# TARGET T0345 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.002 0.012 0.002 0.003 0.978 2 I 0.030 0.026 0.025 0.167 0.007 0.058 0.688 3 A 0.044 0.018 0.059 0.114 0.125 0.103 0.538 4 K 0.064 0.009 0.085 0.071 0.235 0.149 0.387 5 S 0.087 0.014 0.067 0.049 0.236 0.100 0.449 6 F 0.103 0.013 0.120 0.121 0.156 0.099 0.388 7 Y 0.168 0.022 0.078 0.060 0.172 0.100 0.399 8 D 0.257 0.025 0.031 0.021 0.088 0.047 0.530 9 L 0.354 0.007 0.008 0.006 0.041 0.007 0.577 10 S 0.652 0.027 0.006 0.007 0.015 0.006 0.288 11 A 0.871 0.007 0.003 0.007 0.013 0.004 0.096 12 I 0.845 0.034 0.002 0.008 0.017 0.004 0.090 13 N 0.530 0.015 0.003 0.004 0.019 0.007 0.422 14 L 0.101 0.006 0.023 0.004 0.151 0.574 0.141 15 D 0.013 0.003 0.009 0.001 0.113 0.812 0.049 16 G 0.023 0.002 0.011 0.001 0.623 0.172 0.168 17 E 0.151 0.018 0.005 0.003 0.090 0.019 0.715 18 K 0.640 0.143 0.003 0.001 0.023 0.008 0.182 19 V 0.661 0.108 0.001 0.001 0.027 0.002 0.201 20 D 0.360 0.027 0.002 0.001 0.016 0.004 0.590 21 F 0.033 0.002 0.538 0.222 0.014 0.148 0.042 22 N 0.007 0.001 0.679 0.155 0.013 0.132 0.013 23 T 0.008 0.001 0.760 0.114 0.011 0.087 0.020 24 F 0.094 0.026 0.337 0.235 0.084 0.127 0.097 25 R 0.045 0.013 0.106 0.065 0.094 0.581 0.096 26 G 0.030 0.001 0.027 0.009 0.200 0.628 0.104 27 R 0.251 0.008 0.004 0.006 0.236 0.021 0.475 28 A 0.873 0.005 0.001 0.002 0.017 0.003 0.099 29 V 0.970 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.023 30 L 0.988 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 31 I 0.976 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.017 32 E 0.926 0.001 0.001 0.008 0.012 0.003 0.049 33 N 0.795 0.004 0.004 0.020 0.042 0.012 0.122 34 V 0.666 0.009 0.017 0.065 0.049 0.033 0.163 35 A 0.473 0.019 0.056 0.093 0.107 0.086 0.166 36 S 0.235 0.016 0.093 0.149 0.108 0.161 0.239 37 L 0.119 0.018 0.115 0.137 0.251 0.235 0.125 38 C 0.070 0.015 0.075 0.091 0.238 0.233 0.278 39 G 0.025 0.010 0.052 0.052 0.203 0.400 0.258 40 T 0.023 0.022 0.044 0.056 0.220 0.170 0.464 41 T 0.035 0.028 0.021 0.066 0.248 0.070 0.532 42 T 0.015 0.011 0.075 0.455 0.095 0.138 0.211 43 R 0.010 0.007 0.095 0.528 0.087 0.167 0.106 44 D 0.010 0.009 0.093 0.563 0.054 0.121 0.150 45 F 0.003 0.003 0.052 0.834 0.024 0.028 0.056 46 T 0.001 0.001 0.033 0.905 0.011 0.034 0.013 47 Q 0.001 0.001 0.020 0.920 0.006 0.040 0.011 48 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.009 0.008 49 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.002 50 E 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.010 0.002 51 L 0.001 0.001 0.013 0.961 0.001 0.020 0.004 52 Q 0.002 0.001 0.025 0.939 0.005 0.023 0.005 53 C 0.003 0.002 0.035 0.831 0.008 0.110 0.011 54 R 0.003 0.001 0.025 0.693 0.021 0.235 0.022 55 F 0.012 0.005 0.012 0.095 0.287 0.054 0.535 56 P 0.016 0.006 0.086 0.048 0.054 0.256 0.534 57 R 0.030 0.002 0.075 0.011 0.217 0.503 0.162 58 R 0.175 0.003 0.033 0.004 0.196 0.396 0.193 59 L 0.888 0.003 0.001 0.001 0.007 0.005 0.096 60 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 