# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.105 0.028 0.014 0.039 0.047 0.075 0.009 0.010 0.067 0.480 2 I 0.180 0.095 0.004 0.010 0.025 0.035 0.080 0.014 0.003 0.055 0.499 3 A 0.170 0.056 0.005 0.013 0.013 0.022 0.073 0.006 0.002 0.042 0.598 4 K 0.041 0.010 0.006 0.020 0.018 0.042 0.112 0.003 0.002 0.043 0.702 5 S 0.024 0.008 0.001 0.018 0.068 0.129 0.105 0.006 0.001 0.052 0.589 6 F 0.036 0.006 0.002 0.038 0.039 0.062 0.114 0.002 0.001 0.063 0.637 7 Y 0.006 0.007 0.001 0.084 0.158 0.240 0.111 0.003 0.001 0.062 0.328 8 D 0.018 0.005 0.001 0.066 0.081 0.203 0.090 0.002 0.001 0.083 0.450 9 L 0.008 0.005 0.001 0.071 0.170 0.228 0.070 0.003 0.001 0.045 0.400 10 S 0.010 0.004 0.001 0.089 0.165 0.406 0.045 0.001 0.001 0.068 0.212 11 A 0.010 0.003 0.001 0.051 0.200 0.316 0.047 0.001 0.001 0.056 0.314 12 I 0.002 0.001 0.003 0.061 0.241 0.310 0.072 0.001 0.003 0.031 0.275 13 N 0.475 0.008 0.006 0.011 0.052 0.070 0.038 0.008 0.007 0.039 0.287 14 L 0.510 0.001 0.002 0.005 0.007 0.009 0.037 0.005 0.001 0.054 0.368 15 D 0.008 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.067 0.002 0.001 0.011 0.893 16 G 0.014 0.003 0.001 0.015 0.013 0.028 0.111 0.001 0.001 0.015 0.799 17 E 0.001 0.002 0.001 0.027 0.461 0.290 0.046 0.001 0.001 0.022 0.150 18 K 0.004 0.002 0.001 0.044 0.126 0.226 0.050 0.001 0.001 0.072 0.474 19 V 0.002 0.004 0.001 0.095 0.405 0.196 0.034 0.001 0.001 0.035 0.227 20 D 0.021 0.028 0.002 0.072 0.165 0.299 0.058 0.004 0.001 0.083 0.267 21 F 0.076 0.026 0.006 0.066 0.136 0.176 0.045 0.005 0.003 0.108 0.352 22 N 0.050 0.008 0.006 0.046 0.145 0.180 0.076 0.005 0.006 0.073 0.404 23 T 0.178 0.006 0.003 0.020 0.069 0.123 0.093 0.007 0.003 0.058 0.441 24 F 0.245 0.002 0.002 0.024 0.043 0.037 0.084 0.005 0.002 0.041 0.515 25 R 0.013 0.001 0.001 0.051 0.024 0.033 0.138 0.001 0.001 0.010 0.727 26 G 0.002 0.002 0.001 0.045 0.021 0.036 0.105 0.001 0.001 0.017 0.769 27 R 0.002 0.003 0.001 0.370 0.177 0.068 0.074 0.001 0.001 0.070 0.233 28 A 0.001 0.002 0.001 0.593 0.070 0.090 0.028 0.001 0.001 0.041 0.175 29 V 0.001 0.001 0.001 0.758 0.082 0.055 0.009 0.001 0.001 0.041 0.054 30 L 0.001 0.001 0.001 0.883 0.038 0.028 0.007 0.001 0.001 0.015 0.029 31 I 0.004 0.004 0.001 0.706 0.075 0.109 0.015 0.001 0.001 0.036 0.049 32 E 0.047 0.004 0.001 0.564 0.034 0.064 0.052 0.002 0.001 0.072 0.158 33 N 0.027 0.012 0.003 0.338 0.035 0.095 0.111 0.005 0.003 0.145 0.227 34 V 0.122 0.020 0.004 0.125 0.041 0.097 0.157 0.004 0.004 0.109 0.317 35 A 0.044 0.009 0.007 0.125 0.094 0.119 0.146 0.005 0.004 0.069 0.379 36 S 0.065 0.006 0.002 0.037 0.044 0.075 0.147 0.005 0.001 0.076 0.543 37 L 0.074 0.008 0.002 0.045 0.028 0.061 0.122 0.007 0.001 0.112 0.540 38 C 0.040 