# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.135 0.021 0.005 0.023 0.043 0.050 0.090 0.005 0.001 0.005 0.622 2 P 0.008 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.971 3 Q 0.040 0.002 0.003 0.053 0.058 0.086 0.216 0.001 0.001 0.007 0.535 4 C 0.211 0.004 0.007 0.090 0.060 0.081 0.105 0.001 0.001 0.013 0.430 5 H 0.028 0.011 0.003 0.184 0.125 0.217 0.085 0.001 0.001 0.003 0.343 6 F 0.009 0.004 0.001 0.276 0.178 0.287 0.056 0.001 0.001 0.002 0.186 7 D 0.018 0.005 0.001 0.207 0.091 0.175 0.062 0.001 0.001 0.004 0.436 8 I 0.020 0.004 0.003 0.238 0.216 0.253 0.037 0.001 0.001 0.005 0.223 9 E 0.010 0.004 0.001 0.208 0.207 0.281 0.082 0.001 0.001 0.004 0.203 10 I 0.013 0.003 0.002 0.147 0.198 0.298 0.050 0.001 0.001 0.005 0.284 11 N 0.010 0.003 0.001 0.133 0.209 0.354 0.066 0.001 0.001 0.003 0.219 12 R 0.019 0.002 0.003 0.049 0.085 0.142 0.051 0.001 0.001 0.005 0.643 13 E 0.025 0.002 0.003 0.070 0.158 0.205 0.147 0.001 0.001 0.007 0.383 14 P 0.004 0.001 0.001 0.009 0.013 0.020 0.025 0.001 0.001 0.001 0.927 15 V 0.017 0.001 0.001 0.028 0.050 0.094 0.181 0.001 0.001 0.010 0.618 16 G 0.304 0.003 0.001 0.027 0.052 0.059 0.126 0.001 0.001 0.040 0.386 17 R 0.181 0.007 0.008 0.048 0.055 0.078 0.098 0.001 0.001 0.014 0.510 18 I 0.015 0.002 0.006 0.128 0.304 0.278 0.057 0.001 0.001 0.003 0.206 19 M 0.006 0.001 0.002 0.168 0.213 0.354 0.047 0.001 0.001 0.002 0.207 20 F 0.002 0.001 0.001 0.144 0.278 0.413 0.022 0.001 0.001 0.001 0.137 21 Q 0.002 0.001 0.001 0.145 0.246 0.403 0.030 0.001 0.001 0.001 0.171 22 L 0.003 0.001 0.001 0.096 0.158 0.336 0.057 0.001 0.001 0.002 0.346 23 F 0.009 0.002 0.001 0.148 0.151 0.263 0.083 0.001 0.001 0.004 0.338 24 S 0.008 0.003 0.001 0.039 0.032 0.067 0.110 0.001 0.001 0.004 0.736 25 D 0.037 0.006 0.001 0.019 0.011 0.023 0.180 0.001 0.001 0.009 0.713 26 I 0.398 0.025 0.004 0.015 0.013 0.017 0.131 0.003 0.001 0.019 0.376 27 C 0.277 0.096 0.014 0.017 0.019 0.031 0.165 0.002 0.001 0.007 0.372 28 P 0.007 0.016 0.003 0.003 0.002 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.945 29 K 0.025 0.046 0.001 0.009 0.012 0.026 0.078 0.001 0.001 0.001 0.802 30 T 0.137 0.153 0.001 0.004 0.007 0.009 0.095 0.002 0.001 0.002 0.590 31 C 0.047 0.709 0.001 0.010 0.013 0.026 0.035 0.002 0.001 0.001 0.155 32 K 0.016 0.797 0.001 0.007 0.007 0.025 0.029 0.002 0.001 0.001 0.116 33 N 0.055 0.779 0.001 0.001 0.002 0.004 0.024 0.006 0.001 0.001 0.126 34 F 0.067 0.879 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.035 35 