# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.062 0.007 0.014 0.024 0.032 0.051 0.005 0.001 0.004 0.674 2 I 0.088 0.057 0.007 0.020 0.034 0.046 0.084 0.005 0.001 0.005 0.654 3 A 0.105 0.050 0.006 0.022 0.034 0.063 0.115 0.005 0.001 0.007 0.593 4 K 0.079 0.045 0.006 0.021 0.030 0.047 0.093 0.003 0.001 0.006 0.669 5 S 0.138 0.056 0.004 0.015 0.025 0.029 0.164 0.004 0.001 0.008 0.557 6 F 0.232 0.084 0.009 0.032 0.040 0.054 0.129 0.007 0.001 0.020 0.393 7 Y 0.095 0.112 0.010 0.045 0.075 0.090 0.214 0.004 0.001 0.013 0.341 8 D 0.078 0.069 0.007 0.033 0.038 0.083 0.162 0.008 0.001 0.014 0.507 9 L 0.178 0.089 0.028 0.094 0.120 0.177 0.046 0.006 0.001 0.014 0.247 10 S 0.037 0.043 0.008 0.088 0.197 0.191 0.164 0.004 0.001 0.007 0.261 11 A 0.022 0.017 0.011 0.051 0.174 0.224 0.040 0.002 0.001 0.004 0.455 12 I 0.010 0.013 0.001 0.143 0.253 0.445 0.054 0.001 0.001 0.002 0.077 13 N 0.039 0.025 0.002 0.080 0.153 0.185 0.135 0.004 0.001 0.010 0.367 14 L 0.049 0.040 0.007 0.171 0.184 0.222 0.099 0.003 0.001 0.013 0.211 15 D 0.028 0.018 0.002 0.042 0.043 0.071 0.408 0.004 0.001 0.015 0.368 16 G 0.198 0.012 0.009 0.050 0.026 0.029 0.157 0.006 0.001 0.073 0.441 17 E 0.186 0.012 0.029 0.024 0.020 0.023 0.502 0.003 0.001 0.047 0.152 18 K 0.060 0.008 0.027 0.026 0.015 0.023 0.264 0.002 0.001 0.016 0.558 19 V 0.024 0.011 0.015 0.134 0.088 0.151 0.137 0.001 0.001 0.008 0.431 20 D 0.020 0.006 0.001 0.032 0.062 0.075 0.387 0.001 0.001 0.006 0.411 21 F 0.009 0.003 0.002 0.013 0.017 0.022 0.024 0.001 0.001 0.002 0.907 22 N 0.010 0.009 0.001 0.041 0.091 0.159 0.411 0.001 0.001 0.010 0.268 23 T 0.186 0.019 0.001 0.030 0.034 0.050 0.362 0.005 0.001 0.065 0.249 24 F 0.359 0.229 0.004 0.057 0.043 0.038 0.066 0.012 0.001 0.016 0.176 25 R 0.099 0.086 0.005 0.045 0.058 0.053 0.235 0.033 0.001 0.028 0.357 26 G 0.187 0.012 0.017 0.038 0.031 0.041 0.113 0.033 0.001 0.028 0.500 27 R 0.136 0.002 0.155 0.184 0.091 0.069 0.065 0.005 0.001 0.013 0.279 28 A 0.004 0.001 0.043 0.201 0.059 0.043 0.063 0.001 0.001 0.002 0.586 29 V 0.001 0.001 0.002 0.615 0.129 0.150 0.017 0.001 0.001 0.001 0.086 30 L 0.001 0.001 0.001 0.844 0.056 0.084 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 31 I 0.001 0.001 0.001 0.863 0.039 0.069 0.006 0.001 0.001 0.001 0.023 32 E 0.001 0.001 0.001 0.884 0.037 0.066 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 33 N 0.001 0.001 0.001 0.628 0.057 0.125 0.046 0.001 0.001 0.002 0.141 34 V 0.004 0.002 0.001 0.321 0.117 0.184 0.066 0.001 0.001 0.005 0.300 35 A 0.009 0.006 0.001 0.123 0.145 0.307 0.121 0.001 0.001 0.010 0.279 36 S 0.058 0.025 0.002 0.045 0.109 0.184 0.142 0.002 0.001 0.019 0.413 37 L 0.161 0.064 0.006 0.019 0.059 0.075 0.059 