# TARGET T0345 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 547 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.119 0.114 0.073 0.051 0.176 0.031 0.041 0.142 0.096 0.107 0.049 2 I 0.141 0.176 0.073 0.023 0.243 0.017 0.026 0.119 0.068 0.069 0.044 3 A 0.161 0.122 0.052 0.029 0.192 0.021 0.037 0.128 0.085 0.106 0.067 4 K 0.076 0.182 0.077 0.068 0.149 0.052 0.094 0.122 0.073 0.075 0.031 5 S 0.135 0.192 0.075 0.020 0.283 0.010 0.028 0.076 0.049 0.076 0.057 6 F 0.146 0.088 0.032 0.028 0.203 0.032 0.036 0.146 0.153 0.086 0.050 7 Y 0.072 0.131 0.056 0.041 0.151 0.056 0.101 0.186 0.112 0.069 0.025 8 D 0.253 0.067 0.018 0.011 0.243 0.025 0.046 0.058 0.070 0.119 0.091 9 L 0.155 0.276 0.034 0.007 0.385 0.004 0.003 0.010 0.023 0.054 0.049 10 S 0.180 0.239 0.110 0.007 0.383 0.003 0.003 0.007 0.007 0.021 0.040 11 A 0.217 0.318 0.054 0.002 0.309 0.002 0.002 0.013 0.008 0.019 0.056 12 I 0.055 0.300 0.025 0.019 0.381 0.032 0.027 0.064 0.021 0.046 0.030 13 N 0.061 0.207 0.619 0.037 0.038 0.005 0.002 0.011 0.006 0.004 0.009 14 L 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.048 0.051 0.597 0.264 0.008 0.001 15 D 0.001 0.595 0.285 0.096 0.011 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 16 G 0.003 0.007 0.004 0.008 0.004 0.003 0.002 0.007 0.015 0.775 0.173 17 E 0.011 0.668 0.096 0.001 0.194 0.002 0.005 0.011 0.005 0.004 0.002 18 K 0.478 0.054 0.009 0.001 0.287 0.001 0.002 0.002 0.004 0.019 0.143 19 V 0.034 0.439 0.312 0.021 0.173 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 20 D 0.034 0.730 0.110 0.002 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 21 F 0.034 0.015 0.007 0.003 0.047 0.002 0.003 0.126 0.686 0.056 0.023 22 N 0.004 0.008 0.002 0.001 0.009 0.005 0.024 0.426 0.512 0.009 0.001 23 T 0.034 0.018 0.002 0.001 0.036 0.004 0.050 0.351 0.255 0.234 0.015 24 F 0.081 0.013 0.013 0.013 0.061 0.020 0.013 0.075 0.054 0.545 0.114 25 R 0.008 0.037 0.019 0.128 0.021 0.170 0.257 0.235 0.092 0.025 0.007 26 G 0.009 0.007 0.019 0.030 0.006 0.002 0.001 0.013 0.025 0.796 0.091 27 R 0.005 0.690 0.155 0.004 0.125 0.001 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 28 A 0.322 0.019 0.001 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 29 V 0.081 0.092 0.004 0.007 0.704 0.020 0.059 0.024 0.001 0.001 0.005 30 L 0.203 0.035 0.002 0.001 0.718 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.028 31 I 0.400 0.044 0.006 0.003 0.425 0.003 0.006 0.020 0.004 0.005 0.085 32 E 0.092 0.153 0.039 0.019 0.285 0.042 0.067 0.070 0.042 0.121 0.069 33 N 0.402 0.108 0.043 0.006 0.302 0.003 0.007 0.018 0.004 0.006 0.100 34 V 0.031 0.057 0.021 0.038 0.042 0.077 0.051 0.085 0.165 0.384 0.048 35 A 0.018 0.152 0.113 0.194 0.045 0.031 0.028 0.088 0.246 0.066 0.019 36 S 0.010 0.056 0.046 0.028 0.021 