# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 61.3513 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.806 0.061 0.053 0.041 0.011 0.011 0.007 0.002 0.007 0.001 0.001 2 I 0.785 0.075 0.051 0.059 0.006 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 3 A 0.717 0.086 0.102 0.049 0.013 0.017 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 4 K 0.542 0.125 0.090 0.151 0.040 0.013 0.023 0.004 0.011 0.001 0.001 5 S 0.268 0.227 0.183 0.151 0.099 0.021 0.016 0.009 0.019 0.006 0.001 6 F 0.261 0.312 0.130 0.128 0.046 0.038 0.024 0.004 0.056 0.002 0.001 7 Y 0.246 0.304 0.228 0.095 0.057 0.024 0.013 0.002 0.021 0.008 0.001 8 D 0.175 0.137 0.219 0.186 0.029 0.139 0.056 0.007 0.047 0.002 0.003 9 L 0.107 0.438 0.256 0.067 0.073 0.024 0.008 0.002 0.022 0.001 0.001 10 S 0.077 0.418 0.320 0.037 0.058 0.050 0.009 0.003 0.025 0.002 0.001 11 A 0.039 0.550 0.206 0.021 0.135 0.022 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 12 I 0.076 0.578 0.203 0.062 0.045 0.020 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 13 N 0.023 0.230 0.512 0.029 0.063 0.082 0.011 0.002 0.046 0.002 0.001 14 L 0.492 0.225 0.072 0.108 0.010 0.037 0.005 0.002 0.047 0.001 0.001 15 D 0.024 0.010 0.047 0.276 0.003 0.023 0.566 0.003 0.045 0.003 0.001 16 G 0.003 0.001 0.006 0.004 0.005 0.001 0.042 0.889 0.001 0.051 0.001 17 E 0.065 0.354 0.507 0.016 0.034 0.009 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 18 K 0.019 0.072 0.837 0.010 0.002 0.047 0.002 0.001 0.006 0.001 0.004 19 V 0.007 0.679 0.225 0.013 0.043 0.021 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 20 D 0.001 0.075 0.662 0.001 0.010 0.210 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 21 F 0.893 0.014 0.011 0.048 0.005 0.014 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 22 N 0.909 0.002 0.003 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 T 0.403 0.055 0.031 0.487 0.016 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 F 0.185 0.126 0.136 0.287 0.022 0.046 0.129 0.018 0.046 0.004 0.001 25 R 0.081 0.178 0.302 0.151 0.031 0.029 0.181 0.003 0.036 0.007 0.001 26 G 0.009 0.003 0.016 0.011 0.078 0.001 0.042 0.558 0.001 0.282 0.001 27 R 0.012 0.431 0.471 0.009 0.027 0.031 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 28 A 0.005 0.238 0.717 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 29 V 0.009 0.860 0.073 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 30 L 0.009 0.410 0.518 0.001 0.003 0.050 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 31 I 0.032 0.603 0.133 0.009 0.018 0.108 0.001 0.001 0.094 0.001 0.001 32 E 0.046 0.576 0.242 0.007 0.033 0.058 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 33 N 0.181 0.178 0.304 0.033 0.043 0.182 0.033 0.004 0.037 0.002 0.003 34 V 0.243 0.324 0.160 0.125 0.048 0.067 0.008 0.003 0.019 0.001 0.001 35 A 0.179 0.276 0.269 0.061 0.099 0.049 0.029 0.008 0.023 0.007 0.001 36 S 0.256 0.237 0.158 0.126 0.164 0.015 0.009 0.010 0.011 0.014 0.001 37 L 0.365 0.092 0.073 0.272 0.035 0.032 0.081 0.021 0.024 0.006 0.001 38 C 0.232 0.148 0.246 0.242 0.035 0.021 0.034 0.007 0.029 0.005 0.001 39 G 0.165 0.016 0.111 0.037 0.081 0.010 0.113 0.250 0.004 0.209 0.002 40 T 0.318 0.074 0.243 0.268 0.022 0.043 0.011 0.002 0.012 0.002 0.006 41 T 0.216 0.190 0.300 0.090 0.105 0.036 0.017 0.008 0.026 0.011 0.001 42 T 0.753 0.029 0.082 0.094 0.008 0.015 0.008 0.004 0.005 0.003 0.001 43 R 0.437 0.066 0.114 0.274 0.015 0.043 0.021 0.007 0.022 0.002 0.001 44 D 0.279 0.111 0.295 0.080 0.034 0.098 0.022 0.003 0.071 0.005 0.001 45 F 0.936 0.004 0.014 