# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.485 0.204 0.050 0.095 0.054 0.036 0.030 0.019 0.014 0.009 0.005 2 P 0.392 0.116 0.035 0.095 0.080 0.071 0.078 0.052 0.039 0.027 0.015 3 Q 0.224 0.249 0.068 0.183 0.121 0.066 0.046 0.021 0.013 0.006 0.003 4 C 0.049 0.058 0.025 0.080 0.097 0.107 0.154 0.147 0.137 0.095 0.051 5 H 0.079 0.080 0.067 0.192 0.159 0.131 0.125 0.069 0.049 0.030 0.019 6 F 0.052 0.046 0.052 0.102 0.095 0.103 0.162 0.128 0.126 0.084 0.051 7 D 0.098 0.125 0.091 0.227 0.144 0.109 0.095 0.052 0.034 0.018 0.008 8 I 0.050 0.049 0.040 0.080 0.083 0.106 0.162 0.137 0.136 0.098 0.058 9 E 0.064 0.096 0.087 0.148 0.127 0.114 0.137 0.082 0.071 0.046 0.028 10 I 0.028 0.050 0.045 0.098 0.107 0.111 0.175 0.128 0.122 0.082 0.054 11 N 0.089 0.090 0.064 0.143 0.119 0.113 0.143 0.088 0.072 0.048 0.031 12 R 0.307 0.177 0.103 0.166 0.098 0.062 0.044 0.019 0.012 0.006 0.004 13 E 0.138 0.169 0.073 0.180 0.135 0.104 0.090 0.051 0.033 0.019 0.008 14 P 0.348 0.181 0.070 0.156 0.092 0.063 0.044 0.020 0.013 0.007 0.005 15 V 0.052 0.077 0.051 0.162 0.178 0.151 0.174 0.079 0.043 0.021 0.011 16 G 0.047 0.038 0.023 0.087 0.093 0.122 0.226 0.154 0.112 0.064 0.035 17 R 0.009 0.055 0.063 0.365 0.278 0.149 0.057 0.015 0.006 0.003 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.038 0.111 0.231 0.307 0.301 19 M 0.005 0.029 0.041 0.310 0.288 0.170 0.099 0.034 0.015 0.005 0.003 20 F 0.001 0.003 0.003 0.006 0.008 0.016 0.082 0.142 0.271 0.288 0.180 21 Q 0.017 0.046 0.068 0.317 0.252 0.144 0.088 0.035 0.021 0.008 0.005 22 L 0.003 0.007 0.006 0.013 0.019 0.030 0.116 0.160 0.244 0.238 0.165 23 F 0.011 0.040 0.037 0.173 0.172 0.141 0.160 0.111 0.085 0.044 0.025 24 S 0.073 0.100 0.061 0.148 0.156 0.149 0.169 0.073 0.044 0.018 0.008 25 D 0.355 0.173 0.115 0.186 0.091 0.041 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 26 I 0.071 0.138 0.042 0.163 0.163 0.143 0.131 0.069 0.048 0.023 0.010 27 C 0.015 0.027 0.008 0.029 0.040 0.064 0.143 0.169 0.202 0.170 0.132 28 P 0.177 0.107 0.045 0.131 0.138 0.130 0.123 0.060 0.047 0.026 0.017 29 K 0.164 0.103 0.063 0.165 0.151 0.125 0.118 0.052 0.033 0.016 0.009 30 T 0.010 0.035 0.018 0.073 0.067 0.084 0.155 0.168 0.171 0.135 0.082 31 C 0.004 0.003 0.006 0.014 0.022 0.045 0.119 0.155 0.214 0.217 0.201 32 K 0.077 0.077 0.159 0.262 0.164 0.111 0.081 0.033 0.020 0.011 0.006 33 N 0.003 0.018 0.032 0.105 0.128 0.182 0.258 0.137 0.080 0.042 0.016 34 F 0.001 0.002 0.003 0.006 0.006 0.009 0.044 0.097 0.201 0.295 0.336 35 L 0.003 0.007 0.012 