# TARGET T0344 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0344.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.13026 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.001 0.001 0.010 0.065 0.833 2 R 0.792 0.003 0.001 0.013 0.021 0.171 3 I 0.953 0.002 0.001 0.008 0.007 0.028 4 V 0.963 0.003 0.001 0.008 0.007 0.019 5 A 0.915 0.002 0.003 0.014 0.025 0.040 6 A 0.744 0.003 0.010 0.020 0.087 0.136 7 D 0.383 0.014 0.022 0.028 0.292 0.260 8 T 0.130 0.015 0.024 0.043 0.492 0.296 9 G 0.077 0.010 0.040 0.104 0.466 0.301 10 G 0.084 0.007 0.028 0.035 0.360 0.485 11 A 0.290 0.019 0.116 0.079 0.251 0.245 12 V 0.437 0.053 0.115 0.071 0.143 0.181 13 L 0.430 0.076 0.089 0.068 0.154 0.183 14 D 0.210 0.021 0.086 0.093 0.429 0.161 15 E 0.039 0.004 0.217 0.165 0.494 0.081 16 T 0.034 0.005 0.128 0.187 0.546 0.100 17 F 0.040 0.022 0.068 0.160 0.536 0.174 18 E 0.039 0.020 0.023 0.104 0.285 0.529 19 P 0.043 0.010 0.051 0.298 0.242 0.356 20 I 0.102 0.011 0.062 0.543 0.150 0.132 21 G 0.310 0.010 0.045 0.451 0.091 0.093 22 L 0.518 0.006 0.040 0.349 0.049 0.039 23 I 0.656 0.003 0.022 0.227 0.056 0.036 24 A 0.753 0.001 0.016 0.134 0.068 0.028 25 T 0.803 0.001 0.008 0.117 0.049 0.021 26 V 0.695 0.001 0.009 0.236 0.039 0.020 27 A 0.505 0.001 0.011 0.449 0.021 0.013 28 V 0.379 0.001 0.008 0.590 0.012 0.011 29 L 0.321 0.001 0.006 0.638 0.012 0.021 30 V 0.444 0.003 0.004 0.479 0.026 0.045 31 E 0.558 0.006 0.004 0.261 0.057 0.115 32 K 0.352 0.007 0.010 0.133 0.205 0.293 33 P 0.135 0.009 0.034 0.105 0.383 0.333 34 Y 0.123 0.015 0.079 0.109 0.414 0.260 35 R 0.087 0.013 0.083 0.108 0.455 0.254 36 S 0.065 0.013 0.044 0.093 0.444 0.340 37 A 0.058 0.004 0.132 0.236 0.420 0.151 38 K 0.142 0.005 0.145 0.244 0.332 0.131 39 E 0.262 0.006 0.128 0.228 0.257 0.119 40 V 0.449 0.008 0.039 0.238 0.117 0.150 41 M 0.628 0.011 0.016 0.171 0.054 0.120 42 V 0.716 0.008 0.009 0.123 0.040 0.105 43 K 0.735 0.008 0.006 0.054 0.059 0.139 44 Y 0.588 0.020 0.007 0.040 0.124 0.221 45 A 0.235 0.029 0.006 0.024 0.221 0.485 46 N 0.058 0.013 0.003 0.006 0.420 0.499 47 P 0.012 0.004 0.094 0.055 0.644 0.191 48 Y 0.019 0.009 0.129 0.065 0.622 0.155 49 D 0.018 0.010 0.188 0.079 0.605 0.099 50 Y 0.032 0.025 0.070 0.156 0.430 0.287 51 D 0.066 0.041 0.039 0.171 0.366 0.317 52 L 0.040 0.015 0.043 0.492 0.276 0.134 53 T 0.044 0.009 0.023 0.483 0.240 0.200 54 G 0.034 0.006 0.027 0.657 0.160 0.116 55 R 0.020 0.002 0.023 0.848 0.051 0.056 56 Q 0.016 0.003 0.027 0.906 0.026 0.022 57 A 0.029 0.003 0.034 0.886 0.026 0.022 58 I 0.042 