# TARGET T0344 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 R 0.440 0.005 0.001 0.008 0.026 0.003 0.517 3 I 0.870 0.020 0.001 0.005 0.009 0.002 0.093 4 V 0.945 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.044 5 A 0.918 0.002 0.001 0.007 0.009 0.003 0.059 6 A 0.778 0.005 0.003 0.014 0.024 0.009 0.167 7 D 0.364 0.007 0.011 0.019 0.127 0.077 0.394 8 T 0.091 0.004 0.024 0.032 0.364 0.232 0.252 9 G 0.033 0.010 0.039 0.034 0.329 0.350 0.204 10 G 0.078 0.007 0.088 0.062 0.231 0.237 0.298 11 A 0.311 0.033 0.084 0.070 0.133 0.103 0.267 12 V 0.450 0.043 0.055 0.081 0.101 0.064 0.206 13 L 0.453 0.045 0.034 0.090 0.079 0.053 0.246 14 D 0.247 0.028 0.053 0.077 0.099 0.083 0.413 15 E 0.092 0.007 0.103 0.049 0.085 0.504 0.160 16 T 0.042 0.009 0.051 0.035 0.129 0.637 0.098 17 F 0.060 0.017 0.021 0.040 0.389 0.177 0.295 18 E 0.086 0.004 0.002 0.018 0.493 0.021 0.376 19 P 0.274 0.033 0.007 0.063 0.129 0.041 0.453 20 I 0.587 0.017 0.007 0.117 0.032 0.033 0.207 21 G 0.714 0.009 0.013 0.111 0.038 0.021 0.095 22 L 0.779 0.006 0.015 0.132 0.015 0.011 0.041 23 I 0.782 0.006 0.010 0.105 0.011 0.008 0.078 24 A 0.706 0.004 0.027 0.160 0.026 0.010 0.068 25 T 0.725 0.007 0.029 0.143 0.021 0.027 0.047 26 V 0.502 0.008 0.052 0.272 0.034 0.042 0.090 27 A 0.474 0.004 0.055 0.314 0.041 0.046 0.066 28 V 0.390 0.011 0.057 0.372 0.040 0.053 0.078 29 L 0.484 0.011 0.054 0.223 0.038 0.082 0.109 30 V 0.456 0.029 0.021 0.091 0.116 0.074 0.214 31 E 0.263 0.017 0.012 0.055 0.192 0.063 0.397 32 K 0.150 0.012 0.018 0.043 0.180 0.065 0.531 33 P 0.136 0.029 0.026 0.052 0.191 0.085 0.481 34 Y 0.057 0.011 0.107 0.199 0.150 0.181 0.295 35 R 0.037 0.009 0.080 0.211 0.266 0.184 0.214 36 S 0.050 0.017 0.082 0.263 0.167 0.145 0.276 37 A 0.049 0.016 0.094 0.366 0.123 0.140 0.212 38 K 0.095 0.012 0.090 0.326 0.135 0.172 0.169 39 E 0.218 0.019 0.074 0.219 0.076 0.173 0.221 40 V 0.285 0.008 0.019 0.142 0.105 0.081 0.360 41 M 0.525 0.012 0.015 0.100 0.150 0.053 0.146 42 V 0.753 0.019 0.008 0.049 0.026 0.014 0.132 43 K 0.820 0.008 0.010 0.034 0.021 0.017 0.090 44 Y 0.753 0.010 0.005 0.017 0.049 0.020 0.147 45 A 0.418 0.017 0.005 0.012 0.119 0.030 0.399 46 N 0.103 0.010 0.006 0.005 0.184 0.030 0.662 47 P 0.034 0.006 0.089 0.032 0.201 0.341 0.297 48 Y 0.024 0.010 0.115 0.032 0.212 0.437 0.171 49 D 0.033 0.021 0.098 0.047 0.262 0.191 0.347 50 Y 0.042 0.038 0.029 0.046 0.265 0.061 0.518 51 D 0.052 0.028 0.031 0.072 0.202 0.129 0.486 52 L 0.036 0.015 0.049 0.164 0.146 0.331 0.258 53 T 0.035 0.013 0.036 0.241 0.173 0.293 0.208 54 G 0.032 0.006 0.046 0.429 0.200 0.158 0.129 55 R 0.024 0.005 0.037 0.674 0.076 0.053 0.131 56 Q 0.019 0.006 0.032 0.820 0.038 0.032 0.053 57 A 0.022 0.003 0.020 0.871 0.013 0.033 0.038 58 I 0.015 0.002 0.010 0.921 0.007 0.025 0.021 59 R 0.008 0.001 0.005 0.947 0.008 0.012 