# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.523 0.130 0.163 0.065 0.044 0.018 0.024 0.012 0.014 0.007 0.001 2 I 0.541 0.129 0.145 0.107 0.015 0.026 0.014 0.002 0.017 0.002 0.001 3 A 0.385 0.146 0.234 0.096 0.035 0.046 0.023 0.006 0.022 0.005 0.001 4 K 0.531 0.122 0.137 0.111 0.043 0.015 0.019 0.005 0.010 0.004 0.001 5 S 0.297 0.209 0.194 0.126 0.098 0.024 0.020 0.011 0.014 0.006 0.001 6 F 0.233 0.338 0.152 0.139 0.040 0.034 0.014 0.003 0.045 0.001 0.001 7 Y 0.193 0.354 0.226 0.078 0.065 0.030 0.016 0.002 0.031 0.006 0.001 8 D 0.125 0.144 0.214 0.187 0.026 0.163 0.064 0.006 0.067 0.002 0.003 9 L 0.084 0.428 0.292 0.059 0.087 0.020 0.007 0.003 0.017 0.002 0.001 10 S 0.063 0.446 0.327 0.031 0.050 0.048 0.007 0.002 0.024 0.002 0.001 11 A 0.033 0.566 0.233 0.014 0.107 0.023 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 12 I 0.084 0.602 0.174 0.059 0.045 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 13 N 0.026 0.227 0.523 0.029 0.058 0.081 0.012 0.002 0.039 0.001 0.001 14 L 0.402 0.288 0.077 0.112 0.011 0.042 0.005 0.002 0.057 0.001 0.001 15 D 0.018 0.012 0.042 0.210 0.003 0.024 0.634 0.003 0.052 0.004 0.001 16 G 0.004 0.001 0.005 0.005 0.004 0.001 0.042 0.883 0.001 0.056 0.001 17 E 0.086 0.363 0.469 0.020 0.037 0.009 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 18 K 0.024 0.069 0.825 0.014 0.002 0.049 0.003 0.001 0.007 0.001 0.005 19 V 0.009 0.636 0.261 0.018 0.043 0.024 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 D 0.001 0.081 0.572 0.001 0.013 0.271 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 21 F 0.881 0.014 0.011 0.062 0.004 0.012 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 22 N 0.897 0.003 0.004 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 T 0.421 0.055 0.037 0.463 0.015 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 24 F 0.198 0.120 0.132 0.294 0.020 0.048 0.118 0.018 0.047 0.004 0.001 25 R 0.077 0.153 0.295 0.163 0.029 0.029 0.205 0.004 0.037 0.008 0.001 26 G 0.008 0.003 0.014 0.011 0.066 0.001 0.049 0.620 0.001 0.229 0.001 27 R 0.011 0.430 0.470 0.011 0.028 0.031 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 28 A 0.004 0.246 0.711 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 29 V 0.013 0.842 0.086 0.002 0.009 0.018 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 30 L 0.007 0.434 0.500 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 31 I 0.020 0.653 0.142 0.006 0.020 0.084 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 32 E 0.034 0.601 0.231 0.006 0.029 0.057 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 33 N 0.146 0.199 0.299 0.037 0.055 0.184 0.032 0.005 0.037 0.003 0.002 34 V 0.191 0.380 0.159 0.114 0.060 0.061 0.010 0.003 0.020 0.001 0.001 35 A 0.169 0.265 0.275 0.063 0.111 0.045 0.031 0.009 0.022 0.009 0.001 36 S 0.266 0.224 0.176 0.109 0.164 0.016 0.009 0.011 0.010 0.015 0.001 37 L 0.374 0.101 0.070 0.275 0.033 0.032 0.069 0.017 0.024 0.005 0.001 38 C 0.237 0.124 0.243 0.240 0.033 0.020 0.054 0.009 0.033 0.007 0.001 39 G 0.182 0.011 0.081 0.042 0.052 0.008 0.111 0.331 0.002 0.178 0.002 40 T 0.247 0.097 0.266 0.281 0.025 0.050 0.015 0.003 0.012 0.002 0.002 41 T 0.138 0.182 0.412 0.042 0.124 0.040 0.011 0.004 0.031 0.015 0.001 42 T 0.913 0.006 0.019 0.047 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 43 R 0.831 0.008 0.025 0.117 0.004 0.005 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 44 D 0.506 0.018 0.057 0.256 0.010 0.087 0.027 