0.032 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 46 T 0.911 0.005 0.015 0.052 0.003 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 47 Q 0.901 0.003 0.007 0.078 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 48 L 0.939 0.004 0.009 0.043 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.952 0.004 0.010 0.020 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 50 E 0.950 0.003 0.007 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.901 0.011 0.018 0.059 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.907 0.023 0.021 0.033 0.003 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 53 C 0.854 0.033 0.032 0.063 0.006 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 54 R 0.518 0.046 0.055 0.327 0.006 0.015 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 55 F 0.234 0.160 0.279 0.011 0.088 0.012 0.047 0.009 0.112 0.049 0.001 56 P 0.397 0.006 0.433 0.047 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.002 0.077 57 R 0.163 0.132 0.114 0.425 0.049 0.014 0.061 0.030 0.009 0.002 0.001 58 R 0.036 0.131 0.074 0.140 0.110 0.040 0.388 0.022 0.051 0.007 0.001 59 L 0.002 0.511 0.391 0.004 0.063 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 60 V 0.002 0.831 0.115 0.001 0.015 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 61 V 0.003 0.585 0.326 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 62 L 0.023 0.624 0.191 0.012 0.016 0.082 0.002 0.001 0.048 0.001 0.001 63 G 0.017 0.411 0.249 0.021 0.100 0.084 0.055 0.008 0.050 0.005 0.001 64 F 0.018 0.478 0.214 0.003 0.123 0.031 0.014 0.001 0.112 0.004 0.001 65 P 0.091 0.036 0.735 0.009 0.002 0.090 0.001 0.001 0.006 0.001 0.029 66 C 0.360 0.139 0.238 0.099 0.042 0.067 0.014 0.009 0.024 0.006 0.002 67 N 0.298 0.086 0.137 0.181 0.047 0.106 0.080 0.022 0.033 0.009 0.002 68 Q 0.243 0.140 0.106 0.252 0.026 0.076 0.095 0.008 0.050 0.003 0.001 69 F 0.230 0.093 0.177 0.309 0.053 0.024 0.069 0.023 0.015 0.008 0.001 70 G 0.156 0.022 0.081 0.059 0.101 0.003 0.082 0.304 0.002 0.189 0.001 71 H 0.252 0.085 0.169 0.201 0.077 0.044 0.090 0.044 0.016 0.018 0.002 72 Q 0.285 0.163 0.244 0.171 0.018 0.057 0.028 0.004 0.026 0.002 0.001 73 E 0.367 0.215 0.232 0.065 0.022 0.039 0.017 0.002 0.036 0.003 0.001 74 N 0.304 0.055 0.210 0.289 0.013 0.054 0.044 0.007 0.016 0.003 0.004 75 C 0.098 0.063 0.197 0.152 0.134 0.019 0.172 0.105 0.011 0.049 0.001 76 Q 0.115 0.163 0.506 0.050 0.093 0.023 0.008 0.004 0.010 0.028 0.001 77 N 0.816 0.014 0.070 0.047 0.009 0.016 0.011 0.007 0.006 0.004 0.001 78 E 0.983 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.991 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.983 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.934 0.003 0.004 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.853 0.008 0.011 0.112 0.003 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 84 L 0.599 0.070 0.112 0.174 0.008 0.015 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 85 K 0.742 0.061 0.085 0.075 0.014 0.007 0.008 0.002 0.003 0.003 0.001 86 Y 0.366 0.043 0.085 0.375 0.017 0.032 0.049 0.013 0.018 0.001 0.001 87 V 0.136 0.231 0.420 0.102 0.013 0.057 0.004 0.001 0.035 0.001 0.001 88 R 0.047 0.225 0.389 0.004 0.030 0.035 0.024 0.001 0.235 0.008 0.001 89 P 0.244 0.003 0.630 0.028 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 90 G 0.095 0.020 0.108 0.120 0.048 0.007 0.104 0.449 0.008 0.041 0.001 91 G 0.115 0.051 0.334 0.149 0.069 0.008 0.071 0.091 0.005 0.107 0.001 92 G 0.071 0.056 0.202 0.086 0.093 0.014 0.143 0.248 0.007 0.080 0.001 93 Y 0.071 0.296 