L 0.040 0.898 0.009 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.001 0.001 0.033 36 C 0.033 0.799 0.012 0.003 0.009 0.016 0.007 0.023 0.001 0.001 0.097 37 L 0.105 0.713 0.005 0.008 0.009 0.014 0.002 0.032 0.001 0.001 0.110 38 C 0.177 0.528 0.020 0.008 0.016 0.014 0.011 0.022 0.001 0.001 0.203 39 S 0.046 0.206 0.030 0.031 0.047 0.079 0.033 0.017 0.001 0.002 0.511 40 G 0.060 0.067 0.010 0.042 0.042 0.071 0.094 0.016 0.001 0.004 0.594 41 E 0.196 0.062 0.020 0.020 0.014 0.025 0.120 0.004 0.001 0.010 0.528 42 K 0.068 0.052 0.006 0.023 0.017 0.027 0.150 0.005 0.001 0.007 0.646 43 G 0.217 0.030 0.009 0.022 0.026 0.023 0.118 0.005 0.001 0.017 0.532 44 L 0.201 0.034 0.028 0.018 0.020 0.032 0.110 0.001 0.001 0.012 0.543 45 G 0.025 0.009 0.005 0.023 0.077 0.075 0.090 0.002 0.001 0.003 0.691 46 K 0.067 0.012 0.007 0.031 0.049 0.085 0.090 0.001 0.001 0.007 0.653 47 T 0.022 0.019 0.002 0.040 0.087 0.135 0.141 0.001 0.001 0.004 0.549 48 T 0.050 0.027 0.002 0.042 0.050 0.090 0.148 0.002 0.001 0.012 0.578 49 G 0.120 0.023 0.003 0.030 0.035 0.051 0.214 0.005 0.001 0.027 0.493 50 K 0.286 0.040 0.024 0.039 0.032 0.052 0.164 0.003 0.001 0.031 0.328 51 K 0.043 0.028 0.009 0.043 0.065 0.070 0.115 0.003 0.001 0.005 0.619 52 L 0.035 0.020 0.005 0.048 0.114 0.146 0.071 0.002 0.001 0.005 0.555 53 C 0.060 0.037 0.003 0.064 0.139 0.221 0.106 0.003 0.001 0.006 0.360 54 Y 0.061 0.048 0.004 0.049 0.105 0.157 0.084 0.003 0.001 0.006 0.482 55 K 0.048 0.032 0.002 0.028 0.071 0.113 0.146 0.003 0.001 0.009 0.546 56 G 0.188 0.019 0.007 0.032 0.030 0.049 0.143 0.006 0.001 0.033 0.493 57 S 0.227 0.019 0.034 0.061 0.050 0.055 0.183 0.003 0.001 0.025 0.342 58 T 0.024 0.009 0.012 0.058 0.072 0.075 0.171 0.001 0.001 0.006 0.572 59 F 0.020 0.011 0.004 0.110 0.150 0.264 0.096 0.001 0.001 0.005 0.339 60 H 0.027 0.016 0.001 0.138 0.234 0.348 0.067 0.001 0.001 0.004 0.164 61 R 0.029 0.017 0.001 0.068 0.182 0.221 0.076 0.002 0.001 0.004 0.399 62 V 0.042 0.016 0.005 0.134 0.179 0.354 0.059 0.003 0.001 0.007 0.201 63 V 0.022 0.008 0.003 0.127 0.211 0.307 0.105 0.003 0.001 0.006 0.209 64 K 0.003 0.001 0.002 0.024 0.020 0.032 0.017 0.001 0.001 0.002 0.899 65 N 0.014 0.001 0.002 0.084 0.076 0.140 0.105 0.001 0.001 0.007 0.572 66 F 0.218 0.001 0.006 0.112 0.102 0.100 0.083 0.001 0.001 0.020 0.357 67 M 0.022 0.003 0.003 0.197 0.152 0.191 0.103 0.001 0.001 0.004 0.324 68 I 0.004 0.002 0.001 0.245 0.209 0.358 0.055 0.001 0.001 0.002 0.125 69 Q 0.010 0.003 0.001 0.259 0.148 0.290 0.064 