# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.270 0.159 0.073 0.111 0.079 0.069 0.071 0.052 0.052 0.037 0.027 2 I 0.149 0.102 0.047 0.104 0.092 0.095 0.129 0.093 0.082 0.062 0.045 3 A 0.180 0.086 0.043 0.101 0.106 0.106 0.137 0.091 0.072 0.048 0.030 4 K 0.218 0.192 0.124 0.198 0.127 0.067 0.039 0.017 0.011 0.005 0.002 5 S 0.130 0.131 0.083 0.201 0.148 0.107 0.087 0.046 0.034 0.021 0.014 6 F 0.012 0.013 0.012 0.046 0.060 0.082 0.151 0.175 0.183 0.159 0.106 7 Y 0.018 0.024 0.023 0.066 0.104 0.155 0.235 0.159 0.114 0.067 0.036 8 D 0.058 0.116 0.115 0.292 0.174 0.101 0.073 0.034 0.020 0.010 0.007 9 L 0.004 0.003 0.004 0.011 0.017 0.036 0.102 0.150 0.236 0.250 0.187 10 S 0.076 0.205 0.138 0.305 0.160 0.058 0.034 0.011 0.007 0.003 0.002 11 A 0.005 0.006 0.005 0.015 0.019 0.030 0.105 0.142 0.228 0.238 0.206 12 I 0.039 0.085 0.080 0.215 0.210 0.170 0.124 0.040 0.021 0.010 0.007 13 N 0.110 0.197 0.086 0.230 0.157 0.092 0.078 0.027 0.015 0.006 0.003 14 L 0.016 0.015 0.012 0.030 0.049 0.083 0.160 0.146 0.168 0.163 0.159 15 D 0.271 0.425 0.079 0.142 0.054 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 16 G 0.496 0.118 0.030 0.093 0.084 0.064 0.057 0.026 0.017 0.009 0.005 17 E 0.290 0.250 0.084 0.194 0.099 0.046 0.023 0.007 0.003 0.002 0.001 18 K 0.097 0.170 0.084 0.267 0.186 0.106 0.061 0.016 0.008 0.003 0.002 19 V 0.007 0.007 0.005 0.022 0.051 0.118 0.224 0.203 0.183 0.116 0.065 20 D 0.214 0.422 0.103 0.167 0.060 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 21 F 0.003 0.003 0.002 0.012 0.020 0.038 0.116 0.153 0.224 0.228 0.200 22 N 0.192 0.203 0.067 0.212 0.145 0.089 0.054 0.018 0.011 0.005 0.005 23 T 0.129 0.198 0.114 0.316 0.130 0.063 0.033 0.010 0.004 0.002 0.001 24 F 0.007 0.006 0.005 0.018 0.032 0.072 0.177 0.164 0.187 0.167 0.165 25 R 0.060 0.124 0.081 0.267 0.196 0.124 0.091 0.028 0.017 0.007 0.004 26 G 0.418 0.156 0.067 0.132 0.076 0.047 0.048 0.021 0.017 0.010 0.006 27 R 0.017 0.058 0.059 0.221 0.208 0.160 0.153 0.063 0.035 0.019 0.009 28 A 0.001 0.005 0.006 0.029 0.054 0.122 0.249 0.191 0.161 0.110 0.073 29 V 0.001 0.002 0.003 0.014 0.025 0.050 0.167 0.214 0.217 0.170 0.139 30 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.019 0.085 0.186 0.235 0.260 0.194 31 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.044 0.118 0.259 0.292 0.269 32 E 0.002 0.004 0.008 0.032 0.035 0.055 0.142 0.179 0.230 0.181 0.131 33 N 0.002 0.003 0.005 0.017 0.023 0.044 0.147 0.218 0.254 0.190 0.095 34 V 0.005 0.011 0.014 0.043 0.052 0.072 0.176 0.211 0.213 0.135 0.068 35 A 0.008 0.011 0.010 0.024 0.030 0.042 0.109 0.153 0.211 0.201 0.201 36 S 0.021 0.024 0.018 0.072 0.092 0.104 0.165 0.175 0.164 0.101 0.062 37 L 0.051 0.081 0.031 0.141 0.168 0.160 0.164 0.098 0.063 0.029 0.013 38 