# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.6722 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.003 0.002 0.003 0.095 0.753 2 R 0.769 0.007 0.001 0.003 0.032 0.188 3 I 0.927 0.004 0.001 0.002 0.014 0.052 4 V 0.959 0.005 0.001 0.003 0.007 0.024 5 A 0.945 0.003 0.002 0.007 0.015 0.028 6 A 0.818 0.005 0.007 0.015 0.063 0.092 7 D 0.501 0.010 0.020 0.021 0.260 0.188 8 T 0.187 0.021 0.022 0.028 0.497 0.245 9 G 0.113 0.012 0.035 0.031 0.525 0.283 10 G 0.171 0.011 0.048 0.016 0.326 0.426 11 A 0.426 0.026 0.074 0.034 0.202 0.239 12 V 0.483 0.062 0.063 0.030 0.131 0.232 13 L 0.360 0.087 0.049 0.047 0.167 0.291 14 D 0.157 0.028 0.045 0.052 0.549 0.168 15 E 0.030 0.004 0.193 0.098 0.602 0.072 16 T 0.022 0.007 0.140 0.097 0.643 0.091 17 F 0.035 0.044 0.074 0.084 0.629 0.135 18 E 0.031 0.022 0.026 0.046 0.383 0.492 19 P 0.037 0.012 0.071 0.171 0.322 0.387 20 I 0.110 0.017 0.115 0.408 0.198 0.152 21 G 0.482 0.015 0.095 0.203 0.097 0.108 22 L 0.672 0.010 0.046 0.189 0.036 0.046 23 I 0.627 0.005 0.029 0.242 0.049 0.047 24 A 0.683 0.003 0.035 0.160 0.068 0.051 25 T 0.619 0.003 0.017 0.246 0.066 0.049 26 V 0.530 0.002 0.015 0.303 0.085 0.065 27 A 0.441 0.001 0.008 0.510 0.025 0.014 28 V 0.493 0.001 0.003 0.485 0.009 0.010 29 L 0.541 0.001 0.002 0.419 0.012 0.024 30 V 0.732 0.002 0.001 0.217 0.021 0.027 31 E 0.760 0.004 0.001 0.103 0.046 0.086 32 K 0.263 0.010 0.004 0.063 0.212 0.448 33 P 0.110 0.013 0.020 0.061 0.410 0.386 34 Y 0.142 0.020 0.047 0.040 0.445 0.307 35 R 0.160 0.024 0.030 0.035 0.362 0.389 36 S 0.109 0.016 0.019 0.043 0.324 0.489 37 A 0.061 0.004 0.170 0.342 0.298 0.125 38 K 0.159 0.005 0.139 0.352 0.245 0.100 39 E 0.241 0.004 0.105 0.354 0.215 0.081 40 V 0.450 0.005 0.024 0.300 0.097 0.124 41 M 0.587 0.007 0.009 0.284 0.040 0.074 42 V 0.651 0.004 0.007 0.249 0.029 0.061 43 K 0.745 0.007 0.006 0.134 0.029 0.078 44 Y 0.656 0.017 0.007 0.070 0.074 0.177 45 A 0.271 0.026 0.006 0.023 0.178 0.496 46 N 0.053 0.010 0.003 0.005 0.404 0.525 47 P 0.015 0.006 0.079 0.034 0.727 0.140 48 Y 0.019 0.009 0.091 0.033 0.725 0.124 49 D 0.020 0.009 0.142 0.050 0.673 0.106 50 Y 0.039 0.026 0.040 0.110 0.373 0.412 51 D 0.054 0.042 0.016 0.176 0.174 0.538 52 L 0.031 0.013 0.012 0.718 0.115 0.110 53 T 0.034 0.009 0.006 0.690 0.108 0.152 54 G 0.015 0.002 0.007 0.901 0.037 0.037 55 R 0.016 0.001 0.010 0.935 0.021 0.018 56 Q 0.006 0.001 