# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 42.6718 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.765 0.160 0.049 0.018 0.006 0.001 0.001 2 I 0.493 0.208 0.143 0.095 0.045 0.015 0.001 3 A 0.468 0.227 0.147 0.096 0.046 0.015 0.002 4 K 0.508 0.286 0.123 0.056 0.020 0.007 0.002 5 S 0.306 0.292 0.207 0.118 0.053 0.022 0.003 6 F 0.118 0.131 0.188 0.235 0.202 0.112 0.014 7 Y 0.150 0.193 0.221 0.206 0.142 0.077 0.012 8 D 0.202 0.332 0.257 0.146 0.048 0.014 0.002 9 L 0.062 0.071 0.103 0.231 0.316 0.194 0.023 10 S 0.146 0.272 0.263 0.203 0.090 0.024 0.002 11 A 0.068 0.086 0.138 0.277 0.299 0.125 0.007 12 I 0.113 0.245 0.309 0.243 0.078 0.012 0.001 13 N 0.219 0.409 0.247 0.100 0.022 0.003 0.001 14 L 0.163 0.205 0.261 0.235 0.109 0.027 0.001 15 D 0.704 0.218 0.052 0.019 0.005 0.001 0.001 16 G 0.626 0.236 0.093 0.036 0.008 0.001 0.001 17 E 0.651 0.261 0.067 0.019 0.003 0.001 0.001 18 K 0.422 0.402 0.140 0.032 0.004 0.001 0.001 19 V 0.059 0.116 0.273 0.350 0.175 0.026 0.001 20 D 0.134 0.434 0.307 0.105 0.018 0.002 0.001 21 F 0.023 0.064 0.174 0.372 0.303 0.063 0.001 22 N 0.279 0.433 0.196 0.075 0.015 0.002 0.001 23 T 0.306 0.433 0.192 0.059 0.009 0.001 0.001 24 F 0.066 0.115 0.213 0.345 0.222 0.040 0.001 25 R 0.375 0.381 0.164 0.065 0.014 0.002 0.001 26 G 0.168 0.274 0.252 0.200 0.083 0.022 0.001 27 R 0.041 0.178 0.290 0.305 0.146 0.039 0.002 28 A 0.005 0.022 0.067 0.179 0.372 0.310 0.044 29 V 0.005 0.014 0.035 0.088 0.221 0.459 0.178 30 L 0.003 0.009 0.029 0.070 0.148 0.398 0.342 31 I 0.005 0.008 0.016 0.048 0.111 0.325 0.486 32 E 0.016 0.033 0.043 0.079 0.169 0.336 0.324 33 N 0.024 0.037 0.053 0.104 0.173 0.313 0.296 34 V 0.023 0.046 0.081 0.137 0.181 0.304 0.229 35 A 0.058 0.074 0.108 0.170 0.190 0.246 0.154 36 S 0.150 0.155 0.123 0.137 0.160 0.181 0.093 37 L 0.210 0.183 0.188 0.193 0.129 0.076 0.021 38 C 0.239 0.190 0.164 0.156 0.126 0.094 0.031 39 G 0.396 0.238 0.133 0.109 0.069 0.043 0.012 40 T 0.312 0.203 0.165 0.151 0.100 0.056 0.013 41 T 0.204 0.173 0.177 0.196 0.150 0.086 0.015 42 T 0.312 0.295 0.198 0.119 0.052 0.020 0.003 43 R 0.334 0.282 0.173 0.120 0.062 0.024 0.004 44 D 0.155 0.280 0.249 0.187 0.089 0.037 0.003 45 F 0.069 0.153 0.276 0.315 0.150 0.035 0.001 46 T 0.381 0.446 0.133 0.031 0.007 0.001 0.001 47 Q 0.057 0.287 0.370 0.226 0.053 0.007 0.001 48 L 0.003 0.007 0.027 0.177 0.507 0.269 0.009 49 N 0.053 0.353 0.393 0.171 0.027 0.003 0.001 50 E 0.130 0.547 0.255 0.059 0.007 0.001 0.001 51 L 0.004 0.015 0.062 0.297 0.456 0.163 0.002 52 Q 0.015 0.076 0.250 0.420 0.208 0.030 0.001 53 C 0.376 0.524 0.088 0.011 0.001 0.001 0.001 54 R 0.236 0.398 0.249 0.100 0.015 0.001 0.001 55 F 0.041 0.128 0.267 0.360 0.176 0.028 0.001 56 P 0.588 0.301 0.080 0.024 0.006 0.001 0.001 57 R 0.378 0.398 0.157 0.057 0.009 0.001 0.001 58 R 0.085 0.373 0.367 0.147 0.025 0.002 0.001 59 L 0.002 0.012 0.044 0.183 0.466 0.283 0.011 60 V 0.001 0.011 0.072 0.273 0.409 0.207 0.026 61 V 0.001 0.001 0.005 0.019 0.102 0.531 0.341 62 L 0.001 