0.030 0.161 0.291 0.299 0.053 0.003 37 L 0.015 0.019 0.018 0.018 0.017 0.037 0.327 0.137 0.136 0.241 0.036 38 C 0.073 0.260 0.177 0.075 0.163 0.035 0.025 0.039 0.043 0.062 0.048 39 G 0.018 0.113 0.225 0.205 0.050 0.069 0.056 0.078 0.072 0.086 0.027 40 T 0.070 0.167 0.097 0.014 0.135 0.022 0.058 0.111 0.105 0.170 0.050 41 T 0.035 0.259 0.190 0.031 0.122 0.017 0.028 0.106 0.098 0.082 0.032 42 T 0.032 0.070 0.038 0.013 0.079 0.018 0.055 0.368 0.198 0.090 0.039 43 R 0.039 0.078 0.046 0.009 0.050 0.013 0.034 0.334 0.171 0.194 0.033 44 D 0.025 0.073 0.030 0.006 0.057 0.005 0.011 0.495 0.189 0.090 0.020 45 F 0.003 0.033 0.009 0.003 0.009 0.006 0.017 0.804 0.105 0.008 0.002 46 T 0.004 0.018 0.009 0.002 0.006 0.002 0.007 0.834 0.078 0.037 0.004 47 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.892 0.080 0.017 0.002 48 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.926 0.057 0.003 0.001 49 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.950 0.037 0.002 0.001 50 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.905 0.072 0.012 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.777 0.178 0.030 0.002 52 Q 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.849 0.101 0.008 0.001 53 C 0.004 0.017 0.004 0.001 0.018 0.009 0.083 0.683 0.104 0.075 0.003 54 R 0.112 0.067 0.036 0.010 0.114 0.013 0.027 0.260 0.098 0.163 0.101 55 F 0.019 0.031 0.039 0.027 0.016 0.027 0.072 0.502 0.232 0.026 0.008 56 P 0.004 0.018 0.019 0.030 0.008 0.034 0.073 0.516 0.225 0.067 0.006 57 R 0.008 0.549 0.245 0.027 0.077 0.010 0.013 0.027 0.019 0.020 0.004 58 R 0.047 0.018 0.014 0.049 0.027 0.020 0.020 0.036 0.062 0.445 0.261 59 L 0.166 0.246 0.014 0.001 0.524 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.023 60 V 0.133 0.136 0.020 0.003 0.682 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.016 61 V 0.466 0.047 0.005 0.001 0.451 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 62 L 0.177 0.099 0.020 0.039 0.372 0.066 0.076 0.026 0.014 0.040 0.071 63 G 0.178 0.190 0.110 0.031 0.359 0.006 0.007 0.011 0.008 0.038 0.062 64 F 0.095 0.307 0.178 0.030 0.237 0.012 0.017 0.035 0.020 0.035 0.035 65 P 0.092 0.309 0.154 0.034 0.244 0.019 0.021 0.040 0.019 0.025 0.042 66 C 0.076 0.122 0.052 0.046 0.160 0.038 0.081 0.177 0.135 0.077 0.036 67 N 0.069 0.083 0.108 0.050 0.082 0.030 0.058 0.117 0.125 0.212 0.066 68 Q 0.085 0.087 0.064 0.041 0.109 0.056 0.087 0.205 0.120 0.098 0.048 69 F 0.047 0.201 0.138 0.118 0.100 0.059 0.068 0.074 0.046 0.110 0.039 70 G 0.038 0.096 0.093 0.182 0.062 0.119 0.076 0.055 0.046 0.170 0.064 71 H 0.130 0.070 0.053 0.026 0.141 0.018 0.030 0.078 0.093 0.226 0.136 72 Q 0.112 0.187 0.130 0.059 0.150 0.034 0.038 0.073 0.064 0.088 0.064 73 E 0.051 0.232 0.263 0.069 0.159 0.040 0.035 0.055 0.025 