# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.022 0.236 0.362 0.004 0.042 0.029 0.029 0.001 0.272 0.003 0.001 2 P 0.227 0.007 0.575 0.015 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 3 Q 0.134 0.413 0.272 0.057 0.047 0.038 0.008 0.004 0.026 0.001 0.001 4 C 0.070 0.549 0.244 0.040 0.040 0.031 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 5 H 0.059 0.571 0.128 0.057 0.080 0.038 0.014 0.002 0.049 0.002 0.001 6 F 0.057 0.476 0.182 0.039 0.139 0.032 0.022 0.002 0.047 0.005 0.001 7 D 0.058 0.219 0.385 0.049 0.058 0.137 0.034 0.004 0.038 0.002 0.014 8 I 0.040 0.680 0.168 0.022 0.048 0.019 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 9 E 0.033 0.586 0.296 0.008 0.029 0.025 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 10 I 0.074 0.688 0.106 0.026 0.023 0.034 0.003 0.001 0.045 0.001 0.001 11 N 0.067 0.195 0.130 0.131 0.073 0.081 0.247 0.008 0.062 0.006 0.001 12 R 0.075 0.179 0.202 0.156 0.130 0.039 0.112 0.062 0.017 0.025 0.003 13 E 0.016 0.473 0.356 0.001 0.039 0.008 0.004 0.001 0.100 0.001 0.001 14 P 0.225 0.005 0.571 0.007 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 15 V 0.080 0.316 0.261 0.221 0.058 0.024 0.017 0.002 0.020 0.001 0.001 16 G 0.005 0.011 0.028 0.005 0.245 0.001 0.015 0.210 0.001 0.480 0.001 17 R 0.009 0.364 0.475 0.019 0.087 0.028 0.002 0.001 0.009 0.001 0.005 18 I 0.001 0.791 0.170 0.001 0.015 0.013 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 M 0.002 0.859 0.097 0.001 0.009 0.019 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 20 F 0.001 0.792 0.161 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 21 Q 0.002 0.709 0.119 0.001 0.011 0.055 0.001 0.001 0.102 0.001 0.001 22 L 0.046 0.336 0.500 0.009 0.004 0.086 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 23 F 0.029 0.290 0.369 0.015 0.069 0.110 0.012 0.001 0.101 0.003 0.001 24 S 0.779 0.012 0.095 0.058 0.017 0.009 0.007 0.005 0.001 0.016 0.001 25 D 0.634 0.021 0.034 0.253 0.011 0.017 0.017 0.004 0.007 0.001 0.001 26 I 0.550 0.050 0.072 0.308 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 27 C 0.502 0.068 0.207 0.005 0.027 0.007 0.019 0.006 0.106 0.053 0.001 28 P 0.809 0.001 0.104 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 29 K 0.925 0.007 0.015 0.030 0.003 0.005 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 30 T 0.885 0.018 0.016 0.069 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 C 0.967 0.006 0.006 0.014 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 K 0.970 0.004 0.005 0.014 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.922 0.003 0.004 0.062 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 F 0.962 0.004 0.004 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.963 0.011 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 C 0.963 0.008 0.010 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 L 0.804 0.010 0.026 0.147 0.001 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 38 C 0.536 0.128 0.124 0.125 0.016 0.024 0.010 0.003 0.032 0.002 0.001 39 S 0.259 0.064 0.135 0.474 0.022 0.011 0.017 0.003 0.008 0.007 0.001 40 G 0.078 0.007 0.082 0.031 0.059 0.002 0.049 0.403 0.002 0.287 0.001 41 E 0.407 0.117 0.269 0.130 0.013 0.039 0.007 0.002 0.012 0.002 0.003 42 K 0.183 0.108 0.374 0.229 0.018 0.020 