0.001 0.001 0.003 0.223 70 G 0.010 0.003 0.001 0.074 0.095 0.167 0.065 0.001 0.001 0.005 0.581 71 G 0.022 0.002 0.003 0.076 0.121 0.207 0.123 0.001 0.001 0.013 0.433 72 D 0.025 0.001 0.002 0.036 0.069 0.089 0.129 0.001 0.001 0.009 0.638 73 F 0.020 0.002 0.002 0.043 0.113 0.138 0.090 0.001 0.001 0.007 0.585 74 S 0.024 0.005 0.001 0.041 0.127 0.211 0.159 0.001 0.001 0.007 0.425 75 E 0.058 0.012 0.001 0.030 0.089 0.112 0.128 0.001 0.001 0.010 0.558 76 G 0.120 0.023 0.002 0.026 0.079 0.109 0.224 0.002 0.001 0.019 0.395 77 N 0.096 0.018 0.004 0.019 0.039 0.054 0.253 0.002 0.001 0.018 0.497 78 G 0.108 0.020 0.006 0.022 0.037 0.045 0.217 0.003 0.001 0.026 0.516 79 K 0.158 0.022 0.019 0.017 0.036 0.053 0.247 0.002 0.001 0.028 0.418 80 G 0.031 0.012 0.008 0.016 0.041 0.059 0.129 0.001 0.001 0.007 0.696 81 G 0.056 0.009 0.005 0.026 0.107 0.159 0.123 0.001 0.001 0.011 0.502 82 E 0.044 0.010 0.006 0.023 0.088 0.151 0.091 0.001 0.001 0.007 0.580 83 S 0.017 0.013 0.001 0.050 0.190 0.258 0.097 0.001 0.001 0.003 0.369 84 I 0.039 0.025 0.002 0.074 0.144 0.248 0.106 0.002 0.001 0.008 0.351 85 Y 0.058 0.054 0.003 0.087 0.141 0.230 0.119 0.003 0.001 0.012 0.294 86 G 0.100 0.051 0.006 0.048 0.067 0.127 0.164 0.006 0.001 0.021 0.410 87 G 0.169 0.038 0.013 0.039 0.063 0.088 0.125 0.007 0.001 0.018 0.439 88 Y 0.087 0.020 0.019 0.024 0.058 0.069 0.091 0.004 0.001 0.009 0.621 89 F 0.040 0.012 0.010 0.030 0.141 0.192 0.105 0.002 0.001 0.005 0.464 90 K 0.023 0.009 0.003 0.030 0.079 0.138 0.061 0.001 0.001 0.003 0.653 91 D 0.038 0.016 0.001 0.019 0.071 0.100 0.180 0.001 0.001 0.006 0.567 92 E 0.132 0.022 0.002 0.013 0.024 0.038 0.204 0.002 0.001 0.022 0.541 93 N 0.242 0.030 0.004 0.018 0.020 0.028 0.344 0.005 0.001 0.041 0.268 94 F 0.294 0.034 0.022 0.021 0.020 0.021 0.231 0.003 0.001 0.028 0.325 95 I 0.067 0.033 0.014 0.028 0.051 0.062 0.190 0.002 0.001 0.008 0.544 96 L 0.044 0.018 0.007 0.034 0.095 0.156 0.113 0.001 0.001 0.005 0.528 97 K 0.031 0.014 0.002 0.021 0.076 0.123 0.071 0.001 0.001 0.003 0.658 98 H 0.038 0.014 0.002 0.020 0.065 0.125 0.099 0.001 0.001 0.006 0.630 99 D 0.083 0.012 0.002 0.020 0.054 0.092 0.169 0.003 0.001 0.013 0.550 100 R 0.153 0.017 0.008 0.037 0.032 0.044 0.137 0.003 0.001 0.021 0.549 101 A 0.057 0.013 0.011 0.050 0.024 0.041 0.145 0.001 0.001 0.014 0.644 102 F 0.058 0.018 0.009 0.106 0.096 0.137 0.212 0.001 0.001 0.018 0.344 103 L 0.051 0.057 0.007 0.153 0.117 0.216 0.135 0.001 0.001 0.007 0.254 104 L 0.009 0.064 0.002 0.164 0.209 0.340 