# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.6722 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.910 2 R 0.751 0.010 0.002 0.002 0.009 0.003 0.222 3 I 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 4 V 0.967 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 5 A 0.926 0.005 0.003 0.005 0.005 0.002 0.055 6 A 0.734 0.004 0.003 0.005 0.032 0.021 0.201 7 D 0.338 0.015 0.008 0.007 0.143 0.098 0.393 8 T 0.088 0.009 0.019 0.016 0.335 0.305 0.228 9 G 0.063 0.008 0.021 0.026 0.366 0.284 0.232 10 G 0.176 0.033 0.051 0.043 0.232 0.157 0.309 11 A 0.370 0.040 0.046 0.052 0.143 0.083 0.265 12 V 0.539 0.041 0.048 0.048 0.083 0.079 0.161 13 L 0.413 0.069 0.061 0.065 0.091 0.063 0.238 14 D 0.144 0.012 0.149 0.085 0.091 0.099 0.419 15 E 0.016 0.002 0.294 0.077 0.064 0.510 0.038 16 T 0.022 0.005 0.206 0.064 0.071 0.571 0.061 17 F 0.074 0.015 0.117 0.093 0.318 0.144 0.239 18 E 0.098 0.023 0.016 0.067 0.320 0.041 0.435 19 P 0.204 0.025 0.026 0.119 0.087 0.065 0.474 20 I 0.300 0.021 0.035 0.222 0.115 0.085 0.222 21 G 0.542 0.010 0.027 0.163 0.082 0.078 0.099 22 L 0.682 0.006 0.016 0.185 0.016 0.021 0.074 23 I 0.713 0.004 0.014 0.193 0.012 0.013 0.050 24 A 0.696 0.003 0.017 0.152 0.026 0.016 0.090 25 T 0.702 0.002 0.012 0.138 0.041 0.020 0.085 26 V 0.712 0.003 0.013 0.178 0.026 0.013 0.054 27 A 0.632 0.004 0.010 0.291 0.012 0.024 0.027 28 V 0.511 0.003 0.014 0.404 0.006 0.041 0.020 29 L 0.523 0.004 0.012 0.360 0.010 0.057 0.034 30 V 0.506 0.008 0.013 0.254 0.044 0.094 0.080 31 E 0.343 0.011 0.012 0.237 0.146 0.076 0.177 32 K 0.155 0.008 0.007 0.098 0.356 0.019 0.357 33 P 0.106 0.015 0.020 0.090 0.123 0.107 0.539 34 Y 0.079 0.019 0.050 0.122 0.134 0.149 0.446 35 R 0.081 0.012 0.044 0.100 0.341 0.107 0.316 36 S 0.107 0.014 0.029 0.091 0.215 0.058 0.487 37 A 0.092 0.009 0.096 0.427 0.083 0.141 0.152 38 K 0.180 0.005 0.092 0.304 0.109 0.149 0.160 39 E 0.472 0.009 0.053 0.203 0.074 0.038 0.151 40 V 0.664 0.008 0.018 0.165 0.033 0.018 0.095 41 M 0.674 0.014 0.011 0.163 0.022 0.031 0.084 42 V 0.717 0.008 0.010 0.120 0.019 0.030 0.097 43 K 0.733 0.008 0.011 0.098 0.032 0.029 0.089 44 Y 0.665 0.015 0.009 0.046 0.036 0.049 0.179 45 A 0.292 0.023 0.011 0.025 0.278 0.055 0.317 46 N 0.126 0.011 0.002 0.002 0.330 0.008 0.522 47 P 0.058 0.006 0.089 0.050 0.172 0.300 0.324 48 Y 0.088 0.016 0.108 0.069 0.211 0.345 0.163 49 D 0.159 0.017 0.077 0.079 0.182 0.129 0.359 50 Y 0.232 0.070 0.035 0.085 0.108 0.061 0.410 51 D 0.186 0.045 0.019 0.084 0.055 0.100 0.512 52 L 0.077 0.017 0.035 0.114 0.172 0.244 0.341 53 T 0.062 0.019 0.022 0.215 0.165 0.237 0.280 54 G 0.049 0.007 0.023 0.306 0.260 0.203 0.153 55 R 0.063 0.007 0.024 0.574 0.083 0.076 0.172 56 Q 0.085 0.014 0.020 0.686 0.063 0.031 0.101 57 A 0.091 0.011 0.022 0.694 0.027 0.032 0.122 58 I 