# TARGET T0343 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.226 0.332 0.093 0.104 0.036 0.059 0.022 0.020 0.011 0.001 2 T 0.152 0.272 0.348 0.025 0.061 0.071 0.026 0.003 0.035 0.007 0.001 3 W 0.830 0.047 0.042 0.047 0.009 0.013 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 4 R 0.953 0.010 0.021 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.967 0.007 0.010 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.983 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.948 0.006 0.011 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.956 0.011 0.011 0.013 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 K 0.941 0.020 0.014 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.426 0.019 0.050 0.489 0.005 0.003 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 11 G 0.014 0.003 0.009 0.014 0.025 0.001 0.107 0.784 0.002 0.043 0.001 12 F 0.185 0.187 0.219 0.151 0.046 0.102 0.079 0.002 0.017 0.009 0.002 13 L 0.022 0.524 0.303 0.018 0.065 0.035 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 14 D 0.017 0.124 0.422 0.011 0.022 0.331 0.006 0.001 0.064 0.001 0.002 15 L 0.419 0.114 0.095 0.272 0.018 0.028 0.019 0.002 0.030 0.001 0.001 16 G 0.201 0.017 0.048 0.040 0.102 0.001 0.018 0.207 0.001 0.363 0.001 17 E 0.189 0.132 0.150 0.393 0.080 0.016 0.022 0.006 0.009 0.001 0.002 18 F 0.019 0.444 0.318 0.032 0.139 0.015 0.016 0.003 0.010 0.003 0.001 19 I 0.006 0.748 0.189 0.003 0.026 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 V 0.003 0.858 0.096 0.001 0.023 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 E 0.006 0.586 0.321 0.001 0.007 0.053 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 22 L 0.010 0.599 0.308 0.001 0.010 0.049 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 23 V 0.018 0.848 0.067 0.004 0.025 0.015 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 24 Y 0.024 0.573 0.254 0.011 0.034 0.062 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 25 I 0.068 0.552 0.182 0.056 0.060 0.044 0.007 0.001 0.028 0.002 0.001 26 D 0.116 0.121 0.198 0.199 0.051 0.140 0.106 0.008 0.052 0.007 0.002 27 C 0.034 0.433 0.266 0.007 0.093 0.020 0.011 0.001 0.133 0.002 0.001 28 P 0.244 0.016 0.585 0.052 0.001 0.049 0.002 0.001 0.003 0.001 0.049 29 C 0.097 0.207 0.321 0.147 0.052 0.053 0.047 0.020 0.051 0.004 0.001 30 E 0.028 0.444 0.386 0.003 0.052 0.013 0.011 0.001 0.057 0.005 0.001 31 P 0.067 0.007 0.775 0.021 0.001 0.061 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 32 I 0.005 0.465 0.384 0.001 0.021 0.011 0.005 0.001 0.109 0.001 0.001 33 P 0.006 0.003 0.929 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 34 P 0.050 0.008 0.862 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 35 T 0.090 0.457 0.270 0.037 0.058 0.051 0.009 0.001 0.024 0.001 0.002 36 L 0.007 0.728 0.204 0.004 0.022 0.017 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 37 A 0.006 0.853 0.075 0.002 0.037 0.013 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 38 I 0.008 0.795 0.109 0.003 0.014 0.040 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 39 Y 0.020 0.622 0.118 0.016 0.059 0.081 0.005 0.001 0.077 0.001 0.001 40 D 0.103 0.246 0.272 0.042 0.081 0.154 0.030 0.002 0.063 0.005 0.002 41 K 0.239 0.226 0.254 0.132 0.039 0.049 0.019 0.003 0.031 0.002 0.006 42 K 0.209 0.127 0.429 0.129 0.018 0.020 0.034 0.004 0.023 0.004 0.002 43 G 0.054 0.009 0.075 0.026 0.051 0.005 0.085 0.445 0.003 0.247 0.001 44 D 0.165 0.134 0.295 0.206 0.036 0.062 0.062 0.007 0.029 0.003 0.002 45 E 0.116 0.437 0.274 0.065 0.067 0.018 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 46 W 0.118 0.493 0.300 0.026 0.019 0.027 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 47 Y 0.027 0.760 0.066 0.008 0.101 0.009 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 48 K 0.025 0.436 0.469 0.004 0.008 0.045 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 