0.041 0.004 0.019 0.003 0.001 43 G 0.042 0.006 0.051 0.021 0.059 0.004 0.091 0.528 0.002 0.195 0.001 44 L 0.193 0.213 0.309 0.218 0.035 0.012 0.005 0.002 0.011 0.002 0.001 45 G 0.059 0.050 0.168 0.022 0.184 0.007 0.030 0.152 0.005 0.321 0.001 46 K 0.386 0.149 0.317 0.080 0.036 0.018 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 47 T 0.394 0.190 0.143 0.154 0.031 0.025 0.016 0.006 0.036 0.006 0.001 48 T 0.264 0.104 0.226 0.305 0.033 0.011 0.033 0.003 0.016 0.004 0.001 49 G 0.065 0.005 0.054 0.048 0.028 0.004 0.113 0.561 0.002 0.119 0.001 50 K 0.092 0.265 0.516 0.037 0.028 0.026 0.007 0.002 0.024 0.003 0.001 51 K 0.088 0.178 0.605 0.021 0.012 0.051 0.012 0.002 0.027 0.002 0.003 52 L 0.129 0.271 0.413 0.063 0.026 0.063 0.012 0.003 0.017 0.001 0.001 53 C 0.152 0.405 0.214 0.074 0.084 0.031 0.012 0.003 0.021 0.004 0.001 54 Y 0.149 0.397 0.173 0.086 0.080 0.042 0.016 0.006 0.042 0.007 0.001 55 K 0.099 0.119 0.437 0.133 0.020 0.039 0.111 0.002 0.037 0.004 0.001 56 G 0.017 0.003 0.022 0.026 0.020 0.003 0.149 0.710 0.001 0.049 0.001 57 S 0.045 0.232 0.639 0.017 0.037 0.016 0.003 0.002 0.008 0.002 0.001 58 T 0.187 0.367 0.348 0.036 0.020 0.025 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 59 F 0.219 0.452 0.191 0.030 0.052 0.031 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 60 H 0.328 0.408 0.100 0.067 0.053 0.019 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 61 R 0.196 0.396 0.196 0.018 0.075 0.069 0.018 0.002 0.028 0.001 0.001 62 V 0.184 0.496 0.206 0.027 0.015 0.044 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 63 V 0.117 0.456 0.230 0.024 0.011 0.051 0.004 0.001 0.107 0.001 0.001 64 K 0.459 0.049 0.389 0.050 0.009 0.017 0.013 0.003 0.003 0.007 0.001 65 N 0.090 0.042 0.028 0.178 0.079 0.016 0.439 0.110 0.012 0.005 0.001 66 F 0.087 0.426 0.243 0.082 0.103 0.021 0.014 0.005 0.016 0.005 0.001 67 M 0.040 0.683 0.163 0.014 0.038 0.026 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 68 I 0.067 0.432 0.335 0.020 0.026 0.083 0.005 0.001 0.028 0.002 0.001 69 Q 0.070 0.432 0.167 0.102 0.033 0.064 0.018 0.001 0.111 0.001 0.001 70 G 0.067 0.086 0.149 0.081 0.264 0.015 0.095 0.082 0.012 0.147 0.002 71 G 0.069 0.047 0.141 0.033 0.228 0.007 0.024 0.149 0.004 0.294 0.003 72 D 0.127 0.148 0.282 0.154 0.053 0.119 0.037 0.007 0.056 0.007 0.010 73 F 0.211 0.148 0.249 0.141 0.069 0.055 0.062 0.011 0.040 0.009 0.004 74 S 0.315 0.130 0.300 0.133 0.040 0.032 0.011 0.011 0.010 0.014 0.004 75 E 0.222 0.126 0.235 0.295 0.041 0.018 0.026 0.011 0.019 0.006 0.001 76 G 0.065 0.016 0.042 0.047 0.063 0.006 0.131 0.419 0.005 0.204 0.001 77 N 0.133 0.084 0.189 0.404 0.028 0.029 0.094 0.006 0.028 0.004 0.001 78 G 0.040 0.018 0.136 0.037 0.099 0.007 0.100 0.365 0.002 0.196 0.002 79 K 0.177 0.219 0.287 0.250 0.033 0.013 0.007 0.003 0.009 0.003 0.001 80 G 0.029 0.015 0.108 0.044 0.105 0.004 0.100 0.270 0.005 0.320 0.001 81 G 0.064 0.055 0.347 0.024 0.194 0.009 0.019 0.103 0.005 0.176 0.004 82 E 0.219 0.145 0.404 0.149 0.039 0.019 0.005 0.003 0.010 0.004 0.003 83 S 0.139 0.145 0.432 0.039 0.156 0.021 0.008 0.019 0.008 0.032 0.002 84 I 0.406 0.218 0.132 0.167 0.022 0.027 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 85 Y 0.181 0.100 0.217 0.310 0.030 0.028 0.075 0.005 0.045 0.007 0.001 