0.061 0.005 0.020 0.754 0.016 0.033 0.109 59 R 0.037 0.003 0.017 0.819 0.024 0.032 0.068 60 D 0.024 0.001 0.010 0.883 0.026 0.027 0.028 61 E 0.013 0.001 0.007 0.951 0.003 0.016 0.009 62 V 0.014 0.001 0.003 0.968 0.002 0.006 0.007 63 L 0.009 0.001 0.002 0.982 0.001 0.003 0.003 64 L 0.007 0.001 0.002 0.984 0.001 0.005 0.001 65 A 0.008 0.001 0.001 0.981 0.001 0.006 0.002 66 I 0.018 0.001 0.002 0.970 0.001 0.006 0.003 67 E 0.015 0.001 0.003 0.966 0.002 0.011 0.003 68 L 0.008 0.001 0.007 0.944 0.002 0.034 0.004 69 A 0.010 0.001 0.021 0.891 0.009 0.061 0.008 70 R 0.022 0.002 0.043 0.771 0.028 0.112 0.022 71 K 0.047 0.005 0.061 0.521 0.063 0.227 0.077 72 V 0.068 0.013 0.014 0.197 0.302 0.110 0.297 73 K 0.033 0.007 0.002 0.004 0.109 0.013 0.832 74 P 0.055 0.006 0.058 0.016 0.174 0.242 0.448 75 D 0.176 0.003 0.042 0.014 0.418 0.211 0.135 76 V 0.801 0.006 0.030 0.015 0.031 0.019 0.097 77 I 0.919 0.007 0.003 0.015 0.006 0.003 0.048 78 H 0.885 0.009 0.004 0.025 0.010 0.006 0.061 79 L 0.674 0.012 0.008 0.032 0.029 0.029 0.214 80 D 0.251 0.008 0.028 0.026 0.124 0.104 0.458 81 S 0.098 0.006 0.085 0.039 0.213 0.388 0.172 82 T 0.127 0.022 0.093 0.050 0.206 0.273 0.228 83 L 0.189 0.034 0.090 0.076 0.205 0.213 0.193 84 G 0.148 0.012 0.030 0.041 0.243 0.271 0.256 85 G 0.374 0.015 0.024 0.035 0.139 0.065 0.350 86 I 0.681 0.011 0.016 0.041 0.040 0.016 0.194 87 E 0.814 0.018 0.012 0.037 0.020 0.014 0.085 88 L 0.764 0.009 0.017 0.041 0.019 0.017 0.134 89 R 0.708 0.014 0.022 0.041 0.051 0.036 0.129 90 K 0.486 0.023 0.031 0.031 0.059 0.086 0.284 91 L 0.178 0.019 0.013 0.012 0.164 0.065 0.549 92 D 0.080 0.015 0.006 0.009 0.174 0.023 0.693 93 E 0.022 0.006 0.116 0.392 0.222 0.088 0.155 94 P 0.010 0.007 0.093 0.494 0.083 0.158 0.155 95 T 0.017 0.012 0.088 0.627 0.038 0.088 0.130 96 I 0.049 0.014 0.114 0.649 0.036 0.062 0.077 97 D 0.106 0.005 0.108 0.576 0.056 0.076 0.072 98 A 0.100 0.005 0.124 0.597 0.043 0.089 0.041 99 L 0.210 0.018 0.038 0.465 0.045 0.165 0.059 100 G 0.293 0.017 0.019 0.190 0.053 0.254 0.174 101 I 0.246 0.024 0.023 0.090 0.047 0.072 0.498 102 S 0.171 0.022 0.035 0.080 0.106 0.108 0.478 103 D 0.058 0.008 0.040 0.102 0.295 0.230 0.267 104 K 0.029 0.008 0.025 0.146 0.260 0.373 0.158 105 G 0.036 0.005 0.017 0.240 0.270 0.200 0.232 106 K 0.058 0.008 0.006 0.640 0.077 0.019 0.192 107 E 0.087 0.012 0.005 0.799 0.018 0.010 0.068 108 V 0.080 0.010 0.007 0.830 0.012 0.010 0.052 109 W 0.053 0.003 0.026 0.854 0.010 0.015 0.039 110 K 0.035 0.001 0.046 0.861 0.016 0.025 0.015 111 E 0.024 0.002 0.064 0.808 0.011 0.067 0.024 112 L 0.010 0.004 0.049 0.770 0.024 0.085 0.057 113 S 0.006 0.003 0.057 0.729 0.025 0.108 0.071 114 K 0.002 0.001 0.122 0.491 0.050 0.297 0.037 115 D 0.003 0.004 0.124 0.470 0.043 0.299 0.057 116 L 0.003 0.003 0.080 0.706 0.048 0.104 