0.059 0.092 0.150 0.250 0.169 0.128 0.085 0.047 36 C 0.004 0.025 0.111 0.162 0.199 0.200 0.147 0.074 0.046 0.023 0.010 37 L 0.001 0.003 0.004 0.022 0.046 0.087 0.205 0.214 0.185 0.147 0.088 38 C 0.002 0.003 0.002 0.009 0.018 0.037 0.132 0.181 0.244 0.221 0.151 39 S 0.020 0.100 0.079 0.255 0.193 0.120 0.118 0.059 0.032 0.016 0.008 40 G 0.150 0.124 0.061 0.190 0.143 0.122 0.105 0.052 0.027 0.017 0.007 41 E 0.252 0.226 0.110 0.198 0.099 0.050 0.036 0.014 0.008 0.005 0.003 42 K 0.320 0.160 0.055 0.135 0.094 0.069 0.077 0.036 0.027 0.018 0.009 43 G 0.286 0.138 0.035 0.085 0.075 0.077 0.097 0.063 0.064 0.046 0.034 44 L 0.066 0.127 0.039 0.119 0.107 0.099 0.142 0.093 0.084 0.073 0.051 45 G 0.098 0.135 0.046 0.140 0.121 0.109 0.112 0.071 0.065 0.058 0.045 46 K 0.145 0.099 0.061 0.221 0.172 0.113 0.082 0.044 0.032 0.020 0.012 47 T 0.314 0.098 0.063 0.123 0.092 0.078 0.089 0.052 0.042 0.031 0.019 48 T 0.205 0.162 0.072 0.163 0.110 0.075 0.085 0.049 0.042 0.024 0.012 49 G 0.609 0.132 0.039 0.065 0.039 0.034 0.031 0.019 0.015 0.010 0.007 50 K 0.213 0.181 0.092 0.174 0.106 0.073 0.071 0.033 0.025 0.018 0.013 51 K 0.093 0.138 0.090 0.231 0.157 0.108 0.091 0.042 0.028 0.016 0.007 52 L 0.024 0.030 0.016 0.072 0.104 0.124 0.165 0.155 0.149 0.101 0.060 53 C 0.015 0.044 0.038 0.153 0.166 0.165 0.174 0.113 0.074 0.037 0.022 54 Y 0.006 0.006 0.008 0.021 0.042 0.064 0.142 0.178 0.213 0.167 0.151 55 K 0.158 0.182 0.099 0.247 0.131 0.072 0.059 0.027 0.015 0.007 0.003 56 G 0.294 0.133 0.043 0.169 0.135 0.102 0.072 0.027 0.015 0.008 0.004 57 S 0.007 0.010 0.005 0.020 0.025 0.033 0.093 0.147 0.218 0.226 0.216 58 T 0.016 0.073 0.038 0.183 0.195 0.190 0.185 0.061 0.033 0.017 0.009 59 F 0.003 0.004 0.002 0.011 0.016 0.024 0.086 0.150 0.230 0.245 0.229 60 H 0.012 0.017 0.009 0.073 0.099 0.142 0.206 0.152 0.128 0.092 0.068 61 R 0.009 0.022 0.021 0.074 0.098 0.104 0.172 0.157 0.158 0.108 0.078 62 V 0.003 0.006 0.006 0.027 0.030 0.044 0.115 0.142 0.194 0.219 0.213 63 V 0.003 0.007 0.009 0.032 0.055 0.071 0.175 0.192 0.210 0.151 0.096 64 K 0.060 0.082 0.070 0.236 0.193 0.121 0.114 0.061 0.036 0.017 0.010 65 N 0.063 0.066 0.056 0.162 0.144 0.153 0.167 0.095 0.055 0.027 0.011 66 F 0.003 0.004 0.004 0.015 0.025 0.048 0.146 0.220 0.241 0.180 0.113 67 M 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.021 0.081 0.145 0.206 0.249 0.275 68 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.024 0.080 0.155 0.244 0.257 0.218 69 Q 0.001 0.002 0.003 0.009 0.012 0.028 0.105 0.180 0.245 0.236 0.179 