# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.986 2 I 0.043 0.030 0.018 0.114 0.007 0.041 0.746 3 A 0.069 0.020 0.048 0.087 0.125 0.079 0.571 4 K 0.102 0.010 0.072 0.052 0.224 0.100 0.441 5 S 0.151 0.015 0.063 0.043 0.207 0.073 0.448 6 F 0.173 0.014 0.130 0.140 0.126 0.094 0.322 7 Y 0.264 0.027 0.081 0.081 0.147 0.094 0.307 8 D 0.328 0.023 0.029 0.029 0.081 0.046 0.464 9 L 0.376 0.007 0.009 0.008 0.047 0.008 0.546 10 S 0.631 0.024 0.006 0.009 0.019 0.008 0.304 11 A 0.844 0.008 0.004 0.009 0.018 0.006 0.112 12 I 0.827 0.039 0.003 0.010 0.019 0.005 0.097 13 N 0.512 0.015 0.004 0.005 0.022 0.008 0.434 14 L 0.099 0.006 0.026 0.006 0.143 0.585 0.134 15 D 0.014 0.003 0.011 0.001 0.106 0.812 0.052 16 G 0.025 0.002 0.013 0.001 0.597 0.178 0.184 17 E 0.154 0.019 0.006 0.004 0.091 0.023 0.703 18 K 0.628 0.142 0.004 0.002 0.027 0.009 0.190 19 V 0.645 0.107 0.001 0.001 0.030 0.002 0.212 20 D 0.360 0.028 0.002 0.001 0.018 0.004 0.587 21 F 0.035 0.003 0.525 0.233 0.015 0.146 0.043 22 N 0.009 0.001 0.670 0.162 0.014 0.130 0.014 23 T 0.009 0.001 0.757 0.116 0.011 0.085 0.021 24 F 0.099 0.026 0.328 0.227 0.091 0.128 0.101 25 R 0.044 0.012 0.101 0.058 0.101 0.588 0.096 26 G 0.031 0.001 0.025 0.009 0.197 0.634 0.103 27 R 0.249 0.008 0.003 0.004 0.218 0.021 0.497 28 A 0.868 0.005 0.001 0.001 0.017 0.003 0.106 29 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 30 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 31 I 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 32 E 0.953 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.033 33 N 0.834 0.003 0.002 0.013 0.026 0.009 0.112 34 V 0.659 0.006 0.016 0.050 0.049 0.032 0.187 35 A 0.475 0.017 0.056 0.084 0.125 0.088 0.155 36 S 0.240 0.017 0.098 0.156 0.100 0.154 0.236 37 L 0.116 0.019 0.125 0.165 0.229 0.227 0.119 38 C 0.062 0.014 0.095 0.122 0.195 0.282 0.229 39 G 0.022 0.007 0.060 0.054 0.181 0.457 0.218 40 T 0.025 0.022 0.050 0.059 0.247 0.168 0.429 41 T 0.038 0.027 0.016 0.056 0.302 0.061 0.499 42 T 0.018 0.012 0.059 0.408 0.112 0.147 0.245 43 R 0.013 0.008 0.072 0.498 0.113 0.162 0.133 44 D 0.013 0.011 0.070 0.548 0.066 0.104 0.188 45 F 0.003 0.003 0.042 0.874 0.017 0.024 0.037 46 T 0.001 0.001 0.026 0.924 0.009 0.029 0.010 47 Q 0.001 0.001 0.018 0.930 0.005 0.034 0.011 48 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.009 0.008 49 N 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.004 0.002 50 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.001 0.011 0.002 51 L 0.001 0.001 0.013 0.958 0.001 0.023 0.005 52 Q 0.002 0.001 0.025 0.935 0.006 0.026 0.006 53 C 0.003 0.002 0.035 0.831 0.009 0.107 0.013 54 R 0.003 0.001 0.024 0.696 0.021 0.230 0.024 55 F 0.012 0.005 0.011 0.093 0.258 0.049 0.571 56 P 0.018 0.007 0.072 0.042 0.050 0.202 0.609 57 R 0.035 0.002 0.073 0.011 0.233 0.463 0.184 58 R 0.185 0.003 0.033 0.004 0.202 0.380 0.193 59 L 0.890 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.094 60 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 61 