0.288 0.123 0.115 0.041 0.021 0.019 0.014 0.011 0.001 94 Q 0.020 0.264 0.216 0.033 0.078 0.042 0.093 0.002 0.250 0.003 0.001 95 P 0.059 0.045 0.823 0.009 0.017 0.017 0.001 0.002 0.001 0.003 0.023 96 T 0.075 0.558 0.177 0.091 0.037 0.033 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 97 F 0.007 0.558 0.212 0.005 0.177 0.010 0.004 0.001 0.023 0.002 0.001 98 T 0.016 0.506 0.393 0.004 0.012 0.045 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 99 L 0.018 0.436 0.383 0.007 0.016 0.110 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 100 V 0.124 0.508 0.130 0.114 0.073 0.023 0.003 0.001 0.021 0.002 0.001 101 Q 0.012 0.586 0.127 0.008 0.231 0.011 0.008 0.001 0.012 0.002 0.001 102 K 0.027 0.528 0.272 0.020 0.053 0.047 0.009 0.001 0.039 0.001 0.003 103 C 0.024 0.625 0.167 0.024 0.098 0.019 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 104 E 0.022 0.336 0.476 0.010 0.030 0.097 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 105 V 0.074 0.609 0.137 0.052 0.030 0.050 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 106 N 0.062 0.186 0.161 0.223 0.063 0.074 0.124 0.004 0.095 0.006 0.001 107 G 0.040 0.015 0.134 0.015 0.188 0.003 0.037 0.173 0.003 0.390 0.002 108 Q 0.682 0.025 0.106 0.150 0.012 0.006 0.003 0.004 0.002 0.007 0.002 109 N 0.215 0.034 0.094 0.341 0.031 0.038 0.170 0.033 0.022 0.021 0.001 110 E 0.330 0.061 0.173 0.321 0.025 0.029 0.032 0.015 0.008 0.005 0.001 111 H 0.234 0.153 0.417 0.011 0.040 0.022 0.013 0.003 0.095 0.011 0.001 112 P 0.852 0.002 0.090 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 113 V 0.945 0.008 0.012 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.961 0.009 0.010 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.979 0.005 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.966 0.003 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.858 0.010 0.020 0.104 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 K 0.885 0.025 0.035 0.030 0.005 0.004 0.008 0.002 0.003 0.002 0.001 119 D 0.710 0.018 0.032 0.203 0.007 0.007 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 120 K 0.423 0.070 0.116 0.340 0.007 0.018 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 121 L 0.035 0.205 0.408 0.004 0.029 0.024 0.034 0.001 0.256 0.003 0.001 122 P 0.305 0.005 0.474 0.047 0.001 0.052 0.001 0.001 0.002 0.001 0.115 123 Y 0.052 0.257 0.482 0.012 0.072 0.038 0.009 0.002 0.075 0.002 0.001 124 P 0.190 0.053 0.600 0.047 0.001 0.086 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 125 Y 0.187 0.231 0.258 0.197 0.056 0.039 0.008 0.005 0.015 0.004 0.001 126 D 0.159 0.127 0.105 0.354 0.044 0.087 0.043 0.017 0.058 0.005 0.001 127 D 0.030 0.200 0.436 0.020 0.040 0.064 0.015 0.001 0.193 0.002 0.001 128 P 0.487 0.016 0.315 0.100 0.001 0.047 0.004 0.002 0.005 0.001 0.023 129 F 0.316 0.137 0.244 0.160 0.052 0.033 0.017 0.017 0.016 0.008 0.001 130 S 0.309 0.167 0.237 0.086 0.061 0.039 0.039 0.011 0.044 0.006 0.001 131 L 0.359 0.138 0.164 0.240 0.019 0.044 0.010 0.003 0.020 0.001 0.001 132 M 0.259 0.246 0.204 0.172 0.044 0.038 0.012 0.004 0.019 0.002 0.001 133 T 0.215 0.177 0.145 0.287 0.058 0.055 0.021 0.009 0.024 0.008 0.001 134 D 0.020 0.137 0.283 0.010 0.030 0.073 0.027 0.001 0.418 0.002 0.001 135 P 0.779 0.005 0.119 0.047 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 136 K 0.640 0.055 0.094 0.153 0.011 0.014 0.016 0.007 0.007 0.002 0.001 137 L 0.373 0.148 0.178 0.170 0.033 0.030 0.030 0.008 0.027 0.002 0.001 138 I 0.367 0.272 0.175 0.093 0.024 0.029 0.012 0.002 0.024 0.001 0.001 139 I 0.242 0.299 0.183 0.140 