# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.014 0.048 0.034 0.052 0.073 0.007 0.733 2 I 0.038 0.024 0.050 0.045 0.078 0.104 0.007 0.653 3 A 0.058 0.035 0.068 0.055 0.123 0.099 0.010 0.552 4 K 0.066 0.042 0.054 0.057 0.080 0.116 0.014 0.570 5 S 0.135 0.035 0.049 0.039 0.057 0.146 0.021 0.517 6 F 0.226 0.046 0.062 0.051 0.099 0.087 0.015 0.414 7 Y 0.103 0.044 0.095 0.134 0.167 0.146 0.018 0.291 8 D 0.063 0.026 0.054 0.093 0.156 0.134 0.025 0.447 9 L 0.132 0.034 0.103 0.125 0.208 0.068 0.016 0.314 10 S 0.048 0.015 0.076 0.164 0.205 0.231 0.012 0.250 11 A 0.030 0.006 0.043 0.092 0.160 0.055 0.004 0.611 12 I 0.032 0.011 0.091 0.260 0.316 0.077 0.004 0.207 13 N 0.020 0.011 0.049 0.221 0.300 0.056 0.007 0.335 14 L 0.039 0.015 0.094 0.134 0.244 0.070 0.008 0.396 15 D 0.019 0.004 0.017 0.028 0.056 0.586 0.013 0.276 16 G 0.309 0.009 0.022 0.032 0.028 0.079 0.067 0.454 17 E 0.241 0.004 0.046 0.018 0.031 0.549 0.009 0.103 18 K 0.005 0.001 0.007 0.014 0.017 0.031 0.002 0.922 19 V 0.029 0.006 0.064 0.180 0.420 0.089 0.003 0.209 20 D 0.002 0.001 0.006 0.035 0.052 0.034 0.001 0.868 21 F 0.014 0.007 0.016 0.091 0.422 0.034 0.001 0.415 22 N 0.036 0.012 0.008 0.062 0.155 0.340 0.004 0.382 23 T 0.216 0.025 0.007 0.049 0.080 0.244 0.020 0.359 24 F 0.193 0.225 0.029 0.106 0.092 0.087 0.019 0.251 25 R 0.094 0.086 0.049 0.140 0.173 0.127 0.048 0.284 26 G 0.109 0.032 0.070 0.191 0.125 0.048 0.124 0.301 27 R 0.379 0.002 0.127 0.111 0.160 0.102 0.019 0.099 28 A 0.004 0.001 0.168 0.181 0.148 0.038 0.001 0.458 29 V 0.001 0.001 0.304 0.252 0.413 0.009 0.001 0.019 30 L 0.001 0.001 0.633 0.177 0.122 0.005 0.001 0.061 31 I 0.001 0.001 0.735 0.124 0.125 0.002 0.001 0.014 32 E 0.001 0.001 0.672 0.102 0.176 0.006 0.001 0.044 33 N 0.001 0.001 0.545 0.117 0.241 0.025 0.001 0.070 34 V 0.002 0.001 0.275 0.089 0.234 0.071 0.001 0.328 35 A 0.007 0.009 0.267 0.135 0.294 0.103 0.003 0.182 36 S 0.051 0.026 0.081 0.082 0.183 0.257 0.018 0.301 37 L 0.184 0.072 0.059 0.066 0.095 0.080 0.029 0.416 38 C 0.113 0.107 0.060 0.054 0.059 0.115 0.033 0.460 39 G 0.274 0.044 0.051 0.034 0.034 0.084 0.080 0.399 40 T 0.183 0.061 0.143 0.035 0.046 0.117 0.018 0.399 41 T 0.060 0.038 0.042 0.028 0.067 0.224 0.011 0.530 42 T 0.043 0.033 0.030 0.013 0.033 0.077 0.005 0.765 43 R 0.025 0.026 0.012 0.006 0.012 0.638 0.004 0.276 44 D 0.075 0.040 0.005 0.002 0.005 0.659 0.007 0.208 45 F 0.128 0.566 0.011 0.006 0.014 0.039 0.006 0.231 46 T 0.015 0.343 0.008 0.004 0.009 0.209 0.006 0.406 47 Q 0.079 0.335 0.003 0.003 0.007 0.166 