0.005 0.001 0.008 0.544 38 C 0.173 0.075 0.010 0.018 0.056 0.086 0.095 0.007 0.001 0.009 0.471 39 G 0.107 0.024 0.019 0.015 0.020 0.042 0.088 0.006 0.001 0.009 0.670 40 T 0.072 0.016 0.051 0.039 0.047 0.078 0.089 0.003 0.001 0.007 0.598 41 T 0.051 0.010 0.004 0.029 0.023 0.035 0.249 0.002 0.001 0.004 0.593 42 T 0.020 0.006 0.003 0.010 0.003 0.005 0.038 0.001 0.001 0.002 0.913 43 R 0.017 0.018 0.002 0.015 0.007 0.016 0.325 0.001 0.001 0.007 0.592 44 D 0.092 0.022 0.001 0.006 0.005 0.011 0.632 0.002 0.001 0.024 0.205 45 F 0.201 0.362 0.004 0.022 0.003 0.006 0.068 0.004 0.001 0.007 0.322 46 T 0.018 0.486 0.002 0.003 0.001 0.002 0.080 0.001 0.001 0.002 0.405 47 Q 0.044 0.471 0.001 0.002 0.002 0.003 0.108 0.009 0.001 0.002 0.358 48 L 0.052 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.051 49 N 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 50 E 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 51 L 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 52 Q 0.043 0.925 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.019 53 C 0.078 0.870 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.023 54 R 0.140 0.544 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.191 0.001 0.001 0.117 55 F 0.357 0.367 0.010 0.004 0.004 0.002 0.003 0.057 0.001 0.001 0.195 56 P 0.010 0.011 0.008 0.004 0.001 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.952 57 R 0.038 0.006 0.008 0.033 0.011 0.022 0.160 0.006 0.001 0.002 0.714 58 R 0.521 0.001 0.004 0.025 0.004 0.005 0.066 0.002 0.001 0.008 0.364 59 L 0.072 0.001 0.074 0.222 0.029 0.025 0.048 0.001 0.001 0.004 0.525 60 V 0.001 0.001 0.001 0.711 0.099 0.070 0.068 0.001 0.001 0.001 0.050 61 V 0.001 0.001 0.001 0.538 0.040 0.068 0.014 0.001 0.001 0.001 0.338 62 L 0.001 0.001 0.001 0.790 0.079 0.115 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 63 G 0.001 0.001 0.001 0.459 0.034 0.073 0.032 0.001 0.001 0.002 0.398 64 F 0.001 0.001 0.001 0.656 0.076 0.116 0.027 0.001 0.001 0.002 0.122 65 P 0.001 0.001 0.001 0.043 0.011 0.028 0.022 0.001 0.001 0.001 0.895 66 C 0.005 0.001 0.001 0.119 0.053 0.177 0.158 0.001 0.001 0.006 0.482 67 N 0.029 0.003 0.001 0.032 0.034 0.057 0.078 0.001 0.001 0.006 0.761 68 Q 0.100 0.038 0.001 0.008 0.016 0.014 0.109 0.001 0.001 0.005 0.708 69 F 0.247 0.124 0.002 0.014 0.029 0.051 0.168 0.002 0.001 0.015 0.348 70 G 0.212 0.216 0.004 0.012 0.026 0.044 0.103 0.005 0.001 0.009 0.368 71 H 0.184 0.174 0.011 0.005 0.014 0.032 0.074 0.008 0.001 0.008 0.490 72 Q 0.287 0.140 0.031 0.011 0.027 0.050 0.030 0.011 0.001 0.005 0.408 73 E 0.067 0.047 0.012 0.013 0.025 0.023 0.045 0.006 0.001 0.001 0.760 74 N 0.031 0.014 0.008 0.009 0.006 0.016 0.031 0.002 0.001 0.001 0.880 