0.004 0.001 0.019 0.017 0.035 0.170 0.002 0.001 0.052 0.658 39 G 0.027 0.007 0.001 0.027 0.040 0.078 0.196 0.004 0.001 0.062 0.557 40 T 0.049 0.015 0.001 0.019 0.016 0.023 0.141 0.003 0.001 0.049 0.684 41 T 0.131 0.048 0.001 0.014 0.014 0.025 0.135 0.029 0.001 0.077 0.526 42 T 0.146 0.045 0.002 0.012 0.003 0.005 0.098 0.002 0.001 0.296 0.390 43 R 0.008 0.118 0.003 0.015 0.009 0.015 0.112 0.005 0.001 0.193 0.521 44 D 0.068 0.737 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.009 0.001 0.027 0.133 45 F 0.036 0.322 0.007 0.007 0.003 0.002 0.023 0.007 0.001 0.452 0.140 46 T 0.011 0.821 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.004 0.001 0.051 0.089 47 Q 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.003 0.025 48 L 0.018 0.900 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.002 0.014 0.032 49 N 0.051 0.799 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.001 0.039 0.086 50 E 0.042 0.348 0.120 0.004 0.001 0.002 0.046 0.020 0.051 0.202 0.164 51 L 0.329 0.170 0.034 0.006 0.002 0.003 0.072 0.070 0.014 0.121 0.178 52 Q 0.156 0.017 0.003 0.009 0.002 0.005 0.088 0.003 0.003 0.076 0.638 53 C 0.015 0.003 0.001 0.008 0.003 0.006 0.120 0.001 0.001 0.023 0.820 54 R 0.016 0.002 0.004 0.020 0.003 0.007 0.121 0.002 0.002 0.046 0.777 55 F 0.259 0.002 0.001 0.010 0.010 0.013 0.150 0.029 0.001 0.110 0.414 56 P 0.097 0.002 0.001 0.021 0.001 0.003 0.095 0.001 0.001 0.028 0.750 57 R 0.006 0.001 0.001 0.049 0.010 0.022 0.120 0.001 0.001 0.022 0.768 58 R 0.004 0.002 0.001 0.291 0.051 0.079 0.099 0.001 0.001 0.049 0.423 59 L 0.001 0.001 0.001 0.593 0.065 0.066 0.041 0.001 0.001 0.040 0.191 60 V 0.001 0.001 0.001 0.724 0.099 0.090 0.009 0.001 0.001 0.032 0.044 61 V 0.005 0.001 0.001 0.526 0.098 0.090 0.027 0.001 0.001 0.035 0.217 62 L 0.001 0.001 0.001 0.530 0.101 0.121 0.036 0.001 0.001 0.012 0.198 63 G 0.010 0.002 0.001 0.230 0.070 0.135 0.072 0.001 0.001 0.049 0.431 64 F 0.011 0.008 0.002 0.141 0.130 0.137 0.121 0.005 0.003 0.055 0.387 65 P 0.382 0.115 0.010 0.025 0.023 0.032 0.066 0.011 0.011 0.046 0.278 66 C 0.378 0.065 0.012 0.013 0.020 0.024 0.058 0.015 0.005 0.070 0.340 67 N 0.072 0.028 0.002 0.008 0.020 0.040 0.090 0.006 0.001 0.032 0.702 68 Q 0.112 0.043 0.009 0.020 0.015 0.040 0.084 0.007 0.002 0.055 0.613 69 F 0.103 0.024 0.001 0.014 0.048 0.048 0.094 0.008 0.001 0.052 0.607 70 G 0.029 0.012 0.001 0.008 0.053 0.089 0.086 0.001 0.001 0.023 0.698 71 H 0.005 0.012 0.004 0.020 0.046 0.078 0.136 0.003 0.002 0.023 0.671 72 Q 0.237 0.045 0.003 0.014 0.045 0.053 0.087 0.027 0.002 0.057 0.430 73 E 0.320 0.022 0.001 0.010 0.015 0.017 0.079 0.013 0.001 0.063 0.462 74 N 0.010 0.003 0.001 0.011 0.005 0.010 0.093 0.001 0.001 0.011 0.857 75 C 