0.011 0.968 0.009 0.006 57 A 0.010 0.001 0.021 0.946 0.011 0.010 58 I 0.004 0.001 0.014 0.962 0.009 0.011 59 R 0.001 0.001 0.006 0.985 0.003 0.005 60 D 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 61 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 62 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 69 A 0.001 0.001 0.007 0.965 0.006 0.018 70 R 0.002 0.001 0.014 0.944 0.017 0.023 71 K 0.009 0.002 0.014 0.781 0.060 0.133 72 V 0.009 0.006 0.008 0.578 0.066 0.333 73 K 0.021 0.013 0.004 0.025 0.282 0.655 74 P 0.024 0.002 0.011 0.013 0.556 0.395 75 D 0.109 0.002 0.022 0.006 0.550 0.310 76 V 0.936 0.013 0.004 0.002 0.029 0.016 77 I 0.976 0.005 0.001 0.002 0.004 0.013 78 H 0.979 0.003 0.001 0.002 0.006 0.011 79 L 0.838 0.009 0.002 0.009 0.041 0.101 80 D 0.298 0.007 0.012 0.014 0.332 0.338 81 S 0.134 0.007 0.051 0.015 0.583 0.210 82 T 0.149 0.022 0.112 0.019 0.469 0.229 83 L 0.218 0.023 0.115 0.043 0.492 0.110 84 G 0.189 0.011 0.055 0.037 0.495 0.213 85 G 0.244 0.009 0.038 0.053 0.366 0.290 86 I 0.645 0.012 0.017 0.044 0.141 0.140 87 E 0.773 0.014 0.014 0.057 0.054 0.088 88 L 0.776 0.014 0.031 0.075 0.041 0.063 89 R 0.706 0.013 0.048 0.080 0.057 0.098 90 K 0.462 0.019 0.099 0.097 0.154 0.168 91 L 0.154 0.019 0.040 0.101 0.215 0.471 92 D 0.024 0.006 0.003 0.040 0.101 0.827 93 E 0.014 0.004 0.012 0.551 0.149 0.270 94 P 0.010 0.002 0.017 0.773 0.116 0.082 95 T 0.031 0.025 0.037 0.683 0.151 0.072 96 I 0.074 0.015 0.049 0.592 0.180 0.090 97 D 0.099 0.003 0.091 0.521 0.133 0.152 98 A 0.156 0.009 0.084 0.566 0.073 0.113 99 L 0.186 0.022 0.044 0.414 0.099 0.234 100 G 0.180 0.019 0.030 0.093 0.114 0.566 101 I 0.146 0.025 0.043 0.039 0.164 0.582 102 S 0.124 0.026 0.044 0.030 0.315 0.460 103 D 0.060 0.019 0.094 0.068 0.554 0.205 104 K 0.019 0.007 0.063 0.185 0.587 0.139 105 G 0.023 0.005 0.040 0.429 0.318 0.186 106 K 0.037 0.006 0.013 0.830 0.058 0.057 107 E 0.049 0.007 0.008 0.891 0.021 0.024 108 V 0.041 0.006 0.012 0.895 0.025 0.022 109 W 0.044 0.003 0.023 0.876 0.028 0.026 110 K 0.026 0.001 0.050 0.860 0.044 0.019 111 E 0.014 0.002 0.049 0.870 0.044 0.021 112 L 0.004 0.002 0.032 0.880 0.041 0.041 113 S 0.004 0.005 0.050 0.705 0.102 0.134 114 K 0.002 0.002 0.146 0.616 0.146 0.089 115 D 0.003 0.003 0.100 0.596 0.151 0.147 116 L 0.002 0.002 0.042 0.824 0.061 0.068 117 Q 0.004 0.004 0.028 0.676 0.113 0.176 118 P 0.001 0.001 