# TARGET T0343 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.747 0.001 0.006 0.124 0.001 0.001 0.003 0.081 0.014 0.012 0.008 2 T 0.001 0.033 0.525 0.001 0.007 0.355 0.001 0.001 0.004 0.024 0.022 0.002 0.025 3 W 0.001 0.005 0.081 0.001 0.011 0.843 0.001 0.001 0.002 0.024 0.026 0.004 0.003 4 R 0.001 0.001 0.042 0.001 0.008 0.912 0.001 0.001 0.001 0.015 0.016 0.001 0.003 5 E 0.002 0.002 0.020 0.001 0.014 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.002 0.004 6 I 0.005 0.001 0.012 0.001 0.013 0.944 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.003 0.003 7 L 0.003 0.002 0.019 0.001 0.013 0.920 0.001 0.001 0.001 0.010 0.022 0.002 0.005 8 R 0.001 0.002 0.020 0.001 0.020 0.868 0.001 0.001 0.001 0.014 0.066 0.002 0.004 9 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.017 0.802 0.001 0.001 0.001 0.023 0.128 0.002 0.002 10 E 0.001 0.002 0.065 0.001 0.021 0.419 0.001 0.001 0.001 0.059 0.425 0.002 0.005 11 G 0.002 0.004 0.235 0.003 0.030 0.185 0.001 0.001 0.002 0.138 0.382 0.010 0.008 12 F 0.013 0.017 0.418 0.004 0.056 0.153 0.003 0.002 0.007 0.132 0.097 0.027 0.071 13 L 0.051 0.031 0.245 0.004 0.050 0.111 0.006 0.006 0.010 0.138 0.083 0.156 0.108 14 D 0.037 0.031 0.272 0.022 0.064 0.088 0.005 0.004 0.013 0.112 0.125 0.057 0.171 15 L 0.041 0.012 0.238 0.031 0.082 0.081 0.004 0.004 0.010 0.117 0.178 0.057 0.146 16 G 0.041 0.008 0.174 0.086 0.044 0.029 0.003 0.002 0.007 0.252 0.229 0.067 0.059 17 E 0.074 0.004 0.238 0.049 0.023 0.009 0.007 0.001 0.031 0.215 0.110 0.108 0.131 18 F 0.241 0.006 0.108 0.008 0.001 0.005 0.052 0.017 0.095 0.017 0.003 0.078 0.367 19 I 0.497 0.003 0.025 0.021 0.001 0.002 0.123 0.017 0.056 0.003 0.001 0.179 0.074 20 V 0.657 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.136 0.017 0.030 0.001 0.001 0.047 0.101 21 E 0.631 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 0.178 0.028 0.026 0.001 0.001 0.036 0.059 22 L 0.462 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.317 0.049 0.048 0.001 0.001 0.049 0.058 23 V 0.370 0.001 0.027 0.005 0.001 0.002 0.174 0.059 0.122 0.006 0.001 0.113 0.120 24 Y 0.195 0.006 0.080 0.015 0.007 0.006 0.139 0.025 0.107 0.012 0.009 0.073 0.326 25 I 0.070 0.022 0.200 0.186 0.017 0.009 0.043 0.005 0.066 0.109 0.049 0.087 0.136 26 D 0.014 0.021 0.340 0.047 0.025 0.010 0.005 0.001 0.024 0.263 0.083 0.059 0.108 27 C 0.002 0.009 0.596 0.006 0.025 0.009 0.001 0.001 0.004 0.230 0.030 0.041 0.046 28 P 0.001 0.034 0.419 0.003 0.058 0.021 0.001 0.001 0.004 0.217 0.173 0.011 0.059 29 C 0.003 0.035 0.401 0.006 0.077 0.025 0.001 0.001 0.003 0.201 0.196 0.015 0.037 30 E 0.002 0.037 0.431 0.005 0.074 0.016 0.002 0.001 0.005 0.210 0.149 0.035 0.034 31 P 0.002 0.036 0.481 0.017 