# TARGET T0344 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.6722 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.149 0.153 0.189 0.192 0.149 0.040 2 R 0.043 0.058 0.115 0.212 0.261 0.231 0.079 3 I 0.029 0.033 0.038 0.056 0.123 0.378 0.344 4 V 0.016 0.027 0.037 0.077 0.157 0.324 0.362 5 A 0.020 0.029 0.051 0.100 0.163 0.292 0.345 6 A 0.042 0.047 0.055 0.105 0.210 0.315 0.226 7 D 0.092 0.126 0.167 0.197 0.172 0.167 0.078 8 T 0.121 0.124 0.139 0.183 0.185 0.164 0.085 9 G 0.213 0.153 0.127 0.150 0.151 0.144 0.062 10 G 0.196 0.146 0.131 0.143 0.146 0.153 0.085 11 A 0.090 0.090 0.112 0.162 0.194 0.223 0.129 12 V 0.070 0.087 0.106 0.162 0.205 0.245 0.124 13 L 0.091 0.096 0.116 0.180 0.226 0.217 0.073 14 D 0.153 0.234 0.226 0.194 0.125 0.056 0.013 15 E 0.226 0.275 0.232 0.154 0.075 0.029 0.009 16 T 0.234 0.230 0.182 0.163 0.111 0.065 0.016 17 F 0.077 0.091 0.140 0.238 0.265 0.162 0.027 18 E 0.223 0.271 0.225 0.156 0.075 0.039 0.010 19 P 0.131 0.143 0.164 0.190 0.186 0.149 0.037 20 I 0.064 0.078 0.121 0.177 0.235 0.241 0.083 21 G 0.104 0.126 0.170 0.189 0.182 0.157 0.072 22 L 0.092 0.065 0.084 0.127 0.187 0.265 0.180 23 I 0.101 0.087 0.107 0.146 0.175 0.216 0.168 24 A 0.135 0.099 0.115 0.143 0.136 0.187 0.185 25 T 0.145 0.093 0.098 0.137 0.135 0.176 0.216 26 V 0.111 0.074 0.076 0.113 0.115 0.220 0.291 27 A 0.162 0.113 0.109 0.145 0.125 0.188 0.158 28 V 0.157 0.131 0.125 0.148 0.129 0.200 0.109 29 L 0.115 0.097 0.100 0.167 0.186 0.249 0.086 30 V 0.075 0.100 0.105 0.173 0.215 0.268 0.064 31 E 0.129 0.208 0.210 0.227 0.148 0.071 0.009 32 K 0.182 0.244 0.235 0.188 0.105 0.041 0.004 33 P 0.171 0.272 0.244 0.180 0.093 0.035 0.003 34 Y 0.160 0.174 0.217 0.238 0.160 0.049 0.003 35 R 0.517 0.314 0.112 0.041 0.012 0.003 0.001 36 S 0.394 0.265 0.172 0.115 0.041 0.011 0.001 37 A 0.280 0.155 0.155 0.197 0.149 0.057 0.006 38 K 0.443 0.306 0.160 0.067 0.019 0.004 0.001 39 E 0.381 0.362 0.163 0.068 0.020 0.005 0.001 40 V 0.152 0.165 0.205 0.223 0.175 0.074 0.008 41 M 0.076 0.171 0.235 0.248 0.178 0.083 0.009 42 V 0.074 0.086 0.126 0.230 0.276 0.182 0.026 43 K 0.120 0.226 0.241 0.234 0.128 0.045 0.006 44 Y 0.089 0.095 0.113 0.197 0.250 0.222 0.034 45 A 0.158 0.193 0.212 0.223 0.146 0.059 0.008 46 N 0.258 0.322 0.219 0.127 0.053 0.017 0.003 47 P 0.284 0.257 0.190 0.149 0.081 0.032 0.007 48 Y 0.129 0.147 0.200 0.245 0.191 0.081 0.008 49 D 0.273 0.392 0.216 0.086 0.026 0.007 0.001 50 Y 0.062 0.071 0.122 0.249 0.307 0.167 0.021 51 D 0.131 0.229 0.250 0.210 0.123 0.049 0.007 52 L 0.140 0.130 0.162 0.215 0.204 0.128 0.021 53 T 0.249 0.240 0.217 0.159 0.082 0.042 0.011 54 G 0.164 0.176 0.179 0.200 0.157 0.098 0.026 55 R 0.164 0.194 0.184 0.202 0.154 0.083 0.020 56 Q 0.101 0.159 0.187 0.219 0.181 0.125 0.027 57 A 0.069 