# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.210 0.090 0.103 0.105 0.081 0.086 0.126 0.080 0.064 0.036 0.019 2 T 0.322 0.302 0.134 0.154 0.056 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 3 W 0.020 0.038 0.028 0.048 0.058 0.102 0.205 0.181 0.157 0.109 0.053 4 R 0.043 0.054 0.092 0.199 0.237 0.183 0.129 0.037 0.017 0.006 0.002 5 E 0.137 0.103 0.556 0.148 0.037 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.010 0.022 0.100 0.188 0.195 0.215 0.183 0.057 0.020 0.007 0.002 7 L 0.005 0.007 0.052 0.017 0.020 0.035 0.131 0.174 0.220 0.197 0.143 8 R 0.004 0.022 0.266 0.210 0.218 0.149 0.095 0.025 0.008 0.003 0.001 9 K 0.059 0.082 0.648 0.141 0.048 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.049 0.069 0.080 0.123 0.142 0.159 0.205 0.086 0.048 0.027 0.012 11 G 0.204 0.107 0.073 0.087 0.076 0.082 0.143 0.086 0.071 0.046 0.025 12 F 0.033 0.060 0.077 0.151 0.148 0.149 0.169 0.088 0.059 0.040 0.026 13 L 0.016 0.027 0.055 0.057 0.068 0.089 0.170 0.148 0.168 0.124 0.078 14 D 0.093 0.183 0.115 0.244 0.158 0.097 0.064 0.023 0.012 0.006 0.004 15 L 0.028 0.026 0.015 0.047 0.056 0.074 0.144 0.146 0.177 0.161 0.125 16 G 0.292 0.156 0.070 0.165 0.125 0.082 0.061 0.026 0.015 0.006 0.003 17 E 0.083 0.173 0.078 0.312 0.174 0.095 0.056 0.016 0.008 0.003 0.002 18 F 0.006 0.007 0.007 0.018 0.022 0.038 0.125 0.175 0.229 0.218 0.155 19 I 0.010 0.025 0.031 0.161 0.191 0.199 0.186 0.085 0.057 0.033 0.023 20 V 0.002 0.004 0.008 0.011 0.012 0.020 0.087 0.153 0.254 0.265 0.184 21 E 0.005 0.013 0.017 0.126 0.150 0.190 0.205 0.132 0.088 0.048 0.027 22 L 0.002 0.005 0.007 0.010 0.010 0.019 0.079 0.156 0.266 0.273 0.173 23 V 0.005 0.010 0.015 0.075 0.103 0.116 0.184 0.176 0.160 0.097 0.059 24 Y 0.009 0.021 0.029 0.052 0.056 0.073 0.166 0.168 0.201 0.141 0.082 25 I 0.021 0.035 0.037 0.139 0.164 0.147 0.174 0.130 0.092 0.044 0.017 26 D 0.118 0.186 0.076 0.191 0.138 0.101 0.091 0.049 0.031 0.013 0.006 27 C 0.051 0.048 0.018 0.063 0.073 0.083 0.146 0.168 0.165 0.125 0.061 28 P 0.336 0.233 0.044 0.133 0.095 0.062 0.050 0.023 0.014 0.006 0.004 29 C 0.066 0.051 0.015 0.057 0.069 0.086 0.157 0.152 0.151 0.117 0.080 30 E 0.218 0.176 0.035 0.141 0.111 0.083 0.084 0.057 0.045 0.030 0.021 31 P 0.393 0.177 0.043 0.124 0.086 0.064 0.051 0.026 0.019 0.011 0.007 32 I 0.090 0.057 0.013 0.075 0.088 0.103 0.165 0.147 0.124 0.089 0.049 33 P 0.156 0.120 0.035 0.148 0.142 0.116 0.111 0.068 0.052 0.032 0.020 34 P 0.045 0.036 0.020 0.084 0.098 0.116 0.202 0.152 0.125 0.081 0.042 35 T 0.044 0.072 0.051 0.199 0.169 0.162 0.144 0.075 0.045 0.026 0.012 36 L 0.002 0.005 0.004 0.017 0.020 