0.046 0.046 0.014 0.002 0.024 0.002 0.001 140 W 0.269 0.182 0.216 0.201 0.035 0.046 0.014 0.004 0.024 0.004 0.003 141 S 0.072 0.314 0.306 0.006 0.099 0.015 0.020 0.001 0.158 0.008 0.001 142 P 0.320 0.007 0.454 0.018 0.001 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.154 143 V 0.327 0.227 0.221 0.133 0.025 0.033 0.007 0.003 0.024 0.001 0.001 144 R 0.179 0.215 0.297 0.085 0.034 0.094 0.038 0.006 0.042 0.009 0.001 145 R 0.290 0.187 0.195 0.173 0.045 0.034 0.033 0.010 0.026 0.007 0.001 146 S 0.344 0.105 0.128 0.176 0.089 0.015 0.084 0.031 0.014 0.013 0.001 147 D 0.181 0.129 0.218 0.221 0.035 0.087 0.073 0.006 0.044 0.001 0.004 148 V 0.042 0.441 0.410 0.016 0.024 0.045 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 149 A 0.127 0.579 0.129 0.048 0.041 0.036 0.004 0.001 0.034 0.002 0.001 150 W 0.061 0.512 0.247 0.030 0.087 0.028 0.008 0.002 0.023 0.003 0.001 151 N 0.034 0.328 0.161 0.054 0.097 0.105 0.058 0.005 0.155 0.003 0.001 152 F 0.133 0.240 0.302 0.089 0.102 0.063 0.029 0.011 0.022 0.006 0.003 153 E 0.139 0.424 0.237 0.078 0.080 0.021 0.004 0.002 0.010 0.003 0.001 154 K 0.041 0.588 0.197 0.019 0.105 0.015 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 155 F 0.027 0.593 0.232 0.008 0.034 0.049 0.006 0.001 0.049 0.001 0.001 156 L 0.012 0.658 0.211 0.009 0.035 0.048 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 157 I 0.004 0.681 0.157 0.034 0.060 0.038 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 158 G 0.001 0.064 0.780 0.001 0.119 0.015 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 159 P 0.984 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 E 0.074 0.001 0.010 0.898 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 161 G 0.003 0.001 0.021 0.014 0.007 0.001 0.090 0.845 0.001 0.018 0.001 162 E 0.009 0.180 0.762 0.002 0.003 0.018 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 163 P 0.003 0.011 0.966 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 F 0.491 0.162 0.020 0.301 0.015 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 165 R 0.011 0.607 0.099 0.002 0.272 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 166 R 0.040 0.759 0.088 0.013 0.045 0.021 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 167 Y 0.082 0.482 0.187 0.072 0.078 0.026 0.007 0.001 0.061 0.002 0.001 168 S 0.068 0.261 0.420 0.021 0.146 0.022 0.008 0.009 0.030 0.014 0.001 169 R 0.372 0.105 0.239 0.165 0.063 0.023 0.007 0.006 0.003 0.017 0.001 170 T 0.143 0.285 0.184 0.271 0.041 0.026 0.019 0.003 0.024 0.004 0.001 171 F 0.008 0.404 0.311 0.001 0.029 0.016 0.006 0.001 0.224 0.001 0.001 172 P 0.026 0.005 0.823 0.002 0.001 0.119 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 173 T 0.428 0.068 0.356 0.063 0.009 0.057 0.004 0.004 0.007 0.001 0.003 174 I 0.711 0.050 0.045 0.154 0.016 0.012 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 175 N 0.165 0.124 0.252 0.187 0.119 0.051 0.036 0.005 0.056 0.004 0.001 176 I 0.611 0.054 0.088 0.144 0.009 0.053 0.017 0.003 0.018 0.002 0.001 177 E 0.576 0.066 0.294 0.010 0.011 0.014 0.001 0.001 0.022 0.005 0.001 178 P 0.962 0.001 0.015 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 179 D 0.727 0.005 0.027 0.167 0.004 0.031 0.007 0.006 0.025 0.001 0.001 180 I 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 R 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 L 0.867 0.001 0.001 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 L 0.575 0.017 0.118 0.243 0.002 0.022 0.005 0.002 0.016 0.001 0.001 185 K 0.565 0.035 0.148 0.158 0.010 0.014 0.035 0.013 0.004 0.018 0.001