0.090 0.139 0.205 0.217 0.213 0.066 58 I 0.076 0.077 0.089 0.147 0.227 0.290 0.094 59 R 0.134 0.223 0.234 0.228 0.122 0.049 0.010 60 D 0.156 0.229 0.221 0.202 0.115 0.062 0.015 61 E 0.086 0.107 0.113 0.141 0.203 0.266 0.084 62 V 0.051 0.053 0.088 0.187 0.287 0.274 0.060 63 L 0.077 0.148 0.224 0.271 0.184 0.082 0.015 64 L 0.070 0.056 0.086 0.154 0.211 0.313 0.110 65 A 0.045 0.048 0.043 0.076 0.159 0.413 0.216 66 I 0.062 0.095 0.129 0.203 0.240 0.203 0.068 67 E 0.107 0.183 0.222 0.250 0.154 0.067 0.018 68 L 0.048 0.072 0.102 0.183 0.262 0.277 0.057 69 A 0.082 0.124 0.177 0.259 0.238 0.110 0.010 70 R 0.284 0.368 0.210 0.096 0.034 0.007 0.001 71 K 0.399 0.289 0.175 0.099 0.031 0.006 0.001 72 V 0.130 0.152 0.211 0.264 0.183 0.056 0.003 73 K 0.391 0.378 0.154 0.057 0.016 0.004 0.001 74 P 0.119 0.136 0.186 0.258 0.203 0.085 0.012 75 D 0.161 0.220 0.198 0.191 0.142 0.074 0.014 76 V 0.058 0.073 0.118 0.216 0.259 0.216 0.060 77 I 0.042 0.049 0.059 0.112 0.197 0.342 0.199 78 H 0.052 0.085 0.106 0.151 0.196 0.240 0.170 79 L 0.062 0.069 0.084 0.149 0.218 0.256 0.163 80 D 0.123 0.163 0.169 0.179 0.159 0.131 0.075 81 S 0.170 0.147 0.146 0.174 0.163 0.142 0.058 82 T 0.185 0.181 0.175 0.181 0.142 0.101 0.034 83 L 0.193 0.132 0.131 0.171 0.178 0.145 0.049 84 G 0.283 0.199 0.158 0.145 0.100 0.080 0.035 85 G 0.243 0.211 0.171 0.153 0.112 0.080 0.030 86 I 0.141 0.115 0.128 0.182 0.194 0.171 0.069 87 E 0.129 0.169 0.181 0.196 0.167 0.123 0.036 88 L 0.109 0.104 0.116 0.174 0.236 0.215 0.046 89 R 0.117 0.193 0.225 0.245 0.153 0.059 0.007 90 K 0.193 0.274 0.228 0.162 0.090 0.043 0.009 91 L 0.089 0.118 0.171 0.251 0.221 0.126 0.023 92 D 0.300 0.264 0.182 0.135 0.076 0.036 0.007 93 E 0.305 0.275 0.207 0.128 0.058 0.023 0.004 94 P 0.381 0.220 0.157 0.128 0.075 0.035 0.005 95 T 0.240 0.211 0.195 0.169 0.121 0.058 0.007 96 I 0.179 0.109 0.143 0.225 0.221 0.110 0.013 97 D 0.340 0.334 0.191 0.095 0.030 0.009 0.001 98 A 0.282 0.208 0.171 0.164 0.116 0.052 0.007 99 L 0.185 0.134 0.137 0.191 0.209 0.123 0.021 100 G 0.270 0.288 0.219 0.135 0.060 0.024 0.004 101 I 0.177 0.145 0.166 0.235 0.193 0.075 0.009 102 S 0.236 0.311 0.239 0.139 0.058 0.015 0.002 103 D 0.439 0.255 0.150 0.100 0.044 0.012 0.001 104 K 0.594 0.246 0.098 0.042 0.014 0.004 0.001 105 G 0.576 0.190 0.101 0.077 0.042 0.013 0.001 106 K 0.506 0.271 0.135 0.062 0.020 0.005 0.001 107 E 0.468 0.304 0.139 0.061 0.021 0.006 0.001 108 V 0.180 0.188 0.200 0.228 0.142 0.056 0.007 109 W 0.258 0.219 0.208 0.190 0.103 0.022 0.001 110 K 0.505 0.272 0.135 0.065 0.020 0.003 0.001 111 E 0.566 0.264 0.107 0.049 0.012 0.003 0.001 112 L 0.268 0.166 0.208 0.204 0.118 0.035 0.002 113 S 0.573 0.244 0.108 0.052 0.019 0.004 0.001 114 K 0.693 0.192 0.071 0.030 0.010 0.004 0.001 115 D 0.510 0.224 