0.003 0.032 0.002 0.001 45 F 0.944 0.003 0.011 0.030 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 46 T 0.984 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.953 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.979 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.975 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 C 0.944 0.009 0.012 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 R 0.628 0.011 0.017 0.330 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 55 F 0.074 0.156 0.277 0.018 0.036 0.024 0.029 0.003 0.379 0.005 0.001 56 P 0.416 0.006 0.392 0.072 0.001 0.064 0.009 0.002 0.002 0.001 0.035 57 R 0.178 0.174 0.162 0.285 0.096 0.017 0.039 0.033 0.008 0.007 0.001 58 R 0.033 0.106 0.071 0.281 0.084 0.059 0.264 0.022 0.077 0.003 0.001 59 L 0.002 0.382 0.523 0.004 0.061 0.017 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 60 V 0.001 0.840 0.119 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 61 V 0.003 0.566 0.352 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 62 L 0.022 0.584 0.224 0.011 0.015 0.098 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 63 G 0.015 0.434 0.226 0.022 0.102 0.086 0.048 0.007 0.055 0.005 0.001 64 F 0.016 0.471 0.200 0.003 0.139 0.030 0.016 0.001 0.117 0.004 0.002 65 P 0.087 0.028 0.732 0.010 0.002 0.096 0.001 0.001 0.006 0.001 0.038 66 C 0.378 0.121 0.230 0.099 0.048 0.062 0.017 0.012 0.022 0.008 0.002 67 N 0.357 0.067 0.112 0.177 0.046 0.087 0.091 0.025 0.027 0.010 0.002 68 Q 0.304 0.124 0.092 0.275 0.024 0.059 0.072 0.007 0.040 0.002 0.001 69 F 0.268 0.084 0.150 0.327 0.043 0.022 0.065 0.020 0.013 0.006 0.001 70 G 0.212 0.032 0.101 0.078 0.110 0.004 0.082 0.238 0.003 0.140 0.001 71 H 0.254 0.099 0.184 0.182 0.086 0.042 0.080 0.037 0.018 0.016 0.002 72 Q 0.296 0.163 0.267 0.150 0.015 0.056 0.023 0.003 0.026 0.001 0.001 73 E 0.373 0.220 0.217 0.074 0.023 0.037 0.015 0.002 0.034 0.003 0.001 74 N 0.281 0.073 0.194 0.302 0.020 0.050 0.047 0.010 0.017 0.003 0.003 75 C 0.077 0.086 0.204 0.175 0.144 0.020 0.158 0.085 0.011 0.040 0.001 76 Q 0.037 0.214 0.530 0.025 0.121 0.024 0.006 0.002 0.014 0.026 0.001 77 N 0.828 0.011 0.070 0.036 0.010 0.017 0.010 0.006 0.006 0.005 0.001 78 E 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 I 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.984 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 N 0.936 0.003 0.004 0.052 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.890 0.007 0.008 0.084 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.685 0.074 0.089 0.116 0.010 0.010 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 85 K 0.763 0.070 0.059 0.069 0.012 0.010 0.009 0.001 0.004 0.002 0.001 86 Y 0.543 0.118 0.102 0.167 0.029 0.017 0.009 0.004 0.011 0.001 0.001 87 V 0.263 0.254 0.198 0.168 0.017 0.046 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 88 R 0.048 0.238 0.383 0.004 0.025 0.028 0.021 0.001 0.248 0.005 0.001 89 P 0.263 0.003 0.589 0.029 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.085 90 G 0.105 0.031 0.112 0.139 0.061 0.006 0.134 0.321 0.010 0.082 0.001 91 G 0.038 0.012 0.085 0.086 0.044 0.005 0.349 0.240 0.003 0.136 0.001 92 G 0.048 0.045 0.172 0.061 0.096 0.010 0.144 0.322 0.004 0.095 0.001 93 Y 0.065 0.371 0.266 0.088 0.127 0.031 0.015 0.011 0.012 0.012 0.001 94 Q 0.018 0.235 0.277 0.026 0.070 0.058 0.079 0.002 0.232 0.003 0.001 95 P 0.123 0.051 0.744 0.019 0.019 0.018 0.001 0.002 0.001 0.003 0.017 96 