70 G 0.002 0.003 0.003 0.014 0.019 0.034 0.103 0.175 0.205 0.218 0.224 71 G 0.007 0.011 0.009 0.044 0.069 0.101 0.173 0.171 0.166 0.144 0.105 72 D 0.022 0.079 0.037 0.202 0.219 0.158 0.145 0.066 0.038 0.022 0.012 73 F 0.001 0.002 0.002 0.008 0.016 0.025 0.074 0.117 0.207 0.248 0.301 74 S 0.075 0.150 0.072 0.209 0.178 0.120 0.100 0.039 0.026 0.016 0.016 75 E 0.155 0.182 0.064 0.223 0.146 0.095 0.078 0.028 0.015 0.008 0.005 76 G 0.336 0.149 0.051 0.116 0.095 0.086 0.065 0.031 0.026 0.022 0.022 77 N 0.117 0.221 0.073 0.215 0.135 0.081 0.071 0.031 0.023 0.016 0.015 78 G 0.149 0.061 0.026 0.078 0.091 0.097 0.138 0.091 0.097 0.086 0.085 79 K 0.193 0.229 0.082 0.195 0.116 0.074 0.055 0.023 0.016 0.010 0.007 80 G 0.122 0.118 0.055 0.163 0.142 0.123 0.123 0.058 0.043 0.030 0.022 81 G 0.081 0.062 0.032 0.103 0.106 0.114 0.141 0.106 0.103 0.083 0.070 82 E 0.163 0.185 0.086 0.184 0.139 0.096 0.069 0.032 0.023 0.015 0.009 83 S 0.030 0.033 0.018 0.066 0.081 0.090 0.154 0.148 0.154 0.122 0.106 84 I 0.027 0.023 0.011 0.052 0.075 0.105 0.186 0.151 0.142 0.118 0.108 85 Y 0.025 0.052 0.037 0.102 0.112 0.113 0.182 0.125 0.109 0.082 0.062 86 G 0.126 0.076 0.046 0.124 0.105 0.094 0.116 0.090 0.092 0.072 0.057 87 G 0.251 0.124 0.051 0.121 0.101 0.087 0.094 0.062 0.047 0.037 0.025 88 Y 0.067 0.134 0.045 0.148 0.148 0.126 0.160 0.077 0.054 0.029 0.014 89 F 0.017 0.010 0.007 0.018 0.029 0.050 0.115 0.154 0.213 0.207 0.180 90 K 0.276 0.255 0.110 0.195 0.089 0.036 0.021 0.008 0.005 0.003 0.002 91 D 0.080 0.094 0.065 0.144 0.135 0.140 0.142 0.087 0.062 0.034 0.016 92 E 0.079 0.033 0.015 0.045 0.051 0.074 0.140 0.148 0.152 0.144 0.118 93 N 0.117 0.088 0.052 0.125 0.106 0.099 0.150 0.095 0.078 0.056 0.035 94 F 0.083 0.056 0.059 0.097 0.087 0.095 0.143 0.116 0.116 0.090 0.059 95 I 0.094 0.098 0.063 0.166 0.120 0.109 0.127 0.075 0.062 0.048 0.037 96 L 0.037 0.027 0.024 0.052 0.059 0.078 0.141 0.146 0.170 0.154 0.112 97 K 0.126 0.136 0.078 0.196 0.143 0.111 0.094 0.050 0.036 0.019 0.011 98 H 0.087 0.070 0.055 0.106 0.103 0.116 0.148 0.103 0.098 0.068 0.047 99 D 0.091 0.115 0.068 0.163 0.135 0.115 0.125 0.074 0.057 0.037 0.021 100 R 0.078 0.091 0.058 0.170 0.177 0.134 0.127 0.069 0.051 0.030 0.015 101 A 0.048 0.065 0.049 0.144 0.152 0.141 0.147 0.101 0.077 0.048 0.030 102 F 0.007 0.009 0.009 0.030 0.051 0.087 0.215 0.211 0.194 0.122 0.066 103 L 0.004 0.006 0.008 0.023 0.030 0.053 0.136 0.172 0.217 0.187 0.164 104 L 0.002 0.002 0.005 0.008 0.008 0.015 0.053 0.107 0.200 0.285 0.316 105 S 0.002 