61 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 63 G 0.952 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.039 64 F 0.474 0.003 0.001 0.001 0.107 0.001 0.413 65 P 0.186 0.015 0.002 0.001 0.097 0.006 0.692 66 C 0.042 0.009 0.205 0.134 0.123 0.150 0.336 67 N 0.015 0.008 0.320 0.187 0.107 0.252 0.111 68 Q 0.014 0.008 0.348 0.153 0.108 0.204 0.166 69 F 0.023 0.038 0.188 0.211 0.109 0.307 0.124 70 G 0.017 0.009 0.102 0.106 0.122 0.516 0.128 71 H 0.030 0.018 0.079 0.093 0.173 0.341 0.267 72 Q 0.043 0.072 0.066 0.071 0.223 0.121 0.405 73 E 0.037 0.029 0.038 0.030 0.180 0.158 0.529 74 N 0.015 0.015 0.032 0.030 0.134 0.490 0.284 75 C 0.007 0.007 0.011 0.027 0.269 0.201 0.478 76 Q 0.008 0.016 0.004 0.056 0.250 0.042 0.623 77 N 0.005 0.006 0.008 0.739 0.091 0.039 0.113 78 E 0.001 0.001 0.005 0.966 0.007 0.012 0.008 79 E 0.003 0.001 0.012 0.955 0.004 0.010 0.015 80 I 0.005 0.002 0.013 0.959 0.002 0.009 0.011 81 L 0.015 0.001 0.023 0.923 0.006 0.022 0.011 82 N 0.057 0.002 0.032 0.792 0.013 0.085 0.018 83 S 0.100 0.003 0.046 0.627 0.022 0.161 0.042 84 L 0.337 0.013 0.033 0.387 0.042 0.094 0.095 85 K 0.485 0.008 0.019 0.336 0.043 0.044 0.065 86 Y 0.528 0.009 0.012 0.307 0.033 0.036 0.076 87 V 0.467 0.055 0.005 0.190 0.060 0.032 0.190 88 R 0.128 0.022 0.003 0.012 0.087 0.016 0.733 89 P 0.018 0.004 0.017 0.008 0.104 0.737 0.113 90 G 0.005 0.003 0.019 0.003 0.137 0.780 0.053 91 G 0.022 0.008 0.030 0.006 0.466 0.259 0.209 92 G 0.069 0.030 0.014 0.006 0.221 0.140 0.520 93 Y 0.219 0.190 0.010 0.008 0.154 0.059 0.360 94 Q 0.261 0.049 0.011 0.008 0.110 0.044 0.517 95 P 0.234 0.021 0.024 0.015 0.139 0.146 0.421 96 T 0.342 0.042 0.021 0.014 0.131 0.124 0.325 97 F 0.340 0.024 0.014 0.008 0.193 0.018 0.404 98 T 0.346 0.019 0.011 0.004 0.068 0.032 0.519 99 L 0.569 0.026 0.050 0.011 0.104 0.093 0.147 100 V 0.621 0.011 0.049 0.013 0.085 0.033 0.188 101 Q 0.750 0.005 0.022 0.009 0.053 0.020 0.141 102 K 0.795 0.009 0.015 0.017 0.024 0.012 0.128 103 C 0.856 0.014 0.005 0.015 0.012 0.007 0.092 104 E 0.803 0.011 0.004 0.011 0.013 0.012 0.146 105 V 0.582 0.020 0.006 0.008 0.043 0.054 0.286 106 N 0.240 0.038 0.011 0.011 0.247 0.158 0.296 107 G 0.091 0.016 0.021 0.012 0.411 0.152 0.296 108 Q 0.013 0.006 0.096 0.024 0.128 0.618 0.115 109 N 0.008 0.012 0.091 0.029 0.109 0.636 0.114 110 E 0.010 0.012 0.110 0.182 0.170 0.226 0.289 111 H 0.008 0.004 0.020 0.448 0.328 0.034 0.157 112 P 0.006 0.003 0.021 0.858 0.016 0.047 0.047 113 V 0.012 0.003 0.018 0.930 0.003 0.021 0.012 114 F 0.015 0.002 0.009 0.954 0.003 0.007 0.010 115 A 0.011 0.001 0.006 0.966 0.002 0.010 0.004 116 Y 0.004 0.001 0.007 0.964 0.001 0.021 0.004 117 L 0.007 0.001 0.014 0.926 0.004 0.036 0.011 118 K 0.010 0.002 0.030 0.910 0.009 0.030 0.008 119 D 0.009 0.001 0.036 0.824 0.008 0.106 0.015 120 K 0.006 0.002 0.042 0.631 0.049 0.217 0.053 121 L 0.013 0.013 0.006 0.036 0.513 0.052 0.368 122 P 0.019 0.029 0.009 0.007 0.159 0.129 0.648 123 Y 0.029 0.039 0.011 0.003 0.273 0.069 0.576 124 P 0.034 