0.002 0.006 0.017 0.059 0.338 0.578 63 G 0.001 0.003 0.008 0.023 0.075 0.289 0.600 64 F 0.001 0.003 0.007 0.024 0.080 0.274 0.611 65 P 0.002 0.007 0.016 0.050 0.136 0.378 0.410 66 C 0.004 0.015 0.036 0.100 0.225 0.411 0.210 67 N 0.024 0.085 0.143 0.245 0.257 0.191 0.054 68 Q 0.038 0.095 0.175 0.244 0.229 0.177 0.042 69 F 0.052 0.063 0.094 0.162 0.245 0.304 0.080 70 G 0.161 0.187 0.212 0.226 0.152 0.056 0.006 71 H 0.255 0.327 0.217 0.128 0.055 0.016 0.002 72 Q 0.139 0.195 0.223 0.240 0.147 0.051 0.005 73 E 0.210 0.216 0.216 0.200 0.113 0.041 0.003 74 N 0.483 0.285 0.139 0.067 0.020 0.005 0.001 75 C 0.553 0.225 0.117 0.067 0.028 0.009 0.001 76 Q 0.620 0.257 0.080 0.032 0.009 0.002 0.001 77 N 0.466 0.320 0.150 0.052 0.011 0.002 0.001 78 E 0.688 0.230 0.061 0.016 0.005 0.001 0.001 79 E 0.161 0.370 0.311 0.129 0.028 0.002 0.001 80 I 0.017 0.039 0.106 0.320 0.400 0.113 0.004 81 L 0.027 0.191 0.383 0.300 0.089 0.010 0.001 82 N 0.203 0.504 0.213 0.061 0.015 0.004 0.001 83 S 0.010 0.053 0.209 0.401 0.260 0.064 0.003 84 L 0.004 0.011 0.036 0.166 0.433 0.324 0.027 85 K 0.056 0.295 0.323 0.212 0.086 0.025 0.002 86 Y 0.098 0.207 0.221 0.247 0.154 0.067 0.006 87 V 0.041 0.108 0.210 0.300 0.229 0.104 0.008 88 R 0.122 0.200 0.285 0.254 0.111 0.026 0.002 89 P 0.437 0.324 0.137 0.071 0.026 0.006 0.001 90 G 0.628 0.251 0.080 0.032 0.008 0.001 0.001 91 G 0.519 0.288 0.130 0.051 0.010 0.001 0.001 92 G 0.535 0.315 0.105 0.036 0.008 0.001 0.001 93 Y 0.051 0.131 0.254 0.347 0.188 0.028 0.001 94 Q 0.251 0.430 0.223 0.078 0.016 0.002 0.001 95 P 0.003 0.018 0.075 0.265 0.405 0.224 0.009 96 T 0.030 0.168 0.320 0.309 0.132 0.037 0.003 97 F 0.005 0.024 0.062 0.143 0.307 0.391 0.069 98 T 0.017 0.084 0.178 0.299 0.239 0.155 0.029 99 L 0.004 0.018 0.052 0.125 0.270 0.420 0.111 100 V 0.006 0.023 0.051 0.140 0.276 0.398 0.107 101 Q 0.025 0.132 0.197 0.257 0.226 0.137 0.026 102 K 0.020 0.077 0.170 0.269 0.260 0.176 0.029 103 C 0.027 0.067 0.120 0.231 0.304 0.223 0.028 104 E 0.080 0.267 0.323 0.219 0.083 0.026 0.002 105 V 0.032 0.056 0.115 0.268 0.348 0.168 0.014 106 N 0.257 0.385 0.211 0.107 0.032 0.007 0.001 107 G 0.298 0.272 0.196 0.153 0.063 0.017 0.001 108 Q 0.519 0.299 0.115 0.049 0.014 0.003 0.001 109 N 0.253 0.317 0.235 0.140 0.044 0.010 0.001 110 E 0.085 0.162 0.231 0.244 0.178 0.091 0.009 111 H 0.049 0.149 0.252 0.282 0.193 0.069 0.006 112 P 0.034 0.138 0.238 0.272 0.206 0.098 0.014 113 V 0.004 0.013 0.024 0.078 0.258 0.518 0.106 114 F 0.003 0.017 0.069 0.223 0.374 0.283 0.033 115 A 0.042 0.269 0.300 0.216 0.113 0.056 0.006 116 Y 0.005 0.036 0.175 0.390 0.289 0.100 0.006 117 L 0.002 0.007 0.019 0.112 0.410 0.422 0.028 118 K 0.032 0.184 0.326 0.311 0.126 0.020 0.001 119 D 0.404 0.425 0.127 0.036 0.007 0.001 0.001 120 K 0.185 0.361 0.276 0.137 0.034 0.006 0.001 121 L 0.077 0.150 0.268 0.311 0.157 0.036 0.001 122 P 0.304 0.352 0.189 0.101 0.043 0.010 0.001 123 Y 0.167 0.201 0.211 0.219 0.144 0.054 0.005 124 P 0.192 0.234 0.226 0.190 0.110 0.043 0.005 