0.004 0.013 0.028 0.036 0.058 0.138 0.185 0.232 0.172 0.132 106 M 0.002 0.004 0.010 0.011 0.010 0.019 0.075 0.127 0.211 0.267 0.264 107 A 0.002 0.003 0.007 0.020 0.029 0.047 0.115 0.154 0.204 0.213 0.204 108 N 0.014 0.030 0.036 0.091 0.118 0.148 0.213 0.139 0.109 0.063 0.039 109 R 0.073 0.059 0.073 0.113 0.121 0.125 0.165 0.102 0.082 0.054 0.034 110 G 0.307 0.133 0.057 0.119 0.083 0.071 0.082 0.048 0.042 0.033 0.025 111 K 0.241 0.184 0.052 0.125 0.094 0.081 0.077 0.046 0.041 0.034 0.024 112 H 0.123 0.093 0.034 0.097 0.090 0.101 0.124 0.099 0.100 0.075 0.065 113 T 0.147 0.097 0.033 0.085 0.089 0.101 0.139 0.091 0.085 0.068 0.065 114 N 0.073 0.090 0.035 0.139 0.133 0.116 0.153 0.095 0.077 0.055 0.034 115 G 0.082 0.067 0.029 0.122 0.137 0.131 0.131 0.089 0.087 0.071 0.055 116 S 0.008 0.011 0.009 0.038 0.054 0.077 0.177 0.183 0.179 0.151 0.114 117 Q 0.002 0.005 0.006 0.042 0.066 0.108 0.212 0.204 0.162 0.121 0.074 118 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.022 0.094 0.178 0.245 0.248 0.192 119 F 0.002 0.003 0.004 0.023 0.033 0.055 0.129 0.173 0.206 0.208 0.163 120 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.069 0.140 0.279 0.282 0.196 121 T 0.003 0.012 0.012 0.072 0.086 0.102 0.193 0.185 0.173 0.105 0.057 122 T 0.006 0.013 0.009 0.040 0.058 0.079 0.191 0.201 0.190 0.135 0.078 123 K 0.082 0.092 0.045 0.235 0.211 0.143 0.107 0.051 0.023 0.009 0.003 124 P 0.383 0.205 0.055 0.149 0.089 0.051 0.037 0.016 0.009 0.004 0.002 125 A 0.048 0.048 0.017 0.072 0.072 0.081 0.148 0.160 0.152 0.129 0.073 126 P 0.352 0.288 0.046 0.118 0.069 0.050 0.034 0.017 0.012 0.008 0.006 127 H 0.110 0.122 0.040 0.164 0.139 0.136 0.131 0.073 0.047 0.025 0.014 128 L 0.028 0.013 0.005 0.019 0.025 0.043 0.101 0.128 0.193 0.198 0.247 129 D 0.075 0.185 0.104 0.265 0.166 0.084 0.063 0.026 0.017 0.008 0.005 130 G 0.379 0.165 0.054 0.149 0.100 0.063 0.044 0.021 0.012 0.007 0.004 131 V 0.051 0.092 0.063 0.184 0.185 0.153 0.130 0.066 0.039 0.023 0.012 132 H 0.002 0.008 0.007 0.050 0.083 0.132 0.254 0.184 0.139 0.092 0.049 133 V 0.001 0.003 0.004 0.025 0.043 0.072 0.157 0.183 0.197 0.175 0.141 134 V 0.002 0.005 0.005 0.026 0.045 0.070 0.188 0.210 0.205 0.151 0.093 135 F 0.005 0.009 0.008 0.050 0.060 0.074 0.157 0.188 0.189 0.148 0.114 136 G 0.011 0.014 0.008 0.049 0.066 0.085 0.166 0.160 0.194 0.147 0.101 137 L 0.052 0.125 0.050 0.244 0.216 0.127 0.107 0.046 0.023 0.009 0.003 138 V 0.005 0.005 0.003 0.015 0.017 0.024 0.073 0.122 0.211 0.254 0.270 139 I 0.013 0.056 0.055 0.147 0.196 