# TARGET T0343 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0343.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.300 0.291 0.059 0.152 0.025 0.043 0.027 0.018 0.015 0.001 2 T 0.115 0.246 0.421 0.014 0.078 0.068 0.014 0.002 0.032 0.009 0.001 3 W 0.894 0.020 0.026 0.033 0.004 0.011 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 4 R 0.968 0.005 0.012 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.973 0.005 0.006 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.982 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.896 0.013 0.018 0.062 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 8 R 0.895 0.024 0.029 0.025 0.004 0.007 0.008 0.001 0.004 0.003 0.001 9 K 0.856 0.044 0.036 0.042 0.009 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 10 E 0.444 0.035 0.076 0.412 0.009 0.006 0.006 0.001 0.009 0.002 0.001 11 G 0.030 0.004 0.014 0.021 0.041 0.001 0.102 0.704 0.002 0.082 0.001 12 F 0.257 0.222 0.201 0.161 0.038 0.062 0.027 0.002 0.024 0.004 0.002 13 L 0.060 0.451 0.330 0.021 0.038 0.049 0.005 0.001 0.042 0.003 0.001 14 D 0.035 0.119 0.420 0.021 0.024 0.292 0.016 0.001 0.067 0.002 0.003 15 L 0.428 0.111 0.117 0.256 0.019 0.021 0.011 0.002 0.031 0.001 0.002 16 G 0.162 0.014 0.050 0.028 0.081 0.001 0.019 0.175 0.001 0.468 0.001 17 E 0.246 0.106 0.119 0.326 0.082 0.021 0.066 0.013 0.015 0.005 0.003 18 F 0.040 0.427 0.321 0.042 0.106 0.018 0.020 0.005 0.016 0.004 0.001 19 I 0.014 0.731 0.190 0.004 0.023 0.023 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 20 V 0.008 0.830 0.097 0.002 0.034 0.011 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 21 E 0.013 0.561 0.320 0.002 0.008 0.059 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 22 L 0.023 0.387 0.477 0.002 0.008 0.079 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 23 V 0.132 0.699 0.070 0.025 0.030 0.020 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 24 Y 0.028 0.576 0.233 0.009 0.044 0.055 0.010 0.001 0.044 0.001 0.001 25 I 0.104 0.513 0.178 0.076 0.025 0.059 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 26 D 0.104 0.242 0.189 0.132 0.081 0.128 0.053 0.006 0.058 0.006 0.001 27 C 0.040 0.293 0.243 0.011 0.064 0.046 0.050 0.001 0.247 0.003 0.001 28 P 0.314 0.010 0.481 0.105 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 29 C 0.117 0.182 0.221 0.218 0.057 0.051 0.085 0.032 0.033 0.005 0.001 30 E 0.029 0.418 0.417 0.002 0.026 0.020 0.015 0.001 0.069 0.002 0.001 31 P 0.052 0.009 0.828 0.018 0.001 0.063 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 32 I 0.010 0.429 0.384 0.001 0.018 0.016 0.005 0.001 0.136 0.001 0.001 33 P 0.007 0.002 0.896 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.072 34 P 0.145 0.005 0.745 0.015 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 35 T 0.090 0.400 0.313 0.034 0.074 0.042 0.018 0.002 0.024 0.001 0.002 36 L 0.016 0.711 0.206 0.008 0.020 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 37 A 0.008 0.815 0.102 0.001 0.028 0.022 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 38 I 0.008 0.747 0.144 0.004 0.008 0.054 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 39 Y 0.030 0.614 0.123 0.018 0.095 0.067 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 40 D 0.089 0.199 0.331 0.041 0.073 0.179 0.021 0.001 0.059 0.006 0.001 41 K 0.488 0.095 0.105 0.236 0.020 0.025 0.012 0.002 0.013 0.001 0.002 42 K 0.299 0.084 0.382 0.168 0.013 0.014 0.020 0.002 0.015 0.002 0.001 43 G 0.060 0.005 0.041 0.043 0.027 0.004 0.052 0.567 0.004 0.198 0.001 44 D 0.088 0.117 0.423 0.111 0.022 0.076 0.118 0.007 0.035 0.001 0.001 45 E 0.089 0.468 0.282 0.055 0.066 0.021 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 46 W 0.060 0.592 0.272 0.016 0.030 0.016 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 47 Y 0.025 0.773 0.070 0.007 0.081 0.013 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 48 K 0.020 