# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.133 0.024 0.013 0.034 0.040 0.096 0.071 0.590 2 P 0.040 0.024 0.022 0.031 0.065 0.120 0.044 0.654 3 Q 0.021 0.021 0.059 0.065 0.136 0.111 0.056 0.532 4 C 0.024 0.028 0.060 0.091 0.125 0.109 0.053 0.509 5 H 0.042 0.049 0.117 0.084 0.127 0.093 0.087 0.401 6 F 0.047 0.046 0.072 0.098 0.139 0.093 0.103 0.401 7 D 0.020 0.022 0.091 0.089 0.168 0.070 0.245 0.296 8 I 0.015 0.015 0.110 0.155 0.278 0.065 0.133 0.229 9 E 0.044 0.007 0.082 0.180 0.327 0.058 0.055 0.247 10 I 0.034 0.003 0.052 0.189 0.190 0.075 0.052 0.406 11 N 0.012 0.003 0.036 0.090 0.203 0.102 0.045 0.508 12 R 0.014 0.002 0.023 0.042 0.117 0.132 0.044 0.626 13 E 0.098 0.003 0.028 0.065 0.053 0.139 0.069 0.546 14 P 0.187 0.010 0.026 0.038 0.062 0.110 0.067 0.500 15 V 0.021 0.007 0.032 0.020 0.064 0.113 0.027 0.716 16 G 0.012 0.010 0.122 0.108 0.353 0.090 0.035 0.270 17 R 0.002 0.005 0.120 0.168 0.301 0.049 0.056 0.299 18 I 0.001 0.005 0.202 0.355 0.329 0.019 0.028 0.061 19 M 0.004 0.009 0.291 0.218 0.346 0.014 0.057 0.061 20 F 0.008 0.011 0.262 0.339 0.223 0.018 0.057 0.081 21 Q 0.005 0.011 0.364 0.182 0.266 0.020 0.079 0.072 22 L 0.040 0.033 0.209 0.123 0.175 0.064 0.108 0.248 23 F 0.422 0.069 0.056 0.064 0.066 0.044 0.093 0.186 24 S 0.096 0.030 0.018 0.016 0.026 0.070 0.090 0.655 25 D 0.019 0.032 0.017 0.012 0.030 0.132 0.033 0.725 26 I 0.026 0.038 0.017 0.018 0.021 0.108 0.079 0.693 27 C 0.086 0.347 0.012 0.021 0.014 0.079 0.101 0.341 28 P 0.073 0.452 0.015 0.005 0.010 0.052 0.055 0.340 29 K 0.023 0.240 0.030 0.023 0.016 0.055 0.377 0.237 30 T 0.043 0.818 0.014 0.003 0.005 0.011 0.072 0.034 31 C 0.067 0.826 0.010 0.003 0.004 0.016 0.027 0.049 32 K 0.017 0.723 0.028 0.012 0.014 0.023 0.035 0.148 33 N 0.022 0.793 0.020 0.005 0.015 0.019 0.044 0.082 34 F 0.076 0.609 0.042 0.016 0.025 0.039 0.088 0.105 35 L 0.077 0.093 0.090 0.105 0.083 0.051 0.330 0.172 36 C 0.015 0.060 0.041 0.053 0.093 0.109 0.178 0.451 37 L 0.051 0.060 0.073 0.067 0.148 0.120 0.065 0.416 38 C 0.091 0.031 0.052 0.188 0.201 0.098 0.057 0.282 39 S 0.020 0.010 0.032 0.036 0.078 0.092 0.046 0.687 40 G 0.246 0.020 0.023 0.059 0.097 0.101 0.048 0.406 41 E 0.140 0.007 0.019 0.057 0.055 0.106 0.054 0.562 42 K 0.029 0.002 0.013 0.015 0.035 0.113 0.011 0.782 43 G 0.032 0.002 0.018 0.054 0.104 0.081 