0.012 0.397 48 L 0.051 0.876 0.002 0.002 0.005 0.007 0.003 0.054 49 N 0.013 0.891 0.004 0.002 0.005 0.014 0.005 0.066 50 E 0.024 0.870 0.003 0.002 0.002 0.007 0.006 0.087 51 L 0.045 0.881 0.004 0.002 0.004 0.005 0.007 0.053 52 Q 0.017 0.918 0.004 0.004 0.006 0.005 0.006 0.040 53 C 0.045 0.825 0.008 0.006 0.005 0.006 0.019 0.086 54 R 0.117 0.622 0.032 0.012 0.010 0.013 0.069 0.124 55 F 0.169 0.377 0.040 0.041 0.036 0.017 0.038 0.281 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 57 R 0.007 0.009 0.027 0.036 0.028 0.050 0.007 0.836 58 R 0.431 0.005 0.076 0.022 0.016 0.041 0.036 0.373 59 L 0.170 0.003 0.390 0.050 0.052 0.058 0.007 0.270 60 V 0.003 0.001 0.883 0.069 0.031 0.004 0.001 0.009 61 V 0.002 0.001 0.610 0.059 0.081 0.017 0.001 0.229 62 L 0.001 0.001 0.918 0.028 0.047 0.002 0.001 0.005 63 G 0.001 0.001 0.584 0.053 0.090 0.041 0.002 0.228 64 F 0.001 0.001 0.881 0.022 0.035 0.012 0.001 0.048 65 P 0.001 0.001 0.019 0.004 0.005 0.024 0.001 0.948 66 C 0.007 0.002 0.132 0.034 0.183 0.119 0.003 0.521 67 N 0.024 0.013 0.046 0.043 0.061 0.162 0.008 0.643 68 Q 0.268 0.018 0.029 0.031 0.066 0.239 0.022 0.326 69 F 0.186 0.057 0.022 0.050 0.050 0.115 0.014 0.506 70 G 0.170 0.108 0.034 0.084 0.103 0.100 0.030 0.373 71 H 0.176 0.097 0.043 0.059 0.073 0.110 0.027 0.415 72 Q 0.157 0.082 0.033 0.065 0.131 0.121 0.024 0.388 73 E 0.125 0.106 0.045 0.081 0.103 0.131 0.010 0.399 74 N 0.007 0.029 0.012 0.021 0.026 0.035 0.005 0.865 75 C 0.085 0.046 0.031 0.052 0.062 0.062 0.021 0.641 76 Q 0.098 0.014 0.016 0.007 0.013 0.410 0.011 0.430 77 N 0.075 0.019 0.008 0.007 0.019 0.167 0.008 0.697 78 E 0.031 0.051 0.007 0.005 0.010 0.129 0.003 0.764 79 E 0.019 0.051 0.003 0.003 0.006 0.404 0.003 0.511 80 I 0.055 0.448 0.004 0.006 0.015 0.093 0.004 0.374 81 L 0.008 0.905 0.002 0.003 0.010 0.008 0.001 0.063 82 N 0.009 0.908 0.001 0.005 0.007 0.006 0.004 0.059 83 S 0.057 0.846 0.004 0.006 0.007 0.006 0.019 0.054 84 L 0.065 0.853 0.006 0.015 0.015 0.005 0.013 0.028 85 K 0.067 0.621 0.039 0.078 0.060 0.025 0.026 0.083 86 Y 0.056 0.359 0.071 0.098 0.085 0.025 0.025 0.280 87 V 0.087 0.254 0.088 0.091 0.135 0.030 0.031 0.284 88 R 0.035 0.151 0.111 0.207 0.148 0.047 0.012 0.289 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 90 G 0.026 0.018 0.024 0.050 0.103 0.144 0.016 0.619 91 G 0.481 0.008 0.010 0.013 0.007 0.036 0.049 0.394 92 G 0.167 0.008 0.044 0.018 0.018 0.108 0.022 0.615 93 Y 0.097 0.010 0.082 0.049 0.073 0.110 0.012 0.567 94 Q 0.034 0.004 0.053 0.054 0.071 0.081 0.004 0.700 95 