# TARGET T0343 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.050 0.011 0.011 0.004 0.005 0.024 0.002 0.001 0.002 0.821 2 T 0.026 0.042 0.003 0.007 0.004 0.005 0.239 0.001 0.001 0.002 0.672 3 W 0.053 0.135 0.005 0.006 0.002 0.005 0.108 0.001 0.001 0.002 0.682 4 R 0.019 0.661 0.001 0.010 0.005 0.011 0.072 0.002 0.001 0.002 0.219 5 E 0.026 0.680 0.001 0.001 0.002 0.005 0.081 0.001 0.001 0.003 0.201 6 I 0.033 0.907 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 7 L 0.019 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 8 R 0.018 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 9 K 0.038 0.894 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.047 10 E 0.134 0.676 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.133 0.001 0.001 0.048 11 G 0.413 0.270 0.018 0.007 0.011 0.003 0.007 0.137 0.001 0.001 0.133 12 F 0.048 0.079 0.607 0.013 0.009 0.012 0.017 0.003 0.001 0.001 0.211 13 L 0.005 0.044 0.013 0.284 0.139 0.219 0.080 0.002 0.001 0.001 0.214 14 D 0.036 0.043 0.002 0.209 0.061 0.083 0.083 0.002 0.001 0.004 0.477 15 L 0.078 0.100 0.006 0.190 0.089 0.124 0.091 0.003 0.001 0.009 0.311 16 G 0.048 0.041 0.004 0.230 0.143 0.162 0.169 0.004 0.001 0.013 0.185 17 E 0.058 0.009 0.006 0.098 0.036 0.068 0.081 0.003 0.001 0.017 0.623 18 F 0.034 0.006 0.012 0.218 0.316 0.214 0.062 0.002 0.001 0.009 0.128 19 I 0.019 0.004 0.008 0.257 0.240 0.272 0.077 0.001 0.001 0.006 0.116 20 V 0.001 0.002 0.003 0.230 0.288 0.365 0.021 0.001 0.001 0.001 0.090 21 E 0.001 0.001 0.001 0.355 0.219 0.392 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 22 L 0.002 0.001 0.001 0.309 0.229 0.322 0.024 0.001 0.001 0.002 0.110 23 V 0.001 0.001 0.001 0.591 0.199 0.183 0.010 0.001 0.001 0.001 0.014 24 Y 0.001 0.001 0.001 0.351 0.163 0.296 0.039 0.001 0.001 0.002 0.146 25 I 0.001 0.001 0.001 0.420 0.206 0.293 0.026 0.001 0.001 0.001 0.051 26 D 0.010 0.002 0.001 0.190 0.108 0.191 0.103 0.001 0.001 0.006 0.389 27 C 0.017 0.001 0.004 0.134 0.092 0.115 0.093 0.001 0.001 0.006 0.537 28 P 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.010 0.026 0.001 0.001 0.001 0.943 29 C 0.032 0.001 0.001 0.075 0.031 0.076 0.127 0.001 0.001 0.010 0.646 30 E 0.101 0.001 0.001 0.048 0.026 0.047 0.122 0.001 0.001 0.005 0.648 31 P 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.983 32 I 0.052 0.001 0.001 0.069 0.024 0.077 0.096 0.001 0.001 0.005 0.675 33 P 0.095 0.001 0.001 0.020 0.019 0.026 0.061 0.001 0.001 0.004 0.774 34 P 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.975 35 T 0.010 0.001 0.001 0.208 0.114 0.198 0.117 0.001 0.001 0.003 0.349 36 L 0.102 0.001 0.001 0.434 0.108 0.121 0.034 0.001 0.001 0.006 0.192 37 A 0.005 0.002 0.001 0.482 0.158 0.242 0.028 0.001 0.001 0.001 0.082 38 I 0.001 0.001 0.001 0.410 0.241 0.285 0.015 0.001 0.001 0.001 0.046 39 Y 0.003 0.001 0.001 0.444 0.183 0.265 0.021 0.001 0.001 0.001 0.081 40 D 0.003 0.001 0.001 0.152 0.303 0.343 0.066 0.001 0.001 0.003 0.127 41 K 0.006 0.001 0.001 0.081 0.113 0.153 0.091 0.001 0.001 0.007 0.548 42 K 0.007 0.001 0.001 0.022 0.049 0.062 0.488 0.001 0.001 0.020 0.350 43 G 0.240 0.003 0.002 0.015 0.015 0.018 0.271 0.001 0.001 0.112 0.322 44 D 0.278 0.011 0.010 0.017 0.022 0.019 0.266 0.001 0.001 0.055 0.320 45 E 0.057 0.005 0.009 0.027 0.066 0.055 0.336 0.001 0.001 0.019 0.425 46 W 0.040 0.005 0.008 0.039 0.085 0.236 0.171 0.001 0.001 0.010 0.406 47 Y 0.006 0.003 0.001 0.073 0.368 0.468 0.031 0.001 0.001 0.001 0.050 48 K 0.002 0.004 0.001 0.052 0.254 0.351 0.056 0.001 0.001 0.001 0.279 49 V 0.004 0.004 0.001 0.085 0.266 0.430 0.025 0.001 0.001 0.001 0.185 50 E 0.003 0.005 0.001 0.166 0.146 0.492 0.045 0.001 0.001 0.001 0.141 51 E 0.017 0.010 0.001 0.092 0.093 0.236 0.066 0.002 0.001 0.007 0.477 52 A 0.110 0.016 0.005 0.096 0.062 0.159 0.113 0.004 0.001 