C 0.025 0.028 0.018 0.053 0.053 0.071 0.131 0.156 0.176 0.169 0.119 39 G 0.201 0.085 0.031 0.100 0.103 0.099 0.130 0.085 0.073 0.053 0.040 40 T 0.081 0.116 0.042 0.118 0.131 0.128 0.167 0.089 0.068 0.039 0.022 41 T 0.017 0.031 0.013 0.040 0.047 0.056 0.113 0.130 0.165 0.189 0.199 42 T 0.232 0.213 0.108 0.223 0.127 0.057 0.028 0.007 0.004 0.001 0.001 43 R 0.299 0.167 0.086 0.160 0.127 0.069 0.054 0.021 0.010 0.005 0.003 44 D 0.057 0.297 0.122 0.208 0.103 0.088 0.070 0.026 0.015 0.008 0.005 45 F 0.002 0.003 0.004 0.015 0.052 0.135 0.315 0.181 0.152 0.086 0.056 46 T 0.639 0.134 0.159 0.052 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.003 0.030 0.062 0.271 0.249 0.222 0.126 0.026 0.008 0.003 0.001 48 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.043 0.094 0.224 0.281 0.347 49 N 0.005 0.006 0.046 0.208 0.248 0.247 0.174 0.041 0.016 0.006 0.002 50 E 0.007 0.029 0.759 0.135 0.050 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.042 0.241 0.212 0.205 0.173 0.113 52 Q 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.040 0.227 0.245 0.240 0.155 0.061 53 C 0.005 0.033 0.583 0.205 0.109 0.042 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 54 R 0.043 0.126 0.401 0.181 0.119 0.080 0.039 0.007 0.003 0.001 0.001 55 F 0.002 0.003 0.002 0.012 0.024 0.072 0.248 0.232 0.202 0.123 0.080 56 P 0.541 0.264 0.055 0.077 0.034 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 57 R 0.342 0.183 0.160 0.168 0.074 0.040 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 58 R 0.262 0.224 0.091 0.230 0.123 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.113 0.256 0.298 0.294 60 V 0.001 0.005 0.011 0.078 0.193 0.324 0.258 0.082 0.031 0.011 0.008 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.135 0.254 0.289 0.281 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.100 0.204 0.242 0.233 0.201 63 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.030 0.077 0.201 0.279 0.398 64 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.063 0.142 0.257 0.269 0.240 65 P 0.003 0.009 0.006 0.031 0.048 0.076 0.204 0.254 0.201 0.108 0.060 66 C 0.008 0.008 0.006 0.027 0.035 0.053 0.118 0.173 0.195 0.210 0.167 67 N 0.017 0.023 0.013 0.080 0.094 0.116 0.160 0.167 0.160 0.096 0.074 68 Q 0.006 0.012 0.008 0.041 0.067 0.102 0.173 0.196 0.192 0.132 0.072 69 F 0.007 0.009 0.005 0.018 0.025 0.036 0.100 0.156 0.225 0.216 0.203 70 G 0.048 0.032 0.017 0.085 0.111 0.134 0.200 0.142 0.120 0.070 0.040 71 H 0.137 0.128 0.051 0.184 0.169 0.133 0.102 0.045 0.027 0.015 0.008 72 Q 0.009 0.021 0.011 0.051 0.081 0.084 0.159 0.167 0.193 0.138 0.086 73 E 0.172 0.092 0.038 0.088 0.091 0.099 0.143 0.095 0.078 0.063 0.041 74 N 0.192 0.099 0.035 0.143 0.132 0.104 0.152 0.067 0.045 0.022 0.010 75 C 0.068 