0.051 0.657 44 L 0.008 0.001 0.016 0.091 0.089 0.121 0.049 0.626 45 G 0.018 0.003 0.038 0.074 0.121 0.096 0.066 0.583 46 K 0.144 0.004 0.013 0.058 0.060 0.088 0.026 0.607 47 T 0.241 0.010 0.015 0.030 0.030 0.064 0.039 0.571 48 T 0.031 0.011 0.016 0.026 0.096 0.122 0.020 0.678 49 G 0.014 0.004 0.028 0.033 0.115 0.091 0.033 0.682 50 K 0.029 0.008 0.029 0.343 0.182 0.066 0.045 0.298 51 K 0.019 0.004 0.047 0.107 0.145 0.081 0.050 0.546 52 L 0.006 0.003 0.078 0.170 0.324 0.072 0.046 0.302 53 C 0.035 0.002 0.085 0.078 0.171 0.062 0.056 0.510 54 Y 0.142 0.007 0.046 0.142 0.093 0.078 0.170 0.323 55 K 0.017 0.012 0.042 0.037 0.103 0.124 0.024 0.642 56 G 0.021 0.018 0.037 0.028 0.124 0.107 0.036 0.628 57 S 0.024 0.032 0.072 0.163 0.191 0.085 0.088 0.344 58 T 0.025 0.045 0.094 0.176 0.249 0.061 0.075 0.277 59 F 0.023 0.038 0.066 0.225 0.303 0.040 0.076 0.229 60 H 0.027 0.028 0.091 0.202 0.242 0.045 0.084 0.281 61 R 0.005 0.011 0.093 0.288 0.273 0.052 0.066 0.213 62 V 0.017 0.013 0.091 0.078 0.134 0.095 0.084 0.489 63 V 0.300 0.039 0.061 0.095 0.063 0.074 0.167 0.201 64 K 0.052 0.023 0.036 0.027 0.052 0.132 0.050 0.627 65 N 0.010 0.015 0.078 0.024 0.100 0.097 0.099 0.577 66 F 0.004 0.006 0.306 0.134 0.198 0.067 0.149 0.137 67 M 0.012 0.005 0.342 0.127 0.163 0.052 0.111 0.189 68 I 0.059 0.003 0.354 0.163 0.110 0.056 0.067 0.187 69 Q 0.047 0.003 0.185 0.043 0.095 0.132 0.059 0.436 70 G 0.021 0.002 0.052 0.024 0.068 0.139 0.034 0.660 71 G 0.015 0.002 0.057 0.033 0.064 0.184 0.041 0.603 72 D 0.032 0.004 0.054 0.064 0.083 0.182 0.080 0.501 73 F 0.075 0.004 0.037 0.054 0.061 0.156 0.080 0.533 74 S 0.070 0.004 0.030 0.039 0.053 0.148 0.076 0.580 75 E 0.066 0.003 0.023 0.020 0.039 0.155 0.038 0.655 76 G 0.068 0.003 0.023 0.027 0.044 0.149 0.049 0.637 77 N 0.035 0.004 0.027 0.028 0.058 0.166 0.031 0.652 78 G 0.077 0.005 0.024 0.023 0.050 0.147 0.034 0.640 79 K 0.074 0.009 0.023 0.055 0.071 0.171 0.047 0.549 80 G 0.036 0.011 0.021 0.020 0.043 0.138 0.030 0.701 81 G 0.093 0.032 0.024 0.062 0.096 0.146 0.067 0.479 82 E 0.031 0.024 0.037 0.060 0.103 0.128 0.058 0.558 83 S 0.106 0.036 0.032 0.067 0.121 0.110 0.066 0.463 84 I 0.242 0.035 0.028 0.104 0.103 0.090 0.059 0.340 85 Y 0.044 0.027 0.016 0.044 0.120 0.094 0.031 0.624 86 G 0.063 0.037 0.018 0.037 0.109 0.090 0.024 0.622 87 G 0.018 0.028 