75 C 0.127 0.029 0.012 0.051 0.024 0.062 0.145 0.006 0.001 0.008 0.537 76 Q 0.218 0.017 0.005 0.008 0.005 0.007 0.297 0.003 0.001 0.007 0.433 77 N 0.065 0.034 0.005 0.012 0.002 0.003 0.149 0.001 0.001 0.004 0.725 78 E 0.007 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.154 0.001 0.001 0.002 0.787 79 E 0.007 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.843 0.001 0.001 0.011 0.100 80 I 0.052 0.699 0.001 0.004 0.004 0.011 0.120 0.004 0.001 0.004 0.102 81 L 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 82 N 0.023 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.038 83 S 0.073 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.043 84 L 0.096 0.807 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.040 85 K 0.099 0.569 0.025 0.012 0.018 0.033 0.007 0.094 0.001 0.001 0.142 86 Y 0.139 0.226 0.049 0.025 0.052 0.097 0.020 0.063 0.001 0.001 0.328 87 V 0.122 0.111 0.027 0.075 0.051 0.071 0.031 0.026 0.001 0.001 0.483 88 R 0.047 0.018 0.015 0.054 0.106 0.125 0.066 0.005 0.001 0.002 0.561 89 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.961 90 G 0.013 0.001 0.001 0.037 0.032 0.088 0.185 0.001 0.001 0.006 0.637 91 G 0.436 0.003 0.001 0.013 0.009 0.013 0.079 0.001 0.001 0.024 0.421 92 G 0.201 0.009 0.002 0.019 0.021 0.016 0.098 0.001 0.001 0.007 0.627 93 Y 0.111 0.006 0.011 0.046 0.038 0.077 0.129 0.001 0.001 0.012 0.570 94 Q 0.043 0.004 0.003 0.069 0.134 0.185 0.144 0.001 0.001 0.003 0.415 95 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.967 96 T 0.004 0.001 0.001 0.031 0.135 0.348 0.094 0.001 0.001 0.002 0.385 97 F 0.056 0.002 0.001 0.033 0.054 0.137 0.056 0.001 0.001 0.008 0.652 98 T 0.034 0.011 0.001 0.067 0.126 0.188 0.085 0.001 0.001 0.004 0.484 99 L 0.048 0.012 0.001 0.064 0.079 0.127 0.075 0.001 0.001 0.007 0.587 100 V 0.065 0.032 0.002 0.100 0.134 0.290 0.077 0.002 0.001 0.010 0.288 101 Q 0.051 0.031 0.003 0.055 0.201 0.305 0.070 0.003 0.001 0.008 0.273 102 K 0.067 0.026 0.006 0.035 0.104 0.174 0.043 0.004 0.001 0.006 0.534 103 C 0.039 0.011 0.009 0.067 0.298 0.318 0.034 0.002 0.001 0.004 0.216 104 E 0.016 0.007 0.005 0.085 0.216 0.266 0.073 0.001 0.001 0.003 0.328 105 V 0.009 0.004 0.004 0.078 0.193 0.320 0.050 0.001 0.001 0.002 0.340 106 N 0.009 0.005 0.001 0.074 0.126 0.244 0.169 0.001 0.001 0.004 0.367 107 G 0.055 0.004 0.002 0.030 0.025 0.033 0.134 0.001 0.001 0.012 0.706 108 Q 0.104 0.007 0.008 0.034 0.012 0.020 0.253 0.001 0.001 0.018 0.542 109 N 0.029 0.004 0.004 0.028 0.015 0.018 0.198 0.001 0.001 0.006 0.697 110 E 0.090 0.013 0.004 0.024 0.012 0.039 0.173 0.001 0.001 0.013 0.631 111 H 0.098 0.049 0.002 0.048 0.030 0.092 0.185 0.001 0.001 0.007 0.488 112 P 