0.038 0.001 0.001 0.002 0.170 105 S 0.011 0.081 0.001 0.168 0.197 0.340 0.062 0.001 0.001 0.003 0.136 106 M 0.040 0.153 0.002 0.079 0.102 0.165 0.070 0.004 0.001 0.003 0.381 107 A 0.042 0.269 0.003 0.164 0.146 0.211 0.064 0.013 0.001 0.008 0.079 108 N 0.157 0.154 0.012 0.026 0.038 0.084 0.235 0.025 0.001 0.034 0.234 109 R 0.108 0.086 0.090 0.036 0.030 0.044 0.096 0.022 0.001 0.011 0.478 110 G 0.157 0.017 0.014 0.017 0.028 0.026 0.218 0.023 0.001 0.018 0.481 111 K 0.086 0.004 0.163 0.005 0.009 0.009 0.034 0.001 0.001 0.007 0.681 112 H 0.011 0.005 0.002 0.029 0.053 0.054 0.164 0.002 0.001 0.002 0.677 113 T 0.202 0.011 0.002 0.029 0.040 0.040 0.180 0.002 0.001 0.023 0.472 114 N 0.081 0.032 0.001 0.018 0.024 0.032 0.242 0.002 0.001 0.017 0.550 115 G 0.156 0.016 0.003 0.020 0.022 0.029 0.330 0.004 0.001 0.070 0.350 116 S 0.611 0.011 0.012 0.033 0.014 0.012 0.132 0.003 0.001 0.059 0.112 117 Q 0.099 0.012 0.049 0.103 0.095 0.082 0.189 0.002 0.001 0.021 0.348 118 F 0.005 0.001 0.007 0.163 0.299 0.393 0.075 0.001 0.001 0.002 0.054 119 F 0.001 0.001 0.001 0.245 0.273 0.432 0.015 0.001 0.001 0.001 0.032 120 I 0.001 0.001 0.001 0.195 0.312 0.416 0.011 0.001 0.001 0.001 0.064 121 T 0.001 0.001 0.001 0.176 0.302 0.410 0.018 0.001 0.001 0.001 0.091 122 T 0.004 0.001 0.001 0.235 0.122 0.249 0.042 0.001 0.001 0.003 0.342 123 K 0.004 0.001 0.001 0.193 0.113 0.260 0.076 0.001 0.001 0.003 0.349 124 P 0.002 0.001 0.001 0.021 0.009 0.026 0.015 0.001 0.001 0.002 0.925 125 A 0.023 0.001 0.001 0.057 0.070 0.232 0.120 0.001 0.001 0.006 0.490 126 P 0.011 0.001 0.001 0.005 0.008 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.961 127 H 0.076 0.006 0.001 0.041 0.069 0.068 0.087 0.001 0.001 0.004 0.648 128 L 0.196 0.011 0.001 0.015 0.033 0.053 0.155 0.001 0.001 0.013 0.521 129 D 0.070 0.019 0.001 0.018 0.033 0.039 0.232 0.001 0.001 0.007 0.580 130 G 0.187 0.006 0.004 0.016 0.020 0.030 0.141 0.001 0.001 0.027 0.567 131 V 0.247 0.003 0.029 0.060 0.071 0.053 0.185 0.001 0.001 0.027 0.324 132 H 0.017 0.001 0.020 0.143 0.162 0.153 0.163 0.001 0.001 0.006 0.334 133 V 0.001 0.001 0.002 0.274 0.253 0.401 0.026 0.001 0.001 0.001 0.042 134 V 0.001 0.001 0.001 0.376 0.221 0.363 0.011 0.001 0.001 0.001 0.028 135 F 0.001 0.001 0.001 0.308 0.229 0.410 0.010 0.001 0.001 0.001 0.041 136 G 0.001 0.001 0.001 0.356 0.198 0.331 0.017 0.001 0.001 0.001 0.094 137 L 0.002 0.001 0.001 0.348 0.203 0.313 0.024 0.001 0.001 0.002 0.107 138 V 0.002 0.003 0.001 0.215 0.173 0.289 0.050 0.001 