0.003 0.030 0.850 0.038 0.038 59 R 0.022 0.002 0.023 0.877 0.038 0.037 60 D 0.006 0.001 0.015 0.933 0.024 0.021 61 E 0.002 0.001 0.007 0.979 0.007 0.005 62 V 0.002 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 63 L 0.002 0.001 0.004 0.985 0.006 0.003 64 L 0.003 0.001 0.004 0.986 0.005 0.001 65 A 0.004 0.001 0.003 0.989 0.003 0.001 66 I 0.003 0.001 0.006 0.985 0.004 0.001 67 E 0.006 0.001 0.007 0.979 0.006 0.001 68 L 0.006 0.001 0.007 0.968 0.010 0.008 69 A 0.003 0.003 0.010 0.946 0.017 0.022 70 R 0.004 0.001 0.019 0.920 0.031 0.025 71 K 0.009 0.003 0.019 0.744 0.109 0.117 72 V 0.012 0.006 0.014 0.453 0.139 0.376 73 K 0.023 0.012 0.005 0.012 0.338 0.610 74 P 0.017 0.001 0.012 0.005 0.560 0.404 75 D 0.054 0.002 0.019 0.003 0.588 0.334 76 V 0.868 0.022 0.004 0.003 0.057 0.047 77 I 0.944 0.012 0.001 0.003 0.007 0.033 78 H 0.949 0.007 0.001 0.004 0.010 0.030 79 L 0.739 0.010 0.005 0.017 0.079 0.150 80 D 0.281 0.009 0.016 0.015 0.361 0.318 81 S 0.138 0.011 0.072 0.029 0.535 0.214 82 T 0.115 0.036 0.104 0.040 0.499 0.207 83 L 0.134 0.015 0.063 0.052 0.589 0.147 84 G 0.118 0.010 0.031 0.063 0.558 0.220 85 G 0.205 0.010 0.018 0.050 0.399 0.319 86 I 0.501 0.024 0.019 0.080 0.174 0.203 87 E 0.625 0.020 0.020 0.084 0.085 0.167 88 L 0.614 0.015 0.063 0.091 0.091 0.125 89 R 0.520 0.015 0.069 0.093 0.114 0.189 90 K 0.463 0.026 0.089 0.084 0.162 0.175 91 L 0.184 0.025 0.039 0.087 0.268 0.398 92 D 0.077 0.020 0.012 0.080 0.249 0.562 93 E 0.019 0.006 0.037 0.440 0.286 0.210 94 P 0.016 0.004 0.043 0.525 0.277 0.134 95 T 0.021 0.018 0.073 0.582 0.216 0.089 96 I 0.038 0.010 0.084 0.606 0.165 0.097 97 D 0.051 0.005 0.142 0.514 0.138 0.148 98 A 0.067 0.007 0.118 0.559 0.104 0.145 99 L 0.064 0.007 0.050 0.575 0.089 0.215 100 G 0.075 0.009 0.018 0.082 0.125 0.691 101 I 0.054 0.009 0.012 0.028 0.128 0.769 102 S 0.095 0.014 0.028 0.045 0.258 0.559 103 D 0.043 0.008 0.130 0.159 0.450 0.210 104 K 0.021 0.005 0.104 0.312 0.401 0.158 105 G 0.024 0.003 0.049 0.449 0.287 0.188 106 K 0.041 0.003 0.022 0.772 0.077 0.084 107 E 0.053 0.008 0.016 0.846 0.031 0.046 108 V 0.057 0.006 0.019 0.854 0.029 0.036 109 W 0.068 0.004 0.025 0.836 0.030 0.037 110 K 0.033 0.002 0.044 0.854 0.041 0.026 111 E 0.028 0.003 0.049 0.804 0.075 0.040 112 L 0.007 0.002 0.043 0.840 0.065 0.043 113 S 0.007 0.004 0.055 0.765 0.093 0.076 114 K 0.003 0.001 0.109 0.713 0.113 0.062 115 D 0.005 0.004 0.095 0.557 0.177 0.163 116 L 0.002 0.002 0.041 0.809 0.072 0.073 117 Q 0.006 0.003 0.067 0.759 0.077 0.087 118 P 0.002 0.001 