# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.6722 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.317 0.204 0.163 0.151 0.098 0.053 0.014 2 R 0.232 0.163 0.178 0.168 0.133 0.094 0.031 3 I 0.213 0.112 0.091 0.106 0.136 0.212 0.130 4 V 0.079 0.080 0.095 0.131 0.162 0.244 0.209 5 A 0.066 0.061 0.061 0.097 0.155 0.275 0.285 6 A 0.091 0.072 0.075 0.124 0.185 0.259 0.195 7 D 0.144 0.130 0.143 0.159 0.145 0.169 0.109 8 T 0.182 0.132 0.131 0.144 0.146 0.163 0.103 9 G 0.228 0.152 0.126 0.140 0.134 0.140 0.080 10 G 0.239 0.165 0.130 0.133 0.120 0.130 0.084 11 A 0.166 0.109 0.103 0.131 0.156 0.205 0.129 12 V 0.140 0.106 0.110 0.148 0.170 0.203 0.123 13 L 0.197 0.146 0.128 0.152 0.161 0.158 0.060 14 D 0.250 0.231 0.191 0.169 0.099 0.048 0.012 15 E 0.370 0.281 0.161 0.107 0.051 0.023 0.007 16 T 0.463 0.246 0.124 0.090 0.047 0.026 0.004 17 F 0.376 0.169 0.124 0.142 0.113 0.069 0.007 18 E 0.579 0.227 0.102 0.057 0.024 0.010 0.001 19 P 0.564 0.172 0.095 0.071 0.055 0.038 0.004 20 I 0.422 0.144 0.109 0.105 0.104 0.099 0.017 21 G 0.432 0.159 0.129 0.106 0.084 0.071 0.020 22 L 0.504 0.134 0.102 0.088 0.079 0.072 0.022 23 I 0.474 0.141 0.087 0.078 0.087 0.092 0.042 24 A 0.507 0.148 0.105 0.095 0.067 0.052 0.026 25 T 0.374 0.143 0.160 0.157 0.080 0.059 0.028 26 V 0.379 0.149 0.110 0.119 0.088 0.093 0.062 27 A 0.375 0.140 0.095 0.117 0.105 0.112 0.057 28 V 0.281 0.153 0.150 0.169 0.113 0.096 0.037 29 L 0.263 0.132 0.100 0.136 0.157 0.166 0.047 30 V 0.184 0.146 0.130 0.185 0.185 0.141 0.027 31 E 0.358 0.259 0.175 0.126 0.058 0.021 0.003 32 K 0.419 0.248 0.162 0.111 0.044 0.013 0.002 33 P 0.450 0.256 0.143 0.094 0.040 0.015 0.002 34 Y 0.310 0.206 0.187 0.165 0.093 0.036 0.004 35 R 0.526 0.283 0.116 0.052 0.017 0.006 0.001 36 S 0.297 0.294 0.206 0.133 0.052 0.016 0.002 37 A 0.220 0.166 0.181 0.212 0.153 0.062 0.006 38 K 0.401 0.306 0.174 0.083 0.027 0.007 0.001 39 E 0.449 0.316 0.146 0.062 0.020 0.006 0.001 40 V 0.172 0.169 0.199 0.232 0.155 0.068 0.006 41 M 0.140 0.191 0.203 0.217 0.163 0.078 0.008 42 V 0.142 0.127 0.138 0.209 0.210 0.144 0.030 43 K 0.165 0.228 0.219 0.203 0.116 0.057 0.010 44 Y 0.126 0.144 0.176 0.219 0.191 0.121 0.023 45 A 0.206 0.197 0.183 0.189 0.136 0.076 0.014 46 N 0.320 0.289 0.191 0.125 0.054 0.019 0.003 47 P 0.232 0.220 0.186 0.173 0.117 0.061 0.010 48 Y 0.146 0.162 0.187 0.230 0.175 0.090 0.010 49 D 0.282 0.353 0.228 0.103 0.028 0.006 0.001 50 Y 0.084 0.088 0.134 0.251 0.278 0.150 0.016 51 D 0.275 0.313 0.215 0.126 0.050 0.019 0.002 52 L 0.186 0.149 0.172 0.206 0.177 0.097 0.013 53 T 0.379 0.298 0.165 0.101 0.039 0.015 0.003 54 G 0.174 0.184 0.174 0.206 0.159 0.090 0.014 55 R 0.163 0.201 0.206 0.214 0.133 0.072 0.011 56 Q 0.210 0.242 0.200 0.173 0.109 0.057 0.009 57 A 0.104 0.126 