# TARGET T0343 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.909 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.001 0.014 0.051 2 T 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.017 3 W 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 4 R 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 5 E 0.009 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.086 0.017 6 I 0.004 0.830 0.019 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.008 0.098 0.028 7 L 0.061 0.123 0.458 0.001 0.001 0.001 0.010 0.021 0.201 0.089 0.034 8 R 0.602 0.058 0.012 0.001 0.001 0.001 0.022 0.024 0.016 0.052 0.211 9 K 0.107 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.002 0.001 0.013 0.825 10 E 0.014 0.027 0.003 0.008 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 0.017 0.867 11 G 0.017 0.024 0.003 0.018 0.021 0.047 0.119 0.006 0.001 0.084 0.659 12 F 0.058 0.011 0.002 0.021 0.024 0.036 0.101 0.002 0.001 0.090 0.654 13 L 0.040 0.011 0.003 0.101 0.036 0.046 0.120 0.002 0.001 0.072 0.569 14 D 0.184 0.020 0.002 0.082 0.028 0.075 0.146 0.006 0.001 0.127 0.328 15 L 0.072 0.009 0.002 0.062 0.016 0.037 0.170 0.005 0.001 0.051 0.574 16 G 0.008 0.003 0.001 0.096 0.074 0.153 0.131 0.003 0.001 0.044 0.486 17 E 0.003 0.003 0.001 0.118 0.087 0.219 0.094 0.001 0.001 0.052 0.421 18 F 0.001 0.003 0.001 0.136 0.316 0.349 0.030 0.001 0.001 0.051 0.114 19 I 0.001 0.003 0.001 0.167 0.308 0.327 0.020 0.001 0.001 0.052 0.121 20 V 0.001 0.004 0.001 0.128 0.356 0.364 0.014 0.001 0.001 0.042 0.090 21 E 0.002 0.002 0.001 0.166 0.341 0.359 0.013 0.001 0.001 0.045 0.070 22 L 0.004 0.002 0.001 0.139 0.294 0.384 0.025 0.001 0.001 0.047 0.103 23 V 0.011 0.002 0.001 0.144 0.266 0.397 0.029 0.001 0.001 0.054 0.095 24 Y 0.070 0.002 0.001 0.094 0.189 0.234 0.064 0.001 0.001 0.061 0.283 25 I 0.006 0.001 0.001 0.069 0.119 0.220 0.114 0.001 0.001 0.021 0.446 26 D 0.027 0.002 0.002 0.030 0.038 0.076 0.097 0.003 0.002 0.028 0.693 27 C 0.210 0.002 0.002 0.015 0.045 0.038 0.104 0.012 0.001 0.089 0.482 28 P 0.029 0.001 0.001 0.010 0.011 0.024 0.110 0.004 0.001 0.038 0.771 29 C 0.042 0.001 0.001 0.011 0.008 0.017 0.077 0.001 0.001 0.027 0.815 30 E 0.029 0.001 0.001 0.009 0.051 0.043 0.119 0.004 0.001 0.050 0.694 31 P 0.007 0.001 0.001 0.010 0.014 0.027 0.132 0.001 0.001 0.018 0.791 32 I 0.055 0.001 0.001 0.034 0.056 0.074 0.145 0.004 0.001 0.054 0.574 33 P 0.038 0.002 0.001 0.037 0.023 0.025 0.206 0.002 0.001 0.041 0.627 34 P 0.002 0.001 0.001 0.090 0.081 0.179 0.170 0.002 0.001 0.034 0.440 35 T 0.001 0.002 0.001 0.287 0.118 0.330 0.041 0.001 0.001 0.081 0.139 36 L 0.001 0.001 0.001 0.299 0.225 0.287 0.020 0.001 0.001 0.043 0.124 37 A 0.001 0.001 0.001 0.299 0.276 0.337 0.010 0.001 0.001 0.025 0.052 38 I 0.004 0.001 0.001 0.174 0.292 0.371 0.015 0.001 0.001 0.055 0.088 39 Y 0.005 0.002 0.001 0.184 0.240 0.320 0.044 0.001 0.001 0.048 0.153 40 D 0.141 0.012 0.005 0.050 0.078 0.138 0.113 0.007 0.009 0.055 0.391 41 K 0.261 0.006 0.003 0.014 0.034 0.043 0.080 0.007 0.004 0.052 0.498 42 K 0.041 0.004 0.001 0.007 0.016 0.028 0.087 0.002 0.001 0.024 0.788 43 G 0.025 0.017 0.003 0.017 0.019 0.044 0.108 0.003 0.001 0.033 0.729 44 D 0.071 0.060 0.003 0.017 0.068 0.063 0.103 0.007 0.001 0.079 0.527 45 E 0.026 0.028 0.001 0.025 0.200 0.225 0.072 0.006 0.001 0.053 0.365 46 W 0.008 0.040 0.001 0.029 0.111 0.239 0.068 0.001 0.001 0.027 0.474 47 Y 0.014 0.022 0.004 0.046 0.312 0.318 0.051 0.003 0.001 0.047 0.182 48 K 0.059 0.047 0.002 0.055 0.143 0.235 0.072 0.014 0.001 0.079 0.292 49 V 0.149 0.010 0.001 0.041 0.120 0.165 0.069 0.004 0.001 0.057 0.384 50 E 0.011 0.005 0.002 0.068 0.098 0.188 0.086 0.001 0.001 0.030 0.511 51 E 0.007 0.010 0.003 0.026 0.053 0.081 0.086 0.001 0.001 0.018 0.714 52 A 0.258 0.038 0.005 0.016 0.107 0.051 0.081 