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 63 G 0.935 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.052 64 F 0.418 0.004 0.001 0.001 0.127 0.001 0.447 65 P 0.170 0.017 0.003 0.001 0.111 0.008 0.689 66 C 0.038 0.009 0.203 0.143 0.127 0.162 0.317 67 N 0.014 0.007 0.307 0.202 0.105 0.259 0.106 68 Q 0.013 0.009 0.333 0.171 0.112 0.198 0.164 69 F 0.022 0.034 0.192 0.241 0.099 0.294 0.117 70 G 0.018 0.009 0.110 0.130 0.113 0.500 0.119 71 H 0.030 0.017 0.093 0.119 0.157 0.341 0.243 72 Q 0.043 0.071 0.084 0.099 0.213 0.144 0.346 73 E 0.036 0.028 0.042 0.036 0.186 0.160 0.512 74 N 0.014 0.013 0.036 0.034 0.124 0.517 0.262 75 C 0.007 0.008 0.012 0.032 0.269 0.223 0.450 76 Q 0.008 0.016 0.004 0.060 0.245 0.040 0.626 77 N 0.003 0.004 0.008 0.786 0.071 0.036 0.091 78 E 0.001 0.001 0.005 0.970 0.006 0.013 0.006 79 E 0.002 0.001 0.012 0.959 0.003 0.010 0.012 80 I 0.004 0.002 0.012 0.961 0.002 0.010 0.009 81 L 0.013 0.001 0.021 0.927 0.006 0.022 0.010 82 N 0.054 0.002 0.031 0.795 0.013 0.087 0.018 83 S 0.099 0.003 0.043 0.627 0.022 0.167 0.040 84 L 0.374 0.014 0.028 0.354 0.043 0.088 0.100 85 K 0.539 0.008 0.016 0.283 0.041 0.041 0.072 86 Y 0.577 0.009 0.010 0.246 0.034 0.034 0.088 87 V 0.491 0.042 0.005 0.151 0.065 0.030 0.216 88 R 0.149 0.021 0.003 0.012 0.094 0.017 0.704 89 P 0.031 0.006 0.020 0.010 0.138 0.608 0.187 90 G 0.009 0.004 0.025 0.004 0.175 0.697 0.085 91 G 0.027 0.008 0.032 0.006 0.437 0.272 0.218 92 G 0.078 0.023 0.015 0.006 0.238 0.140 0.500 93 Y 0.250 0.154 0.010 0.008 0.151 0.049 0.378 94 Q 0.310 0.051 0.009 0.007 0.096 0.040 0.488 95 P 0.277 0.023 0.018 0.011 0.125 0.111 0.435 96 T 0.375 0.041 0.017 0.012 0.123 0.096 0.335 97 F 0.355 0.022 0.015 0.009 0.202 0.018 0.381 98 T 0.354 0.018 0.012 0.004 0.072 0.033 0.507 99 L 0.560 0.026 0.053 0.011 0.105 0.092 0.152 100 V 0.625 0.011 0.047 0.014 0.086 0.032 0.185 101 Q 0.751 0.006 0.021 0.009 0.051 0.019 0.144 102 K 0.791 0.009 0.016 0.018 0.024 0.012 0.129 103 C 0.860 0.014 0.005 0.016 0.012 0.007 0.086 104 E 0.811 0.011 0.004 0.012 0.012 0.012 0.137 105 V 0.579 0.020 0.006 0.009 0.043 0.054 0.288 106 N 0.229 0.037 0.011 0.011 0.252 0.163 0.298 107 G 0.083 0.016 0.021 0.012 0.416 0.159 0.293 108 Q 0.012 0.006 0.092 0.022 0.122 0.642 0.105 109 N 0.007 0.011 0.089 0.027 0.109 0.650 0.106 110 E 0.009 0.013 0.103 0.174 0.180 0.222 0.300 111 H 0.007 0.005 0.019 0.464 0.321 0.035 0.150 112 P 0.005 0.003 0.021 0.860 0.016 0.049 0.046 113 V 0.008 0.003 0.017 0.936 0.003 0.021 0.011 114 F 0.008 0.001 0.007 0.968 0.003 0.006 0.008 115 A 0.005 0.001 0.004 0.979 0.002 0.008 0.003 116 Y 0.001 0.001 0.004 0.975 0.001 0.016 0.002 117 L 0.004 0.001 0.011 0.945 0.003 0.029 0.008 118 K 0.005 0.002 0.026 0.929 0.006 0.026 0.005 119 D 0.005 0.001 0.032 0.828 0.006 0.119 0.010 120 K 0.004 0.002 0.042 0.615 0.043 0.247 0.046 121 L 0.010 0.012 0.005 0.029 0.543 0.045 0.356 122 P 0.016 0.031 0.008 0.005 0.149 0.114 0.677 123 Y 0.026 0.046 0.010 0.002 0.257 0.064 0.595 124 P 0.030 0.017 