# TARGET T0345 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0345.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58.3006 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.520 0.256 0.120 0.067 0.027 0.009 0.001 2 I 0.246 0.204 0.195 0.197 0.115 0.040 0.004 3 A 0.407 0.233 0.169 0.122 0.053 0.016 0.002 4 K 0.496 0.311 0.123 0.047 0.017 0.005 0.001 5 S 0.194 0.245 0.239 0.181 0.097 0.039 0.006 6 F 0.053 0.095 0.162 0.266 0.264 0.140 0.019 7 Y 0.064 0.126 0.198 0.258 0.215 0.122 0.018 8 D 0.083 0.268 0.322 0.214 0.085 0.026 0.003 9 L 0.027 0.031 0.066 0.182 0.377 0.282 0.035 10 S 0.092 0.244 0.260 0.223 0.127 0.048 0.006 11 A 0.054 0.082 0.140 0.257 0.301 0.155 0.012 12 I 0.110 0.260 0.296 0.221 0.090 0.021 0.001 13 N 0.155 0.358 0.282 0.152 0.045 0.008 0.001 14 L 0.129 0.171 0.235 0.267 0.158 0.038 0.002 15 D 0.664 0.246 0.065 0.019 0.005 0.001 0.001 16 G 0.483 0.274 0.162 0.066 0.014 0.001 0.001 17 E 0.581 0.292 0.090 0.030 0.007 0.001 0.001 18 K 0.356 0.384 0.183 0.062 0.014 0.002 0.001 19 V 0.082 0.162 0.265 0.309 0.152 0.028 0.001 20 D 0.145 0.453 0.273 0.103 0.023 0.003 0.001 21 F 0.024 0.047 0.143 0.387 0.329 0.068 0.002 22 N 0.299 0.434 0.194 0.060 0.012 0.001 0.001 23 T 0.386 0.409 0.154 0.043 0.007 0.001 0.001 24 F 0.074 0.105 0.238 0.361 0.193 0.029 0.001 25 R 0.295 0.416 0.212 0.063 0.013 0.002 0.001 26 G 0.148 0.273 0.274 0.209 0.078 0.017 0.001 27 R 0.029 0.122 0.231 0.276 0.231 0.103 0.009 28 A 0.003 0.012 0.053 0.181 0.415 0.303 0.032 29 V 0.005 0.008 0.018 0.050 0.152 0.485 0.283 30 L 0.003 0.007 0.012 0.027 0.086 0.365 0.501 31 I 0.002 0.004 0.009 0.027 0.075 0.250 0.633 32 E 0.007 0.017 0.039 0.117 0.184 0.296 0.340 33 N 0.023 0.046 0.055 0.092 0.135 0.271 0.377 34 V 0.020 0.044 0.069 0.131 0.147 0.275 0.315 35 A 0.055 0.057 0.082 0.152 0.180 0.267 0.206 36 S 0.089 0.104 0.112 0.144 0.150 0.227 0.175 37 L 0.096 0.135 0.142 0.193 0.176 0.187 0.069 38 C 0.104 0.145 0.143 0.191 0.183 0.171 0.062 39 G 0.196 0.210 0.173 0.168 0.127 0.098 0.028 40 T 0.174 0.219 0.200 0.172 0.121 0.095 0.019 41 T 0.142 0.170 0.184 0.232 0.171 0.087 0.014 42 T 0.312 0.274 0.193 0.123 0.065 0.027 0.005 43 R 0.317 0.320 0.176 0.108 0.053 0.021 0.006 44 D 0.111 0.215 0.244 0.235 0.142 0.047 0.006 45 F 0.037 0.114 0.226 0.313 0.233 0.072 0.006 46 T 0.241 0.454 0.218 0.066 0.017 0.004 0.001 47 Q 0.025 0.182 0.352 0.289 0.126 0.024 0.001 48 L 0.002 0.003 0.011 0.121 0.484 0.359 0.020 49 N 0.026 0.251 0.425 0.242 0.050 0.006 0.001 50 E 0.077 0.497 0.324 0.090 0.010 0.001 0.001 51 L 0.002 0.008 0.040 0.272 0.501 0.173 0.003 52 Q 0.005 0.051 0.243 0.419 0.253 0.028 0.001 53 C 0.321 0.535 0.118 0.022 0.003 0.001 0.001 54 R 0.270 0.379 0.240 0.095 0.015 0.001 0.001 55 F 0.043 0.154 0.339 0.338 0.116 0.010 0.001 56 P 0.606 0.306 0.070 0.015 0.002 0.001 0.001 57 R 0.471 0.324 0.138 0.054 0.012 0.001 0.001 58 R 0.099 0.361 0.353 0.153 0.029 0.004 0.001 59 L 0.001 0.008 0.036 0.199 0.463 0.280 0.013 60 V 0.001 0.011 0.056 0.217 0.436 0.249 0.030 61 V 