0.001 0.003 0.264 139 I 0.010 0.008 0.001 0.162 0.170 0.429 0.056 0.001 0.001 0.006 0.158 140 S 0.024 0.030 0.002 0.081 0.096 0.226 0.105 0.002 0.001 0.004 0.429 141 G 0.087 0.026 0.003 0.019 0.022 0.038 0.074 0.004 0.001 0.007 0.720 142 F 0.119 0.046 0.034 0.028 0.014 0.049 0.110 0.001 0.001 0.012 0.587 143 E 0.012 0.031 0.001 0.014 0.018 0.018 0.165 0.001 0.001 0.001 0.737 144 V 0.046 0.203 0.003 0.012 0.013 0.022 0.089 0.001 0.001 0.003 0.609 145 I 0.019 0.737 0.001 0.011 0.019 0.038 0.034 0.001 0.001 0.001 0.139 146 E 0.021 0.705 0.001 0.005 0.013 0.032 0.061 0.002 0.001 0.002 0.157 147 Q 0.047 0.863 0.001 0.001 0.003 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.071 148 I 0.027 0.934 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 149 E 0.026 0.905 0.003 0.003 0.004 0.011 0.003 0.012 0.001 0.001 0.033 150 N 0.101 0.547 0.007 0.004 0.010 0.014 0.005 0.156 0.001 0.001 0.155 151 L 0.416 0.379 0.042 0.005 0.005 0.006 0.006 0.049 0.001 0.001 0.092 152 K 0.136 0.107 0.069 0.018 0.039 0.031 0.052 0.047 0.001 0.003 0.498 153 T 0.023 0.016 0.074 0.018 0.022 0.029 0.063 0.003 0.001 0.002 0.750 154 D 0.034 0.017 0.002 0.059 0.043 0.048 0.219 0.003 0.001 0.003 0.573 155 A 0.143 0.016 0.003 0.020 0.009 0.011 0.180 0.001 0.001 0.020 0.596 156 A 0.124 0.018 0.003 0.015 0.007 0.010 0.442 0.002 0.001 0.025 0.354 157 S 0.509 0.015 0.007 0.029 0.007 0.010 0.177 0.005 0.001 0.046 0.195 158 R 0.401 0.018 0.023 0.037 0.019 0.017 0.192 0.002 0.001 0.016 0.273 159 P 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.963 160 Y 0.010 0.001 0.001 0.054 0.079 0.260 0.130 0.001 0.001 0.004 0.460 161 A 0.071 0.005 0.001 0.037 0.069 0.125 0.071 0.001 0.001 0.006 0.615 162 D 0.048 0.012 0.001 0.049 0.077 0.149 0.054 0.001 0.001 0.005 0.603 163 V 0.052 0.006 0.004 0.183 0.165 0.259 0.069 0.001 0.001 0.007 0.255 164 R 0.024 0.008 0.002 0.394 0.169 0.194 0.067 0.001 0.001 0.003 0.139 165 V 0.009 0.012 0.002 0.252 0.192 0.330 0.036 0.001 0.001 0.002 0.165 166 I 0.003 0.010 0.001 0.270 0.235 0.387 0.033 0.001 0.001 0.001 0.059 167 D 0.023 0.019 0.001 0.141 0.129 0.212 0.089 0.002 0.001 0.006 0.378 168 C 0.035 0.019 0.008 0.161 0.125 0.202 0.082 0.002 0.001 0.009 0.355 169 G 0.031 0.010 0.004 0.085 0.098 0.147 0.213 0.003 0.001 0.012 0.399 170 V 0.063 0.010 0.015 0.057 0.055 0.090 0.112 0.001 0.001 0.013 0.583 171 L 0.026 0.015 0.004 0.073 0.110 0.177 0.139 0.002 0.001 0.005 0.449 172 A 0.026 0.009 0.003 0.021 0.022 0.043 0.052 0.001 0.001 0.004 0.820