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.988 96 T 0.013 0.003 0.068 0.080 0.176 0.118 0.004 0.537 97 F 0.087 0.013 0.077 0.115 0.180 0.056 0.006 0.467 98 T 0.016 0.009 0.035 0.102 0.127 0.088 0.004 0.620 99 L 0.034 0.006 0.020 0.042 0.110 0.118 0.004 0.666 100 V 0.146 0.037 0.058 0.108 0.236 0.173 0.008 0.234 101 Q 0.102 0.047 0.064 0.235 0.192 0.160 0.023 0.176 102 K 0.056 0.030 0.035 0.074 0.115 0.043 0.010 0.635 103 C 0.057 0.029 0.112 0.257 0.329 0.052 0.008 0.157 104 E 0.015 0.019 0.058 0.233 0.279 0.047 0.005 0.342 105 V 0.010 0.027 0.096 0.225 0.345 0.029 0.006 0.261 106 N 0.020 0.027 0.108 0.162 0.204 0.079 0.010 0.389 107 G 0.106 0.017 0.048 0.084 0.098 0.069 0.026 0.552 108 Q 0.098 0.007 0.036 0.017 0.034 0.284 0.007 0.517 109 N 0.023 0.007 0.008 0.011 0.016 0.138 0.008 0.789 110 E 0.147 0.027 0.014 0.010 0.019 0.141 0.021 0.621 111 H 0.081 0.013 0.008 0.010 0.013 0.351 0.005 0.520 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 113 V 0.011 0.172 0.011 0.059 0.159 0.209 0.002 0.377 114 F 0.070 0.482 0.014 0.029 0.078 0.062 0.007 0.258 115 A 0.018 0.838 0.004 0.017 0.027 0.014 0.002 0.080 116 Y 0.015 0.926 0.002 0.007 0.009 0.003 0.001 0.036 117 L 0.038 0.871 0.004 0.006 0.013 0.006 0.009 0.053 118 K 0.033 0.875 0.004 0.007 0.011 0.005 0.009 0.055 119 D 0.066 0.748 0.005 0.007 0.009 0.008 0.035 0.120 120 K 0.371 0.321 0.011 0.005 0.006 0.016 0.134 0.137 121 L 0.321 0.246 0.051 0.030 0.023 0.033 0.067 0.229 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 123 Y 0.028 0.008 0.053 0.044 0.060 0.074 0.007 0.727 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 125 Y 0.041 0.004 0.055 0.029 0.062 0.097 0.004 0.709 126 D 0.100 0.005 0.043 0.014 0.020 0.098 0.007 0.713 127 D 0.104 0.006 0.025 0.015 0.024 0.124 0.004 0.698 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 129 F 0.029 0.007 0.021 0.017 0.039 0.429 0.006 0.452 130 S 0.272 0.025 0.026 0.020 0.026 0.247 0.014 0.371 131 L 0.146 0.086 0.029 0.027 0.053 0.092 0.007 0.560 132 M 0.166 0.080 0.058 0.053 0.110 0.195 0.011 0.327 133 T 0.145 0.068 0.040 0.034 0.058 0.162 0.031 0.461 134 D 0.151 0.074 0.028 0.044 0.072 0.104 0.015 0.511 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 136 K 0.018 0.009 0.014 0.021 0.043 0.599 0.009 0.285 137 L 0.542 0.030 0.026 0.015 0.020 0.135 0.018 0.214 138 I 0.175 0.169 0.078 0.069 0.070 0.085 0.009 0.346 139 I 0.056 0.060 0.102 0.067 0.116 0.090 0.010 0.500 140 W 0.069 0.071 0.107 0.066 0.141 0.070 0.018 0.458 141 S 0.087 0.037 0.046 0.097 