0.056 117 Q 0.003 0.001 0.027 0.833 0.052 0.023 0.061 118 P 0.001 0.001 0.020 0.938 0.005 0.021 0.014 119 L 0.002 0.001 0.026 0.935 0.003 0.024 0.009 120 A 0.006 0.002 0.024 0.930 0.005 0.018 0.016 121 R 0.007 0.001 0.028 0.910 0.008 0.034 0.012 122 K 0.008 0.001 0.012 0.899 0.013 0.054 0.013 123 F 0.016 0.003 0.016 0.843 0.013 0.070 0.039 124 W 0.018 0.005 0.025 0.846 0.020 0.064 0.022 125 E 0.012 0.001 0.047 0.791 0.016 0.114 0.021 126 E 0.014 0.002 0.038 0.687 0.041 0.181 0.037 127 T 0.016 0.003 0.015 0.308 0.076 0.500 0.082 128 N 0.064 0.005 0.007 0.025 0.163 0.389 0.346 129 I 0.305 0.007 0.002 0.003 0.056 0.007 0.620 130 E 0.799 0.004 0.001 0.005 0.058 0.003 0.129 131 I 0.982 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 132 V 0.984 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 133 A 0.984 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 134 I 0.886 0.003 0.003 0.014 0.013 0.011 0.069 135 G 0.360 0.004 0.011 0.007 0.127 0.071 0.421 136 K 0.075 0.004 0.101 0.021 0.240 0.308 0.249 137 S 0.057 0.011 0.070 0.021 0.209 0.429 0.203 138 S 0.084 0.011 0.063 0.066 0.316 0.214 0.245 139 V 0.190 0.017 0.004 0.123 0.429 0.014 0.223 140 P 0.267 0.010 0.004 0.262 0.033 0.014 0.410 141 V 0.347 0.009 0.005 0.510 0.025 0.008 0.097 142 R 0.363 0.005 0.005 0.535 0.023 0.007 0.061 143 I 0.105 0.001 0.007 0.857 0.005 0.006 0.019 144 A 0.051 0.001 0.006 0.925 0.004 0.005 0.008 145 E 0.054 0.001 0.008 0.918 0.004 0.008 0.007 146 I 0.072 0.001 0.012 0.875 0.005 0.028 0.007 147 Y 0.038 0.002 0.008 0.883 0.005 0.055 0.008 148 A 0.019 0.001 0.010 0.783 0.014 0.159 0.014 149 G 0.039 0.002 0.017 0.605 0.044 0.240 0.053 150 I 0.110 0.008 0.021 0.605 0.045 0.102 0.110 151 Y 0.183 0.014 0.021 0.563 0.050 0.078 0.091 152 S 0.193 0.007 0.018 0.523 0.055 0.067 0.137 153 A 0.131 0.004 0.023 0.654 0.050 0.061 0.079 154 K 0.111 0.003 0.023 0.745 0.028 0.046 0.043 155 W 0.202 0.006 0.035 0.607 0.026 0.061 0.063 156 G 0.273 0.008 0.035 0.503 0.025 0.063 0.094 157 I 0.285 0.008 0.061 0.461 0.042 0.061 0.083 158 E 0.248 0.004 0.071 0.423 0.056 0.122 0.076 159 N 0.240 0.005 0.057 0.476 0.047 0.084 0.092 160 V 0.350 0.018 0.049 0.380 0.049 0.057 0.097 161 E 0.214 0.010 0.063 0.459 0.036 0.103 0.115 162 K 0.205 0.007 0.071 0.363 0.060 0.194 0.100 163 E 0.034 0.002 0.024 0.043 0.110 0.715 0.072 164 G 0.044 0.001 0.006 0.002 0.172 0.700 0.075 165 H 0.566 0.008 0.003 0.002 0.090 0.027 0.304 166 L 0.966 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 167 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 168 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.024 169 G 0.836 0.003 0.002 0.001 0.041 0.005 0.113 170 L 0.440 0.007 0.007 0.001 0.060 0.009 0.475 171 P 0.281 0.005 0.065 0.006 0.141 0.099 0.401 172 R 0.328 0.010 0.105 0.006 0.181 