# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.044 0.007 0.017 0.029 0.038 0.051 0.004 0.001 0.004 0.696 2 I 0.070 0.038 0.007 0.021 0.036 0.050 0.084 0.004 0.001 0.004 0.688 3 A 0.091 0.035 0.006 0.024 0.037 0.070 0.119 0.003 0.001 0.007 0.608 4 K 0.072 0.035 0.005 0.024 0.034 0.053 0.099 0.003 0.001 0.007 0.668 5 S 0.123 0.050 0.003 0.019 0.030 0.036 0.173 0.003 0.001 0.008 0.554 6 F 0.203 0.082 0.008 0.035 0.047 0.065 0.135 0.005 0.001 0.019 0.402 7 Y 0.090 0.120 0.009 0.053 0.094 0.114 0.206 0.004 0.001 0.013 0.298 8 D 0.074 0.081 0.007 0.035 0.045 0.098 0.165 0.008 0.001 0.014 0.474 9 L 0.159 0.100 0.026 0.091 0.129 0.187 0.044 0.006 0.001 0.013 0.243 10 S 0.039 0.050 0.009 0.078 0.188 0.191 0.162 0.004 0.001 0.008 0.271 11 A 0.025 0.020 0.013 0.047 0.172 0.223 0.044 0.002 0.001 0.005 0.449 12 I 0.012 0.016 0.002 0.135 0.251 0.432 0.059 0.002 0.001 0.003 0.087 13 N 0.043 0.027 0.003 0.075 0.148 0.179 0.138 0.004 0.001 0.010 0.371 14 L 0.051 0.043 0.008 0.160 0.181 0.219 0.100 0.004 0.001 0.013 0.221 15 D 0.029 0.019 0.002 0.041 0.043 0.070 0.402 0.004 0.001 0.014 0.375 16 G 0.189 0.012 0.009 0.047 0.025 0.029 0.156 0.006 0.001 0.068 0.459 17 E 0.184 0.013 0.027 0.023 0.018 0.022 0.504 0.003 0.001 0.047 0.158 18 K 0.067 0.009 0.026 0.026 0.014 0.023 0.275 0.002 0.001 0.017 0.541 19 V 0.027 0.013 0.016 0.127 0.081 0.140 0.140 0.001 0.001 0.009 0.445 20 D 0.021 0.007 0.001 0.031 0.059 0.071 0.378 0.001 0.001 0.006 0.425 21 F 0.011 0.004 0.002 0.013 0.017 0.022 0.024 0.001 0.001 0.002 0.905 22 N 0.012 0.011 0.001 0.039 0.092 0.160 0.396 0.001 0.001 0.009 0.279 23 T 0.187 0.022 0.001 0.028 0.035 0.050 0.353 0.005 0.001 0.060 0.259 24 F 0.342 0.247 0.004 0.054 0.043 0.039 0.064 0.012 0.001 0.015 0.180 25 R 0.096 0.097 0.005 0.043 0.058 0.054 0.224 0.032 0.001 0.027 0.365 26 G 0.197 0.014 0.016 0.039 0.033 0.044 0.113 0.035 0.001 0.030 0.478 27 R 0.157 0.002 0.159 0.177 0.092 0.071 0.065 0.006 0.001 0.014 0.257 28 A 0.005 0.001 0.047 0.211 0.065 0.047 0.065 0.001 0.001 0.002 0.559 29 V 0.001 0.001 0.002 0.598 0.132 0.159 0.017 0.001 0.001 0.001 0.090 30 L 0.001 0.001 0.001 0.826 0.063 0.093 0.010 0.001 0.001 0.001 0.008 31 I 0.001 0.001 0.001 0.839 0.043 0.080 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 32 E 0.001 0.001 0.001 0.861 0.045 0.080 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 33 N 0.001 0.001 0.001 0.577 0.060 0.130 0.058 0.001 0.001 0.002 0.171 34 V 0.005 0.002 0.001 0.298 0.114 0.174 0.070 0.001 0.001 0.006 0.331 35 A 0.009 0.007 0.001 0.117 0.138 0.304 0.134 0.001 0.001 0.010 0.278 36 S 0.064 0.032 0.002 0.043 0.104 0.182 0.148 0.003 0.001 0.021 0.402 37 L 0.175 0.083 0.006 0.019 