# TARGET T0345 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 547 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.010 0.005 0.015 0.261 0.684 2 I 0.069 0.046 0.014 0.023 0.268 0.579 3 A 0.085 0.039 0.025 0.023 0.355 0.472 4 K 0.103 0.035 0.032 0.026 0.419 0.384 5 S 0.135 0.105 0.011 0.010 0.544 0.196 6 F 0.100 0.037 0.029 0.008 0.730 0.095 7 Y 0.055 0.005 0.028 0.003 0.822 0.087 8 D 0.193 0.004 0.034 0.002 0.672 0.095 9 L 0.576 0.023 0.008 0.002 0.210 0.182 10 S 0.622 0.023 0.003 0.001 0.081 0.269 11 A 0.831 0.013 0.006 0.002 0.053 0.095 12 I 0.869 0.039 0.002 0.001 0.028 0.060 13 N 0.550 0.029 0.006 0.004 0.372 0.039 14 L 0.057 0.002 0.014 0.010 0.892 0.026 15 D 0.021 0.003 0.006 0.003 0.945 0.022 16 G 0.037 0.013 0.006 0.005 0.898 0.040 17 E 0.395 0.014 0.002 0.004 0.141 0.445 18 K 0.851 0.044 0.002 0.002 0.025 0.076 19 V 0.828 0.037 0.001 0.001 0.031 0.102 20 D 0.526 0.026 0.010 0.010 0.160 0.268 21 F 0.017 0.001 0.736 0.047 0.167 0.031 22 N 0.018 0.001 0.758 0.027 0.165 0.030 23 T 0.028 0.004 0.690 0.031 0.225 0.022 24 F 0.077 0.016 0.080 0.025 0.664 0.138 25 R 0.091 0.012 0.012 0.005 0.664 0.217 26 G 0.251 0.004 0.006 0.002 0.528 0.207 27 R 0.853 0.003 0.001 0.001 0.072 0.070 28 A 0.974 0.004 0.001 0.001 0.004 0.018 29 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 31 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 32 E 0.835 0.003 0.001 0.005 0.047 0.109 33 N 0.277 0.004 0.007 0.016 0.300 0.396 34 V 0.157 0.021 0.024 0.033 0.417 0.348 35 A 0.143 0.016 0.064 0.051 0.400 0.327 36 S 0.114 0.018 0.146 0.069 0.461 0.193 37 L 0.082 0.014 0.126 0.091 0.497 0.190 38 C 0.042 0.015 0.086 0.066 0.518 0.271 39 G 0.022 0.004 0.022 0.026 0.556 0.370 40 T 0.024 0.016 0.022 0.044 0.429 0.465 41 T 0.028 0.041 0.020 0.080 0.459 0.372 42 T 0.014 0.008 0.059 0.224 0.431 0.264 43 R 0.013 0.013 0.046 0.246 0.251 0.432 44 D 0.002 0.001 0.029 0.879 0.058 0.030 45 F 0.001 0.001 0.014 0.941 0.031 0.012 46 T 0.001 0.001 0.011 0.959 0.017 0.012 47 Q 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 48 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 49 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 51 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.010 0.004 52 Q 0.001 0.001 0.005 0.972 0.014 0.008 53 C 0.001 0.001 0.007 0.960 0.018 0.014 54 R 0.004 0.008 0.015 0.920 0.034 0.020 55 F 0.008 0.004 0.089 0.550 0.252 0.097 56 P 0.007 0.001 0.134 0.373 0.394 0.090 57 R 0.020 0.002 0.073 0.217 0.470 0.217 58 R 0.093 0.004 0.004 0.008 0.319 0.571 59 L 0.602 0.002 0.001 0.001 0.050 0.344 60 V 0.973 0.003 0.001 0.001 0.005 0.019 61 V 0.971 0.008 