0.137 0.079 0.035 0.014 0.001 116 L 0.355 0.136 0.129 0.158 0.140 0.073 0.009 117 Q 0.418 0.291 0.152 0.084 0.036 0.017 0.003 118 P 0.678 0.183 0.078 0.038 0.016 0.005 0.001 119 L 0.563 0.151 0.110 0.094 0.058 0.022 0.003 120 A 0.376 0.124 0.118 0.170 0.141 0.064 0.006 121 R 0.474 0.333 0.127 0.048 0.014 0.004 0.001 122 K 0.500 0.205 0.136 0.102 0.045 0.011 0.001 123 F 0.312 0.159 0.116 0.158 0.151 0.092 0.011 124 W 0.158 0.168 0.191 0.227 0.163 0.081 0.012 125 E 0.375 0.298 0.161 0.098 0.047 0.018 0.004 126 E 0.283 0.224 0.197 0.173 0.091 0.028 0.004 127 T 0.240 0.215 0.176 0.174 0.119 0.063 0.013 128 N 0.170 0.252 0.238 0.179 0.102 0.045 0.014 129 I 0.055 0.052 0.080 0.178 0.281 0.281 0.074 130 E 0.086 0.114 0.151 0.214 0.214 0.157 0.064 131 I 0.079 0.087 0.097 0.128 0.165 0.281 0.164 132 V 0.084 0.078 0.107 0.178 0.195 0.218 0.140 133 A 0.094 0.102 0.108 0.139 0.151 0.238 0.167 134 I 0.113 0.104 0.118 0.177 0.196 0.195 0.098 135 G 0.134 0.151 0.160 0.199 0.173 0.143 0.040 136 K 0.209 0.194 0.168 0.181 0.142 0.079 0.027 137 S 0.222 0.239 0.206 0.166 0.092 0.059 0.016 138 S 0.198 0.205 0.202 0.176 0.128 0.072 0.018 139 V 0.076 0.110 0.153 0.215 0.215 0.176 0.055 140 P 0.112 0.158 0.169 0.213 0.183 0.124 0.040 141 V 0.061 0.089 0.115 0.194 0.231 0.224 0.087 142 R 0.053 0.119 0.176 0.223 0.195 0.161 0.074 143 I 0.023 0.028 0.046 0.098 0.184 0.354 0.267 144 A 0.039 0.073 0.108 0.179 0.209 0.231 0.163 145 E 0.038 0.099 0.139 0.175 0.185 0.220 0.144 146 I 0.034 0.043 0.062 0.117 0.189 0.299 0.257 147 Y 0.052 0.066 0.082 0.116 0.152 0.270 0.262 148 A 0.082 0.090 0.114 0.141 0.150 0.222 0.200 149 G 0.077 0.082 0.109 0.149 0.159 0.224 0.201 150 I 0.078 0.062 0.067 0.114 0.165 0.249 0.266 151 Y 0.086 0.070 0.081 0.131 0.143 0.225 0.263 152 S 0.100 0.108 0.114 0.141 0.129 0.202 0.207 153 A 0.033 0.041 0.058 0.104 0.167 0.305 0.292 154 K 0.017 0.046 0.094 0.190 0.249 0.293 0.111 155 W 0.025 0.053 0.082 0.154 0.245 0.328 0.111 156 G 0.014 0.033 0.055 0.130 0.259 0.412 0.097 157 I 0.011 0.032 0.082 0.192 0.335 0.306 0.041 158 E 0.049 0.209 0.283 0.257 0.144 0.052 0.007 159 N 0.041 0.249 0.312 0.259 0.108 0.028 0.002 160 V 0.008 0.042 0.134 0.350 0.365 0.098 0.002 161 E 0.287 0.374 0.216 0.093 0.027 0.003 0.001 162 K 0.549 0.310 0.110 0.028 0.004 0.001 0.001 163 E 0.532 0.320 0.111 0.031 0.004 0.001 0.001 164 G 0.171 0.362 0.299 0.135 0.030 0.003 0.001 165 H 0.041 0.153 0.317 0.327 0.138 0.024 0.001 166 L 0.004 0.010 0.028 0.101 0.332 0.484 0.041 167 I 0.004 0.013 0.032 0.097 0.264 0.463 0.126 168 I 0.007 0.017 0.031 0.072 0.160 0.408 0.305 169 G 0.012 0.031 0.054 0.125 0.222 0.358 0.198 170 L 0.009 0.026 0.054 0.126 0.248 0.379 0.158 171 P 0.039 0.103 0.165 0.213 0.227 0.184 0.069 172 R 0.093 0.188 0.199 0.211 0.169 