0.056 0.072 0.058 0.006 0.001 0.008 0.517 38 C 0.189 0.095 0.010 0.017 0.052 0.076 0.091 0.008 0.001 0.009 0.453 39 G 0.126 0.033 0.021 0.016 0.021 0.043 0.096 0.008 0.001 0.010 0.626 40 T 0.089 0.024 0.069 0.044 0.051 0.084 0.099 0.004 0.001 0.008 0.527 41 T 0.053 0.014 0.005 0.032 0.025 0.036 0.259 0.003 0.001 0.004 0.569 42 T 0.017 0.007 0.003 0.010 0.003 0.005 0.034 0.001 0.001 0.002 0.921 43 R 0.015 0.018 0.002 0.014 0.007 0.015 0.353 0.001 0.001 0.007 0.568 44 D 0.085 0.023 0.001 0.006 0.004 0.010 0.646 0.002 0.001 0.024 0.198 45 F 0.164 0.420 0.004 0.020 0.003 0.005 0.065 0.003 0.001 0.006 0.308 46 T 0.015 0.563 0.002 0.003 0.001 0.002 0.071 0.001 0.001 0.002 0.341 47 Q 0.043 0.554 0.001 0.001 0.002 0.002 0.091 0.010 0.001 0.002 0.294 48 L 0.045 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.037 49 N 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.018 50 E 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 51 L 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 52 Q 0.042 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.019 53 C 0.078 0.867 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.025 54 R 0.146 0.536 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.186 0.001 0.001 0.124 55 F 0.355 0.355 0.011 0.004 0.004 0.002 0.004 0.055 0.001 0.001 0.209 56 P 0.010 0.009 0.008 0.004 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.955 57 R 0.036 0.005 0.008 0.032 0.011 0.022 0.150 0.005 0.001 0.002 0.728 58 R 0.501 0.001 0.004 0.028 0.005 0.006 0.066 0.002 0.001 0.008 0.379 59 L 0.078 0.001 0.060 0.247 0.035 0.032 0.052 0.001 0.001 0.004 0.489 60 V 0.001 0.001 0.001 0.712 0.105 0.076 0.059 0.001 0.001 0.001 0.045 61 V 0.001 0.001 0.001 0.560 0.045 0.077 0.015 0.001 0.001 0.001 0.300 62 L 0.001 0.001 0.001 0.771 0.087 0.125 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 63 G 0.001 0.001 0.001 0.432 0.036 0.077 0.033 0.001 0.001 0.002 0.418 64 F 0.002 0.001 0.001 0.614 0.081 0.130 0.032 0.001 0.001 0.002 0.140 65 P 0.001 0.001 0.001 0.039 0.010 0.026 0.021 0.001 0.001 0.001 0.903 66 C 0.005 0.001 0.001 0.112 0.050 0.170 0.164 0.001 0.001 0.006 0.493 67 N 0.034 0.004 0.001 0.032 0.032 0.053 0.074 0.001 0.001 0.005 0.766 68 Q 0.109 0.048 0.001 0.009 0.017 0.015 0.100 0.001 0.001 0.004 0.697 69 F 0.231 0.144 0.002 0.014 0.031 0.055 0.161 0.002 0.001 0.014 0.346 70 G 0.195 0.243 0.004 0.013 0.028 0.051 0.102 0.005 0.001 0.008 0.351 71 H 0.180 0.193 0.010 0.006 0.015 0.031 0.068 0.009 0.001 0.007 0.482 72 Q 0.308 0.156 0.031 0.011 0.025 0.045 0.028 0.011 0.001 0.005 0.378 73 E 0.072 0.056 0.014 0.014 0.023 0.022 0.048 0.007 0.001 0.001 0.744 74 N 0.030 0.016 0.009 0.010 0.005 