# TARGET T0345 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.021 0.050 0.033 0.053 0.081 0.008 0.707 2 I 0.055 0.036 0.048 0.041 0.076 0.123 0.009 0.613 3 A 0.083 0.055 0.067 0.050 0.120 0.111 0.012 0.503 4 K 0.079 0.056 0.045 0.042 0.061 0.118 0.017 0.583 5 S 0.166 0.041 0.038 0.027 0.040 0.147 0.026 0.515 6 F 0.289 0.051 0.055 0.039 0.073 0.080 0.018 0.395 7 Y 0.093 0.046 0.094 0.109 0.136 0.151 0.020 0.351 8 D 0.058 0.024 0.053 0.076 0.136 0.142 0.025 0.486 9 L 0.157 0.036 0.103 0.118 0.187 0.074 0.018 0.308 10 S 0.055 0.014 0.090 0.162 0.198 0.238 0.012 0.231 11 A 0.026 0.006 0.047 0.097 0.156 0.051 0.004 0.615 12 I 0.027 0.009 0.097 0.270 0.325 0.070 0.003 0.200 13 N 0.017 0.009 0.047 0.235 0.320 0.052 0.006 0.314 14 L 0.034 0.013 0.093 0.132 0.252 0.072 0.008 0.397 15 D 0.018 0.003 0.015 0.026 0.051 0.607 0.013 0.267 16 G 0.314 0.009 0.022 0.032 0.026 0.078 0.074 0.446 17 E 0.250 0.003 0.045 0.017 0.031 0.556 0.008 0.091 18 K 0.004 0.001 0.006 0.013 0.014 0.024 0.001 0.938 19 V 0.026 0.005 0.060 0.186 0.457 0.083 0.003 0.180 20 D 0.002 0.001 0.006 0.037 0.055 0.034 0.001 0.864 21 F 0.013 0.006 0.015 0.095 0.451 0.032 0.001 0.387 22 N 0.034 0.010 0.008 0.060 0.155 0.359 0.004 0.370 23 T 0.224 0.022 0.007 0.048 0.078 0.254 0.021 0.348 24 F 0.201 0.217 0.027 0.103 0.090 0.088 0.019 0.254 25 R 0.097 0.081 0.047 0.140 0.175 0.133 0.049 0.279 26 G 0.106 0.031 0.070 0.202 0.127 0.048 0.125 0.292 27 R 0.389 0.002 0.115 0.111 0.170 0.104 0.017 0.091 28 A 0.004 0.001 0.162 0.189 0.153 0.037 0.001 0.453 29 V 0.001 0.001 0.289 0.258 0.427 0.008 0.001 0.016 30 L 0.001 0.001 0.642 0.181 0.124 0.004 0.001 0.048 31 I 0.001 0.001 0.744 0.120 0.123 0.002 0.001 0.011 32 E 0.001 0.001 0.703 0.094 0.165 0.005 0.001 0.033 33 N 0.001 0.001 0.568 0.117 0.230 0.022 0.001 0.063 34 V 0.002 0.001 0.286 0.081 0.232 0.071 0.001 0.326 35 A 0.007 0.007 0.273 0.126 0.282 0.105 0.003 0.196 36 S 0.047 0.024 0.082 0.084 0.178 0.236 0.017 0.332 37 L 0.174 0.059 0.057 0.062 0.095 0.088 0.028 0.438 38 C 0.114 0.099 0.054 0.051 0.059 0.115 0.029 0.479 39 G 0.251 0.049 0.054 0.037 0.036 0.087 0.074 0.411 40 T 0.175 0.059 0.127 0.032 0.043 0.124 0.018 0.424 41 T 0.067 0.041 0.043 0.028 0.066 0.212 0.012 0.531 42 T 0.045 0.035 0.029 0.013 0.035 0.089 0.005 0.748 43 R 0.029 0.029 0.012 0.006 0.012 0.636 0.005 0.270 44 D 0.072 0.036 0.004 0.002 0.004 0.702 0.007 0.173 45 F 0.168 0.532 0.011 0.006 0.013 0.038 0.007 0.226 46 T 0.014 0.331 0.009 0.004 0.009 0.170 0.005 0.459 47 Q 0.070 0.298 0.003 