0.114 0.025 173 Y 0.042 0.102 0.166 0.228 0.239 0.174 0.049 174 M 0.026 0.060 0.104 0.193 0.282 0.285 0.050 175 E 0.054 0.230 0.302 0.236 0.115 0.051 0.011 176 V 0.021 0.042 0.085 0.228 0.351 0.243 0.030 177 N 0.086 0.367 0.321 0.168 0.047 0.010 0.001 178 I 0.044 0.076 0.157 0.336 0.303 0.081 0.003 179 K 0.375 0.355 0.192 0.064 0.012 0.001 0.001 180 D 0.661 0.260 0.063 0.014 0.002 0.001 0.001 181 G 0.430 0.287 0.183 0.080 0.018 0.002 0.001 182 K 0.246 0.387 0.240 0.097 0.026 0.004 0.001 183 I 0.071 0.093 0.156 0.284 0.289 0.100 0.007 184 I 0.093 0.205 0.257 0.249 0.143 0.049 0.005 185 G 0.114 0.176 0.210 0.236 0.177 0.077 0.010 186 R 0.211 0.268 0.231 0.170 0.082 0.032 0.005 187 S 0.160 0.233 0.229 0.190 0.121 0.056 0.011 188 L 0.072 0.089 0.133 0.235 0.265 0.171 0.035 189 D 0.156 0.220 0.204 0.192 0.131 0.078 0.017 190 P 0.189 0.206 0.185 0.176 0.127 0.085 0.032 191 R 0.177 0.223 0.207 0.184 0.117 0.070 0.022 192 E 0.217 0.227 0.186 0.153 0.112 0.077 0.028 193 G 0.240 0.198 0.167 0.152 0.116 0.089 0.039 194 G 0.201 0.245 0.196 0.157 0.105 0.072 0.023 195 L 0.085 0.092 0.126 0.204 0.233 0.197 0.062 196 Y 0.147 0.187 0.198 0.204 0.146 0.091 0.026 197 G 0.143 0.174 0.193 0.199 0.166 0.100 0.024 198 S 0.194 0.277 0.242 0.167 0.082 0.031 0.007 199 A 0.072 0.094 0.157 0.256 0.277 0.129 0.015 200 E 0.148 0.322 0.268 0.161 0.072 0.025 0.004 201 V 0.107 0.141 0.191 0.257 0.218 0.078 0.007 202 S 0.196 0.338 0.242 0.146 0.055 0.019 0.003 203 V 0.069 0.128 0.201 0.298 0.221 0.078 0.006 204 P 0.171 0.261 0.267 0.192 0.085 0.021 0.002 205 E 0.587 0.299 0.084 0.023 0.005 0.001 0.001 206 G 0.242 0.293 0.239 0.148 0.059 0.018 0.002 207 V 0.056 0.077 0.138 0.270 0.297 0.150 0.012 208 K 0.133 0.325 0.293 0.169 0.060 0.018 0.003 209 W 0.053 0.078 0.128 0.239 0.271 0.200 0.030 210 E 0.048 0.116 0.159 0.215 0.248 0.179 0.035 211 I 0.049 0.055 0.089 0.167 0.245 0.292 0.103 212 Y 0.079 0.131 0.184 0.235 0.194 0.137 0.040 213 P 0.109 0.157 0.183 0.197 0.178 0.133 0.043 214 N 0.142 0.168 0.178 0.198 0.159 0.112 0.043 215 P 0.117 0.135 0.154 0.169 0.180 0.167 0.079 216 V 0.099 0.086 0.102 0.158 0.202 0.231 0.123 217 A 0.066 0.080 0.109 0.171 0.200 0.249 0.126 218 R 0.079 0.095 0.113 0.167 0.193 0.236 0.117 219 R 0.082 0.086 0.113 0.170 0.206 0.234 0.109 220 F 0.075 0.079 0.091 0.141 0.183 0.285 0.147 221 M 0.087 0.092 0.128 0.192 0.188 0.215 0.098 222 I 0.074 0.083 0.099 0.147 0.199 0.300 0.098 223 F 0.098 0.088 0.106 0.182 0.244 0.228 0.054 224 E 0.103 0.180 0.205 0.235 0.171 0.097 0.009 225 I 0.146 0.127 0.151 0.217 0.226 0.122 0.012 226 F 0.156 0.210 0.251 0.237 0.119 0.026 0.001 227 S 0.567 0.283 0.105 0.036 0.009 0.001 0.001 228 K 0.728 0.190 0.060 0.018 0.003 0.001 0.001 229 R 0.762 0.155 0.055 0.021 0.006 0.001 0.001