0.001 0.007 0.001 0.039 0.008 0.015 0.101 0.001 0.001 0.017 0.812 76 Q 0.008 0.459 0.001 0.010 0.017 0.007 0.062 0.009 0.001 0.018 0.409 77 N 0.106 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.004 0.014 78 E 0.035 0.226 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.643 0.077 79 E 0.012 0.110 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 0.001 0.771 0.076 80 I 0.077 0.743 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.001 0.074 0.065 81 L 0.059 0.655 0.020 0.003 0.001 0.002 0.018 0.014 0.008 0.047 0.172 82 N 0.074 0.538 0.003 0.003 0.002 0.005 0.042 0.003 0.002 0.029 0.299 83 S 0.072 0.443 0.011 0.006 0.002 0.009 0.052 0.020 0.005 0.095 0.285 84 L 0.158 0.231 0.020 0.015 0.005 0.011 0.100 0.034 0.007 0.167 0.253 85 K 0.110 0.053 0.002 0.033 0.006 0.021 0.119 0.002 0.001 0.121 0.532 86 Y 0.008 0.009 0.003 0.049 0.008 0.021 0.164 0.001 0.001 0.071 0.664 87 V 0.041 0.005 0.015 0.096 0.023 0.043 0.166 0.005 0.006 0.175 0.426 88 R 0.187 0.003 0.010 0.049 0.013 0.028 0.100 0.009 0.007 0.157 0.440 89 P 0.179 0.001 0.001 0.006 0.002 0.005 0.059 0.003 0.001 0.032 0.710 90 G 0.060 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.064 0.002 0.001 0.022 0.841 91 G 0.011 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.088 0.002 0.001 0.016 0.867 92 G 0.008 0.001 0.001 0.018 0.022 0.034 0.120 0.002 0.001 0.019 0.776 93 Y 0.008 0.001 0.001 0.030 0.053 0.045 0.059 0.001 0.001 0.023 0.781 94 Q 0.007 0.001 0.001 0.042 0.068 0.054 0.087 0.001 0.001 0.017 0.723 95 P 0.002 0.001 0.001 0.034 0.052 0.033 0.065 0.001 0.001 0.005 0.808 96 T 0.015 0.002 0.001 0.073 0.063 0.052 0.096 0.004 0.001 0.012 0.683 97 F 0.018 0.001 0.001 0.043 0.060 0.069 0.110 0.021 0.001 0.024 0.653 98 T 0.040 0.006 0.005 0.197 0.058 0.095 0.088 0.002 0.003 0.036 0.470 99 L 0.044 0.004 0.002 0.140 0.095 0.250 0.063 0.005 0.001 0.034 0.360 100 V 0.043 0.004 0.002 0.113 0.107 0.144 0.072 0.001 0.001 0.033 0.480 101 Q 0.003 0.001 0.001 0.177 0.181 0.294 0.054 0.001 0.001 0.020 0.268 102 K 0.004 0.001 0.001 0.087 0.140 0.227 0.067 0.001 0.001 0.042 0.431 103 C 0.003 0.001 0.001 0.155 0.277 0.154 0.057 0.001 0.001 0.025 0.328 104 E 0.024 0.001 0.001 0.148 0.118 0.136 0.085 0.001 0.001 0.052 0.434 105 V 0.017 0.001 0.001 0.038 0.051 0.046 0.102 0.004 0.001 0.030 0.711 106 N 0.028 0.002 0.001 0.037 0.020 0.027 0.136 0.006 0.001 0.030 0.714 107 G 0.090 0.019 0.001 0.038 0.007 0.018 0.139 0.009 0.001 0.055 0.624 108 Q 0.128 0.032 0.002 0.043 0.009 0.014 0.122 0.003 0.001 0.168 0.479 109 N 0.015 0.221 0.003 0.027 0.021 0.027 0.095 0.004 0.001 0.114 0.473 110 E 0.014 0.759 0.001 0.003 0.005 0.007 0.021 0.003 0.001 0.023 0.163 111 H 0.011 0.873 0.002 0.005 0.007 0.005 