.001 0.011 0.861 157 S 0.016 0.004 0.001 0.005 0.016 0.016 0.068 0.001 0.001 0.012 0.861 158 R 0.066 0.001 0.001 0.004 0.109 0.046 0.120 0.018 0.001 0.065 0.570 159 P 0.040 0.001 0.001 0.009 0.011 0.022 0.112 0.002 0.001 0.023 0.779 160 Y 0.047 0.002 0.001 0.028 0.015 0.036 0.104 0.001 0.001 0.031 0.734 161 A 0.005 0.002 0.001 0.042 0.070 0.074 0.136 0.002 0.001 0.036 0.632 162 D 0.001 0.001 0.001 0.064 0.141 0.294 0.083 0.003 0.001 0.043 0.370 163 V 0.002 0.001 0.001 0.235 0.189 0.199 0.042 0.001 0.001 0.049 0.282 164 R 0.002 0.001 0.001 0.247 0.279 0.304 0.020 0.001 0.001 0.039 0.108 165 V 0.015 0.002 0.002 0.200 0.154 0.178 0.045 0.001 0.001 0.048 0.354 166 I 0.026 0.002 0.001 0.154 0.176 0.164 0.061 0.006 0.001 0.034 0.375 167 D 0.067 0.011 0.001 0.069 0.065 0.096 0.102 0.006 0.001 0.040 0.543 168 C 0.015 0.002 0.001 0.059 0.124 0.211 0.102 0.007 0.001 0.022 0.457 169 G 0.050 0.008 0.002 0.083 0.127 0.178 0.088 0.002 0.001 0.037 0.423 170 V 0.029 0.006 0.002 0.071 0.130 0.127 0.085 0.003 0.001 0.036 0.511 171 L 0.081 0.022 0.003 0.051 0.055 0.072 0.117 0.004 0.002 0.039 0.555 172 A 0.065 0.018 0.003 0.028 0.036 0.053 0.116 0.010 0.002 0.043 0.627