0.046 0.025 74 N 0.062 0.177 0.083 0.040 0.101 0.050 0.086 0.152 0.084 0.119 0.046 75 C 0.030 0.161 0.184 0.096 0.078 0.049 0.036 0.107 0.051 0.160 0.048 76 Q 0.048 0.387 0.190 0.015 0.088 0.006 0.008 0.143 0.046 0.045 0.026 77 N 0.014 0.015 0.009 0.002 0.016 0.003 0.004 0.693 0.191 0.044 0.010 78 E 0.002 0.014 0.004 0.003 0.005 0.004 0.008 0.868 0.081 0.008 0.002 79 E 0.002 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.906 0.061 0.010 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.899 0.087 0.010 0.001 81 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.856 0.129 0.004 0.001 82 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.896 0.085 0.003 0.001 83 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.795 0.150 0.031 0.002 84 L 0.028 0.006 0.001 0.001 0.028 0.001 0.006 0.560 0.261 0.091 0.017 85 K 0.001 0.005 0.002 0.003 0.004 0.017 0.085 0.630 0.232 0.018 0.001 86 Y 0.041 0.039 0.014 0.006 0.057 0.003 0.031 0.263 0.108 0.413 0.025 87 V 0.055 0.433 0.184 0.016 0.206 0.008 0.024 0.036 0.014 0.014 0.009 88 R 0.070 0.223 0.363 0.093 0.109 0.015 0.015 0.044 0.012 0.018 0.038 89 P 0.018 0.123 0.058 0.058 0.051 0.123 0.255 0.185 0.086 0.032 0.011 90 G 0.029 0.027 0.046 0.092 0.036 0.047 0.050 0.075 0.105 0.414 0.081 91 G 0.085 0.185 0.090 0.034 0.147 0.043 0.057 0.081 0.100 0.124 0.053 92 G 0.104 0.101 0.058 0.039 0.183 0.038 0.047 0.068 0.096 0.184 0.082 93 Y 0.123 0.163 0.077 0.033 0.237 0.018 0.026 0.046 0.073 0.121 0.082 94 Q 0.116 0.158 0.117 0.063 0.214 0.035 0.023 0.035 0.060 0.112 0.067 95 P 0.217 0.188 0.036 0.005 0.397 0.003 0.005 0.026 0.031 0.036 0.056 96 T 0.192 0.113 0.042 0.016 0.262 0.012 0.036 0.037 0.051 0.143 0.094 97 F 0.076 0.401 0.194 0.033 0.235 0.006 0.005 0.013 0.009 0.013 0.015 98 T 0.136 0.327 0.067 0.006 0.309 0.009 0.021 0.050 0.023 0.020 0.033 99 L 0.181 0.081 0.020 0.018 0.205 0.028 0.042 0.125 0.130 0.093 0.076 100 V 0.127 0.062 0.044 0.081 0.134 0.049 0.059 0.103 0.113 0.139 0.089 101 Q 0.073 0.282 0.124 0.038 0.250 0.025 0.038 0.062 0.049 0.042 0.018 102 K 0.269 0.097 0.022 0.008 0.355 0.006 0.013 0.034 0.040 0.060 0.096 103 C 0.111 0.284 0.040 0.020 0.416 0.020 0.018 0.022 0.019 0.022 0.029 104 E 0.291 0.114 0.024 0.005 0.390 0.004 0.010 0.016 0.016 0.040 0.090 105 V 0.254 0.103 0.064 0.041 0.199 0.040 0.040 0.035 0.032 0.087 0.106 106 N 0.021 0.187 0.148 0.259 0.075 0.055 0.061 0.048 0.036 0.087 0.022 107 G 0.029 0.099 0.154 0.218 0.054 0.037 0.016 0.062 0.096 0.183 0.053 108 Q 0.008 0.046 0.030 0.035 0.022 0.082 0.166 0.339 0.223 0.042 0.007 109 N 0.031 0.024 0.017 0.016 0.030 0.013 0.035 0.116 0.153 0.495 0.071 110 E 0.084 0.176 0.111 0.025 0.115 0.010 0.021 0.123 0.129 0.162 0.044 111 H 0.013 0.348 0.335 0.033 0.073 0.013 0.016 0.108 0.039 0.014 