0.001 0.001 0.003 0.016 0.092 0.499 0.388 62 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.211 0.770 63 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.037 0.173 0.776 64 F 0.001 0.001 0.002 0.010 0.040 0.199 0.749 65 P 0.001 0.002 0.004 0.020 0.083 0.388 0.502 66 C 0.001 0.006 0.015 0.053 0.162 0.435 0.328 67 N 0.013 0.063 0.128 0.234 0.262 0.230 0.070 68 Q 0.017 0.045 0.113 0.230 0.305 0.247 0.044 69 F 0.037 0.047 0.069 0.131 0.254 0.369 0.093 70 G 0.092 0.144 0.189 0.227 0.210 0.117 0.021 71 H 0.169 0.245 0.226 0.187 0.108 0.053 0.013 72 Q 0.084 0.168 0.197 0.223 0.199 0.112 0.018 73 E 0.056 0.106 0.168 0.272 0.260 0.128 0.010 74 N 0.187 0.282 0.235 0.168 0.089 0.034 0.005 75 C 0.167 0.236 0.241 0.205 0.110 0.038 0.004 76 Q 0.470 0.329 0.120 0.053 0.021 0.006 0.001 77 N 0.255 0.322 0.243 0.133 0.039 0.007 0.001 78 E 0.595 0.300 0.081 0.019 0.004 0.001 0.001 79 E 0.120 0.382 0.325 0.140 0.030 0.004 0.001 80 I 0.009 0.023 0.066 0.268 0.440 0.184 0.010 81 L 0.032 0.179 0.350 0.318 0.105 0.016 0.001 82 N 0.195 0.505 0.210 0.069 0.016 0.004 0.001 83 S 0.015 0.057 0.180 0.350 0.287 0.104 0.007 84 L 0.006 0.012 0.039 0.164 0.412 0.336 0.032 85 K 0.083 0.325 0.325 0.186 0.061 0.017 0.002 86 Y 0.128 0.283 0.242 0.198 0.106 0.040 0.003 87 V 0.046 0.131 0.222 0.266 0.220 0.107 0.008 88 R 0.162 0.228 0.262 0.222 0.102 0.022 0.002 89 P 0.383 0.292 0.177 0.098 0.040 0.009 0.001 90 G 0.624 0.236 0.087 0.038 0.013 0.002 0.001 91 G 0.407 0.299 0.179 0.088 0.024 0.004 0.001 92 G 0.574 0.279 0.096 0.038 0.011 0.002 0.001 93 Y 0.049 0.113 0.273 0.357 0.179 0.029 0.001 94 Q 0.301 0.462 0.175 0.050 0.010 0.001 0.001 95 P 0.020 0.051 0.153 0.347 0.329 0.096 0.004 96 T 0.105 0.316 0.297 0.184 0.076 0.020 0.002 97 F 0.006 0.022 0.078 0.230 0.362 0.272 0.030 98 T 0.030 0.133 0.233 0.289 0.202 0.099 0.013 99 L 0.003 0.016 0.049 0.140 0.282 0.418 0.091 100 V 0.007 0.024 0.058 0.160 0.317 0.332 0.101 101 Q 0.020 0.155 0.221 0.221 0.177 0.156 0.050 102 K 0.013 0.067 0.161 0.296 0.272 0.156 0.035 103 C 0.007 0.028 0.069 0.173 0.333 0.345 0.045 104 E 0.042 0.259 0.344 0.241 0.088 0.023 0.003 105 V 0.010 0.030 0.084 0.253 0.393 0.213 0.017 106 N 0.168 0.425 0.261 0.109 0.030 0.006 0.001 107 G 0.169 0.274 0.258 0.209 0.076 0.014 0.001 108 Q 0.578 0.254 0.105 0.045 0.015 0.003 0.001 109 N 0.265 0.374 0.233 0.098 0.025 0.004 0.001 110 E 0.112 0.233 0.257 0.234 0.119 0.040 0.005 111 H 0.028 0.122 0.250 0.310 0.218 0.067 0.005 112 P 0.025 0.102 0.235 0.295 0.238 0.094 0.011 113 V 0.003 0.008 0.018 0.053 0.192 0.572 0.154 114 F 0.002 0.010 0.033 0.145 0.365 0.379 0.067 115 A 0.013 0.157 0.326 0.292 0.137 0.063 0.011 116 Y 0.003 0.024 0.091 0.266 0.364 0.228 0.023 117 L 0.001 0.004 0.013 0.071 0.317 0.531 0.063 118 K 0.020 0.125 0.289 0.351 0.177 0.036 0.002 119 D 0.271 0.419 0.202 0.079 0.024 0.006 0.001 120 K 0.146 0.300 0.285 0.177 0.070 0.021 0.002 121 L 0.101 0.174 0.251 0.273 0.150 0.047 0.003 122 P 0.290 0.294 0.194 0.127 0.065 0.026 0.003 123 Y 0.199 0.202 0.208 