0.031 0.885 0.051 0.032 119 L 0.001 0.001 0.031 0.958 0.008 0.003 120 A 0.001 0.001 0.017 0.975 0.005 0.002 121 R 0.001 0.001 0.010 0.980 0.005 0.004 122 K 0.001 0.001 0.007 0.975 0.010 0.008 123 F 0.002 0.001 0.009 0.968 0.014 0.006 124 W 0.007 0.001 0.025 0.919 0.037 0.011 125 E 0.009 0.001 0.036 0.925 0.022 0.008 126 E 0.013 0.001 0.032 0.916 0.029 0.008 127 T 0.015 0.002 0.025 0.764 0.079 0.115 128 N 0.013 0.001 0.003 0.014 0.087 0.883 129 I 0.447 0.010 0.004 0.010 0.106 0.423 130 E 0.883 0.002 0.001 0.002 0.022 0.090 131 I 0.985 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 132 V 0.989 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 133 A 0.981 0.001 0.001 0.002 0.007 0.009 134 I 0.892 0.004 0.001 0.003 0.032 0.068 135 G 0.476 0.007 0.003 0.003 0.218 0.292 136 K 0.290 0.012 0.018 0.004 0.546 0.129 137 S 0.190 0.007 0.037 0.008 0.547 0.211 138 S 0.194 0.015 0.045 0.007 0.577 0.162 139 V 0.343 0.015 0.007 0.004 0.333 0.297 140 P 0.477 0.012 0.004 0.006 0.087 0.415 141 V 0.764 0.012 0.006 0.010 0.045 0.164 142 R 0.878 0.005 0.004 0.009 0.024 0.080 143 I 0.916 0.002 0.009 0.025 0.015 0.032 144 A 0.901 0.001 0.010 0.044 0.019 0.024 145 E 0.890 0.001 0.010 0.054 0.023 0.022 146 I 0.851 0.003 0.007 0.065 0.041 0.033 147 Y 0.670 0.006 0.012 0.129 0.108 0.076 148 A 0.505 0.006 0.023 0.159 0.161 0.145 149 G 0.474 0.006 0.042 0.130 0.181 0.167 150 I 0.619 0.006 0.044 0.184 0.087 0.061 151 Y 0.593 0.008 0.023 0.267 0.051 0.057 152 S 0.401 0.006 0.012 0.380 0.061 0.139 153 A 0.185 0.002 0.022 0.642 0.048 0.101 154 K 0.263 0.003 0.045 0.551 0.070 0.068 155 W 0.408 0.007 0.077 0.403 0.069 0.037 156 G 0.587 0.008 0.060 0.237 0.060 0.049 157 I 0.492 0.004 0.068 0.332 0.066 0.037 158 E 0.411 0.003 0.051 0.396 0.089 0.051 159 N 0.344 0.004 0.056 0.428 0.098 0.070 160 V 0.377 0.026 0.036 0.359 0.109 0.093 161 E 0.344 0.019 0.061 0.329 0.208 0.040 162 K 0.286 0.009 0.072 0.249 0.343 0.041 163 E 0.070 0.003 0.047 0.213 0.585 0.083 164 G 0.112 0.006 0.013 0.022 0.621 0.226 165 H 0.452 0.012 0.003 0.004 0.135 0.395 166 L 0.919 0.009 0.001 0.001 0.018 0.052 167 I 0.967 0.006 0.001 0.001 0.011 0.013 168 I 0.945 0.004 0.002 0.001 0.019 0.029 169 G 0.755 0.004 0.008 0.002 0.107 0.125 170 L 0.497 0.007 0.008 0.002 0.216 0.270 171 P 0.411 0.005 0.025 0.003 0.234 0.322 172 R 0.562 0.010 0.038 0.004 0.191 0.195 173 Y 0.813 0.005 0.026 0.005 