0.019 60 D 0.003 0.001 0.004 0.961 0.008 0.012 0.010 61 E 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.008 0.005 62 V 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.003 63 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 64 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 65 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.003 66 I 0.003 0.001 0.002 0.986 0.003 0.004 0.003 67 E 0.002 0.001 0.004 0.980 0.003 0.008 0.003 68 L 0.001 0.001 0.007 0.966 0.002 0.019 0.004 69 A 0.001 0.001 0.014 0.931 0.005 0.039 0.009 70 R 0.001 0.001 0.027 0.791 0.010 0.161 0.009 71 K 0.002 0.001 0.025 0.550 0.023 0.378 0.021 72 V 0.013 0.018 0.011 0.226 0.291 0.121 0.320 73 K 0.020 0.015 0.004 0.013 0.170 0.048 0.732 74 P 0.026 0.004 0.007 0.012 0.345 0.073 0.532 75 D 0.100 0.004 0.010 0.008 0.534 0.071 0.274 76 V 0.813 0.019 0.008 0.006 0.016 0.013 0.124 77 I 0.934 0.002 0.002 0.003 0.007 0.006 0.045 78 H 0.906 0.007 0.003 0.004 0.017 0.006 0.056 79 L 0.807 0.009 0.005 0.006 0.031 0.007 0.136 80 D 0.485 0.010 0.019 0.010 0.091 0.031 0.354 81 S 0.340 0.008 0.047 0.017 0.139 0.117 0.332 82 T 0.264 0.039 0.071 0.018 0.145 0.242 0.221 83 L 0.196 0.024 0.085 0.024 0.288 0.207 0.177 84 G 0.114 0.007 0.056 0.022 0.289 0.281 0.230 85 G 0.223 0.010 0.054 0.054 0.166 0.205 0.289 86 I 0.608 0.019 0.018 0.049 0.049 0.024 0.234 87 E 0.710 0.032 0.014 0.054 0.029 0.007 0.155 88 L 0.688 0.027 0.026 0.053 0.026 0.011 0.169 89 R 0.501 0.027 0.047 0.072 0.060 0.029 0.264 90 K 0.256 0.018 0.062 0.110 0.109 0.066 0.379 91 L 0.088 0.013 0.025 0.074 0.224 0.070 0.506 92 D 0.030 0.010 0.012 0.046 0.298 0.067 0.537 93 E 0.014 0.008 0.038 0.334 0.268 0.081 0.256 94 P 0.008 0.008 0.044 0.533 0.080 0.149 0.179 95 T 0.025 0.009 0.083 0.497 0.078 0.099 0.209 96 I 0.034 0.011 0.177 0.543 0.063 0.052 0.121 97 D 0.049 0.004 0.214 0.460 0.058 0.113 0.102 98 A 0.037 0.012 0.228 0.403 0.032 0.219 0.070 99 L 0.077 0.017 0.099 0.294 0.127 0.223 0.164 100 G 0.103 0.018 0.064 0.230 0.118 0.231 0.237 101 I 0.079 0.045 0.035 0.230 0.183 0.092 0.335 102 S 0.057 0.025 0.040 0.297 0.126 0.130 0.325 103 D 0.014 0.007 0.040 0.368 0.106 0.313 0.151 104 K 0.005 0.004 0.015 0.410 0.152 0.359 0.055 105 G 0.004 0.002 0.008 0.461 0.182 0.233 0.111 106 K 0.005 0.002 0.007 0.663 0.109 0.084 0.129 107 E 0.028 0.016 0.019 0.780 0.032 0.058 0.067 108 V 0.033 0.009 0.057 0.761 0.027 0.055 0.058 109 W 0.030 0.006 0.088 0.741 0.020 0.048 0.066 110 K 0.021 0.003 0.119 0.739 0.032 0.048 0.039 111 E 0.022 0.006 0.124 0.612 0.038 0.134 0.064 112 L 0.010 0.004 0.072 0.614 0.056 0.163 0.080 113 S 0.014 0.006 0.084 0.407 0.088 0.171 0.230 114 K 0.003 0.001 0.079 0.544 0.088 0.252 0.032 115 D 0.003 0.002 0.074 0.542 0.062 0.270 0.047 116 L 0.002 0.003 0.031 0.834 0.040 0.051 0.038 117 Q 0.003 0.002 0.025 