0.194 0.135 0.054 0.008 124 P 0.258 0.250 0.181 0.150 0.098 0.054 0.010 125 Y 0.183 0.150 0.178 0.217 0.175 0.086 0.011 126 D 0.378 0.251 0.162 0.109 0.061 0.032 0.007 127 D 0.361 0.255 0.175 0.123 0.060 0.022 0.003 128 P 0.300 0.224 0.176 0.149 0.097 0.046 0.008 129 F 0.146 0.129 0.172 0.230 0.191 0.110 0.021 130 S 0.240 0.252 0.209 0.153 0.090 0.046 0.010 131 L 0.181 0.145 0.157 0.200 0.179 0.112 0.026 132 M 0.150 0.133 0.140 0.197 0.199 0.150 0.031 133 T 0.234 0.206 0.173 0.156 0.116 0.088 0.026 134 D 0.186 0.224 0.185 0.171 0.124 0.085 0.024 135 P 0.153 0.167 0.184 0.204 0.168 0.100 0.025 136 K 0.159 0.207 0.212 0.177 0.124 0.089 0.032 137 L 0.084 0.103 0.153 0.212 0.219 0.183 0.046 138 I 0.064 0.089 0.145 0.228 0.254 0.183 0.038 139 I 0.089 0.098 0.130 0.190 0.223 0.216 0.054 140 W 0.130 0.119 0.138 0.192 0.218 0.167 0.037 141 S 0.222 0.182 0.166 0.181 0.141 0.091 0.016 142 P 0.302 0.227 0.169 0.148 0.096 0.049 0.009 143 V 0.170 0.186 0.177 0.200 0.155 0.095 0.017 144 R 0.217 0.282 0.223 0.159 0.084 0.030 0.005 145 R 0.126 0.208 0.243 0.228 0.141 0.048 0.006 146 S 0.341 0.292 0.181 0.108 0.052 0.022 0.004 147 D 0.092 0.216 0.249 0.212 0.135 0.083 0.013 148 V 0.019 0.020 0.042 0.151 0.325 0.371 0.071 149 A 0.037 0.092 0.174 0.236 0.230 0.184 0.048 150 W 0.023 0.054 0.079 0.122 0.180 0.348 0.193 151 N 0.014 0.024 0.045 0.097 0.196 0.344 0.281 152 F 0.008 0.013 0.032 0.084 0.187 0.387 0.289 153 E 0.037 0.096 0.154 0.217 0.191 0.194 0.110 154 K 0.020 0.070 0.101 0.145 0.207 0.327 0.129 155 F 0.006 0.016 0.038 0.110 0.257 0.432 0.142 156 L 0.012 0.035 0.066 0.163 0.294 0.367 0.064 157 I 0.031 0.071 0.120 0.240 0.302 0.210 0.027 158 G 0.116 0.259 0.326 0.219 0.068 0.011 0.001 159 P 0.244 0.316 0.253 0.141 0.039 0.006 0.001 160 E 0.746 0.208 0.035 0.008 0.002 0.001 0.001 161 G 0.331 0.242 0.217 0.145 0.055 0.009 0.001 162 E 0.389 0.359 0.173 0.062 0.015 0.003 0.001 163 P 0.077 0.145 0.201 0.287 0.221 0.065 0.004 164 F 0.042 0.094 0.188 0.313 0.260 0.094 0.009 165 R 0.156 0.388 0.254 0.131 0.051 0.018 0.003 166 R 0.083 0.191 0.265 0.265 0.149 0.043 0.005 167 Y 0.051 0.080 0.155 0.282 0.293 0.125 0.012 168 S 0.264 0.283 0.222 0.146 0.064 0.019 0.003 169 R 0.401 0.306 0.166 0.087 0.030 0.009 0.001 170 T 0.331 0.277 0.189 0.124 0.059 0.018 0.002 171 F 0.174 0.179 0.205 0.218 0.152 0.064 0.008 172 P 0.295 0.385 0.191 0.089 0.030 0.009 0.001 173 T 0.112 0.215 0.242 0.236 0.144 0.047 0.005 174 I 0.345 0.289 0.183 0.113 0.051 0.016 0.002 175 N 0.239 0.453 0.223 0.065 0.016 0.003 0.001 176 I 0.017 0.027 0.072 0.294 0.438 0.146 0.005 177 E 0.035 0.189 0.333 0.298 0.120 0.025 0.001 178 P 0.314 0.477 0.160 0.041 0.007 0.001 0.001 179 D 0.061 0.203 0.390 0.270 0.068 0.007 0.001 180 I 0.011 0.009 0.026 0.159 0.486 0.302 0.008 181 K 0.091 0.268 0.387 0.209 0.042 0.004 0.001 182 R 0.407 0.485 0.089 0.017 0.002 0.001 0.001 183 L 0.085 0.154 0.281 0.328 0.130 0.021 0.001 184 L 0.083 0.100 0.192 0.321 0.243 0.059 0.002 185 K 0.632 0.269 0.074 0.020 0.004 0.001 0.001