0.028 0.192 0.169 0.111 0.032 0.421 88 Y 0.036 0.055 0.018 0.034 0.047 0.115 0.023 0.673 89 F 0.185 0.115 0.041 0.070 0.066 0.075 0.171 0.277 90 K 0.130 0.109 0.015 0.023 0.027 0.090 0.066 0.539 91 D 0.283 0.244 0.011 0.012 0.017 0.037 0.084 0.311 92 E 0.050 0.200 0.015 0.030 0.044 0.099 0.033 0.529 93 N 0.059 0.100 0.024 0.031 0.069 0.079 0.059 0.578 94 F 0.098 0.073 0.021 0.072 0.067 0.105 0.099 0.464 95 I 0.059 0.037 0.038 0.048 0.073 0.121 0.131 0.494 96 L 0.127 0.027 0.022 0.036 0.050 0.107 0.072 0.557 97 K 0.097 0.029 0.020 0.027 0.041 0.093 0.049 0.645 98 H 0.022 0.021 0.015 0.012 0.026 0.097 0.021 0.785 99 D 0.077 0.080 0.029 0.025 0.045 0.130 0.050 0.564 100 R 0.057 0.172 0.028 0.043 0.052 0.093 0.072 0.483 101 A 0.009 0.081 0.073 0.038 0.096 0.125 0.156 0.422 102 F 0.006 0.165 0.156 0.103 0.206 0.033 0.239 0.093 103 L 0.039 0.275 0.140 0.137 0.182 0.043 0.074 0.110 104 L 0.016 0.042 0.413 0.150 0.137 0.028 0.141 0.074 105 S 0.031 0.085 0.213 0.105 0.209 0.051 0.148 0.158 106 M 0.141 0.038 0.168 0.081 0.131 0.080 0.138 0.223 107 A 0.090 0.016 0.042 0.042 0.066 0.184 0.060 0.499 108 N 0.057 0.009 0.018 0.023 0.052 0.114 0.049 0.678 109 R 0.020 0.003 0.009 0.012 0.022 0.140 0.029 0.765 110 G 0.061 0.008 0.024 0.043 0.059 0.190 0.170 0.444 111 K 0.030 0.004 0.015 0.023 0.036 0.153 0.038 0.701 112 H 0.198 0.004 0.018 0.013 0.023 0.119 0.046 0.579 113 T 0.287 0.011 0.017 0.013 0.013 0.105 0.086 0.468 114 N 0.053 0.011 0.018 0.008 0.029 0.185 0.018 0.678 115 G 0.027 0.009 0.030 0.013 0.066 0.136 0.031 0.688 116 S 0.015 0.015 0.083 0.149 0.253 0.128 0.073 0.285 117 Q 0.004 0.004 0.121 0.152 0.330 0.054 0.110 0.224 118 F 0.001 0.002 0.139 0.294 0.383 0.020 0.098 0.063 119 F 0.003 0.002 0.186 0.259 0.438 0.016 0.038 0.057 120 I 0.010 0.001 0.130 0.372 0.371 0.018 0.025 0.073 121 T 0.007 0.002 0.110 0.205 0.451 0.033 0.035 0.157 122 T 0.028 0.003 0.054 0.093 0.223 0.119 0.039 0.440 123 K 0.019 0.003 0.034 0.110 0.118 0.183 0.043 0.491 124 P 0.036 0.004 0.008 0.015 0.019 0.101 0.029 0.788 125 A 0.313 0.018 0.013 0.028 0.030 0.110 0.109 0.380 126 P 0.041 0.006 0.017 0.021 0.032 0.142 0.053 0.688 127 H 0.113 0.004 0.016 0.013 0.030 0.115 0.048 0.662 128 L 0.240 0.006 0.016 0.021 0.025 0.119 0.068 0.505 129 D 0.060 0.008 0.013 0.013 0.046 0.144 0.027 0.688 130 G 0.019 