0.037 0.118 0.185 0.233 0.236 0.141 37 A 0.006 0.024 0.029 0.118 0.126 0.138 0.176 0.145 0.120 0.076 0.043 38 I 0.005 0.011 0.013 0.031 0.039 0.051 0.148 0.185 0.227 0.183 0.107 39 Y 0.004 0.013 0.019 0.082 0.106 0.108 0.195 0.173 0.169 0.092 0.041 40 D 0.004 0.016 0.013 0.074 0.106 0.125 0.227 0.171 0.145 0.080 0.039 41 K 0.116 0.151 0.090 0.239 0.182 0.100 0.072 0.028 0.015 0.005 0.002 42 K 0.123 0.146 0.068 0.186 0.141 0.130 0.119 0.051 0.024 0.010 0.003 43 G 0.544 0.211 0.050 0.105 0.045 0.020 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 44 D 0.103 0.154 0.061 0.197 0.156 0.125 0.106 0.052 0.027 0.012 0.005 45 E 0.221 0.258 0.096 0.211 0.114 0.053 0.028 0.010 0.005 0.002 0.001 46 W 0.015 0.020 0.018 0.078 0.108 0.148 0.218 0.165 0.124 0.072 0.035 47 Y 0.005 0.010 0.013 0.037 0.077 0.130 0.251 0.185 0.158 0.089 0.045 48 K 0.030 0.161 0.165 0.344 0.177 0.069 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 49 V 0.004 0.003 0.003 0.009 0.017 0.030 0.110 0.162 0.232 0.236 0.194 50 E 0.201 0.213 0.148 0.247 0.123 0.040 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 51 E 0.289 0.238 0.081 0.177 0.091 0.055 0.045 0.014 0.007 0.003 0.001 52 A 0.057 0.064 0.042 0.115 0.112 0.126 0.168 0.122 0.093 0.063 0.037 53 P 0.281 0.210 0.058 0.095 0.092 0.082 0.087 0.041 0.029 0.017 0.009 54 N 0.284 0.282 0.106 0.169 0.079 0.040 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 55 V 0.052 0.030 0.019 0.050 0.067 0.101 0.200 0.152 0.150 0.106 0.073 56 Q 0.373 0.209 0.136 0.165 0.069 0.026 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 57 N 0.155 0.248 0.104 0.210 0.137 0.080 0.043 0.013 0.006 0.003 0.001 58 Y 0.018 0.022 0.027 0.051 0.069 0.129 0.231 0.175 0.142 0.091 0.046 59 R 0.237 0.145 0.188 0.203 0.117 0.063 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 60 E 0.099 0.103 0.400 0.218 0.091 0.043 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 61 A 0.015 0.025 0.121 0.084 0.075 0.130 0.236 0.124 0.095 0.062 0.032 62 V 0.006 0.006 0.090 0.035 0.041 0.087 0.306 0.180 0.137 0.078 0.033 63 E 0.015 0.033 0.615 0.197 0.085 0.035 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 64 W 0.002 0.015 0.116 0.102 0.139 0.222 0.258 0.088 0.036 0.017 0.005 65 A 0.001 0.001 0.026 0.006 0.007 0.011 0.069 0.119 0.264 0.286 0.210 66 I 0.003 0.006 0.127 0.044 0.061 0.117 0.346 0.137 0.086 0.051 0.023 67 E 0.001 0.014 0.367 0.286 0.192 0.077 0.039 0.015 0.006 0.003 0.001 68 V 0.001 0.002 0.034 0.010 0.012 0.021 0.103 0.143 0.240 0.249 0.184 69 L 0.001 0.001 0.026 0.018 0.023 0.033 0.151 0.171 0.244 0.193 0.140 70 E 0.003 0.012 0.232 