0.014 0.030 0.002 0.001 0.001 0.883 75 C 0.126 0.032 0.012 0.051 0.022 0.059 0.146 0.006 0.001 0.008 0.538 76 Q 0.225 0.020 0.004 0.008 0.004 0.006 0.283 0.003 0.001 0.007 0.439 77 N 0.067 0.044 0.005 0.013 0.002 0.003 0.144 0.002 0.001 0.004 0.716 78 E 0.007 0.054 0.001 0.003 0.001 0.001 0.148 0.001 0.001 0.002 0.783 79 E 0.007 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.831 0.001 0.001 0.011 0.100 80 I 0.047 0.753 0.001 0.003 0.004 0.010 0.085 0.003 0.001 0.003 0.091 81 L 0.014 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 82 N 0.023 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.037 83 S 0.078 0.851 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.043 84 L 0.100 0.800 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.042 85 K 0.099 0.548 0.027 0.013 0.019 0.037 0.008 0.093 0.001 0.001 0.156 86 Y 0.130 0.200 0.051 0.027 0.050 0.093 0.023 0.058 0.001 0.001 0.367 87 V 0.121 0.100 0.030 0.079 0.053 0.078 0.034 0.022 0.001 0.002 0.483 88 R 0.039 0.014 0.015 0.051 0.097 0.112 0.060 0.004 0.001 0.002 0.607 89 P 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.962 90 G 0.011 0.001 0.001 0.043 0.040 0.119 0.155 0.001 0.001 0.005 0.626 91 G 0.288 0.003 0.001 0.015 0.013 0.019 0.078 0.001 0.001 0.019 0.564 92 G 0.185 0.008 0.001 0.018 0.021 0.018 0.081 0.001 0.001 0.006 0.659 93 Y 0.133 0.006 0.010 0.044 0.039 0.073 0.120 0.001 0.001 0.012 0.563 94 Q 0.047 0.004 0.003 0.061 0.124 0.160 0.146 0.001 0.001 0.003 0.451 95 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.963 96 T 0.004 0.001 0.001 0.034 0.135 0.344 0.090 0.001 0.001 0.002 0.390 97 F 0.051 0.002 0.001 0.030 0.055 0.142 0.053 0.001 0.001 0.007 0.658 98 T 0.032 0.011 0.001 0.060 0.127 0.194 0.078 0.001 0.001 0.004 0.493 99 L 0.048 0.012 0.001 0.060 0.078 0.127 0.072 0.001 0.001 0.006 0.595 100 V 0.065 0.033 0.002 0.093 0.133 0.286 0.077 0.002 0.001 0.010 0.299 101 Q 0.052 0.032 0.003 0.052 0.200 0.308 0.068 0.003 0.001 0.007 0.273 102 K 0.071 0.028 0.006 0.033 0.103 0.174 0.043 0.004 0.001 0.006 0.532 103 C 0.043 0.013 0.009 0.064 0.298 0.313 0.034 0.003 0.001 0.004 0.220 104 E 0.016 0.007 0.005 0.081 0.214 0.263 0.074 0.002 0.001 0.003 0.334 105 V 0.009 0.004 0.004 0.076 0.194 0.320 0.049 0.001 0.001 0.002 0.341 106 N 0.009 0.005 0.001 0.074 0.127 0.247 0.167 0.001 0.001 0.004 0.365 107 G 0.054 0.004 0.002 0.030 0.026 0.034 0.133 0.001 0.001 0.011 0.706 108 Q 0.097 0.006 0.008 0.033 0.011 0.019 0.249 0.001 0.001 0.017 0.559 109 N 0.031 0.004 0.004 0.028 0.014 0.018 0.208 0.001 0.001 0.007 0.686 110 E 0.101 0.014 0.004 0.024 0.012 0.039 0.176 0.001 0.001 0.013 0.616 111 H 0.097 0.054 0.002 0.048 0.029 0.090 0.183 0.001 0.001 