0.042 0.016 0.052 0.079 0.114 0.196 0.171 0.127 0.091 0.043 76 Q 0.122 0.678 0.078 0.088 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.104 0.099 0.043 0.188 0.222 0.186 0.104 0.033 0.015 0.006 0.002 78 E 0.906 0.065 0.013 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.020 0.068 0.132 0.387 0.204 0.105 0.064 0.013 0.004 0.001 0.001 80 I 0.005 0.003 0.006 0.008 0.011 0.025 0.117 0.192 0.242 0.248 0.143 81 L 0.002 0.006 0.058 0.163 0.238 0.279 0.162 0.055 0.024 0.009 0.003 82 N 0.008 0.043 0.629 0.203 0.066 0.029 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 83 S 0.002 0.006 0.012 0.045 0.079 0.182 0.341 0.165 0.096 0.053 0.018 84 L 0.002 0.002 0.006 0.007 0.010 0.022 0.113 0.186 0.268 0.246 0.138 85 K 0.010 0.046 0.102 0.228 0.242 0.167 0.123 0.048 0.022 0.010 0.004 86 Y 0.018 0.070 0.183 0.182 0.174 0.131 0.113 0.061 0.040 0.021 0.007 87 V 0.016 0.034 0.021 0.088 0.114 0.119 0.200 0.153 0.124 0.083 0.048 88 R 0.025 0.046 0.022 0.096 0.128 0.156 0.226 0.144 0.093 0.046 0.021 89 P 0.152 0.156 0.076 0.199 0.143 0.103 0.083 0.043 0.025 0.014 0.007 90 G 0.413 0.171 0.061 0.135 0.076 0.050 0.043 0.023 0.015 0.009 0.004 91 G 0.481 0.164 0.046 0.108 0.067 0.045 0.041 0.020 0.014 0.008 0.005 92 G 0.462 0.220 0.066 0.121 0.055 0.031 0.022 0.010 0.007 0.003 0.002 93 Y 0.049 0.045 0.015 0.074 0.089 0.121 0.171 0.141 0.129 0.096 0.069 94 Q 0.130 0.259 0.082 0.233 0.155 0.076 0.040 0.014 0.007 0.003 0.001 95 P 0.022 0.017 0.010 0.036 0.053 0.080 0.149 0.162 0.194 0.171 0.105 96 T 0.078 0.144 0.071 0.285 0.206 0.107 0.068 0.022 0.011 0.005 0.003 97 F 0.002 0.004 0.003 0.014 0.026 0.051 0.144 0.194 0.245 0.188 0.129 98 T 0.119 0.215 0.141 0.270 0.128 0.062 0.036 0.014 0.008 0.005 0.003 99 L 0.008 0.008 0.004 0.030 0.050 0.082 0.219 0.203 0.179 0.138 0.079 100 V 0.009 0.011 0.011 0.045 0.065 0.082 0.149 0.160 0.195 0.157 0.117 101 Q 0.045 0.090 0.059 0.251 0.196 0.130 0.126 0.051 0.030 0.013 0.007 102 K 0.024 0.067 0.061 0.221 0.178 0.155 0.138 0.075 0.042 0.026 0.012 103 C 0.009 0.010 0.007 0.023 0.040 0.060 0.148 0.178 0.216 0.186 0.124 104 E 0.145 0.247 0.111 0.311 0.122 0.041 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 105 V 0.002 0.004 0.004 0.011 0.018 0.029 0.092 0.143 0.249 0.260 0.189 106 N 0.074 0.214 0.078 0.261 0.174 0.095 0.064 0.023 0.011 0.004 0.002 107 G 0.181 0.126 0.034 0.100 0.094 0.104 0.151 0.086 0.063 0.038 0.025 108 Q 0.336 0.233 0.085 0.171 0.087 0.044 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 109 N 0.241 0.159 0.051 0.170 0.126 0.093 0.073 0.038 0.027 0.015 0.008 110 E 0.048 0.120 0.038 0.137 0.138 0.127 0.158 0.097 0.072 0.040 0.024 111 H 0.004 0.014 0.009 0.058 0.110 0.188 0.275 0.153 0.105 0.058 0.026 112 P 0.122 0.179 0.094 0.209 0.149 