0.018 0.021 0.006 0.199 0.196 0.527 125 Y 0.028 0.024 0.032 0.009 0.212 0.325 0.370 126 D 0.025 0.020 0.033 0.012 0.400 0.120 0.389 127 D 0.025 0.011 0.025 0.010 0.415 0.074 0.439 128 P 0.058 0.030 0.103 0.049 0.173 0.225 0.362 129 F 0.086 0.024 0.191 0.059 0.172 0.186 0.282 130 S 0.139 0.023 0.146 0.108 0.099 0.158 0.326 131 L 0.208 0.033 0.172 0.123 0.091 0.163 0.209 132 M 0.229 0.042 0.071 0.098 0.119 0.127 0.315 133 T 0.155 0.020 0.039 0.062 0.215 0.172 0.337 134 D 0.081 0.008 0.017 0.025 0.257 0.046 0.565 135 P 0.043 0.007 0.188 0.168 0.100 0.295 0.198 136 K 0.049 0.006 0.267 0.164 0.101 0.305 0.109 137 L 0.136 0.022 0.285 0.187 0.082 0.135 0.154 138 I 0.252 0.044 0.116 0.196 0.065 0.099 0.228 139 I 0.286 0.035 0.081 0.141 0.074 0.164 0.220 140 W 0.210 0.020 0.053 0.114 0.155 0.172 0.276 141 S 0.135 0.011 0.029 0.051 0.240 0.086 0.447 142 P 0.107 0.012 0.095 0.101 0.152 0.231 0.301 143 V 0.145 0.032 0.124 0.106 0.140 0.214 0.240 144 R 0.176 0.038 0.102 0.094 0.127 0.130 0.334 145 R 0.124 0.015 0.121 0.085 0.141 0.237 0.278 146 S 0.089 0.006 0.075 0.049 0.207 0.371 0.203 147 D 0.152 0.013 0.063 0.035 0.255 0.214 0.269 148 V 0.351 0.024 0.019 0.040 0.113 0.041 0.411 149 A 0.555 0.017 0.012 0.025 0.053 0.033 0.305 150 W 0.754 0.020 0.008 0.016 0.032 0.013 0.156 151 N 0.754 0.010 0.005 0.013 0.038 0.015 0.166 152 F 0.801 0.006 0.009 0.009 0.046 0.019 0.110 153 E 0.809 0.003 0.006 0.012 0.040 0.021 0.108 154 K 0.856 0.004 0.010 0.018 0.026 0.013 0.073 155 F 0.913 0.003 0.003 0.015 0.014 0.007 0.046 156 L 0.931 0.005 0.001 0.008 0.010 0.006 0.038 157 I 0.823 0.100 0.001 0.005 0.012 0.006 0.053 158 G 0.161 0.005 0.001 0.001 0.045 0.009 0.779 159 P 0.004 0.001 0.006 0.001 0.041 0.936 0.012 160 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 0.940 0.008 161 G 0.039 0.005 0.014 0.006 0.525 0.200 0.211 162 E 0.332 0.063 0.003 0.013 0.054 0.019 0.515 163 P 0.840 0.076 0.001 0.006 0.015 0.003 0.059 164 F 0.882 0.008 0.003 0.012 0.011 0.003 0.082 165 R 0.879 0.004 0.009 0.013 0.023 0.008 0.064 166 R 0.827 0.007 0.011 0.012 0.038 0.014 0.092 167 Y 0.666 0.033 0.015 0.017 0.065 0.026 0.177 168 S 0.312 0.019 0.021 0.007 0.109 0.045 0.486 169 R 0.068 0.007 0.042 0.008 0.173 0.493 0.208 170 T 0.028 0.014 0.043 0.005 0.261 0.497 0.153 171 F 0.030 0.025 0.003 0.001 0.602 0.007 0.332 172 P 0.033 0.052 0.003 0.001 0.025 0.008 0.877 173 T 0.034 0.046 0.396 0.094 0.027 0.061 0.343 174 I 0.014 0.008 0.557 0.161 0.079 0.091 0.089 175 N 0.014 0.013 0.492 0.265 0.046 0.110 0.060 176 I 0.015 0.007 0.142 0.717 0.017 0.035 0.068 177 E 0.005 0.001 0.109 0.823 0.006 0.012 0.043 178 P 0.005 0.001 0.069 0.884 0.011 0.015 0.016 179 D 0.006 0.003 0.062 0.881 0.007 0.023 0.018 180 I 0.002 0.001 0.039 0.935 0.001 0.016 0.005 181 K 0.001 0.001 0.046 0.934 0.002 0.015 0.002 182 R 0.001 0.001 0.051 0.900 0.002 0.042 0.004 183 L 0.002 0.001 0.049 0.766 0.010 0.147 0.025 184 L 0.003 0.015 0.033 0.632 0.016 0.142 0.159 185 K 0.001 0.001 0.014 0.061 0.011 0.036 0.877