0.051 0.846 0.061 0.039 119 L 0.001 0.001 0.074 0.886 0.026 0.012 120 A 0.003 0.001 0.039 0.928 0.020 0.010 121 R 0.003 0.001 0.048 0.912 0.025 0.012 122 K 0.006 0.001 0.030 0.896 0.042 0.025 123 F 0.014 0.005 0.023 0.881 0.045 0.033 124 W 0.029 0.003 0.046 0.806 0.084 0.032 125 E 0.026 0.002 0.080 0.805 0.063 0.023 126 E 0.027 0.004 0.058 0.797 0.097 0.018 127 T 0.014 0.001 0.030 0.729 0.124 0.101 128 N 0.009 0.001 0.001 0.006 0.132 0.852 129 I 0.417 0.006 0.001 0.004 0.126 0.446 130 E 0.864 0.001 0.001 0.002 0.020 0.113 131 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 132 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 133 A 0.986 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 134 I 0.875 0.003 0.001 0.005 0.030 0.086 135 G 0.389 0.005 0.005 0.004 0.222 0.375 136 K 0.204 0.007 0.037 0.009 0.526 0.217 137 S 0.145 0.009 0.055 0.024 0.474 0.294 138 S 0.151 0.014 0.068 0.033 0.508 0.226 139 V 0.201 0.020 0.014 0.029 0.312 0.423 140 P 0.251 0.016 0.008 0.030 0.092 0.603 141 V 0.495 0.019 0.015 0.062 0.074 0.334 142 R 0.611 0.010 0.015 0.074 0.058 0.232 143 I 0.621 0.007 0.041 0.187 0.050 0.094 144 A 0.575 0.003 0.044 0.256 0.063 0.059 145 E 0.597 0.003 0.046 0.269 0.056 0.029 146 I 0.516 0.005 0.031 0.325 0.086 0.036 147 Y 0.301 0.004 0.021 0.483 0.144 0.047 148 A 0.172 0.002 0.027 0.542 0.163 0.094 149 G 0.149 0.003 0.045 0.452 0.214 0.138 150 I 0.282 0.008 0.041 0.447 0.141 0.081 151 Y 0.300 0.011 0.032 0.500 0.086 0.073 152 S 0.221 0.005 0.022 0.551 0.089 0.112 153 A 0.149 0.002 0.034 0.663 0.065 0.087 154 K 0.167 0.004 0.035 0.659 0.065 0.070 155 W 0.249 0.004 0.046 0.590 0.059 0.053 156 G 0.390 0.005 0.046 0.413 0.063 0.082 157 I 0.306 0.006 0.061 0.513 0.063 0.051 158 E 0.254 0.004 0.047 0.558 0.081 0.057 159 N 0.178 0.004 0.048 0.612 0.096 0.062 160 V 0.211 0.011 0.040 0.465 0.144 0.128 161 E 0.208 0.012 0.047 0.469 0.185 0.079 162 K 0.137 0.011 0.064 0.394 0.354 0.042 163 E 0.043 0.003 0.029 0.244 0.594 0.086 164 G 0.045 0.002 0.011 0.037 0.695 0.210 165 H 0.387 0.009 0.005 0.008 0.262 0.330 166 L 0.825 0.012 0.004 0.005 0.038 0.117 167 I 0.934 0.012 0.004 0.004 0.019 0.027 168 I 0.881 0.007 0.007 0.007 0.033 0.064 169 G 0.632 0.011 0.014 0.013 0.125 0.205 170 L 0.345 0.012 0.015 0.017 0.283 0.327 171 P 0.221 0.008 0.061 0.053 0.320 0.337 172 R 0.255 0.008 0.118 0.094 0.311 0.214 173 Y 0.403 0.021 0.142 0.127 0.155 0.152 174 M 0.479 0.016 0.044 0.165 0.094 0.200 175 E 0.392 0.020 0.021 0.154 0.061 0.352 176 V 0.044 0.002 0.001 0.008 0.034 0.911