0.108 0.078 0.029 0.017 0.009 0.005 113 V 0.001 0.002 0.001 0.012 0.017 0.027 0.103 0.172 0.262 0.252 0.151 114 F 0.001 0.002 0.004 0.017 0.026 0.043 0.122 0.164 0.234 0.217 0.170 115 A 0.004 0.014 0.065 0.201 0.169 0.149 0.163 0.095 0.082 0.040 0.017 116 Y 0.001 0.008 0.038 0.099 0.162 0.230 0.250 0.124 0.063 0.020 0.005 117 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.011 0.031 0.120 0.197 0.253 0.251 0.128 118 K 0.009 0.031 0.042 0.150 0.194 0.158 0.217 0.111 0.062 0.020 0.005 119 D 0.097 0.130 0.282 0.232 0.121 0.069 0.041 0.016 0.007 0.003 0.002 120 K 0.094 0.146 0.068 0.199 0.176 0.129 0.111 0.045 0.020 0.009 0.003 121 L 0.113 0.113 0.031 0.085 0.080 0.108 0.159 0.126 0.097 0.061 0.028 122 P 0.373 0.203 0.069 0.116 0.083 0.054 0.045 0.025 0.016 0.010 0.006 123 Y 0.119 0.102 0.030 0.096 0.106 0.104 0.160 0.112 0.086 0.059 0.026 124 P 0.223 0.142 0.042 0.127 0.101 0.080 0.097 0.067 0.055 0.041 0.025 125 Y 0.112 0.058 0.029 0.106 0.098 0.115 0.153 0.107 0.093 0.074 0.056 126 D 0.311 0.165 0.075 0.122 0.082 0.067 0.061 0.042 0.035 0.025 0.014 127 D 0.289 0.159 0.055 0.130 0.096 0.075 0.074 0.048 0.035 0.025 0.015 128 P 0.296 0.142 0.048 0.104 0.081 0.069 0.088 0.058 0.050 0.040 0.024 129 F 0.099 0.076 0.048 0.112 0.104 0.105 0.137 0.100 0.100 0.073 0.045 130 S 0.095 0.111 0.076 0.183 0.130 0.095 0.108 0.071 0.059 0.042 0.029 131 L 0.039 0.049 0.042 0.109 0.097 0.113 0.164 0.130 0.115 0.087 0.055 132 M 0.043 0.037 0.043 0.103 0.104 0.113 0.164 0.136 0.121 0.087 0.049 133 T 0.104 0.089 0.067 0.119 0.109 0.103 0.129 0.095 0.087 0.060 0.037 134 D 0.129 0.175 0.070 0.173 0.122 0.097 0.094 0.055 0.043 0.028 0.014 135 P 0.209 0.071 0.036 0.087 0.086 0.092 0.113 0.088 0.091 0.077 0.048 136 K 0.258 0.188 0.083 0.168 0.105 0.063 0.059 0.031 0.023 0.014 0.008 137 L 0.027 0.031 0.030 0.097 0.103 0.123 0.187 0.147 0.126 0.082 0.045 138 I 0.023 0.031 0.025 0.078 0.083 0.110 0.177 0.157 0.146 0.104 0.066 139 I 0.038 0.040 0.054 0.100 0.097 0.106 0.165 0.142 0.123 0.086 0.049 140 W 0.019 0.021 0.024 0.059 0.074 0.095 0.164 0.158 0.168 0.129 0.090 141 S 0.114 0.156 0.068 0.138 0.109 0.095 0.114 0.075 0.068 0.042 0.021 142 P 0.244 0.087 0.049 0.127 0.106 0.105 0.115 0.063 0.051 0.034 0.018 143 V 0.086 0.067 0.031 0.078 0.085 0.079 0.133 0.118 0.133 0.113 0.077 144 R 0.038 0.133 0.076 0.186 0.131 0.125 0.133 0.075 0.052 0.032 0.019 145 R 0.031 0.046 0.033 0.127 0.190 0.191 0.191 0.097 0.054 0.025 0.014 146 S 0.410 0.185 0.119 0.131 0.067 0.041 0.028 0.011 0.006 0.003 0.002 147 D 0.045 0.082 0.051 0.266 0.235 0.161 0.108 0.031 0.014 0.005 0.002 148 V 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.038 0.093 0.210 0.305 0.333 149 A 0.010 0.048 0.074 0.359 0.265 0.149 0.066 0.017 0.007 0.003 0.001 