# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 88.9705 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.660 0.214 0.075 0.035 0.012 0.004 0.001 2 P 0.342 0.259 0.200 0.129 0.053 0.015 0.001 3 Q 0.329 0.285 0.187 0.125 0.053 0.019 0.002 4 C 0.137 0.142 0.177 0.234 0.203 0.094 0.013 5 H 0.153 0.172 0.195 0.191 0.152 0.111 0.027 6 F 0.155 0.130 0.157 0.212 0.201 0.121 0.024 7 D 0.191 0.228 0.221 0.178 0.107 0.060 0.014 8 I 0.147 0.146 0.175 0.212 0.191 0.109 0.020 9 E 0.227 0.226 0.192 0.169 0.117 0.059 0.009 10 I 0.221 0.204 0.194 0.190 0.132 0.054 0.007 11 N 0.348 0.244 0.162 0.134 0.079 0.029 0.004 12 R 0.374 0.301 0.179 0.098 0.037 0.010 0.001 13 E 0.371 0.302 0.178 0.100 0.038 0.010 0.001 14 P 0.341 0.318 0.178 0.109 0.042 0.011 0.001 15 V 0.173 0.294 0.260 0.181 0.077 0.015 0.002 16 G 0.062 0.211 0.275 0.256 0.139 0.051 0.006 17 R 0.027 0.206 0.358 0.279 0.105 0.022 0.003 18 I 0.002 0.006 0.023 0.107 0.323 0.476 0.062 19 M 0.003 0.048 0.202 0.369 0.271 0.095 0.012 20 F 0.002 0.006 0.015 0.068 0.238 0.554 0.116 21 Q 0.006 0.071 0.224 0.367 0.232 0.088 0.012 22 L 0.006 0.026 0.068 0.189 0.328 0.332 0.050 23 F 0.031 0.149 0.274 0.285 0.176 0.076 0.009 24 S 0.197 0.334 0.259 0.148 0.050 0.010 0.001 25 D 0.402 0.325 0.176 0.068 0.022 0.006 0.001 26 I 0.115 0.229 0.257 0.221 0.129 0.046 0.004 27 C 0.049 0.083 0.127 0.250 0.298 0.172 0.021 28 P 0.094 0.231 0.254 0.238 0.133 0.046 0.005 29 K 0.049 0.133 0.227 0.281 0.202 0.093 0.014 30 T 0.008 0.021 0.038 0.091 0.222 0.462 0.158 31 C 0.004 0.017 0.047 0.153 0.311 0.356 0.112 32 K 0.019 0.160 0.281 0.293 0.160 0.070 0.017 33 N 0.002 0.008 0.037 0.164 0.355 0.361 0.073 34 F 0.001 0.003 0.004 0.011 0.060 0.473 0.447 35 L 0.003 0.017 0.063 0.181 0.340 0.311 0.085 36 C 0.006 0.043 0.136 0.268 0.295 0.201 0.051 37 L 0.001 0.004 0.011 0.053 0.222 0.553 0.157 38 C 0.001 0.008 0.025 0.108 0.298 0.461 0.099 39 S 0.036 0.182 0.274 0.264 0.177 0.060 0.007 40 G 0.092 0.266 0.309 0.217 0.088 0.024 0.004 41 E 0.343 0.325 0.176 0.100 0.039 0.014 0.002 42 K 0.346 0.302 0.205 0.098 0.038 0.010 0.001 43 G 0.383 0.245 0.171 0.119 0.062 0.018 0.002 44 L 0.249 0.200 0.198 0.196 0.116 0.037 0.003 45 G 0.411 0.233 0.150 0.117 0.062 0.025 0.002 46 K 0.449 0.270 0.144 0.091 0.034 0.010 0.001 47 T 0.482 0.234 0.127 0.094 0.046 0.015 0.002 48 T 0.505 0.241 0.138 0.076 0.030 0.008 0.001 49 G 0.464 0.268 0.152 0.081 0.029 0.006 0.001 50 K 0.339 0.299 0.206 0.111 0.036 0.008 0.001 51 K 0.285 0.352 0.198 0.107 0.046 0.012 0.001 52 L 0.031 0.067 0.153 0.308 0.307 0.122 0.012 53 C 0.034 0.168 0.277 0.299 0.162 0.055 0.004 54 Y 0.013 0.021 0.053 0.174 0.365 0.329 0.045 55 K 0.112 0.301 0.281 0.202 0.080 0.021 0.003 56 G 0.049 0.189 0.292 0.258 0.136 0.063 0.013 57 S 0.005 0.021 