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.975 113 V 0.036 0.165 0.001 0.012 0.029 0.087 0.186 0.001 0.001 0.006 0.477 114 F 0.054 0.561 0.001 0.014 0.016 0.050 0.068 0.003 0.001 0.003 0.230 115 A 0.024 0.878 0.001 0.003 0.006 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.074 116 Y 0.038 0.906 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.043 117 L 0.043 0.894 0.002 0.002 0.004 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 0.041 118 K 0.057 0.825 0.006 0.003 0.004 0.008 0.005 0.015 0.001 0.001 0.074 119 D 0.143 0.641 0.011 0.003 0.003 0.007 0.009 0.030 0.001 0.001 0.154 120 K 0.363 0.230 0.009 0.012 0.007 0.005 0.007 0.173 0.001 0.001 0.194 121 L 0.444 0.059 0.073 0.018 0.006 0.008 0.031 0.033 0.001 0.003 0.325 122 P 0.004 0.001 0.032 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.945 123 Y 0.028 0.001 0.004 0.056 0.012 0.026 0.110 0.001 0.001 0.001 0.762 124 P 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.980 125 Y 0.028 0.001 0.001 0.069 0.009 0.022 0.145 0.001 0.001 0.003 0.720 126 D 0.109 0.002 0.001 0.047 0.007 0.015 0.212 0.001 0.001 0.009 0.599 127 D 0.213 0.007 0.001 0.048 0.006 0.008 0.137 0.001 0.001 0.008 0.572 128 P 0.037 0.005 0.001 0.014 0.003 0.006 0.082 0.001 0.001 0.006 0.846 129 F 0.100 0.012 0.002 0.038 0.032 0.049 0.366 0.001 0.001 0.028 0.371 130 S 0.173 0.046 0.003 0.068 0.070 0.093 0.241 0.003 0.001 0.013 0.290 131 L 0.091 0.095 0.005 0.052 0.060 0.061 0.053 0.004 0.001 0.004 0.576 132 M 0.100 0.092 0.006 0.068 0.080 0.149 0.115 0.005 0.001 0.009 0.377 133 T 0.136 0.048 0.008 0.049 0.057 0.103 0.150 0.012 0.001 0.012 0.423 134 D 0.129 0.036 0.015 0.041 0.027 0.037 0.197 0.007 0.001 0.009 0.501 135 P 0.005 0.002 0.004 0.007 0.002 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.948 136 K 0.022 0.004 0.001 0.015 0.013 0.025 0.496 0.001 0.001 0.021 0.401 137 L 0.373 0.031 0.005 0.025 0.017 0.025 0.195 0.002 0.001 0.028 0.299 138 I 0.164 0.272 0.004 0.051 0.034 0.037 0.076 0.005 0.001 0.005 0.353 139 I 0.140 0.201 0.006 0.059 0.050 0.096 0.083 0.006 0.001 0.008 0.351 140 W 0.146 0.156 0.011 0.078 0.055 0.118 0.055 0.017 0.001 0.006 0.359 141 S 0.132 0.082 0.016 0.051 0.062 0.078 0.107 0.012 0.001 0.004 0.456 142 P 0.003 0.002 0.003 0.004 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.976 143 V 0.023 0.006 0.002 0.029 0.022 0.047 0.330 0.002 0.001 0.008 0.533 144 R 0.442 0.021 0.004 0.024 0.013 0.024 0.130 0.003 0.001 0.019 0.321 145 R 0.188 0.225 0.004 0.064 0.025 0.052 0.055 0.005 0.001 0.006 0.376 146 S 0.093 0.087 0.004 0.029 0.019 0.030 0.064 0.003 0.001 0.004 0.666 147 D 0.155 0.069 0.003 0.027 0.019 0.030 0.084 0.006 0.001 0.006 0.601 148 V 0.216 0.104 0.017 0.032 0.045 0.053 0.105 