0.165 0.208 0.193 0.167 0.036 58 I 0.051 0.060 0.083 0.167 0.261 0.306 0.070 59 R 0.134 0.196 0.214 0.207 0.148 0.082 0.019 60 D 0.250 0.224 0.178 0.161 0.111 0.064 0.013 61 E 0.153 0.135 0.144 0.164 0.179 0.177 0.048 62 V 0.151 0.086 0.097 0.168 0.216 0.234 0.048 63 L 0.158 0.150 0.179 0.211 0.169 0.111 0.022 64 L 0.244 0.110 0.095 0.132 0.160 0.202 0.057 65 A 0.143 0.082 0.090 0.128 0.182 0.283 0.092 66 I 0.177 0.128 0.150 0.186 0.176 0.145 0.038 67 E 0.242 0.221 0.188 0.170 0.108 0.059 0.013 68 L 0.087 0.093 0.124 0.212 0.237 0.214 0.033 69 A 0.125 0.110 0.134 0.221 0.242 0.153 0.014 70 R 0.315 0.335 0.198 0.109 0.035 0.008 0.001 71 K 0.478 0.306 0.141 0.057 0.014 0.003 0.001 72 V 0.135 0.143 0.179 0.258 0.203 0.076 0.005 73 K 0.372 0.359 0.168 0.073 0.022 0.006 0.001 74 P 0.152 0.185 0.197 0.226 0.162 0.068 0.010 75 D 0.139 0.229 0.231 0.218 0.122 0.054 0.008 76 V 0.061 0.075 0.124 0.209 0.263 0.217 0.053 77 I 0.069 0.059 0.066 0.101 0.171 0.344 0.191 78 H 0.091 0.107 0.132 0.172 0.181 0.194 0.123 79 L 0.082 0.079 0.085 0.130 0.182 0.261 0.182 80 D 0.105 0.135 0.142 0.183 0.173 0.165 0.095 81 S 0.158 0.146 0.141 0.169 0.155 0.157 0.074 82 T 0.220 0.190 0.168 0.172 0.127 0.092 0.030 83 L 0.225 0.140 0.128 0.158 0.156 0.141 0.052 84 G 0.304 0.205 0.161 0.134 0.093 0.076 0.028 85 G 0.282 0.208 0.154 0.138 0.103 0.083 0.033 86 I 0.251 0.141 0.119 0.143 0.145 0.141 0.060 87 E 0.204 0.210 0.182 0.172 0.123 0.087 0.023 88 L 0.170 0.117 0.120 0.176 0.195 0.176 0.046 89 R 0.187 0.233 0.202 0.190 0.111 0.061 0.014 90 K 0.246 0.260 0.197 0.149 0.084 0.050 0.015 91 L 0.196 0.163 0.161 0.187 0.154 0.109 0.031 92 D 0.287 0.229 0.170 0.137 0.092 0.067 0.018 93 E 0.372 0.230 0.173 0.116 0.065 0.035 0.008 94 P 0.433 0.232 0.137 0.094 0.059 0.036 0.008 95 T 0.368 0.229 0.155 0.126 0.076 0.040 0.005 96 I 0.230 0.138 0.149 0.203 0.173 0.093 0.014 97 D 0.482 0.273 0.139 0.073 0.024 0.008 0.001 98 A 0.386 0.235 0.169 0.116 0.062 0.029 0.004 99 L 0.305 0.137 0.134 0.171 0.150 0.089 0.014 100 G 0.346 0.282 0.195 0.113 0.047 0.016 0.002 101 I 0.256 0.157 0.153 0.204 0.156 0.068 0.007 102 S 0.448 0.317 0.145 0.067 0.019 0.004 0.001 103 D 0.574 0.231 0.115 0.060 0.017 0.003 0.001 104 K 0.707 0.209 0.060 0.019 0.004 0.001 0.001 105 G 0.664 0.181 0.078 0.050 0.021 0.005 0.001 106 K 0.505 0.302 0.135 0.046 0.010 0.002 0.001 107 E 0.564 0.265 0.101 0.046 0.018 0.005 0.001 108 V 0.193 0.193 0.239 0.235 0.110 0.028 0.001 109 W 0.160 0.170 0.220 0.245 0.154 0.048 0.002 110 K 0.531 0.295 0.122 0.043 0.008 0.001 0.001 111 E 0.563 0.312 0.090 0.028 0.006 0.001 0.001 112 L 0.210 0.141 0.184 0.261 0.159 0.044 0.001 113 S 0.388 0.246 0.180 0.122 0.050 0.014 0.001 114 K 0.693 0.227 0.059 0.017 0.003 0.001 0.001 115 D 0.604 0.223 0.107 