0.054 0.008 0.001 0.001 0.004 0.157 0.135 0.010 0.093 32 I 0.002 0.042 0.459 0.015 0.024 0.003 0.001 0.001 0.004 0.302 0.075 0.045 0.030 33 P 0.001 0.011 0.706 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.157 0.059 0.017 0.029 34 P 0.014 0.010 0.553 0.021 0.003 0.001 0.002 0.001 0.010 0.199 0.064 0.015 0.109 35 T 0.178 0.007 0.200 0.008 0.001 0.001 0.018 0.006 0.067 0.035 0.010 0.335 0.133 36 L 0.587 0.002 0.038 0.004 0.001 0.001 0.042 0.012 0.016 0.012 0.001 0.065 0.220 37 A 0.784 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.083 0.014 0.010 0.001 0.001 0.054 0.044 38 I 0.780 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.084 0.014 0.014 0.001 0.001 0.041 0.059 39 Y 0.713 0.004 0.027 0.003 0.001 0.001 0.042 0.004 0.015 0.002 0.001 0.067 0.121 40 D 0.104 0.006 0.343 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.020 0.028 0.006 0.052 0.429 41 K 0.002 0.002 0.061 0.002 0.039 0.024 0.001 0.001 0.001 0.149 0.701 0.005 0.013 42 K 0.001 0.004 0.046 0.002 0.027 0.024 0.001 0.001 0.001 0.106 0.782 0.004 0.005 43 G 0.001 0.010 0.187 0.003 0.043 0.030 0.001 0.001 0.001 0.199 0.495 0.015 0.016 44 D 0.003 0.013 0.383 0.012 0.018 0.015 0.001 0.001 0.001 0.138 0.363 0.003 0.050 45 E 0.076 0.045 0.199 0.015 0.036 0.020 0.011 0.001 0.002 0.091 0.048 0.265 0.191 46 W 0.122 0.017 0.039 0.019 0.018 0.014 0.019 0.001 0.003 0.013 0.013 0.020 0.701 47 Y 0.156 0.007 0.051 0.038 0.007 0.015 0.025 0.001 0.004 0.013 0.007 0.596 0.081 48 K 0.199 0.009 0.071 0.007 0.005 0.015 0.024 0.001 0.006 0.012 0.008 0.094 0.549 49 V 0.138 0.014 0.166 0.047 0.020 0.025 0.011 0.001 0.004 0.039 0.030 0.175 0.332 50 E 0.042 0.017 0.282 0.045 0.026 0.037 0.003 0.001 0.006 0.135 0.123 0.165 0.121 51 E 0.009 0.013 0.344 0.015 0.022 0.034 0.001 0.001 0.009 0.272 0.142 0.029 0.109 52 A 0.002 0.008 0.592 0.005 0.011 0.023 0.001 0.001 0.008 0.202 0.043 0.070 0.036 53 P 0.002 0.016 0.525 0.006 0.028 0.037 0.001 0.001 0.007 0.156 0.146 0.019 0.057 54 N 0.005 0.021 0.454 0.006 0.039 0.057 0.001 0.001 0.008 0.148 0.204 0.020 0.038 55 V 0.006 0.020 0.495 0.004 0.046 0.090 0.001 0.001 0.010 0.160 0.102 0.025 0.040 56 Q 0.005 0.013 0.351 0.004 0.028 0.117 0.001 0.001 0.006 0.298 0.118 0.034 0.025 57 N 0.003 0.033 0.448 0.001 0.026 0.205 0.001 0.001 0.005 0.151 0.072 0.010 0.044 58 Y 0.002 0.007 0.114 0.001 0.029 0.717 0.001 0.001 0.002 0.054 0.061 0.004 0.009 59 R 0.001 0.002 0.043 0.001 0.024 0.866 0.001 0.001 0.001 0.021 0.037 0.002 0.003 60 E 0.001 0.002 0.027 0.001 0.022 0.909 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.002 0.002 61 A 0.001 0.002 0.028 0.001 0.011 0.920 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.001 0.002 62 