0.007 0.489 112 P 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.975 113 V 0.034 0.175 0.001 0.011 0.027 0.080 0.185 0.001 0.001 0.005 0.480 114 F 0.051 0.586 0.001 0.012 0.013 0.045 0.069 0.003 0.001 0.003 0.217 115 A 0.020 0.892 0.001 0.002 0.005 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.067 116 Y 0.034 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.038 117 L 0.037 0.913 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.033 118 K 0.052 0.851 0.005 0.002 0.003 0.006 0.004 0.013 0.001 0.001 0.062 119 D 0.128 0.691 0.010 0.002 0.002 0.005 0.007 0.026 0.001 0.001 0.128 120 K 0.350 0.253 0.006 0.010 0.006 0.004 0.005 0.211 0.001 0.001 0.154 121 L 0.496 0.067 0.075 0.014 0.005 0.006 0.024 0.039 0.001 0.003 0.272 122 P 0.004 0.001 0.041 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.936 123 Y 0.025 0.001 0.005 0.053 0.010 0.024 0.103 0.001 0.001 0.001 0.777 124 P 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 125 Y 0.027 0.001 0.001 0.066 0.008 0.019 0.145 0.001 0.001 0.003 0.730 126 D 0.111 0.001 0.001 0.053 0.007 0.014 0.243 0.001 0.001 0.010 0.561 127 D 0.211 0.006 0.001 0.047 0.005 0.006 0.159 0.001 0.001 0.009 0.557 128 P 0.034 0.004 0.001 0.013 0.002 0.004 0.098 0.001 0.001 0.006 0.837 129 F 0.093 0.010 0.002 0.029 0.022 0.034 0.434 0.001 0.001 0.035 0.340 130 S 0.195 0.043 0.003 0.049 0.051 0.067 0.312 0.003 0.001 0.018 0.260 131 L 0.108 0.099 0.006 0.036 0.043 0.042 0.056 0.004 0.001 0.004 0.601 132 M 0.121 0.105 0.007 0.050 0.070 0.123 0.116 0.005 0.001 0.010 0.391 133 T 0.139 0.053 0.008 0.040 0.056 0.103 0.153 0.013 0.001 0.013 0.423 134 D 0.145 0.047 0.015 0.041 0.031 0.042 0.172 0.008 0.001 0.008 0.491 135 P 0.005 0.003 0.004 0.007 0.003 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.947 136 K 0.026 0.005 0.001 0.016 0.015 0.029 0.480 0.001 0.001 0.023 0.403 137 L 0.396 0.034 0.005 0.027 0.017 0.025 0.183 0.003 0.001 0.027 0.283 138 I 0.161 0.273 0.004 0.052 0.035 0.036 0.074 0.005 0.001 0.005 0.354 139 I 0.137 0.198 0.006 0.061 0.050 0.097 0.082 0.006 0.001 0.008 0.355 140 W 0.134 0.149 0.011 0.078 0.056 0.120 0.056 0.017 0.001 0.006 0.372 141 S 0.140 0.083 0.015 0.049 0.059 0.074 0.118 0.012 0.001 0.004 0.445 142 P 0.004 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.974 143 V 0.022 0.006 0.002 0.027 0.021 0.043 0.332 0.002 0.001 0.008 0.536 144 R 0.427 0.022 0.004 0.024 0.013 0.026 0.143 0.003 0.001 0.021 0.317 145 R 0.175 0.247 0.005 0.063 0.026 0.057 0.051 0.005 0.001 0.006 0.366 146 S 0.094 0.102 0.004 0.027 0.020 0.030 0.057 0.003 0.001 0.004 0.661 147 D 0.166 0.079 0.003 0.025 0.018 0.029 0.072 0.007 0.001 0.006 0.596 148 V 0.220 0.112 0.018 