0.024 0.003 0.074 0.342 53 P 0.145 0.058 0.002 0.013 0.007 0.008 0.088 0.009 0.001 0.050 0.621 54 N 0.091 0.197 0.002 0.009 0.009 0.013 0.079 0.007 0.001 0.029 0.564 55 V 0.093 0.254 0.003 0.017 0.011 0.018 0.075 0.007 0.001 0.024 0.497 56 Q 0.023 0.406 0.001 0.019 0.019 0.024 0.064 0.004 0.001 0.037 0.401 57 N 0.032 0.732 0.003 0.009 0.010 0.011 0.029 0.006 0.001 0.045 0.122 58 Y 0.016 0.893 0.001 0.003 0.003 0.002 0.011 0.003 0.001 0.012 0.054 59 R 0.014 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 0.013 0.024 60 E 0.011 0.885 0.001 0.003 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.048 0.040 61 A 0.003 0.926 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.041 0.018 62 V 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 0.009 63 E 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.015 64 W 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.011 65 A 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 66 I 0.007 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.009 67 E 0.013 0.914 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.037 0.022 68 V 0.033 0.805 0.018 0.004 0.002 0.002 0.017 0.009 0.005 0.043 0.063 69 L 0.151 0.613 0.008 0.008 0.005 0.008 0.033 0.020 0.003 0.059 0.092 70 E 0.088 0.339 0.007 0.018 0.008 0.023 0.057 0.005 0.003 0.088 0.363 71 R 0.036 0.063 0.054 0.017 0.012 0.022 0.136 0.005 0.027 0.096 0.534 72 I 0.217 0.019 0.024 0.018 0.013 0.023 0.096 0.013 0.014 0.080 0.484 73 R 0.334 0.003 0.004 0.008 0.007 0.011 0.067 0.005 0.003 0.061 0.497 74 D 0.035 0.001 0.001 0.007 0.003 0.008 0.090 0.002 0.001 0.016 0.837 75 G 0.011 0.001 0.001 0.010 0.003 0.009 0.100 0.001 0.001 0.014 0.853 76 E 0.005 0.001 0.001 0.049 0.110 0.102 0.140 0.002 0.001 0.054 0.536 77 N 0.004 0.001 0.001 0.145 0.058 0.141 0.098 0.001 0.001 0.072 0.480 78 V 0.002 0.001 0.001 0.188 0.123 0.096 0.069 0.001 0.001 0.048 0.473 79 K 0.001 0.001 0.001 0.580 0.140 0.140 0.022 0.001 0.001 0.044 0.073 80 L 0.002 0.001 0.001 0.379 0.113 0.157 0.035 0.001 0.001 0.071 0.243 81 V 0.001 0.001 0.001 0.543 0.161 0.140 0.026 0.001 0.001 0.024 0.104 82 S 0.035 0.001 0.001 0.324 0.085 0.138 0.078 0.001 0.001 0.077 0.259 83 L 0.020 0.001 0.001 0.180 0.069 0.125 0.108 0.004 0.001 0.070 0.422 84 D 0.053 0.003 0.001 0.082 0.014 0.037 0.151 0.002 0.001 0.041 0.614 85 G 0.048 0.003 0.001 0.043 0.032 0.049 0.185 0.003 0.001 0.067 0.569 86 P 0.024 0.012 0.001 0.025 0.017 0.019 0.165 0.001 0.001 0.040 0.696 87 A 0.019 0.065 0.001 0.009 0.020 0.017 0.113 0.010 0.001 0.036 0.711 88 P 0.052 0.778 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.013 0.001 0.008 0.120 89 P 0.032 0.844 0.002 0.002 0.001 0.002 0.013 0.006 0.001 0.016 0.081 90 K 0.020 0.880 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.023 0.055 91 V 0.063 0.791 0.003 0.002 0.002 0.003 0.012 0.008 0.001 0.062 0.053 92 M 0.046 0.237 0.011 0.009 0.005 0.005 0.026 0.005 0.003 0.560 0.093 93 K 0.033 0.657 0.004 0.008 0.003 0.005 0.037 0.005 0.001 0.078 0.169 94 R 0.040 0.615 0.011 0.007 0.003 0.005 0.029 0.010 0.003 0.048 0.230 95 L 0.035 0.725 0.010 0.005 0.003 0.004 0.030 0.013 0.003 0.028 0.145 96 S 0.058 0.777 0.002 0.002 0.001 0.004 0.015 0.007 0.001 0.011 0.122 97 L 0.075 0.604 0.015 0.004 0.002 0.005 0.026 0.013 0.006 0.042 0.208 98 A 0.124 0.469 0.022 0.007 0.004 0.006 0.054 0.018 0.013 0.058 0.227 99 L 0.260 0.127 0.017 0.012 0.004 0.008 0.072 0.015 0.007 0.107 0.369 100 Q 0.136 0.075 0.007 0.029 0.012 0.019 0.102 0.008 0.003 0.098 0.510 101 K 0.047 0.022 0.005 0.025 0.008 0.022 0.123 0.002 0.002 0.039 0.705 102 L 0.030 0.019 0.005 0.034 0.020 0.033 0.113 0.007 0.002 0.040 0.697 103 T 0.196 0.031 0.002 0.012 0.019 0.024 0.104 0.009 0.001 0.053 0.548 104 E 0.070 0.012 0.002 0.016 0.009 0.020 0.105 0.009 0.001 0.042 0.713