T 0.087 0.516 0.168 0.122 0.044 0.030 0.004 0.002 0.026 0.001 0.001 97 F 0.011 0.526 0.246 0.009 0.151 0.014 0.006 0.001 0.032 0.003 0.001 98 T 0.028 0.443 0.435 0.007 0.018 0.042 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 99 L 0.033 0.398 0.355 0.020 0.025 0.127 0.004 0.001 0.035 0.001 0.002 100 V 0.091 0.498 0.176 0.095 0.084 0.024 0.005 0.002 0.022 0.002 0.001 101 Q 0.018 0.557 0.153 0.013 0.210 0.017 0.012 0.002 0.016 0.002 0.001 102 K 0.024 0.533 0.287 0.018 0.049 0.046 0.007 0.001 0.032 0.001 0.003 103 C 0.022 0.636 0.167 0.025 0.088 0.020 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 104 E 0.015 0.412 0.435 0.006 0.029 0.078 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 105 V 0.051 0.652 0.135 0.034 0.027 0.053 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 106 N 0.060 0.259 0.141 0.219 0.088 0.060 0.076 0.003 0.089 0.005 0.001 107 G 0.029 0.022 0.163 0.012 0.284 0.004 0.029 0.111 0.004 0.340 0.001 108 Q 0.695 0.026 0.093 0.152 0.012 0.006 0.002 0.003 0.002 0.006 0.002 109 N 0.257 0.037 0.103 0.336 0.035 0.035 0.126 0.024 0.021 0.024 0.001 110 E 0.371 0.048 0.149 0.319 0.023 0.024 0.033 0.018 0.007 0.006 0.001 111 H 0.287 0.145 0.394 0.011 0.034 0.018 0.014 0.004 0.084 0.010 0.001 112 P 0.822 0.002 0.116 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 113 V 0.942 0.011 0.015 0.024 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 F 0.956 0.013 0.012 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.973 0.009 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Y 0.958 0.005 0.006 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.843 0.016 0.030 0.099 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 118 K 0.866 0.029 0.043 0.034 0.006 0.005 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 119 D 0.683 0.026 0.045 0.199 0.010 0.008 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 120 K 0.461 0.072 0.116 0.303 0.008 0.019 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 121 L 0.030 0.230 0.350 0.004 0.031 0.024 0.031 0.001 0.296 0.002 0.001 122 P 0.288 0.004 0.475 0.039 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 123 Y 0.051 0.293 0.442 0.009 0.090 0.030 0.007 0.002 0.074 0.002 0.001 124 P 0.194 0.047 0.616 0.039 0.001 0.080 0.001 0.001 0.009 0.001 0.013 125 Y 0.180 0.261 0.246 0.190 0.054 0.041 0.005 0.003 0.016 0.003 0.001 126 D 0.142 0.097 0.083 0.345 0.043 0.117 0.073 0.016 0.079 0.006 0.001 127 D 0.058 0.230 0.405 0.041 0.043 0.057 0.017 0.001 0.146 0.002 0.001 128 P 0.393 0.028 0.388 0.102 0.002 0.055 0.005 0.002 0.008 0.001 0.017 129 F 0.201 0.201 0.312 0.117 0.062 0.039 0.025 0.017 0.018 0.007 0.001 130 S 0.197 0.278 0.218 0.070 0.066 0.051 0.041 0.006 0.068 0.004 0.001 131 L 0.288 0.215 0.197 0.185 0.031 0.050 0.008 0.003 0.021 0.001 0.001 132 M 0.214 0.289 0.177 0.164 0.057 0.043 0.019 0.005 0.029 0.003 0.001 133 T 0.185 0.242 0.185 0.204 0.078 0.050 0.014 0.007 0.024 0.008 0.001 134 D 0.018 0.133 0.296 0.010 0.033 0.089 0.028 0.001 0.390 0.002 0.001 135 P 0.818 0.005 0.083 0.055 0.001 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.021 136 K 0.599 0.064 0.089 0.186 0.015 0.013 0.016 0.008 0.009 0.002 0.001 137 L 0.342 0.129 0.203 0.175 0.032 0.033 0.039 0.010 0.034 0.003 0.002 138 I 0.360 0.252 0.190 0.100 0.022 0.034 0.014 0.002 0.025 0.001 0.001 139 I 0.235 0.265 0.201 0.160 0.040 0.052 0.015 0.003 0.025 0.003 0.001 140 W 0.223 0.199 0.259 0.188 0.040 0.042 0.013 0.004 0.023 