0.456 0.446 0.004 0.008 0.048 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 49 V 0.072 0.519 0.271 0.018 0.031 0.059 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 50 E 0.526 0.190 0.102 0.111 0.022 0.027 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 51 E 0.104 0.406 0.189 0.090 0.104 0.026 0.021 0.001 0.056 0.001 0.001 52 A 0.035 0.160 0.530 0.003 0.017 0.025 0.023 0.001 0.200 0.003 0.003 53 P 0.242 0.005 0.646 0.020 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 54 N 0.108 0.135 0.294 0.107 0.050 0.158 0.064 0.029 0.043 0.011 0.001 55 V 0.504 0.134 0.143 0.143 0.020 0.022 0.009 0.005 0.015 0.004 0.001 56 Q 0.769 0.041 0.051 0.105 0.009 0.008 0.009 0.002 0.004 0.003 0.001 57 N 0.393 0.082 0.128 0.223 0.039 0.052 0.037 0.008 0.036 0.002 0.001 58 Y 0.745 0.040 0.074 0.084 0.006 0.020 0.015 0.004 0.011 0.001 0.001 59 R 0.835 0.046 0.066 0.030 0.005 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 60 E 0.940 0.012 0.020 0.018 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 A 0.948 0.005 0.016 0.019 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 62 V 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 W 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 E 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.881 0.005 0.005 0.104 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.811 0.022 0.060 0.075 0.001 0.021 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 73 R 0.776 0.061 0.036 0.099 0.006 0.008 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 74 D 0.324 0.043 0.191 0.321 0.019 0.020 0.060 0.003 0.015 0.003 0.001 75 G 0.078 0.004 0.044 0.026 0.031 0.002 0.065 0.615 0.003 0.132 0.001 76 E 0.300 0.127 0.403 0.096 0.024 0.028 0.007 0.002 0.010 0.003 0.001 77 N 0.120 0.192 0.289 0.149 0.027 0.102 0.066 0.007 0.043 0.003 0.001 78 V 0.076 0.444 0.341 0.025 0.032 0.031 0.007 0.001 0.041 0.001 0.001 79 K 0.152 0.182 0.546 0.014 0.009 0.065 0.006 0.001 0.022 0.001 0.002 80 L 0.119 0.214 0.427 0.051 0.012 0.119 0.011 0.001 0.039 0.001 0.007 81 V 0.127 0.515 0.169 0.092 0.043 0.029 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 82 S 0.043 0.270 0.317 0.033 0.176 0.064 0.028 0.008 0.044 0.018 0.001 83 L 0.282 0.263 0.189 0.172 0.035 0.033 0.004 0.002 0.017 0.002 0.001 84 D 0.122 0.078 0.115 0.429 0.026 0.086 0.077 0.008 0.056 0.002 0.001 85 G 0.084 0.082 0.248 0.011 0.223 0.005 0.027 0.061 0.011 0.246 0.001 86 P 0.228 0.015 0.488 0.142 0.001 0.045 0.002 0.001 0.003 0.001 0.075 87 A 0.027 0.334 0.491 0.003 0.028 0.019 0.012 0.001 0.084 0.002 0.001 88 P 0.034 0.003 0.917 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 89 P 0.854 0.001 0.111 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 90 K 0.948 0.003 0.009 0.020 0.001 0.005 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 91 V 0.936 0.005 0.007 0.047 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 M 0.972 0.005 0.010 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.987 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.969 0.003 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.880 0.012 0.015 0.083 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 96 S 0.931 0.013 0.023 0.012 0.003 0.006 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 97 L 0.973 0.004 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.950 0.002 0.006 0.035 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 L 0.947 0.005 0.007 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 Q 0.969 0.004 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.866 0.005 0.011 0.110 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 102 L 0.628 0.023 0.146 0.166 0.002 0.021 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 103 T 0.360 0.116 0.227 0.176 0.025 0.039 0.015 0.007 0.030 0.003 0.001 104 E 0.472 0.083 0.237 0.075 0.038 0.018 0.027 0.014 0.010 0.025 0.001