0.061 0.167 0.318 0.357 0.072 58 T 0.007 0.041 0.133 0.240 0.294 0.227 0.057 59 F 0.003 0.006 0.012 0.043 0.157 0.509 0.270 60 H 0.004 0.022 0.049 0.128 0.255 0.382 0.160 61 R 0.004 0.027 0.081 0.166 0.250 0.334 0.139 62 V 0.003 0.014 0.041 0.134 0.279 0.387 0.141 63 V 0.006 0.019 0.051 0.136 0.297 0.377 0.115 64 K 0.070 0.205 0.246 0.220 0.129 0.087 0.043 65 N 0.114 0.191 0.206 0.200 0.128 0.108 0.054 66 F 0.012 0.027 0.052 0.115 0.238 0.401 0.156 67 M 0.010 0.019 0.043 0.110 0.207 0.371 0.238 68 I 0.009 0.015 0.019 0.037 0.099 0.396 0.424 69 Q 0.006 0.015 0.021 0.056 0.141 0.339 0.423 70 G 0.007 0.022 0.051 0.109 0.193 0.332 0.285 71 G 0.017 0.049 0.081 0.148 0.226 0.285 0.195 72 D 0.053 0.125 0.167 0.202 0.192 0.173 0.088 73 F 0.025 0.040 0.070 0.172 0.312 0.299 0.081 74 S 0.139 0.207 0.221 0.212 0.135 0.067 0.018 75 E 0.219 0.253 0.200 0.172 0.100 0.046 0.009 76 G 0.303 0.256 0.193 0.146 0.072 0.025 0.005 77 N 0.337 0.252 0.183 0.134 0.064 0.025 0.005 78 G 0.331 0.224 0.171 0.143 0.088 0.038 0.007 79 K 0.277 0.272 0.210 0.135 0.069 0.029 0.008 80 G 0.182 0.183 0.195 0.200 0.144 0.076 0.020 81 G 0.106 0.128 0.157 0.203 0.197 0.163 0.047 82 E 0.095 0.155 0.194 0.210 0.174 0.134 0.038 83 S 0.069 0.097 0.130 0.198 0.246 0.201 0.058 84 I 0.027 0.057 0.106 0.202 0.262 0.254 0.092 85 Y 0.045 0.088 0.150 0.229 0.248 0.196 0.044 86 G 0.147 0.233 0.229 0.196 0.122 0.061 0.013 87 G 0.169 0.280 0.258 0.184 0.080 0.025 0.004 88 Y 0.049 0.167 0.242 0.255 0.190 0.088 0.009 89 F 0.011 0.022 0.066 0.207 0.382 0.285 0.028 90 K 0.262 0.370 0.227 0.100 0.032 0.008 0.001 91 D 0.348 0.323 0.185 0.093 0.034 0.014 0.002 92 E 0.067 0.113 0.185 0.299 0.241 0.091 0.005 93 N 0.097 0.148 0.220 0.230 0.186 0.104 0.015 94 F 0.158 0.201 0.209 0.214 0.144 0.062 0.012 95 I 0.229 0.269 0.196 0.137 0.090 0.062 0.017 96 L 0.050 0.090 0.160 0.260 0.260 0.160 0.020 97 K 0.200 0.299 0.217 0.154 0.085 0.040 0.006 98 H 0.079 0.113 0.177 0.256 0.267 0.100 0.008 99 D 0.284 0.296 0.207 0.128 0.062 0.020 0.004 100 R 0.146 0.297 0.252 0.197 0.078 0.025 0.004 101 A 0.053 0.132 0.187 0.260 0.233 0.116 0.018 102 F 0.004 0.011 0.043 0.151 0.321 0.375 0.095 103 L 0.002 0.004 0.012 0.038 0.127 0.481 0.335 104 L 0.001 0.003 0.005 0.014 0.061 0.349 0.566 105 S 0.002 0.005 0.009 0.028 0.100 0.309 0.546 106 M 0.002 0.008 0.022 0.064 0.170 0.399 0.335 107 A 0.007 0.018 0.036 0.101 0.247 0.415 0.177 108 N 0.022 0.089 0.197 0.324 0.253 0.101 0.014 109 R 0.200 0.311 0.219 0.151 0.083 0.031 0.005 110 G 0.411 0.266 0.161 0.103 0.041 0.015 0.003 111 K 0.437 0.249 0.136 0.098 0.053 0.024 0.004 112 H 0.268 0.199 0.187 0.173 0.108 0.053 0.011 113 T 0.241 0.236 0.189 0.151 0.109 0.058 0.015 114 N 0.123 0.186 0.205 0.201 0.152 0.094 0.040 115 G 0.058 0.127 0.175 0.227 