0.001 0.001 0.003 0.017 62 L 0.880 0.001 0.001 0.002 0.021 0.095 63 G 0.821 0.004 0.002 0.002 0.035 0.136 64 F 0.671 0.023 0.003 0.004 0.096 0.204 65 P 0.372 0.027 0.007 0.008 0.310 0.277 66 C 0.144 0.033 0.021 0.012 0.441 0.349 67 N 0.057 0.021 0.093 0.024 0.677 0.128 68 Q 0.037 0.008 0.177 0.054 0.646 0.078 69 F 0.039 0.014 0.152 0.070 0.609 0.116 70 G 0.064 0.033 0.088 0.057 0.578 0.180 71 H 0.074 0.025 0.026 0.033 0.403 0.439 72 Q 0.064 0.110 0.021 0.038 0.323 0.444 73 E 0.039 0.022 0.013 0.027 0.365 0.533 74 N 0.022 0.012 0.015 0.031 0.416 0.503 75 C 0.014 0.013 0.007 0.039 0.382 0.545 76 Q 0.010 0.007 0.006 0.086 0.286 0.606 77 N 0.001 0.001 0.006 0.925 0.034 0.033 78 E 0.002 0.001 0.004 0.961 0.022 0.011 79 E 0.003 0.001 0.006 0.963 0.021 0.007 80 I 0.004 0.001 0.003 0.978 0.008 0.006 81 L 0.010 0.001 0.010 0.960 0.013 0.006 82 N 0.006 0.001 0.013 0.961 0.013 0.006 83 S 0.004 0.001 0.014 0.959 0.011 0.011 84 L 0.007 0.002 0.037 0.917 0.020 0.018 85 K 0.014 0.001 0.057 0.870 0.032 0.025 86 Y 0.039 0.003 0.028 0.649 0.122 0.159 87 V 0.066 0.025 0.013 0.128 0.243 0.524 88 R 0.068 0.010 0.013 0.046 0.466 0.397 89 P 0.043 0.019 0.072 0.043 0.628 0.196 90 G 0.017 0.012 0.128 0.041 0.698 0.104 91 G 0.023 0.011 0.155 0.028 0.660 0.122 92 G 0.049 0.018 0.051 0.019 0.484 0.380 93 Y 0.104 0.063 0.050 0.029 0.383 0.370 94 Q 0.132 0.027 0.010 0.009 0.324 0.498 95 P 0.202 0.021 0.010 0.009 0.290 0.468 96 T 0.301 0.024 0.010 0.006 0.248 0.411 97 F 0.533 0.034 0.018 0.008 0.195 0.213 98 T 0.525 0.009 0.023 0.011 0.187 0.245 99 L 0.622 0.009 0.050 0.022 0.143 0.153 100 V 0.718 0.016 0.019 0.014 0.101 0.132 101 Q 0.742 0.015 0.009 0.013 0.076 0.146 102 K 0.703 0.008 0.006 0.012 0.068 0.202 103 C 0.721 0.051 0.008 0.011 0.057 0.152 104 E 0.630 0.052 0.013 0.010 0.180 0.115 105 V 0.453 0.031 0.018 0.008 0.304 0.187 106 N 0.151 0.023 0.020 0.006 0.464 0.336 107 G 0.022 0.014 0.021 0.005 0.876 0.062 108 Q 0.002 0.001 0.099 0.021 0.838 0.039 109 N 0.002 0.004 0.107 0.023 0.819 0.044 110 E 0.010 0.013 0.045 0.116 0.733 0.082 111 H 0.016 0.017 0.009 0.200 0.248 0.510 112 P 0.017 0.018 0.011 0.841 0.050 0.062 113 V 0.012 0.005 0.013 0.950 0.009 0.010 114 F 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 116 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 117 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 118 K 0.001 0.001 0.005 0.988 0.006 0.002 119 D 0.001 0.001 0.007 0.941 0.036 0.015 120 K 0.002 0.001 0.012 0.798 0.091 0.097 121 L 0.006 0.020 0.027 0.257 0.294 0.395 122 P 0.011 0.015 0.067 0.098 0.418 0.391 123 Y 0.013 0.009 0.069 0.063 0.463 0.383 124 P 0.025 