0.010 0.003 0.001 0.027 0.057 112 P 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 0.020 113 V 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 114 F 0.019 0.917 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.001 0.021 0.023 115 A 0.020 0.724 0.008 0.004 0.003 0.004 0.017 0.003 0.004 0.146 0.066 116 Y 0.071 0.217 0.135 0.011 0.004 0.006 0.066 0.019 0.044 0.262 0.164 117 L 0.326 0.059 0.055 0.021 0.005 0.010 0.062 0.040 0.021 0.187 0.215 118 K 0.115 0.006 0.003 0.016 0.004 0.014 0.082 0.002 0.003 0.052 0.703 119 D 0.011 0.001 0.001 0.014 0.004 0.012 0.070 0.001 0.001 0.017 0.869 120 K 0.025 0.001 0.001 0.009 0.004 0.008 0.085 0.001 0.001 0.022 0.845 121 L 0.024 0.001 0.001 0.006 0.017 0.017 0.133 0.009 0.001 0.041 0.752 122 P 0.023 0.001 0.001 0.008 0.002 0.004 0.098 0.001 0.001 0.012 0.850 123 Y 0.040 0.001 0.001 0.017 0.011 0.025 0.153 0.020 0.001 0.038 0.693 124 P 0.234 0.011 0.001 0.021 0.005 0.008 0.098 0.001 0.001 0.043 0.579 125 Y 0.013 0.005 0.001 0.029 0.011 0.028 0.147 0.002 0.001 0.029 0.734 126 D 0.048 0.032 0.001 0.022 0.010 0.014 0.113 0.002 0.001 0.035 0.722 127 D 0.206 0.117 0.002 0.021 0.029 0.031 0.123 0.020 0.001 0.094 0.356 128 P 0.095 0.138 0.003 0.018 0.013 0.023 0.124 0.006 0.001 0.058 0.520 129 F 0.128 0.050 0.006 0.024 0.035 0.070 0.111 0.010 0.002 0.070 0.495 130 S 0.093 0.054 0.001 0.025 0.038 0.081 0.131 0.012 0.001 0.079 0.484 131 L 0.099 0.017 0.001 0.026 0.032 0.067 0.103 0.002 0.001 0.050 0.602 132 M 0.007 0.015 0.004 0.037 0.070 0.102 0.144 0.001 0.002 0.025 0.595 133 T 0.013 0.016 0.003 0.011 0.034 0.046 0.101 0.004 0.002 0.014 0.756 134 D 0.693 0.090 0.002 0.004 0.011 0.009 0.026 0.035 0.002 0.043 0.086 135 P 0.249 0.090 0.004 0.009 0.004 0.007 0.073 0.007 0.001 0.048 0.508 136 K 0.048 0.087 0.005 0.028 0.018 0.071 0.103 0.005 0.001 0.024 0.609 137 L 0.056 0.035 0.002 0.043 0.102 0.163 0.095 0.007 0.001 0.045 0.451 138 I 0.053 0.009 0.001 0.038 0.137 0.107 0.090 0.002 0.001 0.040 0.523 139 I 0.008 0.010 0.001 0.045 0.126 0.143 0.106 0.001 0.001 0.017 0.543 140 W 0.019 0.031 0.001 0.017 0.050 0.070 0.096 0.005 0.001 0.017 0.692 141 S 0.197 0.144 0.006 0.016 0.055 0.054 0.091 0.042 0.004 0.090 0.299 142 P 0.179 0.044 0.014 0.012 0.014 0.023 0.066 0.006 0.006 0.066 0.569 143 V 0.116 0.039 0.007 0.019 0.021 0.044 0.076 0.006 0.003 0.056 0.614 144 R 0.291 0.045 0.003 0.013 0.021 0.024 0.065 0.007 0.001 0.051 0.479 145 R 0.071 0.043 0.003 0.025 0.013 0.021 0.112 0.005 0.001 0.028 0.678 146 S 0.021 0.018 0.001 0.020 0.053 0.060 0.102 0.006 0.001 0.027 0.692 147 D 0.032 0.024 0.002 0.068 0.068 0.087 0.130 0.004 0.001 0.057 0.529 148 V 0.021 0.024 0.003 0.111 0.084 0.105 0.111 0.004 0.001 0.060 0.477 149 