0.159 0.155 0.013 0.406 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 143 V 0.025 0.013 0.026 0.046 0.093 0.302 0.008 0.487 144 R 0.241 0.028 0.023 0.022 0.026 0.170 0.017 0.472 145 R 0.124 0.106 0.042 0.033 0.069 0.074 0.008 0.544 146 S 0.065 0.062 0.036 0.025 0.036 0.138 0.010 0.628 147 D 0.103 0.028 0.019 0.010 0.013 0.085 0.014 0.728 148 V 0.097 0.060 0.036 0.026 0.035 0.101 0.012 0.632 149 A 0.044 0.111 0.095 0.092 0.135 0.164 0.013 0.346 150 W 0.045 0.152 0.072 0.087 0.125 0.100 0.013 0.407 151 N 0.096 0.130 0.073 0.089 0.124 0.156 0.022 0.311 152 F 0.125 0.152 0.133 0.117 0.114 0.077 0.021 0.262 153 E 0.082 0.075 0.114 0.115 0.244 0.170 0.023 0.179 154 K 0.078 0.047 0.069 0.136 0.188 0.108 0.016 0.358 155 F 0.027 0.087 0.111 0.222 0.210 0.050 0.010 0.283 156 L 0.022 0.037 0.101 0.291 0.337 0.046 0.011 0.157 157 I 0.026 0.026 0.088 0.252 0.356 0.024 0.009 0.220 158 G 0.014 0.013 0.054 0.200 0.390 0.052 0.007 0.270 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 160 E 0.012 0.003 0.009 0.023 0.044 0.317 0.017 0.575 161 G 0.499 0.005 0.011 0.014 0.009 0.026 0.130 0.305 162 E 0.394 0.002 0.140 0.041 0.040 0.173 0.006 0.206 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 164 F 0.006 0.001 0.089 0.117 0.667 0.038 0.001 0.082 165 R 0.033 0.003 0.062 0.170 0.180 0.064 0.003 0.484 166 R 0.033 0.010 0.081 0.153 0.290 0.042 0.004 0.386 167 Y 0.097 0.015 0.091 0.117 0.263 0.087 0.004 0.325 168 S 0.041 0.019 0.043 0.098 0.132 0.115 0.009 0.542 169 R 0.024 0.008 0.019 0.025 0.049 0.051 0.009 0.815 170 T 0.143 0.013 0.020 0.021 0.041 0.168 0.029 0.566 171 F 0.209 0.016 0.033 0.028 0.030 0.108 0.019 0.556 172 P 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.010 0.001 0.975 173 T 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.013 0.001 0.969 174 I 0.088 0.026 0.029 0.032 0.071 0.129 0.006 0.620 175 N 0.146 0.032 0.015 0.019 0.026 0.150 0.011 0.600 176 I 0.333 0.099 0.028 0.015 0.026 0.107 0.014 0.378 177 E 0.125 0.113 0.031 0.014 0.033 0.192 0.006 0.487 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 179 D 0.011 0.133 0.003 0.004 0.011 0.185 0.003 0.651 180 I 0.124 0.500 0.005 0.002 0.006 0.032 0.010 0.320 181 K 0.014 0.884 0.003 0.001 0.004 0.010 0.002 0.082 182 R 0.018 0.923 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.048 183 L 0.042 0.907 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.039 184 L 0.035 0.918 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.031 185 K 0.074 0.765 0.010 0.004 0.005 0.008 0.024 0.110