0.008 112 P 0.038 0.113 0.023 0.002 0.109 0.002 0.018 0.544 0.125 0.016 0.011 113 V 0.005 0.005 0.004 0.002 0.005 0.005 0.012 0.719 0.184 0.056 0.004 114 F 0.005 0.005 0.002 0.001 0.008 0.001 0.005 0.821 0.134 0.014 0.004 115 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.888 0.086 0.004 0.001 116 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.872 0.085 0.018 0.001 117 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.771 0.172 0.025 0.004 118 K 0.003 0.017 0.006 0.006 0.007 0.006 0.039 0.633 0.240 0.040 0.003 119 D 0.012 0.039 0.012 0.005 0.032 0.008 0.124 0.497 0.157 0.102 0.011 120 K 0.052 0.120 0.074 0.025 0.091 0.021 0.104 0.191 0.117 0.168 0.037 121 L 0.059 0.301 0.191 0.045 0.141 0.029 0.051 0.083 0.035 0.033 0.033 122 P 0.051 0.161 0.083 0.050 0.100 0.064 0.094 0.140 0.105 0.106 0.046 123 Y 0.061 0.132 0.183 0.067 0.124 0.031 0.038 0.070 0.079 0.151 0.063 124 P 0.089 0.122 0.081 0.043 0.138 0.036 0.065 0.125 0.085 0.148 0.068 125 Y 0.030 0.142 0.102 0.060 0.108 0.056 0.086 0.138 0.096 0.154 0.027 126 D 0.034 0.093 0.094 0.099 0.072 0.055 0.048 0.087 0.085 0.273 0.059 127 D 0.111 0.167 0.126 0.025 0.231 0.010 0.017 0.096 0.078 0.087 0.051 128 P 0.026 0.111 0.063 0.020 0.056 0.015 0.031 0.254 0.262 0.134 0.028 129 F 0.037 0.116 0.056 0.021 0.091 0.019 0.057 0.238 0.183 0.153 0.031 130 S 0.049 0.113 0.068 0.024 0.089 0.015 0.031 0.274 0.176 0.118 0.044 131 L 0.055 0.079 0.025 0.008 0.093 0.015 0.052 0.319 0.183 0.138 0.034 132 M 0.063 0.116 0.052 0.014 0.136 0.013 0.047 0.304 0.132 0.098 0.025 133 T 0.037 0.133 0.074 0.044 0.074 0.044 0.068 0.244 0.113 0.135 0.036 134 D 0.111 0.144 0.083 0.020 0.211 0.009 0.016 0.167 0.096 0.087 0.055 135 P 0.035 0.052 0.034 0.011 0.056 0.006 0.015 0.355 0.315 0.096 0.023 136 K 0.010 0.044 0.018 0.012 0.027 0.027 0.132 0.401 0.254 0.068 0.007 137 L 0.057 0.093 0.031 0.015 0.097 0.013 0.062 0.245 0.157 0.195 0.036 138 I 0.079 0.122 0.042 0.023 0.141 0.042 0.096 0.138 0.096 0.166 0.054 139 I 0.142 0.118 0.065 0.035 0.225 0.015 0.024 0.090 0.066 0.141 0.080 140 W 0.114 0.139 0.067 0.049 0.168 0.025 0.032 0.088 0.088 0.159 0.071 141 S 0.045 0.248 0.205 0.068 0.161 0.022 0.037 0.098 0.056 0.040 0.021 142 P 0.114 0.144 0.067 0.015 0.178 0.015 0.040 0.125 0.112 0.139 0.052 143 V 0.114 0.207 0.093 0.025 0.210 0.019 0.048 0.109 0.064 0.063 0.048 144 R 0.092 0.182 0.157 0.074 0.151 0.072 0.045 0.061 0.036 0.086 0.044 145 R 0.058 0.194 0.088 0.105 0.116 0.050 0.057 0.120 0.101 0.073 0.038 146 S 0.039 0.043 0.056 0.091 0.043 0.039 0.048 0.080 0.124 0.356 0.081 147 D 0.074 0.263 0.175 0.040 0.178 0.015 0.029 0.056 0.072 0.068 0.031 148 V 0.272 0.159 0.029 0.007 0.370 0.005 0.009 0.027 0.021 0.031 0.070 149 A 0.106 0.149 0.100 0.057 0.300 0.043 0.084 0.055 0.028 