0.017 0.004 0.206 0.191 0.534 125 Y 0.026 0.024 0.027 0.006 0.226 0.328 0.364 126 D 0.022 0.020 0.027 0.010 0.424 0.110 0.389 127 D 0.021 0.011 0.019 0.007 0.421 0.067 0.454 128 P 0.051 0.033 0.086 0.043 0.191 0.248 0.348 129 F 0.079 0.026 0.159 0.053 0.204 0.195 0.284 130 S 0.131 0.023 0.125 0.100 0.109 0.150 0.362 131 L 0.212 0.039 0.162 0.122 0.092 0.156 0.217 132 M 0.236 0.045 0.074 0.093 0.108 0.122 0.323 133 T 0.171 0.020 0.048 0.066 0.186 0.198 0.311 134 D 0.098 0.009 0.024 0.030 0.263 0.063 0.513 135 P 0.057 0.007 0.176 0.124 0.119 0.287 0.231 136 K 0.070 0.007 0.239 0.123 0.122 0.303 0.137 137 L 0.196 0.026 0.234 0.141 0.096 0.133 0.174 138 I 0.345 0.044 0.091 0.142 0.062 0.082 0.234 139 I 0.393 0.036 0.064 0.105 0.068 0.120 0.214 140 W 0.291 0.020 0.049 0.088 0.134 0.140 0.277 141 S 0.182 0.012 0.036 0.045 0.213 0.103 0.410 142 P 0.141 0.013 0.097 0.081 0.165 0.220 0.284 143 V 0.178 0.032 0.124 0.083 0.141 0.206 0.235 144 R 0.214 0.039 0.100 0.074 0.124 0.130 0.319 145 R 0.156 0.016 0.116 0.061 0.141 0.212 0.298 146 S 0.110 0.006 0.075 0.037 0.214 0.339 0.219 147 D 0.176 0.013 0.060 0.028 0.257 0.217 0.248 148 V 0.392 0.023 0.017 0.032 0.107 0.037 0.392 149 A 0.584 0.017 0.010 0.020 0.047 0.030 0.292 150 W 0.769 0.018 0.007 0.013 0.029 0.013 0.151 151 N 0.774 0.009 0.005 0.011 0.038 0.014 0.148 152 F 0.821 0.005 0.007 0.007 0.045 0.016 0.099 153 E 0.827 0.003 0.005 0.009 0.035 0.018 0.103 154 K 0.873 0.003 0.008 0.015 0.023 0.011 0.067 155 F 0.922 0.002 0.002 0.012 0.012 0.006 0.043 156 L 0.936 0.005 0.001 0.007 0.010 0.006 0.036 157 I 0.836 0.093 0.001 0.004 0.011 0.006 0.049 158 G 0.173 0.005 0.001 0.001 0.044 0.009 0.768 159 P 0.004 0.001 0.006 0.001 0.042 0.934 0.012 160 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.043 0.939 0.008 161 G 0.038 0.004 0.015 0.006 0.523 0.210 0.204 162 E 0.330 0.058 0.003 0.012 0.056 0.019 0.522 163 P 0.851 0.068 0.001 0.005 0.014 0.003 0.058 164 F 0.896 0.006 0.002 0.010 0.009 0.002 0.074 165 R 0.901 0.003 0.007 0.011 0.018 0.006 0.054 166 R 0.861 0.006 0.008 0.010 0.030 0.010 0.076 167 Y 0.711 0.029 0.012 0.015 0.054 0.022 0.156 168 S 0.350 0.018 0.020 0.007 0.103 0.044 0.458 169 R 0.076 0.007 0.041 0.008 0.178 0.480 0.209 170 T 0.030 0.014 0.042 0.004 0.266 0.487 0.157 171 F 0.031 0.024 0.003 0.001 0.585 0.007 0.350 172 P 0.033 0.052 0.003 0.001 0.023 0.007 0.880 173 T 0.038 0.048 0.357 0.085 0.029 0.054 0.388 174 I 0.016 0.008 0.541 0.159 0.083 0.092 0.100 175 N 0.017 0.013 0.476 0.268 0.046 0.114 0.066 176 I 0.017 0.007 0.139 0.706 0.017 0.035 0.079 177 E 0.006 0.001 0.105 0.818 0.007 0.012 0.050 178 P 0.006 0.001 0.065 0.885 0.011 0.014 0.017 179 D 0.007 0.003 0.057 0.885 0.007 0.022 0.019 180 I 0.002 0.001 0.037 0.939 0.001 0.016 0.005 181 K 0.001 0.001 0.044 0.936 0.002 0.015 0.002 182 R 0.001 0.001 0.049 0.901 0.002 0.042 0.004 183 L 0.002 0.001 0.047 0.773 0.010 0.143 0.025 184 L 0.003 0.014 0.031 0.633 0.016 0.143 0.159 185 K 0.001 0.001 0.013 0.060 0.011 0.036 0.878