0.003 0.007 0.155 0.011 0.453 48 L 0.064 0.843 0.003 0.002 0.006 0.011 0.004 0.068 49 N 0.017 0.872 0.004 0.003 0.005 0.017 0.006 0.076 50 E 0.025 0.865 0.003 0.002 0.002 0.007 0.005 0.090 51 L 0.043 0.879 0.004 0.002 0.004 0.005 0.007 0.056 52 Q 0.017 0.918 0.004 0.003 0.006 0.005 0.006 0.041 53 C 0.045 0.825 0.008 0.006 0.005 0.006 0.019 0.085 54 R 0.115 0.629 0.031 0.012 0.011 0.013 0.068 0.121 55 F 0.172 0.385 0.040 0.041 0.036 0.016 0.039 0.270 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 57 R 0.007 0.009 0.028 0.039 0.029 0.050 0.007 0.832 58 R 0.458 0.004 0.077 0.023 0.017 0.039 0.038 0.344 59 L 0.165 0.002 0.388 0.050 0.053 0.058 0.007 0.277 60 V 0.002 0.001 0.894 0.065 0.028 0.003 0.001 0.007 61 V 0.002 0.001 0.620 0.059 0.078 0.015 0.001 0.225 62 L 0.001 0.001 0.931 0.024 0.040 0.001 0.001 0.003 63 G 0.001 0.001 0.638 0.047 0.081 0.033 0.001 0.198 64 F 0.001 0.001 0.908 0.018 0.028 0.008 0.001 0.036 65 P 0.001 0.001 0.019 0.003 0.004 0.021 0.001 0.952 66 C 0.005 0.002 0.138 0.031 0.183 0.117 0.002 0.522 67 N 0.021 0.010 0.047 0.041 0.060 0.166 0.007 0.648 68 Q 0.254 0.016 0.029 0.031 0.063 0.243 0.021 0.344 69 F 0.181 0.052 0.022 0.048 0.047 0.116 0.014 0.521 70 G 0.180 0.102 0.032 0.080 0.096 0.099 0.031 0.380 71 H 0.181 0.096 0.044 0.058 0.071 0.116 0.026 0.408 72 Q 0.153 0.080 0.031 0.064 0.128 0.119 0.023 0.402 73 E 0.129 0.102 0.046 0.082 0.106 0.128 0.010 0.396 74 N 0.007 0.028 0.012 0.022 0.027 0.035 0.005 0.865 75 C 0.088 0.045 0.032 0.053 0.063 0.061 0.020 0.639 76 Q 0.089 0.013 0.015 0.007 0.013 0.427 0.010 0.426 77 N 0.073 0.018 0.007 0.006 0.018 0.161 0.008 0.710 78 E 0.029 0.046 0.007 0.004 0.009 0.136 0.003 0.766 79 E 0.017 0.044 0.002 0.002 0.005 0.423 0.003 0.503 80 I 0.058 0.449 0.004 0.005 0.014 0.103 0.004 0.363 81 L 0.007 0.913 0.001 0.003 0.009 0.007 0.001 0.058 82 N 0.008 0.911 0.001 0.005 0.006 0.006 0.004 0.057 83 S 0.055 0.858 0.004 0.006 0.007 0.006 0.016 0.049 84 L 0.067 0.858 0.005 0.013 0.015 0.005 0.013 0.025 85 K 0.068 0.649 0.033 0.073 0.054 0.023 0.028 0.072 86 Y 0.056 0.399 0.070 0.095 0.080 0.023 0.025 0.252 87 V 0.086 0.262 0.078 0.092 0.132 0.030 0.031 0.289 88 R 0.037 0.161 0.105 0.197 0.152 0.049 0.013 0.287 89 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 90 G 0.027 0.019 0.021 0.043 0.083 0.154 0.018 0.635 91 G 0.548 0.008 0.009 0.012 0.006 0.031 0.054 0.334 92 G 0.172 0.008 0.053 0.018 0.018 0.121 0.023 0.587 93 Y 0.076 0.008 0.071 0.046 0.075 0.109 0.011 0.603 94 Q 0.038 0.004 0.055 0.062 0.086 