0.073 0.077 174 M 0.913 0.002 0.006 0.006 0.029 0.044 175 E 0.957 0.001 0.001 0.003 0.013 0.024 176 V 0.966 0.002 0.001 0.003 0.007 0.022 177 N 0.949 0.002 0.001 0.002 0.013 0.034 178 I 0.883 0.010 0.001 0.002 0.053 0.052 179 K 0.559 0.008 0.004 0.002 0.350 0.076 180 D 0.253 0.006 0.010 0.004 0.621 0.106 181 G 0.242 0.007 0.009 0.003 0.612 0.127 182 K 0.679 0.022 0.006 0.003 0.165 0.124 183 I 0.809 0.026 0.005 0.003 0.096 0.061 184 I 0.699 0.019 0.006 0.006 0.167 0.103 185 G 0.473 0.008 0.015 0.008 0.306 0.191 186 R 0.579 0.015 0.009 0.004 0.191 0.201 187 S 0.512 0.037 0.008 0.006 0.117 0.319 188 L 0.344 0.127 0.010 0.005 0.141 0.373 189 D 0.135 0.047 0.007 0.003 0.447 0.361 190 P 0.022 0.007 0.117 0.009 0.759 0.087 191 R 0.023 0.004 0.115 0.009 0.789 0.059 192 E 0.030 0.006 0.130 0.009 0.777 0.048 193 G 0.080 0.013 0.045 0.006 0.634 0.222 194 G 0.252 0.069 0.038 0.006 0.271 0.364 195 L 0.556 0.040 0.036 0.006 0.189 0.174 196 Y 0.633 0.013 0.021 0.004 0.135 0.194 197 G 0.597 0.006 0.016 0.002 0.151 0.228 198 S 0.755 0.005 0.006 0.002 0.081 0.150 199 A 0.873 0.005 0.005 0.003 0.036 0.077 200 E 0.904 0.006 0.002 0.003 0.026 0.058 201 V 0.876 0.007 0.002 0.002 0.024 0.089 202 S 0.727 0.012 0.003 0.002 0.052 0.204 203 V 0.488 0.030 0.004 0.001 0.193 0.283 204 P 0.172 0.010 0.020 0.001 0.662 0.134 205 E 0.081 0.003 0.031 0.002 0.778 0.106 206 G 0.188 0.004 0.019 0.001 0.669 0.118 207 V 0.764 0.016 0.003 0.001 0.095 0.121 208 K 0.902 0.008 0.001 0.001 0.018 0.069 209 W 0.936 0.004 0.002 0.002 0.015 0.041 210 E 0.924 0.003 0.003 0.003 0.019 0.048 211 I 0.862 0.010 0.005 0.005 0.031 0.088 212 Y 0.473 0.013 0.005 0.009 0.198 0.303 213 P 0.121 0.009 0.006 0.034 0.282 0.549 214 N 0.040 0.009 0.010 0.109 0.400 0.433 215 P 0.016 0.006 0.047 0.675 0.200 0.055 216 V 0.013 0.004 0.078 0.764 0.104 0.037 217 A 0.035 0.008 0.108 0.713 0.106 0.029 218 R 0.053 0.004 0.064 0.753 0.081 0.044 219 R 0.094 0.004 0.029 0.706 0.097 0.070 220 F 0.217 0.003 0.017 0.555 0.124 0.083 221 M 0.477 0.004 0.007 0.399 0.060 0.052 222 I 0.491 0.002 0.004 0.461 0.021 0.021 223 F 0.498 0.001 0.004 0.464 0.018 0.015 224 E 0.517 0.001 0.002 0.448 0.014 0.017 225 I 0.564 0.003 0.003 0.326 0.030 0.074 226 F 0.473 0.008 0.005 0.210 0.085 0.219 227 S 0.253 0.009 0.007 0.099 0.126 0.506 228 K 0.089 0.010 0.007 0.036 0.133 0.726 229 R 0.035 0.005 0.002 0.008 0.079 0.871