0.011 0.422 53 P 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.971 54 N 0.027 0.002 0.001 0.017 0.016 0.019 0.184 0.001 0.001 0.004 0.729 55 V 0.318 0.013 0.013 0.016 0.006 0.016 0.079 0.001 0.001 0.012 0.526 56 Q 0.048 0.056 0.001 0.038 0.013 0.019 0.188 0.001 0.001 0.003 0.633 57 N 0.082 0.026 0.002 0.007 0.003 0.005 0.218 0.001 0.001 0.006 0.651 58 Y 0.083 0.167 0.004 0.013 0.003 0.007 0.127 0.001 0.001 0.003 0.592 59 R 0.021 0.265 0.001 0.013 0.007 0.016 0.300 0.003 0.001 0.009 0.365 60 E 0.050 0.449 0.001 0.003 0.003 0.006 0.138 0.003 0.001 0.004 0.343 61 A 0.032 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.068 62 V 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 63 E 0.016 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.030 64 W 0.020 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.029 65 A 0.030 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 66 I 0.007 0.974 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 67 E 0.009 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.032 68 V 0.014 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 69 L 0.010 0.965 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 70 E 0.007 0.948 0.002 0.004 0.006 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 71 R 0.033 0.884 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 0.050 72 I 0.073 0.841 0.008 0.004 0.009 0.010 0.003 0.019 0.001 0.001 0.033 73 R 0.059 0.714 0.022 0.013 0.020 0.034 0.015 0.028 0.001 0.002 0.093 74 D 0.053 0.389 0.028 0.013 0.029 0.032 0.049 0.042 0.001 0.001 0.364 75 G 0.331 0.183 0.017 0.015 0.017 0.018 0.042 0.044 0.001 0.009 0.323 76 E 0.297 0.067 0.109 0.007 0.009 0.010 0.160 0.007 0.001 0.018 0.317 77 N 0.065 0.025 0.053 0.025 0.028 0.029 0.186 0.005 0.001 0.010 0.572 78 V 0.072 0.023 0.020 0.079 0.060 0.100 0.109 0.002 0.001 0.013 0.523 79 K 0.040 0.016 0.003 0.102 0.141 0.148 0.140 0.002 0.001 0.006 0.402 80 L 0.041 0.013 0.004 0.083 0.101 0.155 0.073 0.001 0.001 0.006 0.521 81 V 0.026 0.012 0.002 0.278 0.217 0.251 0.063 0.001 0.001 0.003 0.147 82 S 0.021 0.009 0.002 0.120 0.121 0.202 0.108 0.001 0.001 0.005 0.410 83 L 0.021 0.009 0.003 0.237 0.173 0.240 0.071 0.001 0.001 0.005 0.240 84 D 0.027 0.005 0.002 0.108 0.053 0.094 0.163 0.002 0.001 0.007 0.538 85 G 0.055 0.003 0.006 0.088 0.033 0.041 0.104 0.001 0.001 0.006 0.662 86 P 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.028 0.001 0.001 0.001 0.949 87 A 0.042 0.002 0.003 0.070 0.019 0.080 0.136 0.001 0.001 0.007 0.640 88 P 0.037 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.030 0.001 0.001 0.001 0.910 89 P 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.962 90 K 0.016 0.009 0.001 0.010 0.003 0.005 0.087 0.001 0.001 0.001 0.869 91 V 0.162 0.185 0.001 0.016 0.007 0.011 0.070 0.001 0.001 0.002 0.546 92 M 0.046 0.828 0.001 0.010 0.005 0.019 0.017 0.001 0.001 0.001 0.075 93 K 0.027 0.842 0.001 0.003 0.002 0.007 0.012 0.001 0.001 0.001 0.105 94 R 0.061 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.071 95 L 0.026 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.039 96 S 0.017 0.929 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.034 97 L 0.017 0.867 0.006 0.001 0.001 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.088 98 A 0.049 0.860 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.072 99 L 0.061 0.866 0.007 0.001 0.002 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.041 100 Q 0.026 0.849 0.014 0.003 0.004 0.008 0.009 0.013 0.001 0.001 0.073 101 K 0.092 0.706 0.007 0.003 0.004 0.006 0.009 0.030 0.001 0.001 0.142 102 L 0.172 0.660 0.014 0.007 0.007 0.008 0.006 0.028 0.001 0.001 0.097 103 T 0.107 0.481 0.025 0.024 0.030 0.028 0.039 0.044 0.001 0.003 0.220 104 E 0.038 0.127 0.041 0.018 0.013 0.018 0.037 0.009 0.001 0.002 0.696