V 0.061 0.520 0.284 0.010 0.016 0.074 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 50 E 0.617 0.165 0.057 0.114 0.021 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 51 E 0.125 0.338 0.119 0.204 0.148 0.017 0.026 0.003 0.018 0.002 0.001 52 A 0.017 0.354 0.233 0.002 0.026 0.011 0.009 0.001 0.346 0.002 0.001 53 P 0.259 0.004 0.626 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 54 N 0.111 0.122 0.246 0.145 0.068 0.149 0.076 0.032 0.041 0.009 0.001 55 V 0.494 0.153 0.133 0.146 0.021 0.026 0.007 0.004 0.012 0.002 0.001 56 Q 0.744 0.035 0.045 0.139 0.008 0.007 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 57 N 0.278 0.089 0.125 0.289 0.063 0.046 0.066 0.010 0.031 0.002 0.001 58 Y 0.632 0.064 0.116 0.110 0.010 0.028 0.020 0.004 0.014 0.002 0.001 59 R 0.838 0.051 0.058 0.033 0.004 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 60 E 0.929 0.013 0.027 0.020 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.950 0.005 0.018 0.015 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 62 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 W 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.985 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.908 0.007 0.006 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.816 0.025 0.046 0.086 0.003 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 73 R 0.774 0.058 0.040 0.097 0.006 0.010 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 74 D 0.197 0.027 0.122 0.516 0.018 0.018 0.084 0.004 0.011 0.002 0.001 75 G 0.043 0.009 0.086 0.020 0.054 0.002 0.053 0.605 0.003 0.125 0.001 76 E 0.275 0.156 0.425 0.080 0.040 0.011 0.004 0.002 0.004 0.003 0.001 77 N 0.064 0.126 0.172 0.311 0.035 0.104 0.116 0.021 0.045 0.004 0.001 78 V 0.007 0.578 0.329 0.007 0.036 0.019 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 79 K 0.025 0.505 0.351 0.009 0.010 0.065 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 80 L 0.008 0.496 0.421 0.002 0.007 0.048 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 81 V 0.020 0.804 0.064 0.013 0.033 0.023 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 82 S 0.008 0.400 0.393 0.007 0.106 0.058 0.003 0.001 0.023 0.002 0.001 83 L 0.156 0.425 0.163 0.109 0.063 0.038 0.007 0.002 0.035 0.002 0.001 84 D 0.135 0.081 0.170 0.385 0.024 0.073 0.066 0.006 0.054 0.004 0.001 85 G 0.083 0.092 0.232 0.026 0.266 0.004 0.035 0.060 0.009 0.192 0.001 86 P 0.157 0.023 0.646 0.075 0.004 0.031 0.006 0.001 0.005 0.003 0.049 87 A 0.025 0.188 0.665 0.001 0.021 0.012 0.009 0.001 0.073 0.003 0.002 88 P 0.043 0.002 0.882 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 89 P 0.744 0.002 0.222 0.006 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 90 K 0.934 0.003 0.017 0.022 0.002 0.005 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 91 V 0.939 0.006 0.005 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 M 0.951 0.009 0.015 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.984 0.002 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.963 0.002 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.934 0.006 0.011 0.043 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 S 0.955 0.006 0.012 0.015 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.974 0.003 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.954 0.002 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.937 0.004 0.011 0.041 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 Q 0.964 0.004 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.896 0.005 0.019 0.068 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 102 L 0.710 0.019 0.114 0.130 0.001 0.017 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 103 T 0.431 0.122 0.174 0.196 0.022 0.028 0.005 0.003 0.017 0.002 0.001 104 E 0.542 0.074 0.163 0.112 0.032 0.012 0.019 0.014 0.010 0.022 0.001