0.829 0.029 0.029 0.081 118 P 0.002 0.001 0.034 0.878 0.013 0.052 0.020 119 L 0.001 0.001 0.023 0.907 0.006 0.050 0.013 120 A 0.001 0.001 0.012 0.930 0.008 0.030 0.018 121 R 0.001 0.001 0.007 0.936 0.012 0.030 0.014 122 K 0.001 0.001 0.006 0.944 0.006 0.033 0.009 123 F 0.002 0.001 0.004 0.939 0.009 0.025 0.020 124 W 0.003 0.002 0.007 0.930 0.012 0.028 0.019 125 E 0.003 0.001 0.015 0.896 0.013 0.057 0.014 126 E 0.002 0.001 0.014 0.868 0.016 0.084 0.016 127 T 0.004 0.004 0.013 0.549 0.075 0.303 0.052 128 N 0.006 0.001 0.004 0.028 0.073 0.672 0.217 129 I 0.026 0.004 0.001 0.003 0.101 0.009 0.856 130 E 0.313 0.009 0.002 0.002 0.121 0.004 0.548 131 I 0.815 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.166 132 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 133 A 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 134 I 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 135 G 0.743 0.003 0.001 0.001 0.058 0.009 0.187 136 K 0.109 0.002 0.036 0.007 0.365 0.191 0.289 137 S 0.045 0.010 0.066 0.008 0.406 0.221 0.244 138 S 0.088 0.023 0.080 0.019 0.326 0.126 0.338 139 V 0.173 0.013 0.007 0.025 0.369 0.018 0.394 140 P 0.515 0.015 0.002 0.020 0.074 0.021 0.353 141 V 0.646 0.016 0.003 0.038 0.022 0.006 0.270 142 R 0.837 0.007 0.004 0.049 0.035 0.004 0.063 143 I 0.898 0.004 0.005 0.049 0.007 0.003 0.033 144 A 0.857 0.002 0.009 0.088 0.008 0.007 0.029 145 E 0.826 0.003 0.010 0.096 0.013 0.011 0.041 146 I 0.707 0.003 0.021 0.155 0.025 0.038 0.051 147 Y 0.384 0.012 0.030 0.350 0.049 0.062 0.113 148 A 0.139 0.006 0.032 0.567 0.080 0.087 0.089 149 G 0.080 0.004 0.029 0.664 0.033 0.139 0.049 150 I 0.064 0.006 0.009 0.828 0.018 0.048 0.027 151 Y 0.033 0.002 0.006 0.915 0.008 0.022 0.013 152 S 0.018 0.001 0.006 0.923 0.012 0.025 0.015 153 A 0.020 0.001 0.007 0.929 0.007 0.025 0.012 154 K 0.015 0.001 0.007 0.947 0.007 0.016 0.007 155 W 0.018 0.001 0.010 0.937 0.007 0.019 0.008 156 G 0.022 0.001 0.015 0.920 0.005 0.026 0.011 157 I 0.031 0.003 0.025 0.892 0.011 0.028 0.011 158 E 0.062 0.001 0.023 0.851 0.012 0.030 0.021 159 N 0.041 0.001 0.026 0.804 0.014 0.088 0.025 160 V 0.160 0.010 0.024 0.568 0.064 0.062 0.113 161 E 0.185 0.010 0.053 0.450 0.054 0.095 0.153 162 K 0.112 0.006 0.048 0.401 0.108 0.222 0.103 163 E 0.024 0.003 0.029 0.090 0.123 0.689 0.042 164 G 0.012 0.001 0.008 0.005 0.157 0.747 0.071 165 H 0.261 0.011 0.008 0.002 0.138 0.090 0.490 166 L 0.880 0.010 0.001 0.001 0.014 0.004 0.091 167 I 0.952 0.005 0.001 0.001 0.005 0.003 0.033 168 I 0.950 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.036 169 G 0.743 0.012 0.001 0.001 0.058 0.012 0.175 170 L 0.217 0.009 0.005 0.001 0.188 0.020 0.559 171 P 0.034 0.004 0.054 0.001 0.284 0.493 0.129 172 R 0.034 0.005 0.090 0.001 0.223 0.596 0.051 173 Y 0.460 0.064 0.055 0.001 0.042 0.065 0.313 174 M 