0.049 0.014 0.003 0.001 116 L 0.380 0.164 0.156 0.160 0.099 0.038 0.001 117 Q 0.547 0.232 0.130 0.059 0.022 0.009 0.001 118 P 0.724 0.189 0.053 0.022 0.008 0.003 0.001 119 L 0.562 0.172 0.115 0.093 0.042 0.014 0.001 120 A 0.606 0.151 0.096 0.082 0.048 0.017 0.001 121 R 0.614 0.253 0.095 0.030 0.006 0.002 0.001 122 K 0.644 0.216 0.081 0.037 0.015 0.006 0.001 123 F 0.456 0.183 0.137 0.129 0.066 0.026 0.002 124 W 0.477 0.213 0.134 0.098 0.055 0.021 0.002 125 E 0.693 0.206 0.064 0.027 0.008 0.002 0.001 126 E 0.639 0.204 0.088 0.044 0.018 0.006 0.001 127 T 0.544 0.224 0.122 0.069 0.029 0.010 0.001 128 N 0.426 0.244 0.168 0.102 0.043 0.015 0.002 129 I 0.152 0.111 0.115 0.188 0.231 0.175 0.027 130 E 0.175 0.125 0.140 0.188 0.187 0.141 0.044 131 I 0.206 0.116 0.084 0.094 0.129 0.249 0.123 132 V 0.167 0.094 0.132 0.198 0.153 0.166 0.091 133 A 0.196 0.127 0.110 0.133 0.158 0.196 0.080 134 I 0.177 0.106 0.100 0.153 0.183 0.202 0.078 135 G 0.224 0.156 0.141 0.166 0.158 0.124 0.031 136 K 0.357 0.226 0.165 0.125 0.073 0.043 0.012 137 S 0.408 0.247 0.145 0.108 0.059 0.028 0.005 138 S 0.421 0.226 0.148 0.110 0.059 0.028 0.006 139 V 0.219 0.192 0.175 0.177 0.129 0.090 0.018 140 P 0.289 0.222 0.179 0.156 0.095 0.049 0.010 141 V 0.224 0.156 0.128 0.154 0.172 0.132 0.034 142 R 0.154 0.166 0.166 0.188 0.162 0.125 0.038 143 I 0.130 0.087 0.095 0.150 0.196 0.244 0.099 144 A 0.149 0.141 0.151 0.191 0.178 0.146 0.044 145 E 0.188 0.155 0.136 0.151 0.157 0.148 0.065 146 I 0.204 0.096 0.095 0.144 0.166 0.213 0.081 147 Y 0.275 0.140 0.141 0.145 0.119 0.137 0.044 148 A 0.414 0.167 0.098 0.093 0.092 0.101 0.037 149 G 0.363 0.122 0.094 0.112 0.132 0.130 0.047 150 I 0.298 0.125 0.129 0.134 0.128 0.134 0.053 151 Y 0.285 0.131 0.124 0.148 0.127 0.128 0.056 152 S 0.278 0.154 0.151 0.151 0.111 0.110 0.047 153 A 0.196 0.090 0.084 0.129 0.168 0.229 0.104 154 K 0.164 0.155 0.155 0.185 0.173 0.132 0.037 155 W 0.160 0.131 0.149 0.195 0.179 0.148 0.039 156 G 0.077 0.096 0.105 0.174 0.234 0.260 0.053 157 I 0.041 0.054 0.091 0.216 0.342 0.235 0.021 158 E 0.130 0.251 0.262 0.210 0.108 0.034 0.004 159 N 0.088 0.262 0.289 0.234 0.099 0.026 0.002 160 V 0.023 0.075 0.165 0.367 0.297 0.070 0.002 161 E 0.310 0.422 0.189 0.067 0.011 0.001 0.001 162 K 0.653 0.262 0.065 0.017 0.002 0.001 0.001 163 E 0.629 0.289 0.064 0.015 0.002 0.001 0.001 164 G 0.136 0.353 0.330 0.153 0.026 0.002 0.001 165 H 0.047 0.178 0.303 0.313 0.140 0.018 0.001 166 L 0.005 0.013 0.036 0.114 0.341 0.451 0.040 167 I 0.004 0.011 0.032 0.084 0.216 0.514 0.138 168 I 0.009 0.019 0.037 0.076 0.169 0.401 0.288 169 G 0.015 0.028 0.045 0.098 0.203 0.393 0.218 170 L 0.021 0.043 0.075 0.151 0.258 0.330 0.122 171 P 0.053 0.119 0.170 0.206 0.194 0.185 0.072 172 R 0.077 0.144 0.172 0.217 0.201 