0.008 0.001 0.009 0.412 149 A 0.091 0.159 0.012 0.061 0.065 0.118 0.190 0.005 0.001 0.007 0.292 150 W 0.073 0.148 0.006 0.074 0.119 0.178 0.075 0.007 0.001 0.006 0.314 151 N 0.148 0.145 0.005 0.030 0.069 0.079 0.114 0.005 0.001 0.005 0.400 152 F 0.053 0.058 0.010 0.024 0.037 0.063 0.057 0.004 0.001 0.006 0.688 153 E 0.053 0.049 0.013 0.059 0.096 0.196 0.152 0.004 0.001 0.019 0.358 154 K 0.121 0.040 0.011 0.062 0.086 0.120 0.172 0.006 0.001 0.018 0.366 155 F 0.183 0.082 0.007 0.099 0.114 0.162 0.047 0.009 0.001 0.006 0.291 156 L 0.056 0.035 0.005 0.094 0.302 0.299 0.035 0.005 0.001 0.003 0.165 157 I 0.023 0.024 0.006 0.081 0.188 0.286 0.051 0.005 0.001 0.003 0.333 158 G 0.025 0.008 0.002 0.089 0.338 0.347 0.056 0.003 0.001 0.002 0.130 159 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.011 0.020 0.001 0.001 0.001 0.950 160 E 0.005 0.001 0.001 0.015 0.018 0.057 0.436 0.001 0.001 0.011 0.457 161 G 0.779 0.001 0.003 0.008 0.002 0.004 0.045 0.001 0.001 0.082 0.076 162 E 0.304 0.012 0.012 0.042 0.023 0.013 0.229 0.001 0.001 0.014 0.349 163 P 0.004 0.001 0.005 0.024 0.019 0.026 0.054 0.001 0.001 0.001 0.867 164 F 0.007 0.002 0.001 0.137 0.129 0.436 0.070 0.001 0.001 0.002 0.218 165 R 0.019 0.008 0.001 0.065 0.162 0.352 0.060 0.001 0.001 0.002 0.331 166 R 0.020 0.014 0.001 0.030 0.180 0.307 0.036 0.001 0.001 0.002 0.410 167 Y 0.056 0.021 0.002 0.083 0.136 0.271 0.064 0.002 0.001 0.006 0.358 168 S 0.046 0.015 0.002 0.092 0.112 0.189 0.114 0.003 0.001 0.007 0.420 169 R 0.014 0.004 0.004 0.026 0.026 0.047 0.042 0.001 0.001 0.003 0.833 170 T 0.082 0.007 0.003 0.031 0.028 0.055 0.134 0.003 0.001 0.008 0.648 171 F 0.257 0.008 0.013 0.039 0.023 0.037 0.076 0.002 0.001 0.011 0.534 172 P 0.014 0.003 0.003 0.012 0.011 0.014 0.063 0.001 0.001 0.001 0.879 173 T 0.009 0.002 0.001 0.016 0.008 0.015 0.033 0.001 0.001 0.001 0.914 174 I 0.032 0.015 0.001 0.043 0.012 0.029 0.190 0.001 0.001 0.002 0.677 175 N 0.148 0.028 0.001 0.012 0.005 0.007 0.120 0.001 0.001 0.003 0.674 176 I 0.489 0.135 0.008 0.015 0.003 0.012 0.040 0.001 0.001 0.003 0.295 177 E 0.112 0.159 0.004 0.033 0.003 0.042 0.113 0.002 0.001 0.004 0.529 178 P 0.007 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.956 179 D 0.024 0.176 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.786 180 I 0.030 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.098 181 K 0.004 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.044 182 R 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 183 L 0.019 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 184 L 0.038 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 185 K 0.028 0.894 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.048