150 W 0.002 0.009 0.036 0.058 0.074 0.120 0.256 0.180 0.147 0.082 0.038 151 N 0.002 0.007 0.011 0.077 0.108 0.160 0.240 0.151 0.107 0.082 0.056 152 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.105 0.206 0.298 0.251 0.115 153 E 0.008 0.034 0.050 0.343 0.275 0.150 0.077 0.034 0.018 0.007 0.003 154 K 0.001 0.003 0.005 0.011 0.014 0.036 0.132 0.201 0.269 0.232 0.095 155 F 0.002 0.008 0.014 0.087 0.134 0.139 0.207 0.184 0.133 0.063 0.028 156 L 0.002 0.005 0.007 0.011 0.015 0.029 0.128 0.170 0.251 0.244 0.137 157 I 0.004 0.010 0.011 0.086 0.116 0.106 0.173 0.190 0.170 0.094 0.042 158 G 0.019 0.058 0.021 0.097 0.118 0.143 0.225 0.160 0.103 0.041 0.015 159 P 0.203 0.141 0.061 0.197 0.152 0.099 0.074 0.040 0.018 0.010 0.004 160 E 0.421 0.312 0.049 0.131 0.052 0.020 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 161 G 0.096 0.060 0.016 0.081 0.100 0.112 0.157 0.134 0.122 0.080 0.042 162 E 0.280 0.390 0.080 0.164 0.058 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 163 P 0.009 0.019 0.010 0.044 0.061 0.089 0.189 0.175 0.194 0.130 0.081 164 F 0.021 0.022 0.019 0.085 0.123 0.167 0.204 0.142 0.112 0.065 0.041 165 R 0.057 0.106 0.095 0.248 0.191 0.125 0.095 0.041 0.025 0.011 0.006 166 R 0.028 0.057 0.072 0.155 0.143 0.151 0.160 0.101 0.073 0.041 0.020 167 Y 0.016 0.018 0.015 0.040 0.060 0.082 0.162 0.161 0.168 0.154 0.123 168 S 0.097 0.161 0.071 0.151 0.128 0.092 0.128 0.069 0.053 0.031 0.019 169 R 0.367 0.149 0.100 0.163 0.100 0.058 0.036 0.014 0.008 0.004 0.002 170 T 0.239 0.151 0.056 0.157 0.119 0.086 0.092 0.044 0.029 0.018 0.011 171 F 0.033 0.035 0.017 0.055 0.075 0.101 0.177 0.162 0.157 0.120 0.069 172 P 0.280 0.317 0.074 0.139 0.084 0.049 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 173 T 0.077 0.045 0.030 0.080 0.089 0.118 0.182 0.133 0.115 0.079 0.052 174 I 0.254 0.126 0.062 0.143 0.125 0.091 0.101 0.046 0.029 0.014 0.008 175 N 0.121 0.298 0.120 0.238 0.127 0.055 0.027 0.007 0.004 0.001 0.001 176 I 0.002 0.008 0.004 0.013 0.018 0.037 0.093 0.146 0.201 0.248 0.230 177 E 0.046 0.096 0.058 0.174 0.257 0.189 0.130 0.031 0.013 0.004 0.002 178 P 0.442 0.202 0.217 0.105 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 179 D 0.031 0.056 0.054 0.233 0.223 0.202 0.140 0.036 0.015 0.007 0.004 180 I 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.011 0.072 0.140 0.264 0.272 0.224 181 K 0.006 0.012 0.156 0.308 0.259 0.163 0.072 0.015 0.006 0.002 0.001 182 R 0.015 0.032 0.810 0.102 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 183 L 0.001 0.002 0.009 0.013 0.032 0.144 0.439 0.195 0.100 0.047 0.018 184 L 0.002 0.003 0.016 0.010 0.013 0.029 0.140 0.185 0.228 0.226 0.148 185 K 0.025 0.119 0.549 0.170 0.088 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001