0.203 0.142 0.068 116 S 0.010 0.034 0.079 0.156 0.261 0.329 0.131 117 Q 0.004 0.022 0.065 0.151 0.231 0.301 0.227 118 F 0.001 0.003 0.007 0.024 0.100 0.417 0.450 119 F 0.001 0.006 0.026 0.097 0.217 0.380 0.275 120 I 0.001 0.004 0.010 0.033 0.117 0.469 0.366 121 T 0.005 0.023 0.053 0.152 0.283 0.380 0.105 122 T 0.011 0.034 0.092 0.238 0.341 0.246 0.037 123 K 0.132 0.269 0.259 0.196 0.098 0.038 0.007 124 P 0.311 0.354 0.185 0.097 0.038 0.014 0.002 125 A 0.179 0.185 0.214 0.216 0.145 0.054 0.006 126 P 0.382 0.322 0.169 0.083 0.033 0.010 0.001 127 H 0.251 0.260 0.207 0.157 0.090 0.031 0.004 128 L 0.157 0.109 0.156 0.267 0.223 0.081 0.007 129 D 0.441 0.316 0.157 0.061 0.019 0.005 0.001 130 G 0.362 0.305 0.196 0.099 0.030 0.007 0.001 131 V 0.238 0.280 0.221 0.154 0.078 0.026 0.003 132 H 0.018 0.043 0.117 0.235 0.339 0.218 0.030 133 V 0.011 0.035 0.094 0.182 0.258 0.327 0.092 134 V 0.011 0.032 0.059 0.123 0.250 0.399 0.125 135 F 0.009 0.022 0.047 0.135 0.272 0.375 0.140 136 G 0.025 0.064 0.101 0.194 0.239 0.284 0.093 137 L 0.034 0.134 0.217 0.277 0.201 0.118 0.019 138 V 0.031 0.073 0.131 0.254 0.307 0.188 0.015 139 I 0.143 0.171 0.223 0.224 0.157 0.072 0.009 140 S 0.279 0.312 0.198 0.122 0.056 0.029 0.005 141 G 0.256 0.195 0.172 0.174 0.118 0.069 0.015 142 F 0.112 0.185 0.239 0.253 0.151 0.054 0.006 143 E 0.231 0.373 0.216 0.111 0.049 0.017 0.003 144 V 0.033 0.078 0.151 0.233 0.309 0.177 0.018 145 I 0.016 0.033 0.086 0.266 0.390 0.194 0.016 146 E 0.116 0.478 0.279 0.098 0.023 0.005 0.001 147 Q 0.042 0.158 0.303 0.346 0.132 0.019 0.001 148 I 0.012 0.024 0.070 0.289 0.443 0.156 0.007 149 E 0.106 0.339 0.323 0.179 0.047 0.006 0.001 150 N 0.313 0.432 0.179 0.061 0.013 0.002 0.001 151 L 0.072 0.151 0.270 0.310 0.163 0.034 0.001 152 K 0.429 0.339 0.147 0.063 0.018 0.004 0.001 153 T 0.337 0.248 0.189 0.145 0.067 0.013 0.001 154 D 0.505 0.290 0.132 0.053 0.017 0.003 0.001 155 A 0.433 0.282 0.169 0.090 0.023 0.003 0.001 156 A 0.651 0.229 0.080 0.030 0.008 0.001 0.001 157 S 0.630 0.239 0.088 0.033 0.008 0.001 0.001 158 R 0.272 0.275 0.231 0.159 0.053 0.009 0.001 159 P 0.187 0.254 0.233 0.206 0.096 0.022 0.001 160 Y 0.135 0.246 0.286 0.222 0.095 0.016 0.001 161 A 0.248 0.310 0.238 0.139 0.051 0.012 0.001 162 D 0.177 0.373 0.275 0.131 0.036 0.007 0.001 163 V 0.020 0.041 0.109 0.279 0.367 0.174 0.010 164 R 0.048 0.213 0.305 0.266 0.124 0.040 0.004 165 V 0.028 0.048 0.080 0.196 0.313 0.293 0.041 166 I 0.102 0.191 0.227 0.242 0.157 0.069 0.013 167 D 0.129 0.277 0.265 0.190 0.091 0.041 0.007 168 C 0.091 0.096 0.141 0.228 0.247 0.170 0.027 169 G 0.272 0.281 0.210 0.138 0.070 0.026 0.003 170 V 0.286 0.262 0.197 0.139 0.077 0.034 0.005 171 L 0.311 0.215 0.177 0.155 0.094 0.041 0.007 172 A 0.413 0.217 0.157 0.111 0.063 0.031 0.008