86 G 0.051 0.007 0.059 0.039 0.050 0.003 0.140 0.532 0.002 0.115 0.001 87 G 0.189 0.106 0.353 0.069 0.118 0.010 0.023 0.063 0.005 0.062 0.001 88 Y 0.194 0.309 0.304 0.072 0.050 0.031 0.012 0.005 0.016 0.005 0.002 89 F 0.107 0.314 0.365 0.042 0.046 0.062 0.015 0.002 0.043 0.003 0.001 90 K 0.428 0.145 0.269 0.069 0.024 0.036 0.008 0.002 0.015 0.004 0.001 91 D 0.249 0.103 0.169 0.182 0.062 0.093 0.057 0.009 0.068 0.004 0.003 92 E 0.537 0.120 0.116 0.164 0.020 0.018 0.008 0.004 0.010 0.002 0.001 93 N 0.320 0.112 0.120 0.264 0.028 0.039 0.074 0.009 0.029 0.003 0.001 94 F 0.253 0.130 0.196 0.173 0.064 0.038 0.090 0.022 0.023 0.010 0.001 95 I 0.313 0.291 0.167 0.116 0.021 0.037 0.019 0.002 0.030 0.001 0.001 96 L 0.150 0.219 0.467 0.031 0.020 0.052 0.012 0.001 0.046 0.002 0.001 97 K 0.310 0.104 0.403 0.072 0.007 0.065 0.015 0.003 0.015 0.001 0.005 98 H 0.284 0.154 0.206 0.167 0.059 0.042 0.044 0.009 0.025 0.010 0.001 99 D 0.213 0.076 0.167 0.290 0.044 0.053 0.098 0.017 0.030 0.010 0.002 100 R 0.186 0.347 0.256 0.045 0.075 0.025 0.020 0.003 0.038 0.004 0.001 101 A 0.141 0.096 0.667 0.052 0.004 0.025 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 102 F 0.082 0.159 0.206 0.040 0.299 0.012 0.065 0.086 0.016 0.035 0.001 103 L 0.075 0.566 0.257 0.010 0.042 0.035 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 104 L 0.097 0.645 0.150 0.016 0.020 0.038 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 105 S 0.123 0.524 0.211 0.022 0.064 0.034 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 106 M 0.173 0.314 0.192 0.057 0.081 0.065 0.034 0.005 0.076 0.003 0.001 107 A 0.283 0.209 0.295 0.081 0.072 0.030 0.010 0.003 0.008 0.009 0.001 108 N 0.201 0.132 0.140 0.220 0.076 0.083 0.096 0.012 0.031 0.006 0.001 109 R 0.087 0.151 0.187 0.442 0.054 0.017 0.032 0.008 0.020 0.002 0.001 110 G 0.026 0.030 0.140 0.008 0.162 0.003 0.043 0.207 0.009 0.370 0.001 111 K 0.373 0.101 0.274 0.148 0.038 0.025 0.008 0.007 0.004 0.012 0.011 112 H 0.053 0.096 0.171 0.231 0.035 0.141 0.185 0.012 0.071 0.004 0.001 113 T 0.164 0.304 0.213 0.147 0.105 0.023 0.009 0.010 0.016 0.010 0.001 114 N 0.163 0.084 0.080 0.335 0.051 0.036 0.174 0.019 0.049 0.006 0.001 115 G 0.080 0.055 0.211 0.081 0.217 0.004 0.018 0.162 0.003 0.167 0.001 116 S 0.117 0.314 0.250 0.065 0.195 0.018 0.012 0.012 0.008 0.009 0.001 117 Q 0.069 0.531 0.176 0.080 0.079 0.027 0.009 0.002 0.024 0.003 0.001 118 F 0.016 0.706 0.099 0.008 0.140 0.013 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 119 F 0.013 0.755 0.148 0.003 0.030 0.022 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 120 I 0.019 0.783 0.124 0.005 0.018 0.028 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 121 T 0.024 0.626 0.153 0.019 0.094 0.055 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 122 T 0.089 0.394 0.169 0.185 0.052 0.040 0.009 0.001 0.058 0.003 0.001 123 K 0.013 0.410 0.317 0.001 0.123 0.012 0.022 0.001 0.097 0.003 0.001 124 P 0.129 0.003 0.517 0.014 0.001 0.111 0.001 0.001 0.002 0.001 0.223 125 A 0.034 0.288 0.481 0.005 0.076 0.015 0.012 0.002 0.082 0.002 0.003 126 P 0.268 0.009 0.658 0.006 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 127 H 0.193 0.068 0.185 0.422 0.021 0.026 0.022 0.022 0.039 0.001 0.001 128 L 0.094 0.210 0.423 0.094 0.013 