0.139 0.176 0.156 0.168 0.060 0.032 0.015 0.006 71 R 0.002 0.011 0.055 0.084 0.140 0.220 0.293 0.105 0.053 0.027 0.011 72 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.010 0.062 0.118 0.261 0.270 0.265 73 R 0.041 0.058 0.059 0.128 0.162 0.193 0.204 0.081 0.042 0.020 0.010 74 D 0.337 0.320 0.142 0.140 0.039 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 75 G 0.358 0.150 0.059 0.136 0.101 0.076 0.062 0.029 0.016 0.008 0.004 76 E 0.260 0.256 0.073 0.162 0.098 0.068 0.049 0.017 0.009 0.005 0.004 77 N 0.041 0.112 0.062 0.226 0.207 0.148 0.116 0.044 0.026 0.012 0.006 78 V 0.009 0.005 0.003 0.011 0.019 0.044 0.121 0.167 0.245 0.215 0.160 79 K 0.051 0.144 0.136 0.348 0.192 0.074 0.035 0.011 0.005 0.002 0.001 80 L 0.006 0.011 0.010 0.031 0.037 0.062 0.136 0.165 0.210 0.195 0.136 81 V 0.008 0.016 0.020 0.072 0.103 0.121 0.180 0.152 0.148 0.102 0.077 82 S 0.052 0.099 0.053 0.140 0.124 0.109 0.177 0.105 0.079 0.040 0.021 83 L 0.033 0.030 0.026 0.069 0.078 0.089 0.146 0.145 0.159 0.131 0.094 84 D 0.192 0.240 0.084 0.177 0.123 0.072 0.060 0.026 0.015 0.007 0.004 85 G 0.179 0.109 0.031 0.102 0.097 0.090 0.128 0.094 0.078 0.058 0.033 86 P 0.486 0.195 0.037 0.092 0.066 0.037 0.035 0.020 0.016 0.010 0.006 87 A 0.121 0.097 0.022 0.084 0.092 0.107 0.156 0.113 0.101 0.069 0.038 88 P 0.154 0.151 0.044 0.128 0.118 0.112 0.116 0.072 0.053 0.032 0.020 89 P 0.439 0.199 0.070 0.130 0.073 0.042 0.027 0.010 0.006 0.003 0.001 90 K 0.552 0.203 0.072 0.094 0.042 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 91 V 0.026 0.037 0.032 0.077 0.071 0.106 0.191 0.162 0.144 0.100 0.054 92 M 0.017 0.020 0.063 0.076 0.098 0.159 0.260 0.139 0.098 0.048 0.023 93 K 0.060 0.086 0.515 0.221 0.068 0.028 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 94 R 0.014 0.039 0.190 0.198 0.182 0.175 0.131 0.045 0.017 0.007 0.002 95 L 0.009 0.012 0.195 0.033 0.023 0.035 0.118 0.125 0.171 0.169 0.110 96 S 0.009 0.022 0.366 0.206 0.143 0.111 0.105 0.025 0.010 0.003 0.001 97 L 0.017 0.029 0.757 0.127 0.045 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.017 0.021 0.218 0.073 0.088 0.162 0.266 0.081 0.043 0.022 0.008 99 L 0.004 0.008 0.239 0.036 0.029 0.050 0.214 0.149 0.138 0.094 0.037 100 Q 0.006 0.023 0.620 0.158 0.102 0.047 0.030 0.010 0.003 0.001 0.001 101 K 0.020 0.046 0.682 0.131 0.072 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 102 L 0.013 0.022 0.218 0.048 0.062 0.092 0.205 0.113 0.113 0.078 0.039 103 T 0.035 0.071 0.269 0.126 0.120 0.098 0.144 0.062 0.044 0.022 0.008 104 E 0.204 0.173 0.380 0.134 0.064 0.023 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001