0.781 0.013 0.006 0.001 0.021 0.026 0.152 175 E 0.947 0.004 0.001 0.001 0.014 0.005 0.030 176 V 0.951 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.041 177 N 0.949 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 178 I 0.763 0.024 0.001 0.001 0.006 0.002 0.204 179 K 0.404 0.016 0.004 0.001 0.058 0.039 0.479 180 D 0.011 0.001 0.004 0.001 0.180 0.790 0.014 181 G 0.018 0.002 0.009 0.001 0.192 0.747 0.033 182 K 0.499 0.071 0.003 0.001 0.057 0.014 0.356 183 I 0.791 0.105 0.001 0.001 0.008 0.005 0.090 184 I 0.799 0.037 0.002 0.001 0.023 0.017 0.120 185 G 0.507 0.011 0.007 0.003 0.148 0.074 0.250 186 R 0.358 0.012 0.010 0.004 0.331 0.087 0.198 187 S 0.388 0.036 0.016 0.006 0.193 0.074 0.287 188 L 0.200 0.093 0.014 0.010 0.196 0.043 0.445 189 D 0.071 0.023 0.009 0.006 0.102 0.021 0.768 190 P 0.009 0.005 0.342 0.082 0.071 0.444 0.048 191 R 0.009 0.005 0.315 0.064 0.105 0.449 0.053 192 E 0.012 0.012 0.410 0.047 0.113 0.291 0.114 193 G 0.038 0.010 0.122 0.030 0.193 0.389 0.218 194 G 0.116 0.016 0.134 0.026 0.199 0.294 0.215 195 L 0.331 0.058 0.094 0.027 0.153 0.097 0.241 196 Y 0.606 0.028 0.031 0.017 0.064 0.068 0.186 197 G 0.756 0.010 0.015 0.008 0.054 0.040 0.117 198 S 0.893 0.006 0.004 0.002 0.020 0.008 0.067 199 A 0.899 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.084 200 E 0.937 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.045 201 V 0.854 0.005 0.001 0.001 0.010 0.002 0.127 202 S 0.824 0.019 0.002 0.001 0.040 0.009 0.105 203 V 0.427 0.040 0.004 0.002 0.049 0.011 0.467 204 P 0.121 0.009 0.023 0.002 0.143 0.217 0.485 205 E 0.015 0.004 0.015 0.001 0.142 0.789 0.033 206 G 0.053 0.006 0.020 0.001 0.172 0.592 0.157 207 V 0.121 0.006 0.001 0.001 0.025 0.002 0.844 208 K 0.782 0.017 0.001 0.001 0.030 0.002 0.168 209 W 0.937 0.009 0.001 0.001 0.005 0.002 0.046 210 E 0.961 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.028 211 I 0.888 0.004 0.001 0.002 0.015 0.003 0.087 212 Y 0.506 0.005 0.002 0.002 0.086 0.014 0.386 213 P 0.154 0.021 0.003 0.005 0.363 0.029 0.425 214 N 0.050 0.007 0.004 0.006 0.148 0.016 0.769 215 P 0.036 0.004 0.125 0.180 0.182 0.203 0.268 216 V 0.132 0.014 0.128 0.203 0.156 0.214 0.153 217 A 0.290 0.019 0.139 0.146 0.112 0.093 0.201 218 R 0.516 0.020 0.053 0.081 0.078 0.051 0.201 219 R 0.618 0.011 0.033 0.033 0.088 0.054 0.163 220 F 0.656 0.008 0.033 0.030 0.090 0.039 0.144 221 M 0.796 0.011 0.013 0.026 0.025 0.013 0.117 222 I 0.897 0.005 0.005 0.015 0.013 0.011 0.054 223 F 0.907 0.002 0.004 0.017 0.010 0.007 0.052 224 E 0.865 0.008 0.003 0.022 0.013 0.007 0.082 225 I 0.784 0.009 0.004 0.019 0.025 0.015 0.143 226 F 0.672 0.010 0.005 0.014 0.064 0.037 0.197 227 S 0.392 0.014 0.010 0.022 0.158 0.082 0.323 228 K 0.167 0.024 0.009 0.017 0.017 0.080 0.687 229 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998