A 0.086 0.011 0.005 0.124 0.095 0.114 0.091 0.004 0.002 0.100 0.368 150 W 0.032 0.007 0.002 0.156 0.053 0.077 0.105 0.005 0.001 0.051 0.512 151 N 0.087 0.018 0.003 0.185 0.043 0.079 0.124 0.005 0.002 0.060 0.395 152 F 0.034 0.008 0.003 0.173 0.044 0.090 0.134 0.008 0.001 0.055 0.451 153 E 0.026 0.006 0.001 0.072 0.069 0.098 0.111 0.004 0.001 0.060 0.552 154 K 0.014 0.009 0.001 0.190 0.130 0.231 0.079 0.004 0.001 0.044 0.298 155 F 0.009 0.002 0.001 0.171 0.074 0.183 0.082 0.001 0.001 0.056 0.422 156 L 0.003 0.003 0.002 0.176 0.277 0.303 0.053 0.001 0.001 0.039 0.144 157 I 0.015 0.002 0.009 0.148 0.067 0.154 0.084 0.002 0.008 0.039 0.471 158 G 0.766 0.007 0.002 0.013 0.011 0.019 0.023 0.022 0.002 0.051 0.082 159 P 0.290 0.002 0.002 0.008 0.001 0.004 0.061 0.001 0.001 0.036 0.593 160 E 0.002 0.001 0.001 0.015 0.017 0.071 0.109 0.001 0.001 0.010 0.773 161 G 0.004 0.002 0.001 0.016 0.155 0.230 0.090 0.001 0.001 0.038 0.465 162 E 0.003 0.001 0.001 0.023 0.468 0.190 0.042 0.001 0.001 0.039 0.232 163 P 0.003 0.003 0.001 0.038 0.201 0.361 0.039 0.001 0.001 0.028 0.325 164 F 0.009 0.002 0.001 0.026 0.281 0.390 0.023 0.001 0.001 0.042 0.225 165 R 0.010 0.002 0.001 0.072 0.220 0.312 0.037 0.001 0.001 0.068 0.276 166 R 0.012 0.001 0.002 0.057 0.197 0.282 0.054 0.002 0.001 0.065 0.328 167 Y 0.037 0.001 0.001 0.075 0.121 0.190 0.071 0.005 0.001 0.057 0.441 168 S 0.091 0.001 0.001 0.043 0.042 0.051 0.088 0.002 0.001 0.044 0.636 169 R 0.013 0.001 0.001 0.022 0.065 0.068 0.092 0.001 0.001 0.023 0.717 170 T 0.002 0.001 0.001 0.010 0.021 0.031 0.096 0.001 0.001 0.009 0.830 171 F 0.024 0.001 0.001 0.012 0.044 0.029 0.139 0.011 0.001 0.026 0.713 172 P 0.268 0.016 0.001 0.020 0.011 0.010 0.109 0.020 0.001 0.058 0.486 173 T 0.171 0.016 0.001 0.010 0.004 0.008 0.092 0.006 0.001 0.027 0.666 174 I 0.057 0.006 0.001 0.020 0.010 0.022 0.134 0.002 0.001 0.034 0.714 175 N 0.008 0.029 0.001 0.044 0.017 0.029 0.166 0.001 0.001 0.056 0.649 176 I 0.017 0.495 0.002 0.016 0.015 0.012 0.056 0.005 0.001 0.023 0.359 177 E 0.065 0.830 0.001 0.002 0.003 0.002 0.011 0.015 0.001 0.008 0.063 178 P 0.017 0.792 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.041 0.120 179 D 0.015 0.896 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.027 0.039 180 I 0.081 0.830 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.001 0.013 0.033 181 K 0.082 0.534 0.022 0.004 0.003 0.004 0.030 0.016 0.016 0.097 0.193 182 R 0.133 0.179 0.020 0.008 0.003 0.006 0.080 0.005 0.009 0.110 0.446 183 L 0.103 0.108 0.018 0.013 0.004 0.009 0.102 0.015 0.009 0.107 0.511 184 L 0.204 0.056 0.013 0.010 0.004 0.008 0.106 0.010 0.007 0.061 0.523 185 K 0.077 0.028 0.003 0.013 0.004 0.009 0.088 0.003 0.002 0.025 0.749