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 64 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.002 72 I 0.001 0.002 0.010 0.001 0.011 0.885 0.001 0.001 0.001 0.010 0.074 0.001 0.004 73 R 0.001 0.004 0.052 0.001 0.018 0.613 0.001 0.001 0.002 0.053 0.241 0.009 0.006 74 D 0.001 0.004 0.105 0.001 0.014 0.264 0.001 0.001 0.001 0.131 0.468 0.004 0.006 75 G 0.001 0.003 0.312 0.002 0.016 0.044 0.001 0.001 0.001 0.295 0.317 0.001 0.008 76 E 0.001 0.007 0.244 0.007 0.042 0.018 0.001 0.001 0.002 0.387 0.271 0.015 0.005 77 N 0.004 0.016 0.297 0.019 0.064 0.018 0.004 0.003 0.023 0.213 0.211 0.025 0.103 78 V 0.010 0.008 0.534 0.016 0.015 0.013 0.005 0.013 0.068 0.124 0.018 0.080 0.095 79 K 0.027 0.022 0.238 0.018 0.004 0.005 0.028 0.028 0.302 0.090 0.008 0.144 0.087 80 L 0.034 0.026 0.078 0.006 0.002 0.003 0.089 0.057 0.471 0.011 0.003 0.025 0.195 81 V 0.037 0.012 0.127 0.168 0.002 0.005 0.081 0.070 0.361 0.018 0.004 0.071 0.043 82 S 0.033 0.024 0.193 0.007 0.003 0.003 0.084 0.058 0.325 0.024 0.008 0.113 0.125 83 L 0.023 0.032 0.378 0.005 0.008 0.004 0.044 0.012 0.121 0.129 0.040 0.050 0.153 84 D 0.002 0.013 0.523 0.010 0.009 0.004 0.003 0.001 0.027 0.248 0.121 0.017 0.022 85 G 0.001 0.009 0.323 0.002 0.010 0.013 0.001 0.001 0.011 0.484 0.131 0.006 0.009 86 P 0.001 0.024 0.440 0.003 0.023 0.032 0.001 0.001 0.006 0.255 0.193 0.006 0.017 87 A 0.001 0.017 0.578 0.001 0.019 0.029 0.001 0.001 0.003 0.275 0.061 0.008 0.009 88 P 0.001 0.014 0.715 0.001 0.021 0.084 0.001 0.001 0.002 0.102 0.052 0.001 0.007 89 P 0.001 0.005 0.297 0.001 0.048 0.475 0.001 0.001 0.001 0.107 0.064 0.002 0.002 90 K 0.001 0.002 0.054 0.001 0.038 0.800 0.001 0.001 0.001 0.036 0.068 0.001 0.001 91 V 0.001 0.002 0.030 0.001 0.023 0.893 0.001 0.001 0.001 0.013 0.037 0.001 0.002 92 M 0.001 0.001 0.016 0.001 0.013 0.951 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 94 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.027 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 96 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.942 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 98 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.017 0.905 0.001 0.001 0.001 0.009 0.050 0.001 0.001 99 L 0.001 0.002 0.032 0.001 0.042 0.835 0.001 0.001 0.001 0.016 0.069 0.001 0.001 100 Q 0.001 0.001 0.041 0.001 0.057 0.712 0.001 0.001 0.001 0.040 0.146 0.002 0.001 101 K 0.001 0.003 0.056 0.001 0.048 0.673 0.001 0.001 0.001 0.064 0.150 0.002 0.003 102 L 0.001 0.018 0.187 0.001 0.020 0.471 0.001 0.001 0.003 0.080 0.208 0.002 0.008 103 T 0.001 0.009 0.710 0.001 0.006 0.139 0.001 0.001 0.006 0.024 0.094 0.005 0.007 104 E 0.001 0.001 0.973 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002