0.153 0.036 173 Y 0.042 0.109 0.175 0.241 0.221 0.174 0.039 174 M 0.030 0.068 0.113 0.199 0.286 0.264 0.040 175 E 0.078 0.240 0.288 0.234 0.112 0.042 0.006 176 V 0.037 0.078 0.131 0.249 0.307 0.180 0.019 177 N 0.136 0.385 0.304 0.140 0.030 0.005 0.001 178 I 0.056 0.088 0.149 0.324 0.301 0.078 0.002 179 K 0.361 0.377 0.175 0.071 0.014 0.002 0.001 180 D 0.715 0.224 0.046 0.012 0.002 0.001 0.001 181 G 0.354 0.346 0.212 0.075 0.011 0.001 0.001 182 K 0.271 0.373 0.234 0.097 0.023 0.003 0.001 183 I 0.088 0.115 0.180 0.272 0.245 0.094 0.006 184 I 0.129 0.254 0.256 0.211 0.109 0.038 0.003 185 G 0.141 0.174 0.182 0.222 0.173 0.094 0.014 186 R 0.241 0.296 0.224 0.154 0.061 0.021 0.003 187 S 0.269 0.297 0.216 0.134 0.059 0.021 0.003 188 L 0.143 0.132 0.161 0.220 0.196 0.123 0.024 189 D 0.256 0.281 0.203 0.145 0.074 0.036 0.006 190 P 0.248 0.202 0.164 0.168 0.122 0.075 0.020 191 R 0.311 0.236 0.162 0.145 0.089 0.047 0.010 192 E 0.321 0.226 0.155 0.116 0.087 0.071 0.023 193 G 0.308 0.199 0.167 0.148 0.098 0.062 0.017 194 G 0.212 0.236 0.211 0.161 0.103 0.061 0.016 195 L 0.112 0.100 0.121 0.179 0.220 0.214 0.054 196 Y 0.131 0.188 0.201 0.188 0.147 0.114 0.031 197 G 0.150 0.160 0.153 0.183 0.177 0.142 0.036 198 S 0.205 0.258 0.239 0.185 0.081 0.028 0.004 199 A 0.078 0.090 0.134 0.261 0.289 0.136 0.012 200 E 0.235 0.337 0.237 0.130 0.047 0.013 0.001 201 V 0.135 0.174 0.202 0.263 0.172 0.051 0.003 202 S 0.353 0.384 0.179 0.067 0.014 0.002 0.001 203 V 0.108 0.183 0.234 0.285 0.154 0.035 0.001 204 P 0.250 0.296 0.232 0.150 0.059 0.012 0.001 205 E 0.636 0.271 0.069 0.020 0.004 0.001 0.001 206 G 0.254 0.337 0.240 0.122 0.038 0.009 0.001 207 V 0.044 0.099 0.182 0.297 0.263 0.110 0.004 208 K 0.093 0.251 0.306 0.233 0.092 0.023 0.002 209 W 0.030 0.052 0.078 0.167 0.292 0.324 0.058 210 E 0.041 0.119 0.195 0.266 0.211 0.144 0.024 211 I 0.041 0.058 0.086 0.169 0.260 0.303 0.083 212 Y 0.092 0.153 0.196 0.244 0.176 0.113 0.025 213 P 0.160 0.193 0.189 0.193 0.144 0.098 0.024 214 N 0.234 0.197 0.184 0.170 0.120 0.076 0.020 215 P 0.226 0.204 0.170 0.155 0.123 0.095 0.027 216 V 0.246 0.152 0.131 0.154 0.147 0.134 0.036 217 A 0.159 0.124 0.120 0.174 0.194 0.181 0.048 218 R 0.163 0.152 0.156 0.192 0.169 0.127 0.040 219 R 0.212 0.130 0.138 0.173 0.168 0.142 0.037 220 F 0.245 0.138 0.109 0.119 0.128 0.181 0.081 221 M 0.203 0.119 0.137 0.182 0.157 0.153 0.049 222 I 0.157 0.124 0.127 0.143 0.167 0.221 0.061 223 F 0.274 0.126 0.098 0.133 0.157 0.172 0.041 224 E 0.281 0.220 0.196 0.156 0.093 0.048 0.007 225 I 0.320 0.136 0.132 0.185 0.145 0.076 0.006 226 F 0.415 0.251 0.171 0.112 0.042 0.009 0.001 227 S 0.656 0.228 0.081 0.029 0.006 0.001 0.001 228 K 0.782 0.158 0.045 0.013 0.002 0.001 0.001 229 R 0.853 0.110 0.027 0.008 0.002 0.001 0.001