125 Y 0.202 0.197 0.206 0.200 0.131 0.057 0.008 126 D 0.328 0.247 0.174 0.126 0.076 0.041 0.008 127 D 0.303 0.239 0.189 0.145 0.084 0.034 0.006 128 P 0.260 0.252 0.192 0.152 0.092 0.045 0.009 129 F 0.138 0.147 0.169 0.210 0.192 0.118 0.025 130 S 0.217 0.212 0.193 0.172 0.118 0.070 0.018 131 L 0.187 0.173 0.178 0.198 0.155 0.089 0.019 132 M 0.172 0.147 0.155 0.190 0.176 0.131 0.029 133 T 0.248 0.201 0.169 0.158 0.120 0.079 0.024 134 D 0.259 0.231 0.182 0.155 0.100 0.058 0.015 135 P 0.233 0.205 0.164 0.163 0.129 0.082 0.025 136 K 0.228 0.215 0.182 0.161 0.113 0.075 0.027 137 L 0.109 0.137 0.174 0.207 0.188 0.147 0.038 138 I 0.075 0.092 0.128 0.191 0.224 0.224 0.066 139 I 0.094 0.129 0.156 0.194 0.197 0.176 0.054 140 W 0.136 0.146 0.165 0.207 0.187 0.130 0.031 141 S 0.235 0.205 0.166 0.168 0.125 0.079 0.020 142 P 0.294 0.221 0.161 0.142 0.099 0.067 0.016 143 V 0.196 0.179 0.173 0.189 0.149 0.095 0.018 144 R 0.254 0.251 0.192 0.165 0.094 0.040 0.005 145 R 0.189 0.222 0.217 0.203 0.118 0.045 0.006 146 S 0.457 0.263 0.136 0.082 0.039 0.017 0.006 147 D 0.126 0.217 0.238 0.211 0.125 0.070 0.013 148 V 0.018 0.030 0.058 0.153 0.291 0.353 0.097 149 A 0.040 0.106 0.156 0.214 0.221 0.190 0.073 150 W 0.022 0.047 0.067 0.109 0.189 0.352 0.214 151 N 0.009 0.019 0.044 0.107 0.196 0.359 0.265 152 F 0.003 0.007 0.017 0.054 0.159 0.424 0.336 153 E 0.008 0.033 0.088 0.189 0.238 0.288 0.157 154 K 0.003 0.013 0.027 0.072 0.178 0.452 0.253 155 F 0.002 0.008 0.023 0.071 0.173 0.454 0.268 156 L 0.008 0.018 0.038 0.098 0.226 0.450 0.161 157 I 0.020 0.054 0.103 0.218 0.304 0.255 0.046 158 G 0.088 0.205 0.250 0.272 0.148 0.034 0.002 159 P 0.290 0.340 0.221 0.114 0.030 0.004 0.001 160 E 0.742 0.212 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 161 G 0.319 0.244 0.203 0.158 0.063 0.013 0.001 162 E 0.308 0.353 0.209 0.096 0.028 0.005 0.001 163 P 0.071 0.144 0.200 0.272 0.226 0.083 0.005 164 F 0.037 0.100 0.184 0.284 0.259 0.123 0.013 165 R 0.143 0.278 0.252 0.182 0.096 0.041 0.007 166 R 0.091 0.159 0.232 0.262 0.170 0.075 0.011 167 Y 0.084 0.117 0.161 0.245 0.236 0.139 0.018 168 S 0.208 0.255 0.210 0.174 0.098 0.047 0.008 169 R 0.330 0.293 0.182 0.122 0.052 0.018 0.003 170 T 0.298 0.315 0.201 0.127 0.046 0.013 0.001 171 F 0.197 0.217 0.217 0.193 0.116 0.052 0.008 172 P 0.307 0.347 0.197 0.102 0.036 0.010 0.001 173 T 0.101 0.190 0.252 0.254 0.152 0.048 0.003 174 I 0.451 0.318 0.142 0.063 0.020 0.005 0.001 175 N 0.197 0.444 0.253 0.085 0.017 0.003 0.001 176 I 0.027 0.037 0.091 0.316 0.400 0.127 0.003 177 E 0.050 0.253 0.382 0.234 0.068 0.012 0.001 178 P 0.469 0.396 0.104 0.024 0.005 0.001 0.001 179 D 0.096 0.232 0.349 0.252 0.063 0.007 0.001 180 I 0.027 0.020 0.044 0.214 0.461 0.227 0.005 181 K 0.185 0.360 0.310 0.121 0.022 0.003 0.001 182 R 0.533 0.376 0.071 0.016 0.002 0.001 0.001 183 L 0.200 0.161 0.237 0.270 0.110 0.021 0.001 184 L 0.210 0.130 0.189 0.262 0.168 0.040 0.001 185 K 0.728 0.208 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001