0.005 0.003 141 S 0.065 0.285 0.374 0.005 0.084 0.015 0.018 0.002 0.141 0.010 0.001 142 P 0.316 0.007 0.471 0.015 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.146 143 V 0.372 0.205 0.219 0.122 0.020 0.030 0.006 0.003 0.022 0.001 0.001 144 R 0.207 0.201 0.296 0.086 0.034 0.088 0.034 0.006 0.037 0.008 0.001 145 R 0.348 0.164 0.179 0.166 0.040 0.034 0.031 0.008 0.024 0.006 0.001 146 S 0.411 0.096 0.120 0.173 0.071 0.014 0.069 0.022 0.013 0.009 0.001 147 D 0.211 0.127 0.191 0.243 0.029 0.080 0.067 0.004 0.044 0.001 0.003 148 V 0.040 0.422 0.434 0.014 0.021 0.047 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 149 A 0.154 0.536 0.135 0.055 0.040 0.039 0.004 0.001 0.033 0.002 0.001 150 W 0.074 0.516 0.216 0.033 0.101 0.024 0.008 0.002 0.022 0.004 0.001 151 N 0.052 0.330 0.156 0.081 0.101 0.092 0.064 0.007 0.114 0.003 0.001 152 F 0.103 0.298 0.269 0.079 0.134 0.047 0.028 0.012 0.022 0.007 0.002 153 E 0.096 0.481 0.258 0.045 0.078 0.021 0.004 0.002 0.011 0.003 0.001 154 K 0.045 0.552 0.234 0.017 0.092 0.020 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 155 F 0.034 0.591 0.229 0.009 0.036 0.049 0.005 0.001 0.044 0.001 0.001 156 L 0.015 0.637 0.225 0.011 0.039 0.049 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 157 I 0.004 0.683 0.152 0.040 0.061 0.034 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 158 G 0.001 0.069 0.764 0.001 0.129 0.014 0.001 0.001 0.015 0.008 0.001 159 P 0.983 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 E 0.071 0.001 0.010 0.899 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 161 G 0.003 0.001 0.019 0.013 0.008 0.001 0.089 0.849 0.001 0.018 0.001 162 E 0.009 0.193 0.747 0.002 0.004 0.018 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 163 P 0.003 0.010 0.966 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 F 0.489 0.145 0.018 0.325 0.014 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 165 R 0.011 0.579 0.094 0.002 0.306 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 166 R 0.040 0.752 0.091 0.015 0.046 0.021 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 167 Y 0.078 0.492 0.187 0.066 0.083 0.024 0.007 0.001 0.059 0.002 0.001 168 S 0.070 0.236 0.431 0.019 0.154 0.023 0.009 0.010 0.029 0.019 0.001 169 R 0.421 0.094 0.213 0.172 0.050 0.022 0.006 0.006 0.002 0.012 0.001 170 T 0.147 0.296 0.168 0.272 0.042 0.024 0.020 0.003 0.025 0.004 0.001 171 F 0.009 0.399 0.309 0.001 0.032 0.016 0.006 0.001 0.227 0.001 0.001 172 P 0.028 0.005 0.794 0.002 0.001 0.143 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 173 T 0.454 0.061 0.320 0.074 0.009 0.064 0.004 0.003 0.008 0.001 0.003 174 I 0.740 0.033 0.034 0.159 0.013 0.010 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 175 N 0.178 0.082 0.194 0.250 0.095 0.069 0.049 0.007 0.071 0.004 0.001 176 I 0.651 0.041 0.074 0.149 0.006 0.047 0.013 0.003 0.015 0.001 0.001 177 E 0.712 0.037 0.211 0.009 0.005 0.010 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 178 P 0.978 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 D 0.880 0.002 0.008 0.090 0.001 0.007 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 180 I 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 R 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 L 0.880 0.001 0.001 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 L 0.610 0.015 0.098 0.232 0.002 0.021 0.005 0.003 0.015 0.001 0.001 185 K 0.633 0.032 0.141 0.115 0.009 0.012 0.028 0.010 0.003 0.017 0.001