0.007 0.029 0.023 0.121 0.123 0.024 0.654 131 V 0.006 0.004 0.070 0.230 0.340 0.090 0.033 0.228 132 H 0.002 0.003 0.155 0.223 0.393 0.034 0.034 0.156 133 V 0.005 0.004 0.134 0.316 0.369 0.024 0.028 0.119 134 V 0.012 0.006 0.152 0.370 0.315 0.023 0.030 0.092 135 F 0.012 0.012 0.097 0.186 0.390 0.037 0.037 0.228 136 G 0.010 0.011 0.107 0.209 0.415 0.030 0.066 0.151 137 L 0.006 0.012 0.117 0.350 0.321 0.032 0.054 0.110 138 V 0.047 0.035 0.105 0.147 0.227 0.056 0.060 0.324 139 I 0.150 0.035 0.076 0.189 0.141 0.058 0.083 0.268 140 S 0.034 0.095 0.022 0.041 0.075 0.082 0.037 0.614 141 G 0.025 0.527 0.007 0.006 0.019 0.034 0.028 0.354 142 F 0.019 0.718 0.019 0.035 0.018 0.026 0.044 0.122 143 E 0.012 0.856 0.018 0.028 0.014 0.010 0.020 0.044 144 V 0.041 0.918 0.008 0.002 0.004 0.003 0.011 0.014 145 I 0.124 0.749 0.035 0.006 0.006 0.006 0.050 0.023 146 E 0.043 0.397 0.059 0.030 0.018 0.022 0.171 0.260 147 Q 0.078 0.366 0.029 0.006 0.009 0.038 0.084 0.389 148 I 0.383 0.137 0.050 0.013 0.011 0.051 0.133 0.221 149 E 0.117 0.028 0.013 0.011 0.011 0.072 0.056 0.692 150 N 0.017 0.010 0.004 0.002 0.005 0.060 0.029 0.874 151 L 0.039 0.031 0.013 0.014 0.013 0.168 0.030 0.692 152 K 0.098 0.024 0.018 0.017 0.022 0.153 0.045 0.623 153 T 0.058 0.011 0.015 0.007 0.008 0.096 0.068 0.736 154 D 0.430 0.023 0.017 0.011 0.013 0.074 0.075 0.357 155 A 0.269 0.006 0.009 0.008 0.008 0.076 0.038 0.587 156 A 0.013 0.002 0.012 0.010 0.024 0.110 0.016 0.815 157 S 0.013 0.001 0.013 0.009 0.034 0.093 0.021 0.817 158 R 0.026 0.002 0.030 0.089 0.058 0.182 0.044 0.569 159 P 0.024 0.003 0.034 0.022 0.038 0.095 0.032 0.751 160 Y 0.081 0.007 0.038 0.031 0.052 0.122 0.073 0.596 161 A 0.026 0.008 0.099 0.071 0.118 0.111 0.053 0.515 162 D 0.008 0.006 0.126 0.064 0.178 0.084 0.054 0.480 163 V 0.003 0.005 0.253 0.179 0.251 0.055 0.040 0.214 164 R 0.007 0.008 0.308 0.197 0.283 0.033 0.043 0.121 165 V 0.013 0.010 0.296 0.166 0.184 0.045 0.074 0.212 166 I 0.051 0.014 0.234 0.163 0.160 0.073 0.052 0.252 167 D 0.105 0.017 0.084 0.091 0.153 0.079 0.090 0.380 168 C 0.033 0.013 0.059 0.046 0.106 0.105 0.037 0.601 169 G 0.024 0.008 0.081 0.148 0.267 0.087 0.050 0.334 170 V 0.017 0.007 0.032 0.098 0.129 0.096 0.049 0.572 171 L 0.057 0.014 0.052 0.123 0.143 0.098 0.087 0.427 172 A 0.083 0.014 0.020 0.053 0.075 0.104 0.062 0.589