0.116 0.007 0.001 0.040 0.001 0.001 129 D 0.039 0.073 0.213 0.285 0.022 0.058 0.242 0.005 0.056 0.007 0.001 130 G 0.025 0.003 0.015 0.023 0.026 0.001 0.069 0.724 0.001 0.115 0.001 131 V 0.158 0.455 0.258 0.060 0.043 0.011 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 132 H 0.033 0.366 0.445 0.032 0.027 0.055 0.009 0.001 0.030 0.001 0.001 133 V 0.017 0.608 0.297 0.006 0.024 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 134 V 0.022 0.776 0.131 0.006 0.031 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 135 F 0.019 0.733 0.085 0.037 0.072 0.025 0.007 0.001 0.021 0.001 0.001 136 G 0.007 0.185 0.089 0.003 0.677 0.002 0.006 0.012 0.003 0.015 0.001 137 L 0.011 0.716 0.211 0.002 0.029 0.018 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 138 V 0.013 0.111 0.759 0.001 0.001 0.108 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 139 I 0.826 0.013 0.007 0.149 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 S 0.067 0.376 0.070 0.088 0.368 0.002 0.020 0.001 0.005 0.003 0.001 141 G 0.091 0.019 0.027 0.010 0.104 0.001 0.024 0.306 0.002 0.416 0.001 142 F 0.849 0.024 0.082 0.011 0.014 0.006 0.001 0.004 0.003 0.005 0.001 143 E 0.978 0.002 0.005 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.992 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.926 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 E 0.965 0.003 0.018 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 N 0.317 0.001 0.008 0.645 0.001 0.007 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 151 L 0.072 0.107 0.546 0.188 0.006 0.044 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 152 K 0.076 0.111 0.152 0.103 0.038 0.170 0.286 0.010 0.045 0.008 0.001 153 T 0.096 0.483 0.194 0.114 0.068 0.018 0.003 0.003 0.017 0.004 0.001 154 D 0.066 0.130 0.388 0.073 0.062 0.154 0.031 0.006 0.083 0.004 0.001 155 A 0.605 0.043 0.063 0.239 0.008 0.020 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 156 A 0.306 0.033 0.070 0.494 0.008 0.013 0.054 0.010 0.008 0.004 0.001 157 S 0.107 0.041 0.180 0.291 0.040 0.024 0.161 0.126 0.014 0.015 0.001 158 R 0.012 0.500 0.355 0.002 0.013 0.012 0.006 0.001 0.099 0.001 0.001 159 P 0.024 0.008 0.930 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 160 Y 0.167 0.346 0.218 0.152 0.044 0.044 0.004 0.002 0.022 0.001 0.001 161 A 0.025 0.533 0.177 0.009 0.221 0.005 0.007 0.001 0.018 0.004 0.001 162 D 0.030 0.166 0.560 0.053 0.010 0.141 0.008 0.001 0.023 0.001 0.007 163 V 0.003 0.729 0.183 0.002 0.056 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 164 R 0.003 0.741 0.202 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 165 V 0.004 0.346 0.552 0.001 0.002 0.083 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 166 I 0.301 0.404 0.045 0.160 0.050 0.017 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 167 D 0.011 0.433 0.199 0.013 0.275 0.030 0.018 0.001 0.019 0.001 0.001 168 C 0.083 0.560 0.148 0.105 0.071 0.009 0.004 0.002 0.017 0.001 0.001 169 G 0.072 0.100 0.123 0.026 0.270 0.010 0.055 0.116 0.015 0.214 0.001 170 V 0.099 0.488 0.252 0.069 0.043 0.027 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 171 L 0.099 0.269 0.329 0.140 0.026 0.064 0.021 0.003 0.046 0.002 0.001 172 A 0.100 0.205 0.341 0.031 0.170 0.014 0.032 0.023 0.011 0.071 0.001