0.172 0.189 0.085 0.051 0.021 0.013 140 S 0.084 0.281 0.082 0.193 0.126 0.087 0.078 0.036 0.019 0.010 0.005 141 G 0.125 0.176 0.057 0.164 0.138 0.113 0.102 0.051 0.037 0.025 0.014 142 F 0.049 0.062 0.038 0.117 0.174 0.188 0.212 0.081 0.053 0.019 0.008 143 E 0.307 0.218 0.162 0.219 0.065 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.017 0.039 0.159 0.201 0.232 0.211 0.123 145 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.057 0.181 0.191 0.216 0.174 0.149 146 E 0.023 0.039 0.549 0.238 0.094 0.037 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.005 0.029 0.085 0.180 0.296 0.291 0.076 0.024 0.011 0.004 148 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.003 0.025 0.075 0.208 0.321 0.361 149 E 0.006 0.009 0.037 0.108 0.189 0.238 0.276 0.084 0.033 0.013 0.006 150 N 0.022 0.080 0.695 0.144 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 151 L 0.002 0.004 0.005 0.014 0.032 0.088 0.273 0.201 0.156 0.141 0.084 152 K 0.374 0.267 0.094 0.133 0.056 0.029 0.027 0.009 0.006 0.003 0.002 153 T 0.041 0.043 0.032 0.051 0.059 0.071 0.147 0.134 0.157 0.146 0.120 154 D 0.214 0.263 0.129 0.201 0.090 0.046 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 155 A 0.416 0.156 0.056 0.092 0.072 0.064 0.069 0.030 0.023 0.013 0.009 156 A 0.529 0.134 0.059 0.099 0.056 0.041 0.036 0.018 0.014 0.009 0.005 157 S 0.382 0.138 0.044 0.114 0.089 0.072 0.069 0.036 0.028 0.018 0.012 158 R 0.077 0.177 0.056 0.179 0.137 0.102 0.108 0.069 0.052 0.030 0.012 159 P 0.132 0.060 0.025 0.078 0.090 0.105 0.131 0.113 0.110 0.086 0.070 160 Y 0.051 0.049 0.037 0.142 0.166 0.145 0.170 0.112 0.071 0.038 0.019 161 A 0.175 0.153 0.089 0.204 0.138 0.096 0.073 0.036 0.021 0.010 0.004 162 D 0.157 0.184 0.124 0.323 0.137 0.051 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 163 V 0.001 0.002 0.001 0.005 0.010 0.027 0.098 0.183 0.269 0.243 0.161 164 R 0.013 0.130 0.128 0.331 0.228 0.097 0.052 0.012 0.005 0.002 0.001 165 V 0.004 0.004 0.003 0.009 0.011 0.017 0.067 0.115 0.211 0.257 0.301 166 I 0.027 0.057 0.061 0.237 0.259 0.171 0.117 0.041 0.019 0.008 0.005 167 D 0.196 0.313 0.095 0.205 0.093 0.045 0.031 0.011 0.007 0.003 0.001 168 C 0.013 0.015 0.011 0.044 0.051 0.070 0.135 0.145 0.186 0.183 0.145 169 G 0.251 0.234 0.084 0.158 0.114 0.067 0.050 0.020 0.012 0.006 0.004 170 V 0.090 0.117 0.060 0.144 0.119 0.108 0.138 0.085 0.066 0.045 0.028 171 L 0.068 0.085 0.050 0.120 0.125 0.129 0.139 0.091 0.083 0.063 0.047 172 A 0.272 0.140 0.045 0.105 0.089 0.072 0.079 0.063 0.060 0.043 0.032