0.018 0.067 0.031 0.508 0.351 125 Y 0.037 0.014 0.035 0.029 0.482 0.402 126 D 0.045 0.021 0.033 0.023 0.495 0.383 127 D 0.049 0.041 0.043 0.031 0.473 0.362 128 P 0.045 0.018 0.106 0.049 0.479 0.303 129 F 0.051 0.013 0.139 0.063 0.494 0.239 130 S 0.067 0.016 0.169 0.107 0.423 0.218 131 L 0.110 0.040 0.125 0.101 0.369 0.254 132 M 0.163 0.040 0.066 0.123 0.332 0.275 133 T 0.141 0.026 0.033 0.091 0.316 0.393 134 D 0.108 0.038 0.024 0.060 0.366 0.404 135 P 0.039 0.009 0.227 0.191 0.382 0.152 136 K 0.041 0.009 0.378 0.154 0.324 0.094 137 L 0.057 0.009 0.385 0.165 0.308 0.076 138 I 0.115 0.023 0.214 0.177 0.300 0.171 139 I 0.116 0.027 0.072 0.166 0.282 0.337 140 W 0.127 0.021 0.059 0.124 0.291 0.379 141 S 0.101 0.013 0.042 0.102 0.328 0.415 142 P 0.104 0.022 0.052 0.098 0.356 0.368 143 V 0.123 0.021 0.055 0.075 0.401 0.325 144 R 0.112 0.021 0.052 0.055 0.410 0.351 145 R 0.067 0.014 0.114 0.060 0.524 0.222 146 S 0.053 0.014 0.107 0.047 0.489 0.290 147 D 0.100 0.024 0.106 0.026 0.424 0.320 148 V 0.144 0.025 0.051 0.024 0.338 0.417 149 A 0.256 0.031 0.025 0.027 0.241 0.421 150 W 0.505 0.037 0.016 0.027 0.170 0.246 151 N 0.564 0.015 0.013 0.030 0.165 0.213 152 F 0.559 0.018 0.044 0.032 0.188 0.159 153 E 0.692 0.007 0.049 0.021 0.139 0.093 154 K 0.701 0.014 0.081 0.012 0.114 0.078 155 F 0.655 0.015 0.035 0.011 0.137 0.147 156 L 0.681 0.018 0.029 0.012 0.125 0.135 157 I 0.708 0.130 0.005 0.005 0.066 0.086 158 G 0.179 0.032 0.003 0.004 0.768 0.015 159 P 0.021 0.001 0.005 0.002 0.959 0.011 160 E 0.011 0.001 0.001 0.001 0.976 0.011 161 G 0.076 0.011 0.001 0.001 0.877 0.035 162 E 0.301 0.007 0.001 0.001 0.048 0.644 163 P 0.898 0.039 0.001 0.001 0.013 0.050 164 F 0.933 0.007 0.001 0.001 0.016 0.042 165 R 0.874 0.010 0.003 0.001 0.034 0.077 166 R 0.685 0.015 0.008 0.004 0.083 0.205 167 Y 0.457 0.041 0.013 0.007 0.147 0.335 168 S 0.229 0.021 0.018 0.005 0.504 0.222 169 R 0.059 0.004 0.023 0.005 0.676 0.234 170 T 0.066 0.018 0.029 0.009 0.628 0.249 171 F 0.105 0.073 0.012 0.019 0.513 0.278 172 P 0.062 0.020 0.008 0.037 0.261 0.612 173 T 0.011 0.003 0.172 0.531 0.188 0.093 174 I 0.006 0.002 0.175 0.617 0.130 0.070 175 N 0.003 0.002 0.153 0.728 0.074 0.041 176 I 0.002 0.003 0.036 0.894 0.030 0.035 177 E 0.001 0.001 0.018 0.938 0.025 0.018 178 P 0.001 0.001 0.018 0.925 0.029 0.027 179 D 0.001 0.001 0.017 0.957 0.017 0.009 180 I 0.001 0.001 0.012 0.965 0.018 0.004 181 K 0.001 0.001 0.022 0.945 0.028 0.005 182 R 0.001 0.001 0.029 0.894 0.054 0.021 183 L 0.001 0.001 0.024 0.793 0.070 0.111 184 L 0.001 0.005 0.013 0.598 0.059 0.324 185 K 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.973