0.044 0.033 150 W 0.217 0.180 0.032 0.014 0.354 0.021 0.022 0.021 0.017 0.051 0.073 151 N 0.219 0.106 0.026 0.005 0.525 0.003 0.004 0.007 0.009 0.036 0.060 152 F 0.263 0.082 0.019 0.005 0.251 0.006 0.012 0.048 0.101 0.118 0.094 153 E 0.094 0.078 0.068 0.052 0.141 0.129 0.160 0.085 0.093 0.066 0.034 154 K 0.229 0.190 0.027 0.009 0.349 0.026 0.035 0.029 0.032 0.030 0.044 155 F 0.149 0.268 0.041 0.003 0.480 0.004 0.004 0.007 0.007 0.012 0.025 156 L 0.363 0.096 0.015 0.001 0.392 0.003 0.003 0.005 0.003 0.018 0.101 157 I 0.031 0.393 0.032 0.027 0.443 0.005 0.001 0.001 0.001 0.038 0.029 158 G 0.001 0.089 0.882 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 P 0.001 0.001 0.015 0.005 0.001 0.014 0.058 0.633 0.273 0.002 0.001 160 E 0.001 0.796 0.176 0.012 0.011 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 161 G 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.425 0.559 162 E 0.004 0.789 0.020 0.001 0.149 0.005 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 163 P 0.752 0.004 0.001 0.001 0.212 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 164 F 0.007 0.013 0.006 0.278 0.016 0.568 0.103 0.003 0.001 0.001 0.002 165 R 0.220 0.210 0.041 0.004 0.451 0.001 0.003 0.005 0.006 0.010 0.049 166 R 0.196 0.120 0.054 0.009 0.329 0.005 0.021 0.016 0.028 0.078 0.142 167 Y 0.137 0.221 0.102 0.042 0.309 0.023 0.047 0.009 0.012 0.056 0.042 168 S 0.068 0.377 0.234 0.043 0.192 0.014 0.013 0.013 0.019 0.011 0.015 169 R 0.046 0.134 0.072 0.032 0.118 0.040 0.112 0.140 0.194 0.082 0.031 170 T 0.072 0.050 0.029 0.008 0.081 0.010 0.032 0.045 0.135 0.433 0.104 171 F 0.034 0.361 0.301 0.027 0.128 0.011 0.020 0.019 0.021 0.057 0.021 172 P 0.014 0.573 0.312 0.008 0.068 0.002 0.001 0.004 0.003 0.009 0.006 173 T 0.031 0.047 0.011 0.003 0.136 0.006 0.016 0.360 0.361 0.021 0.007 174 I 0.002 0.003 0.003 0.004 0.003 0.016 0.041 0.580 0.294 0.049 0.006 175 N 0.008 0.037 0.005 0.001 0.030 0.001 0.017 0.575 0.144 0.174 0.008 176 I 0.002 0.012 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.694 0.205 0.075 0.003 177 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.882 0.106 0.002 0.001 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.928 0.057 0.001 0.001 179 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.912 0.055 0.010 0.001 180 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.134 0.015 0.001 181 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.829 0.161 0.002 0.001 182 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.069 0.848 0.071 0.004 0.001 183 L 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.014 0.144 0.476 0.216 0.134 0.002 184 L 0.096 0.351 0.030 0.005 0.195 0.003 0.007 0.071 0.069 0.107 0.064 185 K 0.036 0.056 0.032 0.059 0.055 0.049 0.036 0.153 0.158 0.309 0.056