0.029 0.043 0.050 0.096 0.009 0.001 0.008 0.414 149 A 0.088 0.167 0.013 0.058 0.062 0.111 0.192 0.006 0.001 0.007 0.296 150 W 0.072 0.158 0.006 0.071 0.116 0.175 0.075 0.007 0.001 0.006 0.315 151 N 0.141 0.161 0.005 0.029 0.068 0.078 0.114 0.005 0.001 0.005 0.394 152 F 0.060 0.070 0.010 0.025 0.041 0.070 0.063 0.005 0.001 0.007 0.650 153 E 0.058 0.059 0.015 0.062 0.103 0.206 0.136 0.005 0.001 0.019 0.336 154 K 0.106 0.044 0.011 0.067 0.094 0.129 0.162 0.006 0.001 0.016 0.363 155 F 0.167 0.080 0.008 0.103 0.123 0.173 0.046 0.009 0.001 0.006 0.286 156 L 0.052 0.034 0.005 0.098 0.306 0.306 0.033 0.006 0.001 0.003 0.157 157 I 0.022 0.023 0.006 0.083 0.192 0.290 0.051 0.005 0.001 0.002 0.325 158 G 0.025 0.008 0.002 0.092 0.338 0.344 0.056 0.003 0.001 0.002 0.129 159 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.949 160 E 0.005 0.001 0.001 0.015 0.018 0.055 0.436 0.001 0.001 0.011 0.459 161 G 0.776 0.001 0.003 0.008 0.002 0.004 0.045 0.001 0.001 0.084 0.077 162 E 0.313 0.012 0.013 0.041 0.023 0.014 0.225 0.001 0.001 0.015 0.343 163 P 0.003 0.001 0.005 0.025 0.019 0.026 0.054 0.001 0.001 0.001 0.866 164 F 0.007 0.001 0.001 0.140 0.130 0.433 0.069 0.001 0.001 0.002 0.218 165 R 0.018 0.007 0.001 0.070 0.171 0.362 0.057 0.001 0.001 0.002 0.313 166 R 0.017 0.012 0.001 0.033 0.188 0.319 0.036 0.001 0.001 0.002 0.392 167 Y 0.047 0.018 0.002 0.089 0.143 0.289 0.063 0.001 0.001 0.005 0.342 168 S 0.041 0.013 0.002 0.100 0.115 0.197 0.111 0.003 0.001 0.007 0.412 169 R 0.014 0.004 0.003 0.028 0.029 0.052 0.046 0.001 0.001 0.003 0.820 170 T 0.080 0.007 0.003 0.031 0.030 0.058 0.134 0.003 0.001 0.008 0.645 171 F 0.245 0.009 0.013 0.040 0.025 0.041 0.077 0.002 0.001 0.011 0.538 172 P 0.016 0.003 0.003 0.012 0.012 0.015 0.065 0.001 0.001 0.001 0.872 173 T 0.009 0.002 0.001 0.015 0.009 0.016 0.032 0.001 0.001 0.001 0.915 174 I 0.033 0.015 0.001 0.043 0.013 0.031 0.187 0.001 0.001 0.002 0.675 175 N 0.150 0.027 0.001 0.012 0.006 0.008 0.118 0.001 0.001 0.003 0.674 176 I 0.479 0.126 0.009 0.016 0.003 0.012 0.041 0.001 0.001 0.003 0.310 177 E 0.107 0.139 0.004 0.033 0.003 0.042 0.119 0.002 0.001 0.003 0.546 178 P 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.963 179 D 0.023 0.154 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.807 180 I 0.032 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.112 181 K 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.047 182 R 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 183 L 0.020 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 184 L 0.038 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 185 K 0.028 0.889 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.052