0.169 0.201 173 Y 0.702 0.013 0.041 0.006 0.065 0.051 0.121 174 M 0.836 0.008 0.007 0.003 0.031 0.015 0.100 175 E 0.883 0.003 0.003 0.004 0.013 0.011 0.082 176 V 0.917 0.003 0.001 0.004 0.007 0.004 0.065 177 N 0.931 0.011 0.001 0.004 0.005 0.003 0.046 178 I 0.816 0.010 0.001 0.004 0.009 0.011 0.148 179 K 0.549 0.009 0.006 0.003 0.064 0.115 0.254 180 D 0.133 0.004 0.021 0.006 0.205 0.532 0.099 181 G 0.107 0.001 0.024 0.004 0.359 0.408 0.097 182 K 0.512 0.023 0.018 0.008 0.128 0.050 0.262 183 I 0.796 0.059 0.005 0.004 0.028 0.010 0.098 184 I 0.753 0.025 0.007 0.006 0.043 0.028 0.139 185 G 0.475 0.009 0.022 0.009 0.101 0.115 0.268 186 R 0.363 0.010 0.023 0.007 0.183 0.076 0.337 187 S 0.426 0.053 0.014 0.006 0.109 0.049 0.344 188 L 0.378 0.078 0.006 0.005 0.131 0.021 0.382 189 D 0.130 0.033 0.003 0.002 0.039 0.007 0.787 190 P 0.015 0.004 0.116 0.028 0.062 0.709 0.066 191 R 0.017 0.005 0.115 0.025 0.078 0.711 0.049 192 E 0.073 0.033 0.234 0.055 0.163 0.315 0.127 193 G 0.093 0.025 0.051 0.034 0.182 0.407 0.207 194 G 0.190 0.017 0.044 0.015 0.219 0.180 0.335 195 L 0.459 0.088 0.032 0.016 0.108 0.078 0.219 196 Y 0.514 0.030 0.022 0.016 0.129 0.097 0.191 197 G 0.531 0.007 0.011 0.006 0.162 0.089 0.194 198 S 0.633 0.008 0.009 0.012 0.086 0.035 0.218 199 A 0.811 0.007 0.006 0.012 0.033 0.012 0.118 200 E 0.898 0.005 0.002 0.009 0.011 0.008 0.067 201 V 0.909 0.009 0.002 0.005 0.012 0.006 0.058 202 S 0.854 0.009 0.001 0.005 0.024 0.011 0.095 203 V 0.478 0.014 0.006 0.007 0.100 0.029 0.367 204 P 0.263 0.007 0.017 0.004 0.084 0.085 0.539 205 E 0.063 0.004 0.031 0.004 0.236 0.605 0.058 206 G 0.145 0.002 0.021 0.001 0.130 0.616 0.084 207 V 0.487 0.008 0.004 0.001 0.028 0.005 0.467 208 K 0.862 0.013 0.002 0.001 0.007 0.002 0.112 209 W 0.944 0.003 0.002 0.001 0.007 0.002 0.043 210 E 0.935 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 211 I 0.871 0.012 0.001 0.002 0.017 0.002 0.096 212 Y 0.440 0.009 0.001 0.002 0.082 0.015 0.450 213 P 0.136 0.013 0.003 0.014 0.287 0.080 0.465 214 N 0.038 0.007 0.005 0.045 0.317 0.046 0.543 215 P 0.010 0.003 0.030 0.614 0.085 0.190 0.068 216 V 0.022 0.004 0.032 0.759 0.029 0.116 0.037 217 A 0.066 0.006 0.040 0.777 0.022 0.033 0.056 218 R 0.124 0.004 0.017 0.750 0.021 0.029 0.055 219 R 0.312 0.005 0.018 0.544 0.029 0.052 0.041 220 F 0.438 0.005 0.012 0.446 0.017 0.038 0.045 221 M 0.533 0.002 0.005 0.383 0.018 0.023 0.036 222 I 0.683 0.002 0.003 0.265 0.008 0.013 0.025 223 F 0.691 0.002 0.002 0.263 0.005 0.014 0.023 224 E 0.644 0.003 0.004 0.296 0.007 0.024 0.023 225 I 0.617 0.004 0.005 0.260 0.016 0.036 0.062 226 F 0.489 0.009 0.017 0.152 0.091 0.080 0.163 227 S 0.265 0.011 0.018 0.074 0.195 0.135 0.302 228 K 0.077 0.012 0.028 0.054 0.048 0.136 0.645 229 R 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.984