0.089 0.004 0.662 95 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.990 96 T 0.013 0.003 0.063 0.077 0.176 0.122 0.004 0.542 97 F 0.098 0.013 0.073 0.116 0.182 0.056 0.006 0.457 98 T 0.016 0.008 0.032 0.103 0.126 0.088 0.004 0.623 99 L 0.035 0.006 0.019 0.042 0.112 0.116 0.004 0.666 100 V 0.143 0.036 0.060 0.109 0.234 0.171 0.008 0.239 101 Q 0.099 0.045 0.067 0.233 0.189 0.163 0.023 0.181 102 K 0.055 0.028 0.037 0.072 0.112 0.043 0.009 0.643 103 C 0.055 0.028 0.119 0.249 0.322 0.053 0.008 0.166 104 E 0.015 0.019 0.064 0.231 0.279 0.049 0.005 0.340 105 V 0.011 0.027 0.099 0.217 0.341 0.030 0.006 0.270 106 N 0.020 0.027 0.117 0.160 0.202 0.079 0.010 0.386 107 G 0.106 0.016 0.049 0.085 0.096 0.070 0.026 0.552 108 Q 0.105 0.007 0.041 0.019 0.037 0.282 0.007 0.502 109 N 0.020 0.007 0.008 0.011 0.018 0.133 0.007 0.796 110 E 0.131 0.025 0.014 0.011 0.020 0.132 0.021 0.646 111 H 0.078 0.012 0.008 0.010 0.013 0.368 0.005 0.508 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 113 V 0.012 0.171 0.012 0.061 0.167 0.207 0.002 0.368 114 F 0.072 0.472 0.015 0.033 0.085 0.064 0.007 0.252 115 A 0.020 0.819 0.005 0.021 0.033 0.015 0.002 0.086 116 Y 0.019 0.910 0.003 0.009 0.012 0.004 0.002 0.041 117 L 0.040 0.863 0.004 0.009 0.016 0.007 0.009 0.051 118 K 0.038 0.851 0.005 0.010 0.015 0.006 0.011 0.064 119 D 0.073 0.716 0.007 0.009 0.013 0.010 0.039 0.133 120 K 0.355 0.303 0.013 0.007 0.008 0.020 0.128 0.166 121 L 0.298 0.216 0.054 0.034 0.028 0.045 0.065 0.260 122 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 123 Y 0.032 0.008 0.059 0.047 0.060 0.075 0.007 0.712 124 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 125 Y 0.039 0.004 0.054 0.029 0.071 0.091 0.004 0.708 126 D 0.092 0.005 0.039 0.013 0.020 0.098 0.006 0.727 127 D 0.098 0.006 0.023 0.014 0.022 0.104 0.004 0.730 128 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 129 F 0.032 0.007 0.027 0.021 0.045 0.382 0.006 0.479 130 S 0.245 0.029 0.037 0.025 0.032 0.227 0.013 0.392 131 L 0.144 0.098 0.037 0.035 0.069 0.091 0.007 0.519 132 M 0.170 0.082 0.072 0.057 0.117 0.180 0.011 0.312 133 T 0.140 0.067 0.047 0.035 0.057 0.153 0.031 0.471 134 D 0.147 0.070 0.033 0.044 0.069 0.103 0.016 0.517 135 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 136 K 0.017 0.008 0.015 0.018 0.039 0.633 0.009 0.263 137 L 0.509 0.030 0.027 0.014 0.019 0.156 0.018 0.227 138 I 0.182 0.176 0.079 0.060 0.062 0.088 0.009 0.343 139 I 0.059 0.061 0.106 0.060 0.105 0.096 0.010 0.502 140 W 0.081 0.075 0.111 0.065 0.141 0.076 0.020 0.431 141 S 0.097 0.038 0.047 0.104 0.166 0.145 0.014 0.390 142 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 143 V 0.021 0.012 0.025 0.047 0.101 0.301 0.007 0.487 144 R 0.261 0.028 0.022 0.021 0.025 0.168 0.017 0.457 145 R 0.135 0.106 0.040 0.032 0.067 0.072 0.009 0.538 146 S 0.069 0.062 0.036 0.024 0.035 0.136 0.010 0.629 147 D 0.107 0.029 0.019 0.011 0.014 0.089 0.015 0.718 148 V 0.102 0.061 0.037 0.027 0.036 0.099 0.013 0.626 149 A 0.046 0.110 0.101 0.094 0.139 0.164 0.013 0.334 150 W 0.045 0.143 0.074 0.091 0.128 0.103 0.013 0.401 151 N 0.095 0.124 0.075 0.091 0.127 0.152 0.021 0.315 152 F 0.120 0.138 0.136 0.117 0.117 0.080 0.021 0.272 153 E 0.081 0.066 0.114 0.114 0.245 0.181 0.022 0.177 154 K 0.078 0.043 0.068 0.134 0.186 0.110 0.016 0.365 155 F 0.026 0.080 0.111 0.222 0.210 0.051 0.009 0.289 156 L 0.022 0.034 0.102 0.291 0.334 0.047 0.010 0.160 157 I 0.025 0.024 0.087 0.253 0.359 0.024 0.009 0.220 158 G 0.013 0.012 0.053 0.197 0.395 0.052 0.007 0.271 159 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 160 E 0.012 0.003 0.009 0.022 0.043 0.326 0.017 0.569 161 G 0.514 0.005 0.011 0.013 0.008 0.025 0.129 0.294 162 E 0.398 0.002 0.152 0.042 0.040 0.169 0.005 0.192 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 164 F 0.006 0.001 0.091 0.114 0.670 0.037 0.001 0.081 165 R 0.033 0.003 0.057 0.156 0.168 0.069 0.003 0.511 166 R 0.037 0.011 0.078 0.141 0.276 0.045 0.004 0.407 167 Y 0.111 0.017 0.087 0.108 0.239 0.092 0.005 0.342 168 S 0.044 0.020 0.042 0.091 0.119 0.118 0.010 0.555 169 R 0.024 0.008 0.019 0.023 0.046 0.049 0.009 0.821 170 T 0.145 0.013 0.020 0.020 0.040 0.172 0.030 0.560 171 F 0.217 0.016 0.034 0.028 0.029 0.111 0.018 0.546 172 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.007 0.001 0.983 173 T 0.001 0.002 0.005 0.005 0.012 0.017 0.001 0.959 174 I 0.095 0.026 0.027 0.027 0.061 0.124 0.006 0.633 175 N 0.156 0.035 0.015 0.018 0.026 0.156 0.011 0.583 176 I 0.344 0.105 0.026 0.014 0.024 0.108 0.014 0.364 177 E 0.124 0.127 0.030 0.013 0.032 0.178 0.006 0.491 178 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 179 D 0.011 0.143 0.003 0.004 0.010 0.177 0.003 0.649 180 I 0.120 0.522 0.004 0.002 0.006 0.029 0.010 0.307 181 K 0.012 0.901 0.002 0.001 0.004 0.008 0.002 0.070 182 R 0.016 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.042 183 L 0.043 0.907 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.037 184 L 0.036 0.916 0.003 0.001 0.002 0.002 0.008 0.031 185 K 0.067 0.772 0.011 0.004 0.005 0.008 0.023 0.109